genome.fa.s8360.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008360.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111099_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1563863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688340--688719	93	4.1	93	99	0	753	22	12	18	46	1.83
688763--688891	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
688799--688891	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
688763--688891	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
688887--689005	19	6.8	19	75	18	114	11	19	21	47	1.81
688909--688965	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
688892--688984	33	2.8	33	95	0	159	12	19	20	47	1.82
688956--689021	19	3.4	20	83	6	91	13	15	25	45	1.83
690839--690911	38	1.9	38	97	0	137	28	1	16	53	1.51
690834--690898	19	3.4	19	64	8	51	24	1	15	58	1.46
690893--690928	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
691035--691136	19	5.6	19	82	13	142	45	17	22	14	1.85
691143--691470	33	9.5	33	77	16	210	14	20	18	46	1.84
691165--691470	19	17.4	19	79	16	349	14	20	18	47	1.83
691165--691404	71	3.4	71	83	11	355	15	20	17	47	1.83
691165--691470	71	4.4	69	81	13	298	14	20	18	47	1.83
691165--691442	52	5.2	52	88	8	320	14	20	17	47	1.83
691133--691470	142	2.4	139	87	8	499	14	20	18	46	1.83
693777--693801	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
693976--694022	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
694696--695026	20	16.5	20	88	3	461	20	19	26	33	1.96
694696--695064	60	6.2	60	86	3	431	20	18	26	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
694696--695064	40	9.2	40	91	1	377	20	18	26	34	1.96
695013--695064	20	2.6	20	81	6	61	13	19	25	42	1.87
696598--696629	14	2.1	16	88	11	50	56	3	0	40	1.15
696598--696630	15	2.1	16	88	5	50	57	3	0	39	1.14
708039--708068	15	2.0	15	100	0	60	20	40	13	26	1.89
718233--718330	51	1.9	51	93	0	169	40	9	6	43	1.61
718577--718605	10	2.9	10	100	0	58	0	31	10	58	1.31
721654--721719	24	2.8	24	83	2	89	22	25	24	27	2.00
722440--722479	21	1.9	21	100	0	80	25	20	30	25	1.99
722507--722549	12	3.6	12	80	0	50	18	13	18	48	1.80
727082--727110	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
727125--727168	12	3.7	12	81	9	54	43	2	0	54	1.12
727152--727192	18	2.3	18	82	0	55	39	0	0	60	0.96
727419--727646	111	2.0	112	89	5	347	21	23	16	38	1.93
727777--728215	148	3.0	147	89	3	645	38	12	13	34	1.83
729240--729471	95	2.4	94	93	1	401	39	15	9	34	1.80
729400--729527	26	4.8	26	69	16	102	39	17	8	35	1.80
729624--729858	81	2.9	81	93	1	384	40	7	15	36	1.76
729703--729833	26	4.9	26	69	13	95	37	9	16	36	1.82
740016--740096	23	3.5	23	71	10	67	13	9	17	59	1.61
740629--740728	50	2.0	50	100	0	200	44	6	2	48	1.39
740839--740879	2	20.0	2	95	5	73	48	0	2	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745929--745970	20	2.0	21	95	4	77	23	19	14	42	1.87
747961--748047	41	2.1	41	93	0	147	29	13	20	35	1.92
751902--751946	18	2.6	18	82	3	56	40	8	22	28	1.84
752529--752645	32	3.5	33	75	16	114	41	35	8	14	1.76
752543--752641	38	2.8	36	81	11	116	43	32	8	16	1.77
753398--753450	10	5.1	10	77	6	52	47	1	3	47	1.31
754438--754521	23	3.7	23	90	3	125	27	26	27	19	1.99
755572--755796	64	3.5	63	88	4	283	35	18	19	27	1.95
756387--756449	23	2.7	23	85	4	83	22	23	26	26	2.00
757651--757766	20	5.8	19	76	13	108	36	26	17	19	1.94
761328--761372	23	2.0	23	86	0	63	35	8	20	35	1.84
761756--762210	182	2.5	182	92	1	743	26	15	13	43	1.84
762082--762322	111	2.2	112	92	0	403	26	14	12	46	1.80
761900--762504	293	2.1	294	90	2	957	26	15	13	44	1.84
