genome.fa.s8428.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008428.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111213_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6915314

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
548--583	12	2.8	12	91	8	54	69	8	19	2	1.27
8215--8384	90	1.9	90	88	2	261	25	23	27	22	2.00
9755--9784	15	1.9	16	93	6	53	53	13	13	20	1.72
9814--9872	29	2.0	30	83	12	77	52	8	8	30	1.61
10892--10974	24	3.5	24	78	4	80	28	18	19	33	1.95
13302--13355	21	2.7	21	91	5	85	35	12	5	46	1.66
17213--17264	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
18237--18278	19	2.2	19	91	8	68	59	0	14	26	1.35
18690--18741	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
19638--19697	30	2.0	31	86	3	86	53	10	8	28	1.63
20723--20806	24	3.5	24	79	6	82	29	16	19	34	1.94
25375--25406	17	1.9	17	93	6	57	0	15	6	78	0.95
25346--25403	25	2.4	24	73	2	62	3	18	3	74	1.11
28239--28268	11	2.6	11	94	5	51	0	10	0	90	0.47
28239--28268	15	2.1	14	93	6	51	0	10	0	90	0.47
28522--28563	19	2.2	19	87	8	59	61	0	11	26	1.30
28976--29027	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
32030--32323	149	2.0	148	93	0	498	39	12	12	34	1.82
33947--33973	11	2.5	11	100	0	54	74	18	7	0	1.05
42578--42617	14	2.9	14	85	14	57	0	17	0	82	0.67
42606--42657	24	2.2	24	92	0	86	7	13	17	61	1.54
45775--45811	12	2.9	13	84	15	51	70	8	13	8	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68052--68104	17	3.2	16	77	17	56	64	0	18	16	1.30
73403--73461	22	3.1	18	75	20	57	1	18	3	76	1.02
77582--77634	16	3.2	16	77	17	56	66	0	18	15	1.26
77822--77867	7	7.2	6	95	4	65	0	21	0	78	0.76
85931--85979	22	2.3	22	89	3	73	10	14	14	61	1.57
93066--93109	19	2.3	19	82	17	56	20	11	0	68	1.20
93858--93890	12	2.6	13	85	4	50	9	12	6	72	1.26
101682--101751	18	4.0	17	74	17	63	1	17	4	77	1.01
103589--103623	17	2.1	17	94	0	61	28	20	34	17	1.95
107582--107751	91	1.9	91	95	2	306	28	22	27	21	1.99
111104--111132	15	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
111964--112137	91	1.9	91	92	0	294	29	22	25	22	1.99
117045--117211	83	2.0	83	96	0	307	28	25	14	31	1.95
118135--118317	91	2.0	91	91	0	294	20	27	22	28	1.99
119144--119182	10	4.2	9	87	9	53	76	2	20	0	0.90
119149--119179	5	6.2	5	92	0	53	77	3	19	0	0.90
128533--130001	734	2.0	733	97	0	2769	28	17	19	34	1.95
132850--132892	20	2.2	20	87	4	61	32	9	9	48	1.67
141081--141111	14	2.2	14	100	0	62	41	12	0	45	1.42
144755--144797	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
145983--146036	23	2.3	23	83	3	63	11	14	11	62	1.53
153737--153761	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153731--153798	29	2.3	29	73	16	68	1	19	2	76	0.99
156705--156729	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
156691--156729	13	3.0	12	85	14	51	0	23	0	76	0.78
171871--171918	19	2.5	20	89	3	71	31	10	8	50	1.66
176034--176092	17	3.7	15	80	13	64	3	16	5	74	1.13
178963--179005	22	2.0	22	100	0	86	32	6	37	23	1.82
179466--179491	13	2.0	13	100	0	52	38	0	38	23	1.55
184279--184336	24	2.4	25	88	11	93	58	13	17	10	1.62
187730--187781	21	2.6	20	87	6	70	38	13	5	42	1.68
188486--188524	20	1.9	21	89	5	62	79	5	10	5	1.04
188490--188539	24	2.1	24	85	7	66	76	4	12	8	1.15
191897--191932	19	1.9	18	88	5	54	38	13	5	41	1.68
191897--191948	21	2.6	20	84	6	61	38	11	7	42	1.70
195393--195432	5	8.2	5	91	2	64	2	20	0	77	0.88
195393--195437	15	3.2	14	87	9	65	2	20	0	77	0.87
199048--199115	16	3.8	18	84	13	79	73	5	14	5	1.21
