genome.fa.s8339.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008339.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111061_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1048908

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
621719--621754	18	2.0	18	88	0	54	22	5	2	69	1.22
623792--623840	22	2.2	22	100	0	98	40	8	20	30	1.81
627715--627905	44	4.4	43	83	4	188	32	18	16	31	1.94
627926--628051	43	3.0	42	77	2	126	28	23	21	26	1.99
639496--639534	18	2.2	18	95	4	71	64	2	0	33	1.08
639590--639622	10	3.3	10	95	0	57	42	0	33	24	1.55
640000--640030	8	4.0	8	91	8	55	22	0	77	0	0.77
640000--640030	15	2.0	15	93	6	53	22	0	77	0	0.77
641424--641528	31	3.4	31	81	7	142	23	11	13	51	1.73
641424--641522	30	3.2	30	87	4	144	24	11	12	52	1.70
645718--645841	32	3.9	32	88	2	187	27	17	21	33	1.96
645713--645839	63	2.0	64	89	4	195	26	16	23	33	1.96
646456--646504	19	2.6	19	93	0	80	42	14	2	40	1.57
657391--657430	20	2.0	21	85	5	55	30	12	10	47	1.74
657540--657579	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
664711--664820	29	3.8	29	79	2	123	16	27	20	36	1.93
672424--672450	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
676744--676785	20	2.1	20	86	8	59	35	4	23	35	1.76
677284--677321	19	2.0	19	85	10	51	39	2	10	47	1.52
678138--678177	21	2.0	20	90	5	62	12	7	25	55	1.63
678281--678409	42	3.1	42	82	4	154	22	21	14	41	1.90
678356--678463	44	2.5	43	75	13	96	30	15	16	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682315--682535	41	5.4	41	77	8	236	35	19	20	24	1.96
682315--682697	81	4.5	84	73	16	312	35	19	20	25	1.95
682381--682733	175	2.0	176	96	1	654	34	17	20	27	1.95
682571--682710	38	3.4	38	81	9	127	37	18	19	24	1.94
683319--683373	17	3.2	17	71	21	51	61	3	12	21	1.46
683365--683488	34	3.6	34	76	17	98	51	9	24	14	1.72
683389--683458	17	4.2	16	74	15	52	50	8	28	12	1.70
688712--688768	21	2.5	23	83	11	73	28	17	17	36	1.93
689467--690121	81	8.1	81	92	0	1053	29	22	12	34	1.91
690594--690651	20	2.7	22	73	10	57	25	24	12	37	1.90
690531--690708	94	1.9	94	84	4	243	24	21	13	40	1.89
693455--693508	24	2.2	24	86	0	72	18	9	12	59	1.60
693764--693857	10	8.1	10	69	26	53	6	13	22	57	1.59
693761--693850	13	7.3	13	68	25	70	5	13	23	57	1.57
693764--693854	24	3.8	24	92	4	139	5	14	23	57	1.58
693922--693952	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
697595--698171	81	7.1	81	91	1	822	30	22	12	35	1.90
701159--701408	137	1.8	140	81	6	321	32	17	10	40	1.83
701450--701647	36	5.5	36	87	1	272	26	14	12	45	1.81
701437--701647	71	2.9	71	84	5	271	28	14	11	45	1.80
701449--701647	107	1.9	108	88	3	303	27	14	12	45	1.81
705477--705513	16	2.4	15	90	4	56	54	2	0	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713148--713172	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
722753--722797	21	2.2	20	84	11	56	66	6	0	26	1.16
722762--722818	29	1.9	30	96	3	107	68	3	0	28	1.06
722771--722839	15	4.7	14	74	13	59	68	2	0	28	1.04
722762--722838	29	2.6	30	84	10	106	68	2	0	28	1.02
723033--723185	50	3.0	51	83	4	195	19	33	27	18	1.96
723559--723649	40	2.3	39	79	5	103	29	19	12	38	1.88
723804--723841	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
724428--724461	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
727430--727462	14	2.3	15	84	10	50	48	18	12	21	1.80
727492--727519	14	2.0	14	100	0	56	21	14	21	42	1.88
727500--727544	20	2.2	20	84	0	63	20	13	17	48	1.80
727868--727918	22	2.3	22	89	0	75	17	17	45	19	1.86
728005--728045	20	2.0	20	100	0	82	34	4	14	46	1.66
