genome.fa.s8360.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008360.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111099_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1563863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5375--5434	31	1.9	32	89	3	95	46	0	18	35	1.49
26050--26224	95	1.8	95	92	0	296	18	17	18	45	1.85
26933--26967	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
33040--33073	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
39084--39165	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
43851--43932	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
48568--48692	63	1.9	64	87	7	182	26	9	56	8	1.59
48568--48692	33	3.9	33	89	8	186	26	9	56	8	1.59
48607--48712	18	6.2	18	69	12	89	30	5	56	7	1.50
48637--48741	51	2.1	47	89	6	156	30	5	56	7	1.51
48688--48774	29	2.8	32	84	13	108	28	10	54	6	1.60
48607--48798	80	2.4	84	87	6	281	28	9	55	7	1.58
48637--48931	18	18.4	18	66	22	78	29	9	52	7	1.62
48771--48946	95	1.9	92	88	7	270	31	10	50	7	1.65
51913--52103	38	5.2	34	73	17	102	42	3	9	43	1.54
52017--52128	35	3.0	38	85	6	131	46	4	7	41	1.51
52017--52103	38	2.2	40	89	4	133	48	2	8	41	1.45
52178--52228	7	7.6	7	80	6	52	33	1	1	62	1.17
52206--52230	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
53467--53516	17	2.9	16	82	11	55	16	12	4	68	1.35
53568--53643	4	19.5	4	71	15	52	23	6	1	68	1.21
53638--53670	14	2.3	15	89	5	50	15	0	6	78	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53736--53762	6	4.5	6	100	0	54	44	0	0	55	0.99
65472--65549	31	2.5	31	87	0	111	32	12	29	25	1.93
74170--74200	11	2.7	11	95	5	53	90	0	6	3	0.55
75047--75110	2	32.0	2	90	0	101	50	4	0	45	1.22
78534--78588	13	4.0	13	82	15	58	40	0	7	52	1.29
83805--83852	22	2.3	20	78	7	51	35	4	2	58	1.29
83845--83892	22	2.2	22	81	7	53	37	4	4	54	1.39
86231--86257	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
88875--88905	6	5.2	6	100	0	62	35	16	0	48	1.46
89309--89360	24	2.1	26	79	13	65	53	5	0	40	1.25
89388--89443	26	2.2	26	83	3	69	39	3	7	50	1.47
89407--89457	26	2.0	26	84	7	68	43	1	3	50	1.31
89468--89548	42	1.9	42	87	0	117	50	2	2	44	1.28
90209--90352	59	2.4	60	81	3	166	36	18	4	40	1.72
91411--91451	6	7.0	6	97	2	75	34	31	0	34	1.58
97775--97799	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
97799--97832	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
104201--104233	16	2.0	17	94	5	59	36	6	21	36	1.78
115046--115073	9	3.1	9	100	0	56	64	0	0	35	0.94
115055--115109	23	2.3	23	78	9	58	60	1	0	38	1.08
115106--115175	3	23.7	3	94	2	124	65	0	0	34	0.93
117936--117993	23	2.5	23	80	0	62	51	15	24	8	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118164--118191	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
119107--119162	19	3.1	18	70	19	53	51	28	12	7	1.65
120855--120897	23	1.9	22	85	4	59	25	0	4	69	1.07
121296--121334	19	2.1	19	85	9	53	53	0	0	46	1.00
124545--124570	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
125038--125101	26	2.8	21	77	22	74	29	10	7	51	1.65
125050--125100	26	2.0	25	96	3	93	27	7	9	54	1.60
126891--126940	25	2.0	25	100	0	100	32	8	16	44	1.76
138069--138105	16	2.3	16	95	0	65	37	27	27	8	1.84
139286--139337	17	3.0	17	77	5	59	53	3	5	36	1.43
139561--139605	12	3.8	12	84	0	54	31	46	0	22	1.52
146172--146253	21	3.8	22	79	6	78	23	36	23	17	1.94
148201--148261	25	2.2	28	80	13	74	19	1	29	49	1.58
148475--148518	12	3.6	13	79	14	58	15	0	29	54	1.42
148479--148523	11	4.0	11	88	5	72	15	0	26	57	1.38
