genome.fa.s8357.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008357.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111096_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1459476

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786546--786600	28	2.0	28	85	7	76	49	1	1	47	1.23
786653--786694	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
786590--786801	117	1.8	116	82	8	270	43	9	9	37	1.69
786882--786917	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
788269--788307	3	13.7	3	84	10	55	64	2	0	33	1.08
789829--789902	15	4.7	15	71	14	51	66	5	6	21	1.36
790011--790060	21	2.4	21	93	0	82	12	34	18	36	1.87
790010--790063	18	3.0	18	88	0	72	12	33	18	35	1.89
791928--792253	108	3.0	109	88	8	477	44	10	8	36	1.69
792089--792466	190	2.0	186	96	3	695	43	10	11	35	1.74
792195--792345	79	1.9	80	88	2	223	41	9	13	36	1.76
792505--792540	17	2.1	18	94	5	65	63	2	5	27	1.30
792587--792626	10	4.0	10	84	12	55	40	0	27	32	1.57
792588--792628	20	2.1	19	90	4	64	41	0	26	31	1.56
792834--792912	29	2.7	29	88	0	104	37	8	22	30	1.85
795660--796213	276	2.0	277	94	0	975	30	23	16	28	1.97
796155--796240	32	2.7	32	87	0	109	32	24	10	32	1.89
798375--798478	45	2.3	46	85	3	131	32	25	8	33	1.86
799140--799173	18	1.9	17	94	5	59	70	5	0	23	1.09
799135--799184	18	2.7	18	73	14	57	72	4	0	24	1.02
805047--805097	21	2.4	21	93	0	84	23	27	17	31	1.97
816199--816304	37	2.8	37	82	5	131	33	13	11	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817411--817499	5	18.0	5	70	14	51	19	1	5	74	1.08
817467--817523	19	3.1	19	77	10	64	26	0	7	66	1.17
818552--818585	3	11.3	3	87	0	50	35	5	32	26	1.81
820436--820510	35	2.1	35	85	0	96	26	28	10	34	1.90
820673--820720	15	3.2	15	78	0	51	25	0	10	64	1.25
831958--831993	16	2.2	16	90	0	54	63	2	2	30	1.22
832587--832672	33	2.6	33	90	3	120	29	10	18	41	1.84
832729--832764	18	1.9	18	88	5	54	66	0	0	33	0.92
833472--833513	19	2.2	19	91	0	66	19	23	23	33	1.97
833235--833735	260	1.9	259	90	2	799	24	19	24	30	1.98
833532--834015	206	2.4	206	88	3	699	26	18	22	32	1.97
833994--834139	66	2.2	68	87	2	206	26	15	24	34	1.94
834054--834328	110	2.5	110	92	0	451	24	16	24	35	1.95
836930--836960	14	2.2	14	100	0	62	74	6	19	0	1.03
838202--838282	33	2.5	33	89	4	119	28	13	19	38	1.90
838218--838283	33	2.0	33	96	0	123	27	10	21	40	1.86
844592--844640	20	2.5	20	93	0	80	28	12	24	34	1.91
844592--844640	10	4.9	10	82	0	53	28	12	24	34	1.91
856241--856277	11	3.2	12	88	11	51	72	0	2	24	0.97
860789--860870	32	2.6	32	86	0	119	31	13	23	31	1.93
860789--860898	32	3.4	32	73	14	91	31	12	21	33	1.91
863265--863802	199	2.7	198	81	4	607	32	21	10	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872063--872240	89	2.0	89	98	0	347	39	19	19	21	1.93
872916--872941	12	2.2	12	100	0	52	57	7	15	19	1.62
877952--878012	20	3.0	20	79	9	79	60	0	1	37	1.07
878437--878533	7	14.0	7	72	20	53	46	30	0	22	1.52
878432--878530	14	7.2	13	73	18	67	47	30	0	22	1.51
878432--878533	21	4.9	22	75	17	92	46	31	0	22	1.52
880551--880578	14	2.0	14	100	0	56	14	28	35	21	1.92
883514--883571	18	3.3	18	71	9	66	44	5	13	36	1.66
883509--883576	34	2.0	34	100	0	136	44	5	14	35	1.70
886233--886299	32	2.2	31	87	10	102	52	2	0	44	1.16
888425--888476	3	17.7	3	88	11	81	34	0	0	65	0.93
889800--889850	21	2.5	21	81	12	61	45	1	0	52	1.12
890644--890676	14	2.3	15	89	5	50	33	9	3	54	1.47
892194--892248	14	3.9	14	83	4	65	23	14	9	52	1.70
899353--899504	54	2.9	52	85	5	184	36	17	21	24	1.95
