genome.fa.s8339.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008339.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111061_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1048908

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1943--1991	4	12.2	4	100	0	98	0	24	0	75	0.80
2508--2532	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
7628--7686	29	2.0	29	100	0	118	40	0	10	49	1.37
17607--17640	16	2.1	16	88	0	50	32	11	17	38	1.86
32114--32140	5	5.4	5	100	0	54	44	37	18	0	1.50
37668--37748	3	27.0	3	92	0	135	33	3	0	62	1.12
41827--42416	199	3.0	194	82	6	684	38	14	15	31	1.88
43523--43560	18	2.2	18	90	4	60	21	10	5	63	1.46
47383--47431	21	2.4	20	77	12	55	73	6	12	8	1.24
49075--49112	18	2.2	18	90	4	60	21	10	5	63	1.46
49501--49547	23	2.0	23	91	0	76	36	14	6	42	1.72
49425--49591	87	1.9	86	93	1	289	34	13	11	41	1.80
49508--49559	23	2.3	23	86	0	68	36	13	7	42	1.73
59735--59817	22	3.8	21	76	16	80	22	30	24	22	1.99
59736--59817	23	3.7	22	76	9	69	21	30	24	23	1.99
65466--65946	44	10.8	42	70	17	188	24	19	6	49	1.72
65511--65684	43	4.0	42	77	13	142	24	16	5	53	1.63
65691--65929	44	5.4	45	75	10	206	23	21	8	46	1.78
69421--69789	20	18.5	20	84	5	451	34	26	18	20	1.96
70691--70715	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
72995--73268	19	15.4	19	81	15	345	46	18	20	14	1.83
73023--73268	71	3.4	74	84	11	293	46	17	21	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73023--73290	109	2.5	104	89	6	437	46	17	21	14	1.84
72995--73305	161	2.0	157	91	5	500	45	18	20	15	1.85
73023--73290	52	5.0	52	90	4	428	46	17	21	14	1.84
73300--73417	33	3.2	35	84	12	141	15	22	16	45	1.84
73297--73417	19	6.6	19	87	10	189	14	23	17	44	1.86
73524--73559	13	2.6	14	86	4	56	47	22	0	30	1.52
75519--75575	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
75500--75592	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
75463--75597	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
75593--75721	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
75593--75684	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
75765--76236	93	5.1	93	98	1	912	46	18	12	22	1.83
75765--76236	185	2.6	185	99	0	926	46	18	12	22	1.83
77937--78026	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
77929--78043	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
77936--78048	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
78060--78114	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
78044--78114	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
78055--78136	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
78067--78155	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
78235--78305	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
78486--78540	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78686--78859	20	8.6	20	83	5	217	19	19	26	34	1.96
78685--78878	20	9.6	20	81	2	66	19	19	25	35	1.95
78686--78859	60	2.9	60	85	0	249	19	19	26	34	1.96
78934--78985	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
89641--90265	254	2.4	252	81	5	653	40	10	15	32	1.82
92888--92945	3	20.0	3	83	13	77	68	0	0	31	0.89
93490--93555	28	2.4	28	94	0	123	50	15	9	25	1.73
93988--94073	27	3.0	27	79	6	73	46	11	13	27	1.78
100439--100542	30	3.5	30	80	3	113	55	9	18	16	1.67
100437--100555	60	2.0	61	81	3	143	56	9	16	17	1.66
101879--101920	19	2.2	20	83	12	52	61	2	0	35	1.09
106699--106744	19	2.5	18	82	6	56	52	4	0	43	1.21
107239--107408	20	8.5	20	85	3	159	31	17	20	31	1.95
