genome.fa.s8423.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008423.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111206_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1633377

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9046--9079	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
9439--9463	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
9990--10055	29	2.3	28	79	10	71	30	4	4	60	1.37
10278--10316	20	2.0	19	85	14	53	35	2	5	56	1.35
13913--13967	18	2.8	19	77	20	60	76	1	16	5	1.06
13911--13993	17	5.1	17	71	16	52	73	1	21	3	1.05
13953--14025	30	2.4	30	80	11	76	72	1	23	2	1.05
29221--29319	32	3.3	32	67	18	104	42	2	23	32	1.65
29209--29329	57	2.1	57	98	1	233	41	1	28	28	1.66
33724--33778	22	2.5	22	96	0	101	27	20	10	41	1.85
37024--37062	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
37212--37268	30	1.9	30	82	13	73	33	7	15	43	1.74
37470--37514	23	2.0	23	90	0	72	24	24	22	28	1.99
38401--38749	54	6.4	54	81	5	227	30	9	19	40	1.83
38425--38708	108	2.6	108	82	4	304	28	9	20	41	1.83
39579--39612	13	2.6	13	95	0	59	29	11	14	44	1.81
40200--40241	17	2.5	17	96	0	75	50	2	21	26	1.61
40217--40593	118	3.2	117	87	1	529	37	15	22	24	1.92
40645--40713	36	1.9	36	85	5	95	47	17	20	14	1.82
41576--41643	29	2.4	28	80	9	75	32	14	4	48	1.64
41891--41924	16	2.1	17	88	5	52	38	5	2	52	1.41
47674--47729	20	3.1	20	69	26	61	19	8	23	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49115--49155	18	2.2	19	86	4	57	24	2	0	73	0.96
49774--49849	31	2.5	31	83	10	86	43	6	2	47	1.43
51041--51100	19	3.0	20	74	13	61	51	3	3	41	1.35
53617--53663	22	2.3	19	82	10	58	42	0	2	55	1.12
53618--53677	31	1.9	31	83	6	77	43	1	1	53	1.20
61992--62017	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
71447--71485	20	1.9	21	89	5	62	56	10	10	23	1.63
72204--72724	107	4.9	109	80	9	615	55	12	3	28	1.53
72204--72712	212	2.4	209	86	5	650	55	12	3	28	1.52
72871--72952	25	3.3	25	89	0	110	36	20	13	29	1.91
74199--74605	199	2.1	199	87	3	588	44	16	9	29	1.79
76284--76365	29	2.6	32	81	15	107	37	12	10	39	1.78
83916--83980	32	2.0	32	93	0	112	35	23	10	30	1.89
84470--84494	10	2.5	10	100	0	50	12	0	48	40	1.40
97055--97416	198	1.8	196	84	5	487	41	15	9	33	1.80
98605--98691	45	1.9	45	88	0	129	37	11	22	27	1.89
104330--104530	95	2.1	95	86	3	289	41	13	21	22	1.89
104952--105547	45	13.2	45	91	0	940	38	13	22	25	1.90
104968--105041	21	3.4	20	72	17	58	31	12	27	29	1.92
106612--106937	37	9.2	36	72	17	175	43	4	8	43	1.55
106612--106943	36	9.3	35	72	15	193	43	4	8	43	1.54
106612--106800	75	2.6	73	81	7	224	41	5	8	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106642--106843	75	2.7	75	81	6	180	44	4	8	43	1.54
106866--106948	33	2.5	33	80	0	85	45	1	7	45	1.38
112334--112373	21	1.9	21	89	0	62	20	25	30	25	1.99
114041--114124	40	2.1	40	95	0	150	48	10	10	29	1.72
118780--118828	23	2.2	23	85	3	64	24	18	34	22	1.96
121663--121692	16	1.9	15	93	6	51	40	13	0	46	1.43
127891--128547	110	6.0	110	88	0	917	35	22	17	24	1.95
128652--129188	165	3.3	164	82	4	564	30	24	20	25	1.98
129823--130099	36	7.7	35	72	18	155	42	4	9	43	1.57
129826--130156	75	4.7	71	74	15	231	42	3	8	45	1.53
129820--130095	38	7.6	37	74	13	168	42	4	8	43	1.56
130024--130087	33	2.0	33	88	11	98	46	6	3	43	1.44
130068--130156	33	2.6	33	78	8	90	42	1	7	48	1.39
131019--131078	8	7.5	8	81	10	70	18	1	0	80	0.80
131019--131097	17	4.9	15	78	18	72	17	2	1	78	0.93
