genome.fa.s8357.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008357.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111096_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1459476

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56--95	13	2.9	14	81	7	55	75	0	5	20	0.99
12027--12057	14	2.2	14	94	0	53	38	16	29	16	1.90
21673--21715	14	3.1	14	89	0	68	11	4	16	67	1.38
21654--21714	24	2.5	24	76	10	79	13	8	16	62	1.53
22832--22895	27	2.3	26	84	10	83	14	43	29	12	1.81
23046--23090	23	2.0	22	83	12	56	31	0	4	64	1.13
23060--23098	18	2.2	18	95	4	71	33	0	2	64	1.08
25396--25475	35	2.3	35	81	12	94	26	8	10	55	1.62
33833--33866	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
44118--44151	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
53938--54551	54	11.4	54	91	0	924	27	17	21	33	1.96
54254--54337	26	3.2	26	63	24	66	26	21	22	29	1.99
54430--54515	27	3.2	27	65	23	72	30	16	20	32	1.95
56720--56976	75	3.4	75	89	1	363	39	13	14	32	1.85
56951--56996	23	2.0	23	95	0	83	32	17	15	34	1.91
57511--57994	108	4.4	108	74	7	418	33	14	13	38	1.85
57635--58097	226	2.0	226	85	2	626	31	14	13	39	1.86
63820--63884	4	15.8	4	84	9	51	13	3	4	78	1.03
75960--76067	10	10.1	10	73	13	74	77	1	16	3	1.00
75960--76067	6	18.0	6	70	20	50	77	1	16	3	1.00
75948--76022	32	2.4	31	82	10	89	81	5	12	1	0.92
75970--76067	26	3.8	26	74	14	87	76	2	17	4	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75960--76064	9	10.4	10	69	24	60	78	1	16	3	0.99
75960--76067	16	6.4	16	69	26	64	77	1	16	3	1.00
81146--81179	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
81519--81861	45	7.6	45	92	2	523	42	7	18	30	1.78
83131--83174	22	2.0	22	100	0	88	31	18	18	31	1.95
85586--85703	35	3.2	36	87	4	166	43	17	5	33	1.71
85635--85695	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
92904--93021	60	2.0	62	83	9	156	43	4	19	33	1.70
108667--108737	29	2.4	30	76	2	72	43	8	15	32	1.77
111855--111908	20	2.6	20	80	11	56	29	11	22	37	1.89
113331--113398	21	3.1	21	79	10	66	75	1	1	22	0.97
113330--113403	5	15.0	5	72	18	57	74	1	1	22	0.97
113353--113402	9	5.3	9	83	7	64	76	0	0	24	0.80
113352--113402	19	2.7	19	81	6	68	76	0	0	23	0.79
113353--113425	28	2.6	29	87	10	100	72	1	0	26	0.93
115213--115335	3	39.0	3	81	9	138	58	0	2	38	1.17
115209--115327	10	11.1	11	75	19	69	57	0	2	39	1.18
115213--115336	22	5.6	23	78	11	91	58	0	2	38	1.17
117035--117059	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
121799--121842	21	2.1	21	100	0	88	22	31	20	25	1.98
127963--128001	11	3.5	11	83	16	53	79	0	2	17	0.84
127963--127999	18	2.1	18	90	5	58	81	0	2	16	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129828--129991	90	1.8	89	93	1	283	45	6	10	37	1.65
131273--131357	13	6.5	13	71	14	52	55	2	3	38	1.30
131273--131357	3	27.3	3	71	11	55	55	2	3	38	1.30
135463--135502	21	1.9	21	89	0	62	30	35	22	12	1.91
135461--135508	21	2.3	21	81	0	60	29	33	22	14	1.94
138956--139024	35	1.9	37	94	5	124	39	27	8	24	1.85
143529--143624	34	2.7	37	90	6	146	14	7	35	42	1.74
144166--144212	18	2.7	18	93	3	78	29	31	6	31	1.83
152110--152199	45	2.0	45	91	0	144	32	20	12	35	1.89
156431--156473	21	2.0	21	86	0	59	37	13	16	32	1.88
172923--172992	32	2.2	32	97	0	131	40	25	7	27	1.82
200218--200263	17	2.6	17	80	16	58	36	6	4	52	1.47
205511--205561	22	2.3	22	93	0	84	19	43	15	21	1.88
207927--207995	20	3.5	20	84	7	95	36	24	20	18	1.95
207947--208089	53	2.7	53	83	4	180	42	20	19	17	1.89
208000--208085	19	4.7	19	79	16	92	48	19	18	12	1.80
