genome.fa.s8428.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008428.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111213_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6915314

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

This is table  9  of  30  ( 3508 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2323846--2324345	80	6.2	80	79	10	552	34	0	12	53	1.39
2323891--2324662	134	5.9	131	76	15	539	34	0	12	52	1.40
2323945--2324662	300	2.4	302	85	7	1011	34	0	13	52	1.40
2324277--2324367	22	4.0	22	79	10	110	32	0	15	51	1.44
2323846--2324613	268	2.8	270	80	11	771	34	0	13	52	1.40
2323914--2324669	80	9.4	77	76	13	284	34	0	12	52	1.40
2324004--2324511	246	2.1	241	83	8	634	33	0	13	53	1.40
2324458--2324565	32	3.7	32	74	23	137	35	0	12	51	1.40
2324491--2324533	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
2324536--2324583	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
2324245--2324677	134	3.2	134	91	1	645	34	0	12	52	1.40
2324691--2324747	30	1.9	30	89	7	89	45	8	7	38	1.62
2334265--2334302	18	2.1	18	90	0	58	26	23	21	28	1.99
2334787--2334858	26	3.0	24	68	27	62	26	6	4	62	1.39
2337133--2337196	23	2.8	23	85	0	92	28	25	26	20	1.99
2337212--2337429	103	2.1	103	94	0	382	37	24	13	24	1.91
2337889--2338048	64	2.5	63	79	6	171	28	20	18	33	1.95
2344155--2344223	23	3.0	22	85	4	84	30	26	21	21	1.99
2344802--2344929	64	2.0	67	90	7	210	26	17	19	35	1.94
2344814--2344974	64	2.5	62	83	8	180	26	19	18	35	1.95
2347469--2347502	12	2.8	12	90	4	50	64	5	2	26	1.30
2349631--2349690	31	1.9	31	86	6	86	45	0	3	51	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2349740--2349802	27	2.4	27	71	12	76	44	1	0	53	1.10
2349781--2349829	22	2.1	25	85	11	68	38	4	0	57	1.18
2355864--2355902	20	1.9	20	89	5	60	33	15	2	48	1.58
2356264--2356365	30	3.3	30	74	16	91	35	16	15	32	1.91
2360717--2360753	4	9.2	4	100	0	74	75	0	0	24	0.80
2367210--2367389	5	35.0	5	69	20	54	75	3	5	16	1.12
2367213--2367289	18	4.0	19	73	21	63	74	5	0	20	1.01
2367210--2367328	17	6.8	17	69	21	61	73	4	3	18	1.13
2367345--2367380	17	2.2	16	90	5	54	88	2	5	2	0.67
2375758--2375786	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2375807--2375846	17	2.3	17	91	4	62	80	0	2	17	0.83
2375859--2375928	36	1.9	36	85	5	97	77	2	4	15	1.05
2375868--2375993	5	24.4	5	70	18	71	74	1	5	18	1.09
2375868--2376042	31	5.3	32	68	21	96	75	2	5	16	1.11
2375868--2375964	26	3.9	25	73	14	76	77	2	4	16	1.02
2377031--2377100	31	2.2	32	80	11	83	48	2	7	41	1.45
2377247--2377304	16	3.6	16	79	6	55	56	6	1	34	1.36
2377347--2377496	7	21.4	7	96	0	228	0	34	8	57	1.30
2377607--2377691	35	2.4	35	98	0	161	35	20	14	30	1.92
2385415--2385449	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
2388552--2388607	29	1.9	29	96	0	103	42	8	7	41	1.63
2390750--2390785	15	2.3	15	90	4	54	8	16	0	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2402051--2402079	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2403296--2403353	24	2.4	24	85	5	82	22	20	22	34	1.97
2406431--2406528	42	2.3	42	83	0	133	32	15	18	33	1.92
2406415--2406583	21	8.0	21	72	2	95	27	14	21	36	1.93
2406518--2406585	23	3.0	23	82	8	95	22	11	25	41	1.87
2406498--2406605	44	2.5	44	83	6	137	24	12	24	38	1.90
2410847--2410926	21	3.8	21	75	6	81	28	17	17	36	1.93
2410845--2410934	21	4.3	20	73	9	72	28	17	20	33	1.95
2419232--2419268	19	1.9	19	89	10	58	40	21	8	29	1.82
2428711--2428785	23	3.3	23	96	0	132	20	30	22	26	1.98
2430408--2430480	30	2.4	30	81	4	85	42	9	17	30	1.81
2434728--2434875	55	2.7	55	87	2	199	32	18	18	30	1.95
2435314--2435358	22	2.0	23	82	4	56	26	28	13	31	1.94
2435397--2435453	21	2.7	21	94	0	105	26	26	14	33	1.94
