genome.fa.s8478.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008478.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111309_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1476524

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800569--800628	23	2.5	24	86	5	77	31	1	0	66	1.01
800583--800639	23	2.5	22	82	2	60	28	1	0	70	0.98
800697--800739	20	2.2	19	84	12	52	30	11	0	58	1.34
805224--805328	54	1.9	54	92	3	176	40	20	14	25	1.90
805329--805678	120	2.9	120	92	1	558	34	28	16	20	1.94
805783--806001	81	2.7	83	80	8	259	33	24	16	26	1.96
805747--806024	84	3.4	82	79	7	291	34	23	17	24	1.96
807449--807499	7	7.1	7	76	10	50	31	0	0	68	0.90
807429--807571	61	2.3	64	77	16	147	27	4	1	66	1.18
807468--807514	25	2.0	24	87	8	69	31	2	0	65	1.04
807604--807645	20	2.1	20	90	0	66	30	9	0	59	1.29
815245--815293	20	2.5	20	83	3	55	28	12	4	55	1.55
816598--816655	19	2.9	20	85	10	66	36	8	12	43	1.73
822861--822953	43	2.2	43	94	0	159	19	23	11	45	1.83
834925--834997	23	3.2	23	78	1	85	36	20	23	19	1.95
834986--835036	22	2.3	22	83	6	59	43	17	5	33	1.73
841851--841911	23	2.7	23	80	10	70	39	24	22	13	1.90
841913--841962	22	2.3	22	82	6	57	44	20	8	28	1.79
842631--842670	15	2.7	15	84	0	53	25	25	22	27	2.00
850394--850438	20	2.3	19	82	14	56	53	8	17	20	1.70
851047--851071	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
852755--852820	33	2.0	33	90	0	105	28	0	46	24	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854904--855641	200	3.7	201	90	1	1144	36	14	17	31	1.89
857103--857161	3	19.7	3	82	0	73	37	1	33	27	1.67
858440--858510	21	3.4	21	98	0	133	25	15	21	38	1.92
861529--861686	73	2.2	73	82	7	180	33	16	20	29	1.95
862013--862168	84	1.9	84	94	1	278	30	14	12	41	1.84
862092--862134	23	1.9	22	85	4	59	34	18	9	37	1.83
863889--863914	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
864475--864903	217	2.0	216	93	0	732	39	11	11	37	1.79
864963--865014	11	5.1	10	77	13	52	65	0	0	34	0.93
866846--866872	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
869307--869380	32	2.4	32	82	10	100	48	5	1	44	1.34
873327--873396	22	3.5	22	66	22	71	37	8	15	38	1.78
873327--873442	34	3.3	34	89	4	169	34	8	17	39	1.80
873329--873443	38	3.1	38	82	13	168	33	8	17	40	1.80
877907--877963	25	2.4	25	81	18	68	61	3	3	31	1.30
879222--879279	3	19.3	3	76	13	57	62	0	1	36	1.06
879221--879275	19	2.8	20	83	8	69	61	0	1	36	1.06
879586--879949	45	8.1	45	92	0	570	33	19	21	25	1.97
879883--880101	76	2.9	76	88	2	300	33	20	20	26	1.96
880779--880855	22	3.5	22	87	0	100	40	14	9	36	1.77
881226--881380	54	2.9	54	82	1	177	22	21	16	39	1.92
884709--884873	76	2.2	75	87	3	242	30	2	10	56	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885522--885562	21	1.9	22	90	5	66	19	4	0	75	0.98
891072--891112	10	3.8	11	78	15	50	17	0	2	80	0.82
892952--893116	76	2.2	75	86	3	233	29	2	11	56	1.48
893065--893199	64	2.1	64	82	8	159	28	1	17	53	1.52
893764--893804	21	1.9	22	90	5	66	19	4	0	75	0.98
897899--897939	6	6.0	7	78	16	50	58	12	14	14	1.63
898555--898626	36	2.0	36	88	0	108	27	11	19	41	1.85
900267--900309	12	3.3	13	83	9	52	58	2	6	32	1.38
901179--901209	16	1.9	16	100	0	62	35	32	25	6	1.82
