genome.fa.s8314.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008314.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111008_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2414839

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  4  of  10  ( 1196 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
687942--687986	23	1.9	24	86	4	65	46	8	4	40	1.55
687953--688066	37	3.0	37	79	14	110	44	10	4	40	1.59
688740--689357	84	7.5	82	81	7	671	23	21	25	29	1.99
688721--689357	165	3.8	160	81	7	702	23	21	25	29	1.99
688703--689357	249	2.6	249	96	0	1186	24	21	24	29	1.99
692241--692277	14	2.6	14	95	0	65	0	32	13	54	1.40
692733--692778	19	2.4	19	96	0	83	65	10	13	10	1.48
693392--693424	17	1.9	17	93	0	57	72	9	12	6	1.26
694486--694562	32	2.5	31	85	12	104	75	0	6	18	1.01
695777--695827	22	2.2	24	80	10	63	72	0	1	25	0.95
695784--695847	10	6.1	11	76	20	57	70	0	1	28	0.97
695823--695856	7	4.9	7	92	0	50	67	0	0	32	0.91
695791--695856	21	3.2	21	83	10	75	69	0	0	30	0.88
695808--695851	12	3.7	12	81	6	54	65	0	0	34	0.93
695832--695955	34	3.5	35	74	20	96	54	3	0	41	1.16
695835--695983	35	4.1	37	78	12	125	52	3	0	43	1.22
695869--696197	35	9.5	34	75	15	248	47	6	2	44	1.41
696043--696172	39	3.5	37	78	13	135	49	6	2	41	1.42
696043--696213	37	4.5	37	77	16	140	47	7	2	42	1.47
696092--696138	24	1.9	25	83	12	62	51	8	2	38	1.45
696043--696214	39	4.5	38	71	19	119	47	7	2	41	1.47
696902--696959	20	2.8	20	74	7	55	39	0	1	58	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
696881--696964	32	2.6	32	82	3	105	36	0	1	61	1.04
697516--698040	126	4.2	126	99	0	1025	31	18	25	23	1.97
698108--698148	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
711484--711909	224	1.9	221	93	3	739	39	18	12	29	1.88
711704--712291	260	2.3	255	92	5	972	41	19	11	27	1.86
713082--713149	28	2.4	28	95	0	118	44	32	8	14	1.76
713114--713187	38	2.0	38	97	2	141	39	37	10	12	1.78
714178--714235	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
714512--714614	15	6.5	15	77	16	109	46	0	2	50	1.16
714512--714668	69	2.3	66	86	5	208	42	0	7	50	1.34
714594--714799	54	3.8	54	97	0	376	35	0	12	51	1.43
714671--714713	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
714641--714997	86	4.3	85	69	16	270	34	0	12	52	1.40
714725--714767	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
714756--714808	14	3.5	14	72	18	52	37	0	5	56	1.23
714644--714939	140	2.1	140	97	0	556	35	0	11	53	1.38
714809--714853	22	2.0	22	100	0	90	37	0	13	48	1.42
714617--714997	108	3.5	108	78	9	391	34	0	13	52	1.42
714779--714987	54	4.0	54	93	3	331	33	0	13	53	1.40
714865--714907	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
715011--715070	31	1.9	31	93	0	102	43	10	6	40	1.64
715592--715627	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715889--715946	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
727869--727915	22	2.2	22	85	11	62	27	2	0	70	0.99
734737--734761	7	3.6	7	100	0	50	28	0	44	28	1.55
735454--735491	20	1.9	20	94	0	67	15	23	18	42	1.89
735380--735540	83	1.9	83	93	0	277	24	19	19	36	1.95
735590--735640	21	2.4	21	100	0	102	33	33	17	15	1.92
735609--735781	90	1.9	90	93	0	301	32	23	17	26	1.96
735358--735845	257	1.9	250	87	3	699	28	20	18	32	1.96
735808--735855	20	2.4	20	85	0	60	20	20	20	37	1.95
735843--735873	14	2.2	14	94	0	53	25	16	25	32	1.96
735771--735932	76	2.1	76	90	0	252	24	14	23	37	1.93
735890--735955	20	3.3	20	80	0	87	24	15	16	43	1.86
735893--735974	40	2.0	40	95	0	146	23	17	17	42	1.88
735905--735994	20	4.5	20	79	9	103	18	18	21	41	1.91