2435250--2435473	95	2.4	93	80	8	229	27	25	16	30	1.97
2435443--2435489	20	2.3	20	85	10	60	25	19	21	34	1.96
2451586--2451638	3	17.7	3	84	7	72	35	0	0	64	0.94
2451611--2451643	15	2.1	16	94	5	59	45	3	0	51	1.16
2452995--2453042	2	24.5	2	91	4	80	45	0	0	54	0.99
2453412--2453451	22	1.9	20	90	10	62	52	0	0	47	1.00
2453408--2453457	22	2.5	20	78	21	59	48	4	0	48	1.20
2453947--2454000	28	2.0	27	85	3	72	33	5	1	59	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453964--2454045	24	3.6	24	71	17	59	29	6	2	62	1.32
2455614--2455668	12	4.3	12	78	13	65	21	12	9	56	1.64
2455615--2455683	15	5.0	15	75	15	60	18	11	10	59	1.60
2455615--2455697	27	3.1	27	94	0	139	19	12	8	60	1.57
2462717--2463505	113	7.0	113	92	1	1217	37	15	19	27	1.93
2463851--2463900	3	16.7	3	83	8	66	36	0	0	64	0.94
2465633--2465672	22	1.9	20	90	10	62	52	0	0	47	1.00
2465629--2465678	22	2.5	20	78	21	59	48	4	0	48	1.20
2468157--2468196	21	1.9	21	85	10	55	60	7	20	12	1.56
2473091--2473248	49	3.2	49	89	1	210	32	1	18	46	1.58
2473142--2473232	12	7.4	12	72	9	58	31	1	17	49	1.54
2473269--2473307	19	2.0	20	85	5	53	30	0	20	48	1.50
2473431--2473494	33	1.9	33	93	0	110	43	31	10	14	1.79
2475060--2475108	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
2475080--2475237	65	2.4	65	85	5	196	26	18	24	30	1.98
2475759--2475793	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2483724--2483780	19	3.0	19	92	5	89	29	21	28	21	1.98
2484996--2485063	5	13.0	5	76	18	59	22	1	1	75	0.97
2485019--2485052	17	1.9	18	94	5	61	23	0	0	76	0.79
2487025--2487243	109	2.0	109	98	0	420	41	13	20	24	1.88
2487063--2487229	52	3.1	52	62	20	117	38	14	20	26	1.91
2489321--2489457	68	2.0	68	98	0	265	30	19	9	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2495040--2495169	66	2.0	66	98	0	251	40	13	13	32	1.85
2495063--2495165	32	3.2	32	64	10	82	42	12	14	30	1.83
2498755--2498788	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2498924--2498999	6	13.0	6	79	10	52	80	0	0	19	0.72
2498954--2498997	1	44.0	1	81	0	52	90	0	0	9	0.44
2498951--2498996	14	3.1	14	93	6	74	89	0	0	10	0.50
2499041--2499079	11	3.6	10	86	13	51	66	2	0	30	1.05
2499196--2499278	37	2.2	39	82	6	109	69	3	4	21	1.22
2499311--2499446	64	2.1	65	80	12	156	65	2	4	27	1.23
2511415--2511839	212	2.0	212	98	0	825	40	13	13	32	1.84
2512752--2512776	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
2512903--2512982	33	2.4	33	93	0	133	56	2	8	32	1.43
2513122--2513163	3	13.3	3	90	5	57	66	0	0	33	0.92
2513130--2513239	56	1.9	56	82	12	136	67	1	5	25	1.22
2513130--2513240	57	1.9	56	81	13	129	67	1	5	25	1.22
2513227--2513303	24	3.2	24	76	10	77	66	1	3	28	1.17
2513485--2513567	37	2.2	39	82	6	109	69	3	4	21	1.22
2513600--2513728	64	2.0	67	82	13	162	65	0	4	29	1.18
2515578--2515631	26	2.1	26	92	0	90	27	16	22	33	1.95
2519166--2519292	44	3.2	43	67	28	125	59	12	1	25	1.42
2519085--2519295	76	2.9	76	87	5	274	57	12	1	28	1.44
2519227--2519264	19	2.0	19	89	0	58	55	13	0	31	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2523764--2523815	22	2.4	22	77	6	61	73	0	5	21	1.04
2524598--2524712	25	4.6	24	66	17	72	58	14	0	26	1.43
2524598--2524724	44	3.2	44	65	28	127	59	13	2	25	1.47
2524575--2524727	76	2.0	76	94	0	270	58	13	1	26	1.46
2536006--2536036	6	5.2	6	100	0	62	80	0	0	19	0.71
2544053--2544106	27	2.0	26	92	3	90	25	27	20	25	1.99
2552558--2552608	12	3.9	13	73	17	52	70	3	5	19	1.24
2552560--2552610	27	2.0	24	88	11	75	72	3	7	15	1.23
2552837--2552908	26	2.7	27	86	4	110	29	22	18	30	1.97
2559475--2559516	18	2.3	18	84	8	50	23	14	42	19	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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