genome.fa.s8428.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008428.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111213_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6915314

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1888114--1888163	11	4.0	12	84	12	57	50	2	0	48	1.12
1888109--1888156	11	4.4	11	81	5	53	50	0	0	50	1.00
1889393--1889427	19	1.9	18	88	11	54	34	8	11	45	1.71
1890241--1890313	37	1.9	38	88	2	112	42	2	12	42	1.56
1890281--1890337	26	2.3	25	87	6	80	43	3	10	42	1.56
1890414--1890474	8	7.4	8	78	14	70	36	0	0	63	0.94
1890414--1890477	21	3.1	20	75	20	60	37	0	0	62	0.95
1890416--1890473	26	2.3	25	82	8	82	36	0	0	63	0.94
1891658--1891721	27	2.4	26	80	12	67	20	3	3	73	1.11
1893743--1893801	13	4.8	12	72	17	50	25	40	1	32	1.66
1893742--1893857	35	3.3	35	90	1	178	26	35	3	34	1.74
1893793--1893850	19	3.2	19	69	14	59	29	29	5	36	1.79
1893994--1894036	17	2.6	16	78	7	50	18	25	0	55	1.42
1894228--1894268	6	6.7	6	83	5	55	78	4	17	0	0.93
1894228--1894268	12	3.3	12	86	6	64	78	4	17	0	0.93
1895523--1895577	24	2.3	24	80	0	65	32	9	23	34	1.86
1897794--1897852	13	4.8	12	72	17	50	25	40	0	33	1.56
1897793--1897908	35	3.3	35	86	3	153	24	37	2	36	1.69
1898045--1898087	17	2.6	16	78	7	50	18	25	0	55	1.42
1902436--1902493	19	3.3	18	72	22	52	41	0	1	56	1.09
1902428--1902498	34	2.1	34	84	10	92	42	0	1	56	1.08
1902516--1902642	67	1.9	67	95	0	227	41	8	4	44	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1902876--1902926	19	2.5	21	84	12	63	37	1	5	54	1.36
1903543--1903588	21	2.2	21	88	0	65	63	6	23	6	1.43
1904353--1904394	18	2.3	18	100	0	84	19	9	14	57	1.64
1905399--1905454	20	2.8	20	100	0	112	26	17	19	35	1.94
1905503--1905605	51	2.0	51	92	3	172	33	13	21	32	1.92
1908605--1908640	13	2.8	13	100	0	72	30	0	0	69	0.89
1909330--1909406	34	2.2	34	86	6	102	38	1	1	58	1.15
1909335--1909394	19	3.4	19	71	15	56	38	1	1	58	1.18
1913233--1913381	39	3.8	39	85	3	192	32	22	27	17	1.96
1914841--1914900	29	2.0	30	90	3	95	35	15	8	41	1.77
1920301--1920352	24	2.2	24	85	0	68	34	19	23	23	1.96
1924871--1925038	44	3.9	44	78	6	191	31	23	16	28	1.96
1925131--1925244	41	2.7	43	81	9	144	28	21	18	31	1.97
1930105--1930156	23	2.2	23	86	10	70	5	13	44	36	1.68
1930519--1930569	24	2.2	23	85	3	66	5	9	45	39	1.62
1930082--1930908	413	2.0	413	98	0	1591	23	14	24	37	1.92
1931529--1931588	20	3.1	19	68	23	52	26	21	10	41	1.85
1931404--1932009	135	4.5	135	85	3	783	27	19	17	35	1.94
1930845--1932009	270	4.4	270	82	4	1396	28	19	16	34	1.94
1930845--1932009	405	2.9	403	80	6	1398	28	19	16	34	1.94
1933325--1933425	54	1.9	53	89	4	150	39	18	10	30	1.85
1935401--1935451	19	2.5	21	87	6	70	3	27	0	68	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1942742--1942810	34	2.0	34	97	0	129	20	8	13	57	1.61
1943443--1943481	17	2.4	16	86	4	51	17	5	5	71	1.23
1944645--1944678	5	6.4	5	90	10	50	76	0	2	20	0.92
1944645--1944710	17	4.1	17	79	14	59	74	1	4	19	1.07
1944652--1944721	33	2.1	33	83	0	86	70	2	7	20	1.24
1948396--1948432	19	2.0	18	89	5	56	27	16	24	32	1.96
1949035--1949080	24	1.9	24	81	0	56	23	23	21	30	1.99
1956258--1956492	117	2.0	117	100	0	470	37	9	10	42	1.71
1956940--1956983	22	2.0	21	91	4	70	13	11	36	38	1.81
1962185--1962309	62	1.9	62	90	7	196	42	10	4	42	1.60
1962546--1962591	20	2.2	20	85	11	58	36	2	6	54	1.39
1969074--1969102	15	1.9	15	100	0	58	34	3	0	62	1.12
1976002--1976806	42	19.2	42	83	2	954	26	19	15	37	1.92
1976002--1976831	168	4.9	168	87	0	1194	27	19	15	37	1.92
1978220--1978251	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
