genome.fa.s8314.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008314.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111008_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2414839

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768--827	31	1.9	31	93	0	102	40	6	10	43	1.64
1288--1348	17	3.3	19	80	15	65	60	0	1	37	1.07
1364--1452	14	6.8	14	71	19	75	58	1	0	40	1.05
1397--1480	6	13.5	6	72	12	55	63	2	0	34	1.08
1364--1475	40	2.9	40	84	11	130	59	1	0	38	1.08
1335--1483	64	2.3	64	83	12	198	58	2	0	38	1.14
5222--5246	12	2.1	12	100	0	50	0	76	0	24	0.80
5404--5445	19	2.1	21	91	8	70	47	0	0	52	1.00
9471--9497	6	4.5	6	100	0	54	70	0	29	0	0.88
13373--13429	22	2.6	21	74	17	53	66	3	0	29	1.08
14045--14156	35	3.2	35	86	3	145	41	21	0	35	1.59
14855--14897	3	14.3	3	95	0	77	62	0	2	34	1.08
17382--17610	114	2.0	114	94	1	406	27	12	22	37	1.90
23504--23604	39	2.6	38	79	18	120	33	16	1	47	1.58
23789--23822	2	18.0	2	88	11	54	50	0	0	50	1.00
25655--25817	57	2.9	57	88	0	245	23	26	12	36	1.91
30870--32799	964	2.0	962	94	4	3443	28	16	17	37	1.91
42207--42265	31	1.9	30	86	3	82	57	11	6	23	1.58
42207--42272	31	2.2	31	83	2	80	56	12	7	24	1.61
45094--45118	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
57176--57221	20	2.3	20	79	17	51	36	2	4	56	1.31
59421--59448	7	4.0	7	100	0	56	28	57	0	14	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61384--61426	22	2.0	22	86	4	61	37	0	13	48	1.43
66310--66360	26	1.9	27	96	4	95	25	13	17	43	1.86
66436--66489	27	2.0	27	92	0	90	16	9	31	42	1.80
66576--66610	15	2.3	15	95	0	61	42	0	0	57	0.99
80230--80258	14	2.1	14	93	6	51	31	10	0	58	1.31
80492--80552	23	2.7	23	89	0	95	27	26	26	19	1.99
91905--91947	21	2.2	20	87	8	61	72	0	0	27	0.85
93944--93977	17	2.0	17	94	0	59	44	5	14	35	1.70
94155--94298	36	3.8	36	74	18	146	18	24	19	37	1.94
95481--95514	17	2.0	17	94	0	59	44	5	14	35	1.70
96191--96215	12	2.1	12	100	0	50	16	36	8	40	1.77
96503--96542	17	2.4	17	87	8	55	52	2	2	42	1.28
100020--100138	31	3.9	30	75	9	98	24	29	29	16	1.97
100020--100142	61	2.0	61	82	6	151	25	28	29	17	1.97
101654--101688	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
103062--103109	14	3.4	14	97	0	87	20	37	27	14	1.92
103024--103109	33	2.6	33	70	14	86	20	36	26	16	1.94
102997--103100	38	2.7	38	74	14	115	18	34	29	17	1.94
103019--103087	19	3.6	19	96	0	129	18	36	27	17	1.94
105168--105243	31	2.4	31	80	2	89	26	31	27	14	1.95
105122--105243	62	2.0	63	82	8	151	25	29	27	17	1.97
106754--106788	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108162--108209	14	3.4	14	97	0	87	20	37	27	14	1.92
108124--108209	33	2.6	33	70	14	86	20	36	26	16	1.94
108097--108200	38	2.7	38	74	14	115	18	34	29	17	1.94
108119--108187	19	3.6	19	96	0	129	18	36	27	17	1.94
120642--120700	5	10.0	6	82	17	63	0	3	11	84	0.73
120643--120698	11	5.4	11	80	10	57	0	3	10	85	0.71
125249--125284	18	1.9	19	88	5	56	47	2	2	47	1.31
134648--134677	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
135375--135418	23	1.9	23	85	0	61	29	20	6	43	1.78
137595--137670	35	2.2	35	90	0	116	38	25	1	35	1.64
138064--138311	130	1.9	130	92	0	415	36	15	12	35	1.85
138238--138284	23	2.1	21	84	7	58	36	14	14	34	1.88
138564--138597	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
139842--139886	23	2.0	23	90	0	72	40	11	0	48	1.39
140499--141206	229	3.1	228	94	2	1246	44	7	8	39	1.62
141241--141300	20	3.1	19	84	13	77	55	11	15	18	1.70
