genome.fa.s8478.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008478.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111309_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1476524

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13684--13771	27	3.1	27	79	12	88	53	2	5	38	1.37
13730--13817	25	3.4	26	74	16	85	52	0	3	44	1.18
14788--14893	31	3.4	31	84	6	115	22	13	11	52	1.71
18940--18976	15	2.5	15	90	0	56	40	24	8	27	1.83
19896--19944	21	2.3	21	89	0	71	42	8	18	30	1.79
20387--20442	2	27.5	2	92	3	94	50	3	0	46	1.19
34053--34092	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
41172--41245	20	3.7	20	83	7	96	31	24	25	18	1.98
41308--41385	21	3.7	21	89	0	102	23	17	38	20	1.93
41454--41516	29	2.1	29	85	11	83	50	12	6	30	1.65
45393--45432	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
45415--45474	19	2.9	20	85	9	68	16	26	35	21	1.95
49277--49316	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
54242--54281	21	1.9	22	90	10	66	15	10	37	37	1.80
54394--54463	20	3.5	20	78	3	68	27	22	28	21	1.99
54385--54463	41	1.9	41	84	5	106	25	25	27	21	1.99
54502--54544	22	1.9	23	90	4	70	20	25	27	25	1.99
54491--54586	21	4.6	20	80	13	95	21	21	33	22	1.97
54491--54586	42	2.3	42	80	7	115	21	21	33	22	1.97
54666--54723	30	2.0	29	86	10	82	48	15	1	34	1.55
54666--54725	29	2.0	30	90	6	95	46	15	3	35	1.62
64094--64161	34	2.0	34	88	0	100	41	7	19	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66409--66465	30	1.9	30	92	0	96	40	7	7	45	1.58
66479--67201	54	13.5	54	68	19	383	52	13	0	33	1.41
66491--66539	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
66493--67444	80	11.8	81	80	13	833	52	13	0	33	1.41
66574--66655	22	3.5	22	78	12	101	52	17	0	30	1.45
66639--67444	32	27.4	32	67	25	237	52	13	0	33	1.40
66703--66745	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
66705--66753	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
66757--66799	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
66643--66833	22	11.1	18	63	25	65	53	12	0	34	1.38
66479--67045	134	4.2	134	88	7	909	52	13	0	34	1.41
66842--66887	22	2.0	22	87	4	65	54	15	0	30	1.41
66913--66960	14	3.1	15	72	21	53	54	6	0	39	1.26
66479--67345	268	3.3	265	84	10	1223	52	13	0	33	1.41
66947--67021	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
67029--67102	22	3.2	22	70	16	60	55	17	0	27	1.42
67217--67259	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
66842--67444	54	11.1	54	80	11	700	53	13	0	33	1.40
67219--67267	22	2.2	22	85	3	62	57	14	0	28	1.38
67271--67313	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
67273--67321	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
67325--67367	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67327--67375	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
67379--67421	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
67424--67586	15	10.5	15	83	9	202	51	1	0	46	1.11
67377--67471	22	4.2	22	69	13	77	51	10	0	37	1.37
70306--70349	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
75401--75616	116	1.9	116	91	1	353	39	11	11	37	1.76
80451--80581	65	2.0	65	92	0	217	32	17	10	38	1.84
80942--80982	21	2.0	21	85	0	55	34	2	2	60	1.23
83197--83240	13	3.4	13	80	0	61	18	2	11	68	1.30
83913--83957	22	2.0	23	83	12	58	57	0	6	35	1.25
84037--84084	15	3.4	14	80	11	53	66	2	0	31	1.03
84614--84731	51	2.3	51	86	1	157	17	32	28	21	1.96
84614--84731	50	2.3	51	85	1	148	17	32	28	21	1.96
84904--84932	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