1981944--1982001	21	2.8	21	77	15	57	39	1	1	56	1.19
1982164--1982223	22	2.6	23	82	15	63	50	1	1	46	1.21
1984758--1984811	20	2.7	20	82	2	63	29	16	20	33	1.95
1986267--1986315	24	2.0	24	84	8	62	55	2	2	40	1.23
1993267--1993326	31	1.9	31	89	0	93	45	6	5	43	1.52
1998410--1998528	59	2.0	59	100	0	238	36	6	16	40	1.75
2000092--2000117	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2001946--2002009	18	3.6	18	69	23	53	6	12	28	53	1.62
2009055--2009173	29	4.1	29	71	3	71	17	23	20	38	1.93
2009068--2009179	29	3.9	29	71	12	72	17	23	19	39	1.92
2013058--2013103	23	2.0	23	100	0	92	34	4	13	47	1.62
2013081--2013508	55	7.8	55	87	4	614	31	18	17	32	1.94
2016340--2016385	22	2.0	22	83	4	56	43	6	21	28	1.77
2016348--2016391	22	2.0	22	90	0	70	36	9	20	34	1.84
2016295--2016679	81	4.8	81	91	3	607	36	12	22	28	1.91
2016429--2016472	22	2.0	22	90	0	70	34	9	20	36	1.84
2016510--2016553	22	2.0	22	86	0	61	36	9	18	36	1.82
2016588--2016631	22	2.0	22	91	8	72	38	11	22	27	1.88
2023981--2024584	49	12.3	49	78	1	609	30	21	13	33	1.92
2023981--2024584	98	6.2	98	90	1	915	30	21	13	33	1.92
2023981--2024584	197	3.1	196	90	1	935	30	21	13	33	1.92
2026700--2027334	55	11.6	55	89	0	957	29	19	17	33	1.94
2030114--2030646	264	2.0	265	94	0	924	36	16	18	28	1.93
2039990--2040054	34	1.9	34	84	6	87	41	13	16	27	1.87
2043978--2044039	23	2.7	23	87	2	90	22	24	27	25	2.00
2046525--2046925	199	2.0	199	98	1	768	36	17	10	34	1.85
2047485--2047602	54	2.2	54	96	1	218	22	23	21	33	1.98
2048067--2048106	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2059352--2059455	50	2.1	50	87	0	145	38	7	18	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2067971--2068294	45	7.2	44	83	3	398	24	21	12	41	1.88
2079759--2079867	55	2.0	55	88	0	164	33	16	23	25	1.96
2079783--2079823	20	2.0	20	85	0	55	39	17	19	24	1.92
2080223--2080256	16	2.1	16	88	0	50	35	29	0	35	1.58
2085301--2085422	53	2.3	54	86	2	165	35	14	23	26	1.94
2093014--2093074	17	3.3	17	77	20	68	34	19	11	34	1.88
2094734--2095396	54	12.4	54	88	3	919	34	20	19	25	1.96
2097612--2097713	44	2.3	44	93	0	168	28	23	8	39	1.85
2097766--2097827	20	3.1	19	79	4	61	43	19	11	25	1.84
2097778--2097828	20	2.5	20	93	0	84	41	17	11	29	1.85
2098585--2098639	22	2.5	22	100	0	110	40	16	10	32	1.83
2110266--2110298	11	3.2	11	91	8	52	63	9	0	27	1.24
2111090--2111114	13	1.9	13	100	0	50	56	12	8	24	1.62
2113671--2113722	16	3.3	16	82	12	63	40	5	15	38	1.71
2113875--2113928	24	2.2	24	86	0	72	20	16	20	42	1.89
2118847--2118904	23	2.6	23	83	2	73	18	27	20	32	1.97
2118872--2118942	22	3.3	22	73	15	67	19	28	23	28	1.99
2118932--2119018	24	3.6	24	88	0	129	19	26	22	31	1.98
2118925--2119026	48	2.1	48	83	0	132	20	24	21	33	1.97
2119333--2119393	31	2.0	31	86	0	86	29	3	21	45	1.67
2124607--2124692	44	1.9	46	86	9	124	15	25	26	32	1.95
2124610--2124708	23	4.5	22	81	8	103	15	24	27	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125045--2125105	31	2.0	31	86	0	86	29	3	22	44	1.69
2125387--2125439	23	2.3	24	78	15	58	33	5	7	52	1.53
2130396--2130440	20	2.1	21	84	8	56	42	17	15	24	1.88
2130765--2131266	54	9.4	54	85	4	597	33	19	19	27	1.96
2130765--2131217	213	2.1	215	85	6	616	33	19	19	27	1.96
2130765--2131266	267	1.9	268	88	4	762	33	19	19	27	1.96
2133323--2133366	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
2138416--2138697	89	3.1	90	86	2	386	30	24	23	21	1.99
2150228--2150267	21	1.9	21	89	0	62	42	12	22	22	1.87
2149837--2150379	275	2.0	276	88	1	822	41	10	16	32	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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