131019--131097	24	3.3	23	75	18	63	17	2	1	78	0.93
131020--131097	33	2.4	32	83	10	95	16	2	1	79	0.91
133352--133388	18	2.1	18	94	0	65	29	16	18	35	1.93
137181--137233	18	2.9	18	85	2	70	52	0	1	45	1.11
137606--137648	18	2.2	21	84	12	56	58	6	2	32	1.38
138974--139072	28	3.5	28	77	8	69	53	2	0	44	1.12
144603--144654	13	3.8	13	79	5	50	25	0	5	69	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150270--150360	22	4.0	22	78	10	110	51	15	0	32	1.44
150272--150444	22	7.2	22	70	17	103	52	15	0	32	1.43
150300--150460	76	2.1	76	95	0	286	52	14	0	32	1.43
150416--150567	32	5.4	32	69	28	137	51	10	0	37	1.36
150399--150567	54	3.1	54	97	0	311	52	11	0	36	1.38
150448--150490	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
150300--150490	76	2.5	76	90	1	276	51	15	0	32	1.43
150450--150498	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
150502--150602	22	4.5	22	70	7	85	51	8	0	39	1.33
150413--150679	54	5.3	49	83	9	174	49	7	0	42	1.33
150590--150727	45	3.1	45	92	2	217	47	0	0	51	1.11
150547--150709	15	10.5	15	83	9	202	50	1	0	47	1.16
153578--153612	13	2.6	13	90	4	52	48	5	8	37	1.58
155868--155943	23	3.4	22	76	7	73	26	25	25	23	2.00
159629--159668	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
161734--161886	65	2.4	65	86	3	202	30	20	21	28	1.98
162302--162388	44	2.0	45	86	2	122	32	16	17	34	1.92
164098--164126	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
164481--164567	33	2.6	34	90	5	126	27	11	21	39	1.88
164497--164567	33	2.2	33	97	0	133	26	8	22	42	1.82
164614--164712	16	6.2	16	70	22	66	69	0	0	30	0.88
164645--164711	4	16.5	4	90	6	73	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165031--165405	84	4.6	81	74	11	318	24	20	25	29	1.99
165031--165405	165	2.3	165	85	3	488	24	20	25	29	1.99
165521--165998	110	4.4	110	89	2	696	24	17	23	34	1.96
165521--165998	221	2.2	217	87	3	683	24	17	23	34	1.96
169771--169814	15	2.8	16	79	6	54	75	0	6	18	1.02
170088--170174	33	2.6	34	87	5	117	26	12	20	40	1.88
170104--170174	33	2.2	33	94	0	124	25	9	21	43	1.83
170221--170282	15	4.1	14	76	17	61	70	0	0	29	0.87
170222--170282	28	2.2	27	83	11	79	70	0	0	29	0.88
170223--170282	31	1.9	30	86	6	84	70	0	0	30	0.88
170232--170279	18	2.7	18	84	9	55	70	0	0	29	0.87
171443--171486	3	14.7	3	90	9	72	34	0	0	65	0.93
184402--184460	7	8.9	7	81	10	70	84	0	15	0	0.62
184399--184459	13	4.8	12	86	13	86	85	0	14	0	0.60
185458--186027	94	6.1	94	92	3	913	28	16	21	34	1.95
185458--186027	280	2.0	279	91	3	925	28	16	21	34	1.95
185916--186134	115	1.9	115	92	1	352	33	15	21	29	1.94
186857--187485	113	5.7	113	85	4	780	38	15	17	28	1.90
186857--187485	223	2.8	221	86	4	827	38	15	17	28	1.90
187406--187691	120	2.4	120	85	3	364	42	15	16	25	1.88
187831--187865	3	11.7	3	88	11	54	34	0	0	65	0.93
189530--189582	23	2.3	24	78	12	58	39	5	0	54	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191255--191297	21	2.0	21	95	0	77	32	20	16	30	1.95
191696--191733	16	2.3	17	90	4	60	63	0	34	2	1.09
191767--191965	41	4.8	42	79	6	181	34	19	18	28	1.95
191789--191965	41	4.3	41	83	2	203	33	19	18	28	1.95
192067--192181	41	2.9	40	77	8	126	39	13	17	29	1.88
192067--192188	39	3.1	39	74	14	115	38	13	17	30	1.89
192527--192561	18	2.1	17	89	10	54	65	0	0	34	0.93
193297--193336	18	2.2	19	86	4	55	55	0	0	45	0.99
195750--195799	21	2.4	21	96	0	91	24	14	16	46	1.83
196224--196262	16	2.4	17	82	8	53	33	7	2	56	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8