genome.fa.s8357.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008357.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111096_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1459476

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
561275--561351	22	3.5	22	92	0	127	40	12	11	35	1.80
561714--561875	54	3.0	54	86	0	216	25	24	14	35	1.94
562714--562892	75	2.4	75	87	1	243	27	22	17	31	1.97
569383--569470	46	1.9	46	90	4	142	27	20	13	38	1.90
572199--572259	12	4.6	13	83	15	72	55	0	0	44	0.99
572211--572286	6	12.0	6	84	12	66	63	0	1	35	1.03
578849--578913	18	3.9	18	69	19	68	15	47	20	16	1.82
578831--578928	31	3.1	31	86	2	133	14	45	21	18	1.84
578902--578935	7	4.5	8	85	14	54	14	35	26	23	1.94
578837--578871	13	2.7	13	95	0	61	14	51	20	14	1.76
578902--578935	15	2.3	15	100	0	68	14	35	26	23	1.94
580254--580289	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
581386--581487	24	4.2	24	82	9	111	21	15	18	44	1.87
583660--583774	13	8.3	13	85	11	131	15	45	20	18	1.86
583656--583753	31	3.3	31	83	12	143	16	48	19	15	1.80
583674--583759	44	2.0	44	95	0	154	16	47	19	16	1.82
583722--583788	7	9.5	8	76	23	71	14	38	25	20	1.91
583656--583740	18	4.6	18	75	23	86	16	49	18	15	1.80
585101--585136	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
586233--586334	24	4.2	24	82	9	111	21	15	18	44	1.87
588101--588145	11	4.1	11	88	0	63	28	28	11	31	1.91
588866--588925	21	2.9	21	92	0	102	23	30	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
595305--595579	134	2.0	137	96	3	511	29	21	14	33	1.94
596152--596190	16	2.4	16	95	0	69	25	28	5	41	1.77
598032--598322	145	2.0	145	98	0	564	33	21	23	21	1.97
599190--599260	3	23.3	3	91	2	115	64	0	2	32	1.08
607820--607844	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
611366--611399	17	2.1	17	94	5	61	38	0	17	44	1.49
617661--617705	18	2.4	19	81	3	56	55	0	2	42	1.12
627643--627975	4	84.2	4	97	2	638	24	0	25	50	1.50
630697--630727	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
635167--635278	50	2.2	51	88	4	172	25	8	18	46	1.78
644897--645021	18	7.2	18	70	25	76	72	0	19	8	1.08
644897--645016	26	4.6	27	74	20	96	71	0	20	8	1.11
644887--645023	16	7.7	18	73	14	72	72	0	18	8	1.08
644905--645020	45	2.7	41	79	11	117	72	0	18	8	1.10
646348--646820	55	8.9	55	90	3	511	28	15	27	29	1.96
648977--649010	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
649052--649085	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
649545--649792	130	1.9	130	91	0	406	34	13	15	36	1.86
650965--651005	12	3.3	12	80	6	55	58	0	4	36	1.20
656548--656593	24	2.0	21	84	12	56	19	0	6	73	1.04
656661--656725	30	2.2	30	88	2	96	46	3	7	43	1.48
656630--656913	77	4.0	67	73	17	193	45	4	7	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
656689--656969	40	7.5	37	77	15	245	46	3	6	43	1.46
656709--656757	26	1.9	26	83	4	64	51	2	2	44	1.24
656762--656840	36	2.3	34	86	6	113	43	6	7	43	1.58
656764--656871	36	3.2	32	80	11	101	43	6	7	42	1.58
656962--656987	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
656959--656995	12	2.8	14	80	16	51	64	5	2	27	1.28
656980--657050	37	1.9	36	88	2	106	46	2	7	43	1.45
656980--657062	36	2.3	36	80	12	98	45	3	6	44	1.45
656986--657063	37	2.1	36	83	6	95	42	2	6	48	1.42
657066--657116	16	3.1	15	81	15	50	29	1	0	68	1.00
657075--657118	16	2.7	15	83	13	52	27	2	0	70	0.99
657075--657119	17	2.8	16	80	6	54	26	2	0	71	0.98
658493--658517	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
662171--662362	94	2.0	95	91	1	314	32	17	17	32	1.93
