genome.fa.s8339.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008339.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111061_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1048908

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834565--834634	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
839212--839321	45	2.3	47	86	6	152	40	20	10	28	1.86
843654--843741	40	2.2	40	87	2	131	46	18	18	17	1.84
843654--843732	20	4.0	20	91	0	131	45	18	18	16	1.86
844095--844202	21	5.4	21	87	4	136	20	20	15	43	1.88
844211--844288	20	3.6	20	72	21	68	14	17	25	42	1.87
845382--845496	20	5.8	19	74	11	81	37	21	12	28	1.90
845401--845496	40	2.4	39	84	6	113	39	20	11	28	1.87
845602--845693	20	4.8	19	73	10	53	34	22	6	35	1.80
847205--847242	20	1.9	20	89	10	60	31	18	18	31	1.95
847621--847689	22	3.2	22	83	4	88	21	15	47	14	1.81
847774--847988	20	10.6	20	66	14	84	35	11	20	32	1.88
847948--848027	22	3.7	22	81	5	101	30	12	21	36	1.90
849083--849134	20	2.6	20	93	0	86	38	17	21	23	1.93
849123--849210	20	4.4	20	94	0	140	26	27	20	26	1.99
849103--849210	40	2.7	40	87	5	123	27	25	21	25	1.99
850046--850123	24	3.2	24	96	0	138	20	20	20	38	1.94
852381--852415	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
852475--852744	140	1.9	140	98	0	522	28	14	15	41	1.86
852715--852770	20	2.8	20	94	0	94	32	21	17	28	1.96
853297--853338	15	2.9	15	85	3	59	33	7	11	47	1.68
854830--854893	20	3.3	19	80	6	74	39	17	7	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855105--855161	18	2.9	19	82	12	71	49	8	10	31	1.68
856928--857068	65	2.2	66	87	2	196	21	19	26	32	1.97
860786--860869	23	3.7	23	91	0	132	30	26	25	17	1.97
864393--864443	20	2.6	20	84	3	68	41	17	1	39	1.61
870036--870098	32	2.0	32	84	3	83	28	7	30	33	1.86
872440--872469	13	2.3	13	94	0	51	23	3	0	73	0.98
882235--882278	23	2.0	21	91	8	70	77	2	20	0	0.88
882239--882285	15	3.2	15	74	14	53	78	2	19	0	0.85
882339--882370	16	2.0	16	100	0	64	37	25	18	18	1.94
883410--884144	105	6.9	106	88	2	969	32	24	19	22	1.97
885964--885993	13	2.3	13	94	0	51	23	3	0	73	0.98
887240--887299	20	3.0	20	80	7	68	65	0	1	33	1.03
887239--887320	27	3.0	27	83	7	85	62	0	3	34	1.13
888565--888913	83	4.2	83	81	4	380	23	19	22	34	1.97
889109--889768	106	6.3	106	87	4	954	23	17	24	34	1.96
889109--889768	210	3.2	209	90	4	998	23	17	24	34	1.96
889734--889804	37	1.9	37	85	2	99	30	5	26	36	1.80
889632--889910	142	2.0	139	90	3	443	24	15	24	35	1.94
889771--890601	106	7.8	106	91	0	1331	22	17	24	35	1.96
889771--890601	319	2.6	318	94	0	1448	22	17	24	35	1.96
891541--891596	22	2.6	21	88	8	85	25	12	26	35	1.91
892244--892293	25	2.0	25	84	11	66	2	24	6	68	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895089--895194	16	6.6	16	69	22	55	63	0	2	33	1.16
895262--895298	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
895352--895384	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
895932--896025	34	2.6	37	80	10	113	26	13	14	44	1.83
899109--899193	44	1.9	44	95	0	152	20	28	16	35	1.94
899280--899347	20	3.2	20	64	28	50	19	30	13	36	1.90
899267--899353	44	2.0	44	97	0	165	19	26	17	36	1.94
899109--899463	161	2.2	161	90	0	548	22	25	18	34	1.96
909658--909765	43	2.5	43	81	0	117	33	17	24	25	1.96
909708--909833	66	1.9	67	83	6	166	37	15	23	23	1.93
909656--909857	109	1.8	109	84	9	277	36	16	23	23	1.94
912402--912456	21	2.6	21	80	11	67	36	36	9	18	1.82
916224--916282	21	2.8	21	80	10	75	23	42	27	6	1.79
922478--922660	91	2.0	91	96	0	339	48	13	9	28	1.73