728009--728056	20	2.4	20	89	0	69	35	8	16	39	1.79
734327--734399	29	2.6	29	75	12	80	5	19	5	69	1.28
734812--734874	24	2.5	24	75	10	65	57	0	0	42	0.99
735191--735756	116	4.9	116	91	2	867	30	19	12	36	1.90
735191--735756	229	2.5	230	91	2	895	30	19	12	36	1.90
736484--736942	164	2.8	165	96	1	830	38	23	12	25	1.90
736484--736942	83	5.6	83	96	1	841	38	23	12	25	1.90
738096--738175	8	10.1	8	84	4	101	0	16	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750462--750534	27	2.6	28	72	8	69	4	20	6	68	1.30
750941--751012	12	6.3	11	81	12	67	59	0	0	40	0.97
750949--751017	3	23.7	3	77	11	72	62	0	0	37	0.96
751663--751802	35	4.0	35	84	3	158	22	26	18	32	1.97
760839--760872	18	1.9	17	88	5	50	29	0	5	64	1.17
761501--761849	138	2.5	137	88	3	504	25	21	16	37	1.93
762208--762249	17	2.5	17	88	7	59	11	19	16	52	1.74
762225--762275	24	2.2	22	83	13	59	9	19	17	52	1.72
762927--762987	15	3.9	15	87	12	88	1	14	0	83	0.72
762934--762994	20	3.1	20	88	6	81	0	16	0	83	0.64
762934--762986	5	10.8	5	86	9	74	0	15	0	84	0.61
770681--770840	18	8.9	18	85	0	221	20	22	30	26	1.98
771088--771119	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
787058--787123	22	3.1	21	78	10	62	37	1	1	59	1.16
787070--787142	33	2.2	33	82	4	85	38	2	0	58	1.12
790370--790424	14	3.9	14	83	4	67	25	25	30	18	1.98
790374--790432	28	2.1	28	84	6	75	22	23	35	18	1.96
790392--790430	14	2.8	14	92	0	60	23	28	35	12	1.91
803801--803884	3	28.0	3	85	9	118	38	0	0	61	0.96
805316--805683	138	2.7	138	93	2	616	38	8	8	45	1.64
806184--806240	27	2.1	28	87	6	82	31	3	5	59	1.36
808259--808304	21	2.1	22	88	4	67	17	15	4	63	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808271--808309	14	2.8	14	88	11	62	15	17	5	61	1.51
811190--811226	18	2.1	18	100	0	74	67	16	10	5	1.38
811219--811243	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
811239--811277	16	2.3	18	86	8	55	71	2	17	7	1.21
811232--811293	17	3.7	16	80	8	61	79	1	14	4	0.98
813726--813788	31	2.0	31	90	0	99	36	15	14	33	1.88
816211--816287	22	3.5	22	90	0	127	35	11	12	40	1.80
816802--817125	165	2.0	166	90	2	508	35	14	12	37	1.84
817129--817537	76	5.4	76	97	0	759	22	19	23	34	1.96
817690--817774	3	28.0	3	81	7	100	41	0	0	58	0.98
818933--818984	20	2.6	21	79	14	56	32	1	1	63	1.16
818938--818978	20	2.1	20	86	4	57	29	2	2	65	1.18
819177--819543	139	2.6	138	92	1	608	37	7	8	45	1.64
819575--819615	15	2.6	16	78	17	50	46	2	7	43	1.44
823586--824271	55	12.5	55	87	3	831	31	24	16	27	1.96
824289--824360	37	1.9	38	91	2	119	20	22	15	41	1.89
824629--824654	12	2.2	12	100	0	52	26	15	30	26	1.96
825717--825758	18	2.3	19	80	12	52	9	19	0	71	1.13
825734--825868	14	9.1	15	70	19	56	7	17	0	74	1.03
825730--825849	28	4.3	28	75	18	99	8	16	0	75	1.04
825727--825781	17	3.2	17	90	10	78	10	16	0	72	1.11
825692--825849	17	9.3	17	72	22	77	7	17	0	74	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825767--825849	20	4.3	19	78	13	80	6	15	0	78	0.94
825767--825846	11	7.6	11	73	24	59	6	16	0	77	0.96
825761--825856	39	2.5	38	82	14	110	5	15	0	79	0.91
825733--825849	9	12.6	9	67	25	57	7	16	0	76	1.01
825744--825853	30	3.9	28	77	14	102	6	16	0	77	0.97
831020--831079	30	2.0	30	93	0	102	30	5	21	43	1.74
831259--831313	20	2.7	21	94	2	94	20	34	18	27	1.95
832607--832654	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
833930--833987	30	1.9	30	92	0	98	31	3	20	44	1.68
834146--834200	20	2.7	21	94	2	94	20	34	18	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7