148477--148522	23	2.0	24	95	4	85	13	0	28	58	1.35
150728--150872	4	34.8	4	71	15	98	68	8	0	22	1.21
150728--150872	42	3.4	42	78	8	141	68	8	0	22	1.21
157944--157996	28	1.9	27	96	3	97	39	15	13	32	1.85
161303--161350	19	2.5	20	86	3	62	54	0	0	45	0.99
161826--161851	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
165155--165225	17	4.3	17	70	12	58	60	1	0	38	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166417--166472	16	3.6	16	74	25	50	35	0	0	64	0.94
168709--169244	227	2.4	229	93	1	909	43	7	8	40	1.62
182915--182955	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
183036--183513	128	3.7	128	94	1	861	21	24	21	31	1.98
183036--183525	255	1.9	256	97	0	919	22	24	21	31	1.98
183627--183669	22	1.9	22	85	4	59	44	0	25	30	1.55
184048--184094	17	2.6	19	80	10	53	55	2	0	42	1.12
184068--184134	34	2.0	34	82	11	84	61	5	0	32	1.20
184946--185017	30	2.4	30	81	6	83	40	9	5	44	1.61
186783--186847	32	2.0	32	87	0	94	16	10	16	55	1.69
190239--190264	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
191569--191660	20	4.6	20	70	8	62	33	29	14	22	1.93
191657--191703	20	2.3	20	85	0	67	48	25	10	14	1.76
191880--191951	20	3.6	20	76	0	90	23	16	16	43	1.88
191875--191967	40	2.3	40	92	0	150	23	17	17	41	1.89
191906--191984	20	4.0	20	73	6	79	26	16	13	43	1.86
192156--192367	105	2.0	105	92	1	354	27	15	19	37	1.92
192342--192390	20	2.5	20	86	0	71	18	14	22	44	1.85
193168--193203	15	2.4	15	85	0	54	50	0	50	0	1.00
203593--203644	23	2.2	23	83	16	63	75	1	9	13	1.14
209691--209745	24	2.3	24	87	6	76	34	41	3	20	1.69
209855--209956	28	3.5	28	75	17	91	41	8	8	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214619--214656	20	1.9	20	89	10	60	57	0	0	42	0.98
218379--218694	158	2.0	158	98	1	616	26	23	24	25	2.00
220089--220119	12	2.6	12	94	0	53	45	0	16	38	1.47
220195--220235	9	4.4	9	84	6	55	29	0	0	70	0.87
221717--221831	43	2.6	44	81	2	115	10	16	20	52	1.73
223219--223295	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
224413--224681	135	2.0	135	86	0	376	28	27	17	26	1.98
226745--226810	33	2.0	33	100	0	132	15	36	9	39	1.79
227410--227439	7	4.3	7	95	0	51	23	3	0	73	0.98
232458--232497	21	1.9	21	84	0	53	47	5	12	35	1.63
235954--235984	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
241953--241979	14	1.9	14	100	0	54	22	0	22	55	1.44
242050--242110	30	2.0	30	100	0	122	39	16	37	6	1.75
244146--244176	14	2.2	14	100	0	62	19	35	6	38	1.77
245947--246026	39	2.1	39	97	0	151	48	2	1	47	1.23
248700--248743	21	2.1	21	91	0	70	59	9	22	9	1.56
254596--254637	19	2.2	20	91	4	68	23	7	11	57	1.59
263943--263978	17	2.1	18	94	5	65	47	11	0	41	1.39
264756--264794	16	2.4	17	86	8	62	28	2	0	69	1.02
274997--275047	20	2.5	20	90	0	75	11	11	23	52	1.70
275015--275054	20	2.0	20	90	0	62	12	12	22	52	1.72
277045--277075	16	1.9	16	93	0	53	9	19	22	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277081--277128	20	2.4	20	89	0	69	18	18	25	37	1.94
277638--277777	21	6.7	21	76	3	104	23	34	16	25	1.95
279161--279197	14	2.6	14	91	0	65	29	2	18	48	1.62
279317--279394	20	3.9	20	84	0	102	44	25	16	12	1.83
279433--279509	20	3.8	20	85	0	100	29	19	18	32	1.95
279434--279509	40	1.9	40	91	0	125	30	18	18	32	1.95
279480--279762	140	2.0	140	95	0	503	43	14	13	28	1.83
279820--279850	12	2.6	12	94	0	53	19	6	25	48	1.72
282107--282159	24	2.2	24	93	0	88	39	20	18	20	1.92
282107--282173	24	2.8	24	83	0	62	37	20	17	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7