924192--924229	15	2.6	15	83	4	51	57	2	10	28	1.45
924665--924739	29	2.6	29	89	2	116	66	5	6	21	1.35
927765--927794	12	2.4	13	94	5	53	6	10	36	46	1.64
927856--927938	9	9.7	9	70	19	52	38	0	0	61	0.96
927841--927950	25	4.7	25	72	15	108	40	0	0	60	0.97
927829--927950	34	3.6	34	94	3	201	40	0	0	59	0.98
943179--943228	12	4.3	12	78	14	52	30	0	2	68	1.01
943274--943319	18	2.7	18	83	6	60	39	2	0	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
944044--944513	43	11.0	42	73	15	287	45	6	22	26	1.75
944255--944355	53	1.9	53	85	4	141	46	6	23	22	1.76
944316--944388	33	2.1	33	82	7	83	42	8	23	26	1.82
944351--944475	40	3.1	37	78	15	108	46	5	22	25	1.73
944417--944524	43	2.5	44	80	14	120	53	4	15	25	1.61
947016--947140	64	2.0	64	93	0	214	32	28	21	16	1.95
961586--961687	45	2.3	45	84	0	132	33	9	22	34	1.87
961792--961846	23	2.4	23	84	0	65	16	23	25	34	1.95
961806--961885	23	3.5	22	71	6	61	18	20	25	36	1.95
961879--961924	24	1.9	24	95	0	83	15	21	26	36	1.93
966286--966347	22	2.8	22	77	0	61	29	24	17	29	1.97
966805--966853	19	2.6	19	96	0	89	20	28	26	24	1.99
975629--975673	21	2.2	21	84	11	58	28	20	15	35	1.93
986021--986219	95	2.1	95	88	5	305	36	14	17	32	1.90
986646--986704	25	2.4	25	94	0	100	45	13	18	22	1.84
986915--986944	12	2.5	12	100	0	60	20	43	23	13	1.86
988663--988709	20	2.3	20	85	7	60	27	31	19	21	1.97
988785--988836	20	2.6	20	87	0	77	40	17	19	23	1.91
988825--989050	41	5.5	41	90	2	373	36	26	15	21	1.93
989442--989550	19	5.4	19	78	13	101	31	27	5	35	1.80
992851--992932	30	2.7	30	88	1	119	37	39	3	19	1.69
996875--996916	15	2.9	14	89	7	57	0	21	2	76	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
996875--996916	20	2.1	20	86	8	59	0	21	2	76	0.90
997383--997417	15	2.4	15	95	4	63	37	0	0	62	0.95
997416--997507	3	30.7	3	95	0	148	61	3	1	33	1.19
997860--998050	93	2.1	92	92	1	319	30	17	15	36	1.91
997952--998473	227	2.3	226	90	2	850	28	19	14	37	1.91
997952--998478	113	4.6	114	93	0	864	28	19	14	37	1.91
999209--999502	83	3.5	83	95	1	502	36	21	14	27	1.92
1011770--1011795	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1012034--1012071	18	2.2	18	90	4	60	55	2	0	42	1.14
1013390--1013424	15	2.4	15	95	4	63	37	0	0	62	0.95
1013423--1013523	3	33.7	3	95	0	184	64	0	0	33	1.07
1016848--1016909	29	2.1	31	90	6	101	62	4	0	32	1.16
1016950--1016988	20	2.0	20	90	10	62	43	0	25	30	1.55
1019243--1019313	36	1.9	38	88	5	110	42	1	5	50	1.34
1019249--1019565	35	8.8	37	79	10	234	43	2	7	47	1.43
1019286--1019495	72	3.0	70	80	12	191	44	3	6	45	1.45
1019334--1019648	37	8.9	36	77	12	269	40	1	8	49	1.44
1019334--1019648	35	8.9	35	79	10	277	40	1	8	49	1.44
1019334--1019634	38	8.4	35	78	10	204	40	1	8	49	1.44
1019292--1019648	144	2.5	141	80	8	357	42	2	7	48	1.44
1019652--1019714	4	16.0	4	83	9	85	25	3	0	71	1.01
1019862--1019892	16	2.0	15	93	6	53	19	41	25	12	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1021102--1021149	21	2.3	22	79	13	57	16	6	2	75	1.11
1021163--1021208	13	3.6	13	80	11	51	21	0	2	76	0.90
1022274--1022305	16	1.9	17	93	6	57	6	12	9	71	1.29
1026336--1027674	164	8.1	163	81	6	1402	30	24	20	24	1.98
1026336--1027693	332	4.1	326	86	3	1578	30	24	20	24	1.98
1028327--1028545	34	6.6	33	70	11	108	42	3	6	47	1.46
1028366--1028714	34	10.2	36	76	13	269	40	2	8	49	1.45
1028507--1028700	36	5.5	35	80	9	184	38	0	9	52	1.38
1028508--1028714	72	2.9	70	82	8	226	38	0	9	51	1.38
1028711--1028770	12	4.8	12	76	8	57	28	3	0	68	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7