genome.fa.s8428.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008428.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111213_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6915314

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154383--2154947	55	10.4	55	84	5	668	29	23	17	29	1.97
2154413--2154942	165	3.3	165	88	3	756	28	24	16	29	1.97
2154743--2154942	102	2.0	102	87	0	292	31	23	15	30	1.95
2155448--2155949	55	9.3	55	82	5	504	29	22	18	30	1.97
2155447--2155956	110	4.7	109	83	4	586	29	22	17	29	1.97
2155477--2155951	165	2.9	162	87	3	656	28	23	17	29	1.97
2155756--2155951	102	1.9	102	87	0	284	30	22	17	29	1.97
2157454--2157653	38	5.2	38	83	3	213	32	27	11	30	1.91
2157460--2157656	77	2.6	77	82	2	245	32	25	10	30	1.90
2164681--2164727	18	2.6	18	96	0	85	23	23	17	36	1.95
2164972--2165041	20	3.3	22	75	16	67	44	2	2	50	1.31
2164956--2165041	22	4.0	20	74	16	75	45	3	4	46	1.41
2165006--2165179	89	2.0	88	90	2	276	46	6	9	37	1.62
2175250--2175290	21	2.0	21	85	9	57	43	7	4	43	1.53
2181480--2181519	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2183697--2183737	21	2.0	21	85	9	57	43	7	4	43	1.53
2193052--2193106	24	2.4	22	82	11	58	56	5	23	14	1.59
2194387--2194411	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2195353--2195392	21	1.9	21	84	0	53	30	17	10	42	1.82
2197260--2197288	6	4.8	6	100	0	58	13	0	68	17	1.20
2198409--2198489	30	2.7	30	81	7	92	43	18	33	4	1.72
2198475--2198601	51	2.6	50	81	12	154	44	14	33	7	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198700--2198755	18	3.1	18	92	0	85	21	21	26	30	1.98
2201007--2201133	21	5.9	20	81	9	119	33	17	18	31	1.94
2201056--2201122	24	3.0	23	89	6	93	32	17	17	31	1.94
2201924--2202005	21	4.0	20	76	14	85	40	21	14	23	1.90
2201923--2202002	42	1.9	42	86	0	115	38	23	13	23	1.91
2204647--2204696	20	2.5	20	83	0	64	38	2	14	46	1.56
2204762--2204815	21	2.7	21	86	11	69	31	5	14	48	1.67
2204893--2204935	20	2.2	20	86	0	59	37	13	13	34	1.85
2204942--2204987	19	2.3	20	81	7	58	36	17	8	36	1.81
2208678--2208774	4	24.2	4	95	0	167	49	2	0	48	1.12
2208678--2208774	6	16.2	6	94	0	167	49	2	0	48	1.12
2208678--2208774	10	9.7	10	95	0	167	49	2	0	48	1.12
2209546--2209589	23	1.9	23	95	0	79	22	13	50	13	1.77
2215236--2215269	14	2.4	14	95	0	59	38	2	29	29	1.72
2215296--2215320	7	3.6	7	100	0	50	0	28	44	28	1.55
2219971--2220252	138	2.1	137	85	3	379	28	13	18	40	1.87
2221246--2221370	31	4.0	31	93	2	198	38	23	18	20	1.93
2223111--2223176	29	2.3	29	83	0	78	30	7	18	43	1.77
2223495--2223522	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2224951--2224988	3	12.7	3	100	0	76	0	0	31	68	0.90
2225394--2225419	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2226772--2226836	3	21.7	3	100	0	130	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2226932--2227023	5	18.4	5	97	0	175	19	1	41	38	1.59
2227118--2227171	17	3.2	17	82	7	58	66	0	1	31	1.02
2231738--2232022	129	2.2	129	96	0	527	33	16	24	24	1.96
2231733--2231968	64	3.7	65	79	11	288	36	17	23	23	1.95
2231997--2232054	20	2.6	22	86	10	75	31	18	22	27	1.97
2232883--2233272	193	2.0	193	100	0	780	38	3	21	37	1.69
2233269--2233990	6	123.0	6	94	5	1282	33	0	16	49	1.46
2236757--2236807	25	2.0	25	100	0	102	39	7	15	37	1.77
2240300--2240346	22	2.1	22	92	0	76	48	12	0	38	1.41
2241859--2241897	14	2.8	14	88	0	51	69	0	2	28	1.02
2242823--2242847	9	2.8	9	100	0	50	20	36	0	44	1.52
2243457--2243482	10	2.6	10	100	0	52	0	50	30	19	1.48
2246641--2246675	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2247075--2247108	16	2.1	16	94	0	59	38	35	17	8	1.81