208017--208081	34	1.9	33	90	3	103	49	20	18	12	1.79
208086--208124	19	2.0	20	85	5	53	15	15	17	51	1.77
208664--208770	21	5.1	21	70	8	65	19	32	18	28	1.96
208716--208785	21	3.3	21	75	0	68	22	34	20	22	1.97
210155--210191	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
210311--210388	20	3.9	20	80	6	86	44	24	16	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210378--210420	20	2.2	20	83	4	52	25	20	25	27	1.99
210429--210543	20	5.8	20	83	4	124	30	18	16	34	1.93
210429--210543	60	1.9	60	85	3	160	30	18	16	34	1.93
210714--210748	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
212785--212821	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
213720--213774	17	3.2	17	97	0	101	25	3	36	34	1.74
213924--214012	20	4.4	20	72	8	81	24	16	24	33	1.96
213924--214045	61	2.0	61	80	3	138	25	18	20	36	1.95
214119--214155	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
215010--215038	15	1.9	15	100	0	58	10	20	62	6	1.50
216191--216225	9	3.8	9	85	7	52	25	0	2	71	1.00
218265--218357	37	2.6	36	76	6	107	65	5	3	25	1.29
218836--218890	21	2.6	20	86	11	74	25	20	23	30	1.98
219473--219521	22	2.1	24	85	7	66	55	4	0	40	1.19
220430--220484	18	2.9	18	78	5	56	69	1	0	29	0.99
220433--220478	25	1.9	23	86	8	65	69	2	0	28	1.00
220614--220671	26	2.2	26	81	6	64	63	3	1	31	1.21
223299--223327	15	1.9	15	100	0	58	62	6	3	27	1.37
223463--223499	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
227376--227413	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
230153--230210	22	2.7	22	81	2	73	17	24	32	25	1.96
234031--234070	21	1.9	21	94	0	71	27	5	7	60	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237494--237552	20	3.0	20	97	0	109	25	18	20	35	1.95
237495--237569	20	3.7	20	91	5	98	26	20	21	32	1.97
242911--242939	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45
244976--245012	18	2.1	17	90	5	56	32	8	0	59	1.27
247109--247162	22	2.5	22	90	0	81	38	16	18	25	1.92
248822--248877	24	2.3	24	76	11	62	50	10	7	32	1.64
249289--249649	131	2.7	130	80	3	375	40	17	10	31	1.83
252272--252316	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
253715--253842	31	4.1	31	77	8	125	27	17	20	35	1.95
253834--253900	30	2.2	30	97	0	125	25	16	25	32	1.96
258676--258803	31	4.1	31	76	9	125	25	17	21	35	1.95
258789--258861	30	2.4	30	97	0	137	24	19	24	31	1.98
259609--259639	9	3.4	9	95	0	53	58	0	0	41	0.98
278793--278855	30	2.1	30	93	0	108	20	23	22	33	1.97
281141--281427	144	2.0	144	98	1	558	28	17	21	32	1.96
286756--286805	24	2.0	26	92	7	86	36	24	12	28	1.91
292879--293012	71	1.9	71	96	3	252	55	16	7	20	1.64
294240--294379	44	3.3	44	86	8	168	52	4	1	41	1.30
302235--302381	50	2.9	50	88	3	206	28	16	14	40	1.88
307491--307537	19	2.5	19	96	0	85	19	25	17	38	1.92
307575--307903	20	16.5	20	68	13	178	17	20	25	36	1.94
307550--307903	61	5.9	61	70	14	259	18	20	24	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307592--307906	41	7.9	41	83	10	379	18	20	25	35	1.95
307612--307726	21	5.6	21	75	4	126	20	19	26	33	1.96
307551--307885	82	4.2	82	77	12	252	19	19	24	36	1.95
307738--307809	22	3.4	22	73	11	78	18	20	25	36	1.95
307759--307827	19	3.5	19	73	11	75	18	21	21	37	1.94
308043--308121	5	14.6	5	90	6	95	26	55	17	0	1.42
308039--308121	21	3.8	21	93	4	130	27	55	16	0	1.42
312064--312136	3	24.7	3	94	2	130	34	1	0	64	1.02
312132--312163	11	2.8	11	95	4	55	56	0	0	43	0.99
312632--312658	14	1.9	14	100	0	54	81	3	14	0	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7