202008--202053	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
203618--203672	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
215765--215817	17	3.2	16	77	17	56	64	0	18	16	1.30
224071--224129	22	3.1	18	75	20	57	1	18	3	76	1.02
224496--225134	316	2.0	316	99	0	1269	37	15	21	26	1.93
227006--227058	16	3.2	16	77	17	56	66	0	18	15	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227247--227283	7	5.6	7	93	6	60	0	24	0	75	0.80
235424--235460	5	7.6	5	96	3	67	0	18	0	81	0.70
235446--235502	22	2.7	21	71	15	53	10	15	10	63	1.52
235453--235502	22	2.3	21	83	6	64	12	14	12	62	1.56
247467--247496	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
254685--254709	13	1.9	13	100	0	50	8	0	8	84	0.79
256129--256173	18	2.4	18	85	3	54	84	13	0	2	0.72
256130--256155	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39
256141--256183	19	2.3	18	88	11	61	81	11	2	4	0.93
256140--256190	19	2.7	19	81	6	59	78	13	3	3	1.03
265236--265264	15	2.0	15	93	6	51	75	3	20	0	0.94
270434--270484	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
274093--274130	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
274478--274529	23	2.3	23	100	0	104	7	25	21	46	1.77
280123--280305	91	2.0	91	95	0	330	22	28	21	27	1.99
281182--281223	12	3.7	12	87	12	70	19	45	9	26	1.80
281174--281232	10	5.7	10	80	18	59	20	42	10	27	1.84
281169--281232	22	3.0	22	90	6	96	18	43	9	28	1.81
284303--284464	81	2.0	81	95	0	288	27	16	14	41	1.87
289176--289205	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
299706--299790	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
299703--299805	36	2.9	36	95	1	181	30	35	4	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300189--300236	26	2.0	23	84	12	60	75	6	16	2	1.11
300432--300483	16	3.3	15	77	17	52	15	17	0	67	1.24
302025--302070	17	2.8	17	78	21	53	45	17	13	23	1.83
303765--303869	36	2.9	36	90	4	160	31	35	5	27	1.80
310298--310337	19	2.0	20	86	13	57	20	12	0	67	1.22
309768--310501	376	2.0	375	94	0	1281	26	23	10	38	1.87
312735--312807	8	9.0	8	77	14	78	80	10	8	0	0.89
312736--312818	29	3.0	26	74	20	62	79	10	9	0	0.94
312773--312825	10	5.4	10	80	13	65	73	13	13	0	1.10
312754--312789	14	2.5	14	95	4	63	80	8	11	0	0.90
329701--329753	22	2.5	22	81	12	65	1	18	1	77	0.96
331591--331631	17	2.4	17	91	4	64	29	19	34	17	1.94
336373--336422	14	3.9	13	73	21	52	78	2	18	2	0.95
336367--336422	19	3.1	18	82	17	71	78	1	17	1	0.92
342659--342833	91	1.9	91	91	0	287	29	20	27	22	1.98
347736--347902	83	2.0	83	96	0	307	28	25	14	31	1.95
349835--349873	10	4.2	9	87	9	53	76	2	20	0	0.90
349840--349870	5	6.2	5	92	0	53	77	3	19	0	0.90
356087--356115	10	2.7	11	89	10	51	0	24	0	75	0.80
361367--361409	20	2.2	20	87	4	61	32	9	9	48	1.67
368140--368164	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
383222--383271	14	3.9	13	73	21	52	78	2	20	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
383216--383271	19	3.1	18	82	17	71	78	1	19	0	0.84
383216--383271	11	4.7	11	74	21	51	78	1	19	0	0.84
395558--395605	19	2.5	20	89	3	71	31	10	8	50	1.66
398577--398619	22	2.0	22	100	0	86	32	6	37	23	1.82
398840--398874	16	2.2	15	90	10	52	62	0	25	11	1.28
398848--398882	16	2.2	15	90	10	52	62	0	25	11	1.28
399079--399104	13	2.0	13	100	0	52	38	0	38	23	1.55
403939--403997	24	2.4	25	82	2	75	59	15	16	8	1.60
407381--407432	20	2.6	20	85	8	70	36	13	5	44	1.68
408112--408158	22	2.1	23	84	11	62	74	4	12	8	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30