141433--141481	20	2.7	17	77	22	55	51	10	18	20	1.75
143692--143732	21	2.0	21	90	0	64	39	12	31	17	1.86
143765--143825	32	1.9	32	89	0	95	29	0	47	22	1.52
145020--145044	4	6.2	4	100	0	50	24	0	28	48	1.52
145621--145669	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
145784--147164	198	6.9	198	93	4	2304	35	15	17	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146196--146250	21	2.6	21	100	0	110	40	16	16	27	1.89
145784--147164	615	2.3	592	93	3	2327	35	15	17	31	1.91
148625--148725	6	16.3	6	73	6	67	37	8	34	18	1.82
148640--148729	9	10.0	9	74	0	63	36	7	34	21	1.82
148628--148725	12	7.9	12	79	6	106	36	9	34	19	1.84
148625--148729	18	5.7	18	74	6	84	37	8	34	20	1.83
150214--150706	183	2.7	182	94	1	860	34	14	17	33	1.90
153879--153965	39	2.2	39	91	0	147	48	19	13	18	1.81
154379--154450	23	3.2	23	80	4	83	33	5	22	38	1.77
154803--154875	23	3.2	23	88	0	101	35	4	20	39	1.72
154179--155651	425	3.5	428	95	2	2661	41	7	11	38	1.70
155228--155300	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
159069--159137	23	3.0	23	79	8	86	27	26	24	21	1.99
162867--162929	23	2.7	23	90	2	90	11	34	4	49	1.59
164492--164545	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
164543--164577	4	8.8	4	93	0	61	22	0	25	51	1.48
165958--166025	14	5.1	14	82	12	90	57	7	0	35	1.27
165964--166025	12	4.8	12	84	13	79	56	6	0	37	1.25
165955--166010	26	2.1	28	93	6	98	57	10	0	32	1.33
167500--167524	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
176054--176078	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
176795--176835	18	2.3	18	87	4	57	17	41	19	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176842--176970	29	4.5	28	84	5	159	29	5	22	42	1.76
176842--176970	58	2.2	58	87	2	179	29	5	22	42	1.76
184041--184175	29	4.7	29	86	4	177	29	5	24	40	1.77
184044--184154	57	1.9	57	89	3	170	31	5	21	41	1.76
187364--187500	3	45.7	3	86	0	184	33	1	0	64	1.08
191471--191502	15	2.1	15	100	0	64	34	6	0	59	1.23
193530--193587	30	1.9	30	85	0	80	44	12	5	37	1.64
194206--194234	14	2.0	15	93	6	51	62	6	6	24	1.45
196723--196779	25	2.2	26	87	3	80	47	3	1	47	1.29
199578--199611	14	2.3	15	90	10	52	47	2	0	50	1.16
207549--207581	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
208979--209008	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
219392--219505	55	2.1	55	82	9	135	41	23	8	26	1.83
223170--223232	23	2.6	24	78	14	58	49	1	3	46	1.27
223239--223312	23	3.2	23	81	9	80	52	2	0	44	1.15
223354--223420	33	2.0	33	83	11	84	49	2	0	47	1.16
223355--223431	26	2.6	31	82	13	83	51	2	0	45	1.14
223447--223488	22	1.9	22	85	0	57	47	0	4	47	1.23
227276--227333	27	2.1	27	100	0	116	15	18	10	55	1.68
237914--237942	6	4.8	6	100	0	58	68	0	31	0	0.89
237914--237949	18	2.0	18	88	0	54	72	0	27	0	0.85
244287--244320	17	2.0	17	88	0	50	79	2	17	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247673--247710	14	2.6	15	83	8	51	21	0	34	44	1.52
247685--247710	7	3.7	7	100	0	52	15	0	38	46	1.46
247743--247842	2	53.0	2	77	15	97	53	1	1	45	1.14
247709--247823	34	3.3	34	77	12	126	56	0	0	41	1.11
248557--248878	156	2.1	157	92	0	538	33	18	15	32	1.92
252230--252270	21	2.0	21	90	0	64	31	29	21	17	1.96
252298--252334	19	1.9	19	88	0	56	24	35	29	10	1.89
252946--253007	23	2.7	23	87	0	88	22	25	25	25	2.00
259054--259091	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
259573--259891	103	3.1	102	94	0	577	26	13	23	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10