86611--86649	18	2.2	18	95	0	69	25	28	23	23	1.99
90683--90781	51	2.0	50	86	6	137	28	17	26	28	1.97
91522--91859	20	16.6	20	78	6	187	40	18	22	18	1.92
91667--91837	40	4.2	40	85	4	234	36	16	25	21	1.94
91646--91823	83	2.1	83	90	0	275	35	17	25	21	1.95
91830--91869	20	2.0	20	90	0	62	52	20	17	10	1.72
91944--92018	6	13.0	6	98	1	129	30	52	17	0	1.45
92703--92798	6	16.5	6	98	1	171	0	16	52	31	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92876--92919	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
92906--93243	20	16.6	20	79	6	178	18	23	19	38	1.93
92908--93139	40	5.7	40	85	4	293	19	25	18	36	1.94
93193--93243	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
100664--100713	19	2.6	19	80	3	55	46	12	4	38	1.60
100460--101277	420	2.0	414	84	3	1086	44	8	8	38	1.65
106747--106813	34	1.9	34	82	14	84	19	11	19	49	1.79
110029--110107	4	19.8	4	100	0	158	50	0	25	24	1.49
111593--111650	23	2.5	23	88	0	89	51	12	22	13	1.74
119429--119494	29	2.3	29	78	5	71	54	6	0	39	1.25
120340--120519	93	1.9	92	84	7	240	29	22	18	30	1.97
120405--120466	28	2.2	28	91	0	97	27	22	20	29	1.99
125165--125196	10	3.2	10	100	0	64	59	28	0	12	1.34
127196--127275	21	3.8	21	77	12	74	13	23	37	25	1.92
127215--127277	23	3.0	21	83	6	74	14	23	36	25	1.93
135471--135552	23	3.6	22	80	8	94	24	24	24	26	2.00
138278--138335	19	2.9	20	87	7	91	29	24	15	31	1.95
138322--138445	64	1.9	65	88	8	191	29	23	18	28	1.98
139675--139709	17	2.0	18	88	5	54	54	8	0	37	1.31
139863--139928	31	2.2	31	86	10	93	63	3	1	31	1.19
139889--139938	25	2.0	25	84	4	64	58	4	2	36	1.29
139841--140127	30	9.4	30	70	15	155	54	2	8	35	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140007--140136	31	4.3	29	75	15	104	49	3	12	35	1.56
167720--167784	3	22.0	3	87	9	89	35	0	0	64	0.94
173542--173748	76	2.8	76	89	1	301	20	23	31	24	1.98
174068--174128	30	2.0	30	100	0	122	39	16	3	40	1.65
176264--176323	19	2.9	20	85	9	68	16	26	35	21	1.95
180068--180107	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
182011--182213	76	2.7	77	88	4	288	19	24	33	23	1.97
187808--187980	75	2.3	75	85	5	217	30	15	23	31	1.95
189331--189404	22	3.4	22	77	3	78	35	16	14	33	1.89
190078--190682	46	13.0	46	92	3	935	24	21	19	34	1.96
190078--190682	140	4.3	139	91	2	955	24	21	19	34	1.96
190325--190401	26	3.2	26	61	21	67	24	20	15	38	1.92
190078--190792	186	3.9	186	89	4	1002	24	21	19	34	1.96
190699--190792	45	2.1	45	100	0	188	23	24	19	32	1.97
192538--192574	18	2.1	19	85	10	51	45	0	0	54	1.00
194129--194179	24	2.1	24	85	10	68	43	1	11	43	1.52
195284--195325	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
212480--212538	2	30.0	2	96	3	111	49	0	0	50	1.00
213797--213867	19	3.8	17	72	18	52	71	2	5	19	1.18
213821--213890	30	2.4	31	80	15	78	75	0	5	18	0.99
213866--213904	19	2.0	20	85	5	53	71	2	5	20	1.17
214985--215010	7	3.7	7	100	0	52	88	11	0	0	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215032--215249	74	3.0	71	80	7	249	46	5	1	45	1.36
215040--215285	36	6.6	37	79	9	236	45	6	1	46	1.37
215169--215193	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
215043--215283	74	3.3	72	78	12	240	46	6	1	45	1.38
215270--215328	2	30.0	2	96	3	111	49	0	0	50	1.00
215890--217301	84	17.1	83	80	7	1451	25	19	25	30	1.98
215890--217301	165	8.5	163	78	7	1312	25	19	25	30	1.98
215890--217331	249	5.8	249	89	1	2038	24	19	25	30	1.98
219865--219905	18	2.3	18	91	8	66	2	29	24	43	1.67
220426--220494	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7