899863--899916	21	2.5	22	84	6	74	35	14	12	37	1.85
900337--900823	112	4.4	113	89	4	678	38	13	20	27	1.90
900348--900844	220	2.3	221	86	7	662	37	13	20	28	1.91
901107--901164	3	19.0	3	92	3	98	31	0	0	68	0.89
901984--902217	128	1.8	126	81	8	294	37	8	8	45	1.65
903151--903196	14	3.2	14	78	6	56	6	10	19	63	1.48
904849--904889	21	2.0	21	90	0	64	4	39	12	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909287--909330	21	2.0	22	91	4	72	50	45	2	2	1.27
910301--910344	19	2.3	19	100	0	88	38	31	13	15	1.87
915607--915841	41	5.7	40	71	9	141	30	21	15	32	1.95
915607--915841	83	2.8	84	79	7	239	30	21	15	32	1.95
915836--915877	20	2.1	20	90	0	66	23	19	14	42	1.87
917782--917946	75	2.2	74	86	4	224	23	32	23	20	1.98
924137--924173	19	2.0	19	89	5	58	24	0	13	62	1.31
925665--925699	17	2.1	17	89	10	54	14	0	25	60	1.35
925675--925708	17	2.0	17	88	0	50	14	0	32	52	1.42
926295--926503	76	2.7	77	88	2	287	25	32	22	20	1.98
928976--929017	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
929012--929114	33	3.2	33	88	2	156	33	7	15	43	1.75
932269--932318	22	2.2	24	82	7	59	32	0	8	60	1.26
932352--932404	27	2.0	27	96	0	97	33	0	24	41	1.55
936421--936976	277	2.0	278	98	1	1073	30	19	16	33	1.94
939840--939882	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
939920--940055	73	1.9	73	85	3	193	43	11	19	26	1.84
941043--941092	3	17.0	3	76	19	52	40	0	0	60	0.97
941043--941092	14	3.8	13	89	5	66	40	0	0	60	0.97
943262--943294	17	2.0	17	88	5	50	18	3	0	78	0.87
945209--945252	14	3.2	13	81	12	52	79	2	13	4	0.98
945209--945277	12	5.5	12	73	14	50	76	2	15	4	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945201--945277	35	2.2	35	81	9	86	76	2	16	3	1.05
946320--946396	32	2.5	32	81	10	97	28	12	23	35	1.92
946620--946924	64	4.8	64	90	2	454	34	19	11	34	1.88
946620--946922	127	2.4	127	89	3	457	33	19	11	34	1.88
947142--947474	156	2.1	156	88	1	479	37	20	15	26	1.92
947593--947848	85	3.0	84	83	2	325	33	19	18	28	1.96
949154--949207	12	4.4	13	86	6	69	70	0	1	27	0.98
949456--949503	23	2.0	24	84	11	64	70	0	2	27	0.98
949918--950009	36	2.5	36	80	3	94	32	13	13	41	1.82
950769--951938	106	11.0	106	93	0	1872	22	17	25	34	1.96
952882--952937	22	2.6	21	80	8	67	26	8	25	39	1.85
953547--953606	16	3.9	15	75	20	54	3	11	6	78	1.06
953557--953598	15	2.9	14	82	10	57	0	14	7	78	0.95
953545--953619	27	2.7	28	76	15	75	4	10	6	78	1.06
956945--956981	19	1.9	19	89	10	58	67	0	24	8	1.17
958259--958313	12	4.4	13	77	11	53	72	0	1	25	0.94
958272--958306	17	2.1	17	89	10	54	77	0	0	22	0.78
958272--958316	18	2.6	16	86	10	54	75	0	0	24	0.80
958510--958558	25	2.0	25	84	15	66	63	2	6	28	1.30
959019--959120	37	2.8	37	87	0	132	31	13	14	40	1.85
966140--966183	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
968950--969008	5	12.0	5	76	16	61	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968950--969011	21	2.9	21	79	13	72	37	0	0	62	0.95
969895--969925	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
976498--976607	53	2.1	55	86	8	156	40	7	10	41	1.66
984486--984541	20	3.0	20	73	17	57	26	1	1	69	1.08
990369--990426	12	4.6	12	74	17	55	75	5	17	1	1.06
992115--992216	36	2.8	36	82	4	116	20	21	15	42	1.89
992240--992393	37	4.2	36	84	2	200	25	18	14	40	1.89
992041--992360	138	2.3	138	89	1	489	28	18	13	40	1.88
992240--992393	73	2.1	73	87	0	218	25	18	14	40	1.89
992391--992495	34	3.2	33	84	10	151	46	15	8	29	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7