664406--664454	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
673023--673175	65	2.4	65	84	5	195	26	18	24	30	1.98
673560--674267	85	8.3	85	86	2	913	33	20	19	25	1.97
675072--675319	37	6.8	37	73	9	161	43	4	7	44	1.51
675083--675323	36	6.6	34	71	14	126	44	4	7	43	1.50
675324--675366	9	5.1	8	80	8	50	20	2	0	76	0.89
675392--675432	18	2.3	18	100	0	82	36	17	26	19	1.94
676528--676622	5	19.6	5	73	16	58	16	6	0	76	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
676547--676622	29	2.6	28	79	6	71	14	7	0	77	0.98
676579--676623	19	2.2	21	80	11	58	13	4	0	82	0.82
676537--676625	34	2.6	34	75	18	94	14	7	0	77	0.98
676635--676680	18	2.7	17	80	9	58	19	8	2	69	1.25
681487--681554	19	3.2	22	78	18	81	50	0	0	50	1.00
686924--686959	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
688187--688272	22	3.9	22	71	0	73	32	22	18	26	1.97
699491--700048	135	4.1	135	88	2	746	29	20	10	40	1.85
699522--700007	45	10.8	45	87	2	681	28	19	10	40	1.85
699479--700048	45	12.7	45	82	3	496	28	20	10	40	1.85
700687--700737	19	2.7	19	90	6	77	21	37	17	23	1.94
704004--704038	16	2.1	17	89	5	54	42	5	2	48	1.41
721899--721952	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
723524--723617	21	4.5	21	89	5	136	18	32	27	21	1.96
723500--723617	42	2.8	42	82	7	141	19	33	24	22	1.97
724140--724235	32	2.9	33	82	6	113	56	4	2	37	1.30
724629--725128	128	3.9	128	97	0	948	31	19	25	23	1.98
724629--725128	255	2.0	256	97	0	948	31	19	25	23	1.98
725199--725239	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
729488--729542	2	27.5	2	92	7	94	49	0	1	49	1.11
730725--730775	20	2.5	20	90	0	84	35	15	17	31	1.92
731373--731456	31	2.7	31	81	3	89	39	21	13	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734081--734107	14	1.9	14	100	0	54	0	37	0	62	0.95
737554--737594	20	2.0	20	90	0	64	34	9	17	39	1.82
737631--737681	19	2.7	19	96	0	93	31	17	17	33	1.94
738220--738295	31	2.5	31	93	0	125	36	19	21	22	1.95
738834--738894	17	3.5	17	73	10	61	24	22	14	37	1.92
739679--739787	57	1.9	57	87	5	159	27	20	22	29	1.98
739679--739804	57	2.2	55	82	10	148	26	19	23	30	1.98
744176--744218	22	2.0	21	86	4	59	41	2	9	46	1.48
747638--747686	3	16.7	3	91	4	82	63	0	0	36	0.95
747887--748285	131	3.1	131	91	0	613	27	17	30	25	1.98
748067--748260	40	4.6	40	71	19	153	24	18	32	24	1.97
748333--748501	66	2.5	67	77	4	180	39	14	18	27	1.90
748476--748570	36	2.7	36	83	3	104	44	12	22	21	1.85
748521--748646	65	1.9	66	83	3	164	39	13	18	28	1.88
749286--749311	12	2.2	12	100	0	52	26	0	23	50	1.50
751733--751783	27	1.9	26	84	11	68	49	5	15	29	1.68
753984--754030	3	16.3	3	83	16	64	63	0	0	36	0.94
753985--754030	24	1.9	24	91	8	76	63	0	0	36	0.95
754623--754726	32	3.2	32	90	2	147	24	24	24	27	2.00
760865--760911	5	9.2	5	81	9	51	59	4	0	36	1.17
760864--760929	27	2.5	26	83	11	80	62	4	1	31	1.25
761307--761348	20	2.1	20	86	0	57	4	42	40	11	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763367--763430	31	2.1	31	90	0	101	23	26	14	35	1.93
766214--766293	30	2.7	29	82	1	97	38	23	27	10	1.87
767343--767405	31	2.0	31	96	0	117	22	26	15	34	1.94
772331--772403	3	24.7	3	91	8	123	65	0	0	34	0.93
772846--773878	234	4.4	234	92	2	1592	28	19	14	37	1.91
773313--773878	113	5.0	111	81	9	701	27	20	14	37	1.92
772657--773878	468	2.6	459	88	5	1811	28	19	14	38	1.90
775021--775071	18	2.8	18	84	3	66	52	5	7	33	1.54
778975--779005	9	3.6	9	91	8	55	54	0	22	22	1.44
782940--782975	18	2.0	18	100	0	72	33	22	16	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7