762193--762869	182	3.7	181	91	2	1029	27	15	12	44	1.83
761761--762686	475	1.9	476	93	1	1588	26	15	13	44	1.83
762557--763180	295	2.1	304	86	6	867	26	15	13	43	1.85
762739--762981	113	2.2	113	93	0	416	25	15	14	44	1.85
763085--763132	20	2.4	20	75	6	53	14	20	12	52	1.74
762852--763229	199	1.9	199	90	0	603	27	16	12	42	1.85
763032--763362	182	1.8	182	91	0	545	28	17	12	41	1.86
763233--763694	113	4.1	112	93	0	753	25	14	13	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763233--763694	225	2.1	225	93	0	791	25	14	13	46	1.81
767946--768067	59	2.0	60	92	1	201	27	30	17	24	1.97
771913--771995	40	2.0	41	88	9	123	39	8	14	37	1.76
777609--777654	20	2.3	20	100	0	92	30	10	32	26	1.90
786353--786445	35	2.7	35	88	1	143	41	25	1	31	1.62
786589--786877	147	1.9	149	91	2	474	36	6	8	48	1.59
787364--787457	35	2.7	35	79	0	107	29	1	26	42	1.62
800183--800345	81	2.0	81	100	0	326	26	11	15	46	1.80
804307--804356	14	3.4	14	73	10	55	16	2	26	56	1.51
804300--804369	30	2.3	30	97	0	131	17	2	22	57	1.53
804321--804369	16	3.2	16	71	11	57	16	4	20	59	1.53
804315--804362	14	3.3	14	72	11	51	18	2	22	56	1.52
806975--807021	24	2.0	24	82	0	58	10	17	17	55	1.69
813394--814267	304	2.9	304	95	0	1532	34	14	20	30	1.92
816100--816278	64	2.8	62	81	12	193	27	17	25	29	1.97
816121--816308	64	2.9	61	81	10	180	28	17	24	29	1.97
816655--816734	31	2.6	31	91	0	124	31	35	2	31	1.71
824722--824900	64	2.8	62	81	12	193	27	17	25	29	1.97
824743--824930	64	2.9	61	81	10	180	28	17	24	29	1.97
825482--825566	32	2.6	33	76	12	88	22	16	24	36	1.94
826915--826993	21	3.8	21	64	21	58	43	1	1	54	1.16
838392--838483	40	2.3	39	81	9	98	33	13	17	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838958--839229	148	1.8	148	88	1	411	31	14	17	35	1.90
839104--839552	189	2.4	188	84	5	479	33	15	18	32	1.92
838958--839263	148	2.1	148	85	1	407	31	13	18	36	1.90
839116--839552	182	2.4	185	84	6	537	34	15	18	32	1.92
846705--846748	23	2.0	22	83	16	56	27	13	4	54	1.58
847063--847112	21	2.4	21	75	0	55	42	20	34	4	1.70
847501--847682	43	4.2	41	75	14	120	32	24	16	26	1.96
850715--850852	74	2.0	73	87	11	209	36	2	7	53	1.42
850991--851060	30	2.4	30	90	2	106	47	14	8	30	1.74
867223--867298	35	2.2	35	87	0	107	39	21	1	38	1.62
867685--867932	130	1.9	130	92	0	415	36	15	12	35	1.85
867699--867963	130	2.0	129	81	4	309	39	13	13	33	1.83
868261--868323	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
868403--868436	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
872166--872196	16	1.9	16	93	0	53	19	19	19	41	1.90
872687--872712	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
874076--874145	14	4.9	15	70	16	51	47	2	1	48	1.25
881869--882117	69	3.5	70	90	4	351	48	10	12	27	1.74
888931--889027	19	4.9	21	76	17	82	39	10	11	39	1.75
888931--889026	39	2.4	41	87	3	142	38	10	11	39	1.76
889011--889073	28	2.4	26	84	10	76	39	15	15	28	1.89
889269--889312	18	2.5	18	81	3	54	54	4	0	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891689--891729	17	2.4	17	91	0	64	14	26	31	26	1.95
894147--894261	24	4.8	24	89	4	151	25	15	18	40	1.90
905695--905920	113	2.0	113	100	0	452	42	18	23	15	1.89
906610--906675	31	2.2	31	89	8	100	33	13	31	21	1.92
912275--912324	7	6.9	7	82	8	55	74	2	0	24	0.93
912859--912934	33	2.3	33	82	8	93	30	11	17	40	1.85
912993--913041	22	2.2	22	86	13	66	67	0	0	32	0.91
912992--913042	19	2.8	18	80	13	61	68	0	0	31	0.90
914314--914351	18	2.1	18	85	9	51	39	2	5	52	1.38
921269--921345	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7