2247078--2247112	16	2.2	16	89	0	52	40	37	14	8	1.76
2247329--2247362	16	2.1	16	94	0	59	38	35	17	8	1.81
2247332--2247366	16	2.2	16	89	0	52	40	37	14	8	1.76
2247042--2247552	254	2.0	255	98	1	983	30	27	23	18	1.98
2259567--2259605	20	1.9	21	84	5	53	51	0	5	43	1.24
2259629--2259659	14	2.2	14	94	0	53	35	0	0	64	0.94
2263176--2263459	155	1.8	155	83	3	374	33	21	8	36	1.84
2268615--2268659	20	2.2	20	88	0	63	53	2	0	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2269185--2269226	16	2.6	16	88	3	57	47	0	2	50	1.14
2273627--2273961	50	6.8	51	78	11	301	50	13	10	25	1.74
2274027--2274057	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2274205--2274241	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2281952--2281998	18	2.6	18	86	3	58	46	10	0	42	1.38
2282042--2282130	30	3.0	29	77	9	92	41	4	1	52	1.29
2282112--2282461	30	11.9	28	76	12	98	55	3	5	35	1.40
2282164--2282213	16	3.2	16	70	13	50	60	0	6	34	1.21
2282203--2282380	88	2.0	88	100	0	356	53	4	6	34	1.47
2282171--2282402	118	2.0	119	85	2	315	54	3	6	35	1.43
2282174--2282416	61	4.1	60	81	7	246	53	3	6	36	1.42
2283427--2283495	9	7.0	9	70	23	50	49	10	4	36	1.57
2283427--2283495	22	3.5	20	75	16	63	49	10	4	36	1.57
2283446--2283568	65	1.9	62	90	8	194	45	8	5	40	1.57
2283515--2283626	13	8.2	13	65	20	50	48	8	4	39	1.53
2283448--2283597	65	2.3	64	84	8	180	46	8	5	40	1.56
2283619--2283752	31	4.3	30	70	18	76	47	7	2	43	1.44
2283640--2283682	18	2.3	19	81	18	54	55	2	2	39	1.25
2283779--2283824	24	1.9	24	82	8	58	45	6	4	43	1.49
2284027--2284068	22	2.0	21	86	13	59	64	7	0	28	1.20
2284194--2284254	13	4.8	13	67	4	52	47	6	4	40	1.51
2284189--2284422	18	13.3	18	67	18	100	44	5	6	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284251--2284392	51	2.8	51	88	2	196	42	4	7	45	1.53
2284269--2284459	87	2.2	84	89	4	285	43	6	5	43	1.54
2284234--2284430	18	11.3	18	72	13	162	45	5	6	43	1.52
2284494--2284651	60	2.6	60	86	3	174	46	6	10	35	1.66
2284516--2284651	60	2.2	60	93	1	236	47	7	8	36	1.63
2285273--2285427	18	8.6	18	78	0	103	43	43	5	8	1.57
2285281--2285408	36	3.7	36	85	6	151	42	43	5	8	1.58
2285320--2285427	6	18.0	6	82	2	119	46	44	2	6	1.43
2295869--2295898	6	5.0	6	95	0	51	16	30	33	20	1.94
2296733--2297100	131	2.8	131	84	3	454	39	16	11	32	1.84
2299270--2299300	15	2.1	14	94	5	53	61	12	19	6	1.53
2299918--2300366	224	2.0	224	100	0	898	32	18	10	38	1.85
2300318--2300536	59	3.8	58	91	1	341	34	20	13	31	1.91
2300318--2300536	116	1.9	116	89	2	341	34	20	13	31	1.91
2300866--2301088	94	2.4	95	93	0	376	25	26	17	30	1.97
2307296--2307632	59	5.7	59	90	2	502	35	18	12	34	1.88
2307296--2307632	120	2.9	116	88	4	482	35	18	12	34	1.88
2307954--2308112	74	2.1	75	89	3	241	25	21	18	33	1.96
2307954--2308132	74	2.4	73	85	4	189	25	22	18	33	1.97
2308922--2309228	132	2.3	133	85	2	420	32	15	19	32	1.93
2311600--2311640	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
2314295--2314328	11	3.1	11	91	0	59	41	8	23	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2317650--2317683	16	2.0	18	88	11	54	52	5	2	38	1.41
2318053--2318375	131	2.5	128	85	3	407	39	17	9	33	1.82
2322860--2323121	130	2.0	130	97	0	497	24	17	27	29	1.98
2323691--2323866	15	11.5	15	86	8	230	47	0	1	51	1.11
2323846--2324431	32	19.4	32	67	23	242	34	0	12	53	1.39
2323846--2324677	54	15.4	54	71	15	503	34	0	12	52	1.39
2323704--2323921	60	3.4	66	83	9	247	44	0	4	50	1.20
2323869--2323911	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
2323923--2323965	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2323977--2324019	22	2.0	22	100	0	86	39	0	9	51	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30