735960--736030	20	3.5	20	74	11	65	15	18	29	36	1.92
737681--737722	21	2.0	20	86	4	57	40	7	14	38	1.73
756909--757241	170	2.0	170	100	0	666	46	14	17	21	1.83
764480--764573	44	2.1	44	92	0	152	20	7	27	44	1.78
767375--767412	2	18.5	2	94	5	67	47	0	2	50	1.15
773813--773936	3	40.3	3	90	9	189	33	0	0	66	0.92
777693--777754	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
780804--780857	23	2.4	24	84	9	69	70	11	14	3	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780806--780857	11	4.6	11	80	17	54	71	11	15	1	1.23
782382--782578	104	1.9	104	87	4	290	29	20	10	39	1.86
782589--782651	35	1.9	31	81	15	74	26	19	14	39	1.90
782594--782688	37	2.6	36	85	4	120	29	21	13	35	1.92
782662--782897	102	2.3	102	84	7	302	30	20	11	37	1.89
782353--782867	270	1.9	273	97	2	984	29	19	11	38	1.88
782831--782926	36	2.7	35	81	10	106	34	20	12	32	1.90
783215--783310	29	3.4	28	85	7	133	28	10	15	45	1.79
783215--783335	29	4.3	28	83	9	124	29	9	14	46	1.76
783217--783324	55	1.9	58	83	9	143	26	10	14	48	1.76
783791--783920	67	2.0	65	80	6	145	27	18	13	40	1.89
784195--784308	36	3.4	35	70	25	102	23	20	14	42	1.88
784324--784405	28	2.9	28	83	3	94	24	12	13	50	1.76
784434--784766	46	7.5	45	72	15	180	24	30	18	26	1.98
784424--784792	130	2.8	129	92	4	591	24	31	17	25	1.97
784637--784847	91	2.3	92	85	2	282	26	33	17	23	1.96
785004--785078	3	23.3	3	84	15	89	32	0	0	68	0.90
785007--785076	10	7.1	10	88	11	101	31	0	0	68	0.90
791550--792608	531	2.0	530	88	2	1585	31	10	13	44	1.78
792864--792992	60	2.2	60	82	2	152	30	24	4	40	1.75
798275--798311	2	18.5	2	94	0	65	51	0	0	48	1.00
800678--800735	26	2.2	26	78	6	64	62	1	6	29	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801368--801476	21	5.2	21	82	11	118	30	22	23	22	1.99
801423--801495	20	3.6	20	78	10	94	34	19	23	23	1.97
801377--801500	41	3.0	42	89	5	173	31	20	23	24	1.98
801423--801511	20	4.4	19	75	19	74	35	20	21	22	1.96
801423--801511	41	2.2	41	91	0	142	35	20	21	22	1.96
801626--801747	23	5.6	23	77	11	130	38	20	20	20	1.94
801629--801756	42	3.0	42	86	2	175	38	21	19	21	1.94
801643--801762	21	5.6	20	71	16	73	37	22	20	20	1.94
801726--801781	21	2.8	20	78	10	69	35	19	21	23	1.96
803452--803509	29	2.0	30	82	3	73	17	15	18	48	1.82
803998--804060	24	2.6	25	73	12	60	46	0	3	50	1.17
804758--804810	27	2.0	27	84	0	70	33	13	15	37	1.86
819593--819631	19	2.0	19	85	5	51	17	20	25	35	1.95
819617--819743	37	3.5	37	74	6	116	26	23	11	37	1.90
825009--825060	20	2.6	20	96	0	95	32	32	3	30	1.76
825086--825182	48	2.0	48	84	4	124	37	12	17	32	1.87
826569--826623	6	9.2	6	93	0	56	9	50	9	30	1.65
826569--826618	12	4.2	12	92	0	73	8	50	10	32	1.65
826570--826618	18	2.7	18	90	0	80	6	51	10	32	1.61
830962--831094	66	2.0	66	100	0	266	31	27	21	19	1.97
836886--836927	22	2.0	20	86	13	59	50	0	2	47	1.14
837408--837484	32	2.5	31	79	8	86	41	9	5	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837765--838133	20	18.5	20	84	4	449	34	26	18	20	1.95
838816--838862	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
839037--839061	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
841343--841666	33	9.5	34	81	14	254	46	18	20	13	1.83
841371--841644	52	5.2	52	92	4	423	47	17	21	13	1.82
841429--841666	85	2.8	85	89	6	351	46	18	21	14	1.83
841673--841774	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
841881--841917	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
843898--843954	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
843879--843971	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10