107228--107358	41	3.2	41	77	6	106	31	18	19	30	1.96
107224--107396	60	2.9	61	82	5	199	28	18	20	32	1.96
108269--108322	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
110577--110613	12	3.2	12	96	3	67	51	27	8	13	1.69
110870--110994	19	7.4	19	65	24	82	46	17	22	13	1.83
110870--110996	33	3.8	33	93	0	209	45	18	22	13	1.84
111001--111041	19	2.2	19	95	0	73	9	12	24	53	1.68
111025--111070	14	3.3	14	81	0	56	6	19	23	50	1.71
111192--111228	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112583--112649	21	3.2	21	68	6	55	22	17	34	25	1.96
113102--113247	19	7.8	19	76	10	140	49	20	19	10	1.78
113102--113211	39	2.8	38	84	5	130	50	20	18	10	1.77
113255--113311	20	2.9	19	89	7	87	7	17	29	45	1.75
113279--113377	33	3.0	33	87	1	144	8	19	25	47	1.76
113253--113382	19	7.3	19	75	18	109	8	19	25	46	1.77
113473--113774	94	3.2	93	95	0	532	48	19	11	20	1.80
113684--113836	78	1.9	79	92	5	254	43	18	13	24	1.86
115523--115585	20	3.2	20	80	8	74	46	15	23	14	1.83
115521--115613	33	2.6	35	75	15	100	45	18	24	11	1.83
115614--115799	19	9.9	19	83	8	195	10	19	20	48	1.78
115728--115799	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
116350--116443	20	4.7	20	86	2	143	21	20	19	39	1.93
116350--116443	41	2.3	40	88	1	143	21	20	19	39	1.93
116329--116458	41	3.2	39	78	9	127	26	19	20	34	1.96
116440--116485	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
118292--118350	30	2.0	30	96	0	109	30	13	6	49	1.68
118704--119034	169	2.0	169	88	1	495	41	14	6	36	1.73
118823--118988	74	2.3	73	81	6	189	41	13	7	37	1.73
119097--119129	17	1.9	17	93	0	57	51	3	3	42	1.32
119987--120076	35	2.5	35	80	8	92	21	4	3	71	1.19
120062--120141	43	1.9	41	82	5	97	25	2	1	71	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120056--120140	34	2.5	34	83	12	97	24	2	2	70	1.11
120524--120597	21	3.4	22	72	20	75	12	6	6	74	1.21
124684--124879	99	2.0	99	91	2	322	33	17	18	31	1.94
125886--126234	121	2.9	120	90	2	547	36	26	14	22	1.93
126142--126487	66	5.4	66	71	15	251	36	23	13	26	1.92
126021--126492	187	2.5	185	85	4	599	36	24	13	25	1.93
126333--126439	34	3.2	34	73	12	114	38	27	10	24	1.87
126753--126782	12	2.5	12	94	0	51	46	23	13	16	1.82
127550--127720	31	5.5	31	93	0	288	40	20	18	20	1.91
129263--129451	85	2.2	85	85	0	243	33	22	19	24	1.97
131146--131184	15	2.4	17	87	12	64	20	0	0	79	0.73
131204--131260	29	2.0	29	86	6	80	29	1	1	66	1.12
131204--131253	25	2.0	25	85	11	68	32	2	2	64	1.16
131347--131379	14	2.4	14	95	5	59	9	6	6	78	1.08
131381--131405	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
131677--131824	5	29.6	5	74	15	85	12	4	4	79	1.03
131682--131764	40	2.0	41	81	2	96	10	7	6	75	1.17
131720--131824	51	2.1	51	82	7	124	12	3	3	80	0.99
131761--131865	33	3.2	32	77	10	106	15	2	3	78	1.02
132310--132352	6	7.7	6	87	12	56	9	0	74	16	1.06
138818--138889	33	2.2	33	97	0	135	34	11	12	41	1.78
141070--141111	22	1.9	22	95	0	75	28	16	23	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148583--148647	27	2.4	27	97	0	121	30	21	33	13	1.92
149420--149544	62	2.0	62	93	0	214	21	12	17	48	1.79
154142--154256	38	3.0	38	96	0	212	26	9	4	60	1.47
154502--154531	13	2.3	13	94	0	51	46	10	16	26	1.78
164241--164277	19	1.9	19	100	0	74	10	27	35	27	1.90
164865--165018	31	5.0	31	96	1	274	19	19	22	38	1.94
170275--170311	16	2.3	16	95	0	65	37	27	13	21	1.91
170511--170538	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
171778--171810	16	2.1	16	100	0	66	0	18	12	69	1.18
172285--172346	3	20.7	3	74	12	56	62	3	3	30	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7