901648--901735	3	29.3	3	79	8	99	60	0	2	37	1.10
908190--908224	18	1.9	18	94	0	61	45	28	2	22	1.67
909199--909223	12	2.1	12	100	0	50	8	24	44	24	1.80
913176--913265	33	2.8	33	73	6	85	38	4	5	51	1.46
914694--914727	16	2.2	16	89	5	52	44	5	0	50	1.26
915838--916190	183	1.9	183	81	4	426	38	8	10	42	1.70
921472--921514	15	2.9	15	80	13	52	18	4	0	76	0.95
921612--921670	3	19.7	3	75	6	57	32	3	1	62	1.21
921612--921674	33	1.9	33	86	0	90	33	3	1	61	1.21
921715--921808	13	6.4	14	73	15	57	12	6	4	76	1.12
921684--921783	52	1.9	53	81	6	123	13	12	2	73	1.19
921680--921808	14	9.5	13	67	18	59	12	10	3	74	1.18
934114--934167	24	2.2	24	90	0	90	20	46	16	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
944185--944233	13	3.6	14	78	10	50	81	2	12	4	0.91
944187--944233	11	4.3	11	77	0	58	85	2	10	2	0.78
945061--945373	55	5.6	55	68	20	170	34	22	18	24	1.96
947177--947251	26	3.0	25	79	13	75	14	4	6	74	1.17
947307--947365	3	19.7	3	76	13	59	33	3	1	61	1.23
947326--947375	12	4.5	11	74	20	50	32	4	2	62	1.25
947403--947504	9	11.1	9	68	16	50	16	7	2	72	1.20
949337--949387	17	3.0	17	73	15	52	45	11	13	29	1.79
950561--950618	18	3.1	18	85	5	71	34	5	17	43	1.71
950561--950627	18	3.8	18	79	14	70	35	4	19	40	1.72
951032--951074	15	2.7	15	89	7	59	34	18	11	34	1.87
951106--951148	21	2.0	21	90	0	68	4	20	16	58	1.56
951959--952038	31	2.6	30	80	11	90	42	1	3	52	1.27
951992--952041	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
952672--952731	11	5.9	11	80	11	58	56	0	0	43	0.99
952676--952731	20	2.9	19	83	2	76	57	0	0	42	0.99
952672--952755	31	2.7	31	83	7	91	55	2	0	41	1.12
952671--952734	19	3.3	19	75	14	67	54	0	0	45	0.99
953299--953383	29	2.8	30	82	5	109	43	8	9	38	1.67
955636--955683	21	2.3	21	100	0	96	45	6	27	20	1.75
957619--957671	23	2.3	23	87	3	72	56	0	1	41	1.10
967931--967991	29	2.2	27	74	8	68	65	1	1	31	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
969031--969083	21	2.5	21	90	0	79	30	30	20	18	1.97
969087--969172	19	4.3	19	78	11	91	24	20	19	34	1.96
970926--970967	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
971703--971782	35	2.3	35	91	0	124	43	23	0	32	1.54
971703--971798	35	2.7	35	82	3	104	43	27	0	29	1.55
971951--972243	148	2.0	148	90	1	462	36	6	8	48	1.59
972623--972701	35	2.2	35	80	6	88	35	2	20	41	1.66
976382--976418	17	2.2	17	95	4	67	45	8	16	29	1.76
976675--977248	81	7.1	81	87	3	744	31	22	11	35	1.89
976700--977248	161	3.4	160	88	2	753	31	22	11	34	1.89
976700--977248	242	2.3	241	87	3	775	31	22	11	34	1.89
977409--977543	57	2.4	57	91	1	209	34	18	9	37	1.84
977965--978020	20	2.8	20	84	10	78	23	30	16	30	1.96
980479--980518	21	1.9	21	100	0	80	45	5	32	17	1.70
983426--983589	32	5.1	32	82	0	166	29	26	26	17	1.98
989001--989044	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
993424--993458	18	1.9	18	94	0	61	25	31	5	37	1.80
996651--996726	11	6.5	11	72	23	59	64	3	2	28	1.25
998111--998180	16	4.5	16	74	16	58	55	0	2	41	1.14
998127--998190	34	1.9	33	90	3	101	57	0	3	39	1.14
998312--998955	76	8.5	76	95	0	1144	35	21	20	23	1.96
998959--999282	166	2.0	166	88	2	490	39	11	13	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
999797--999851	22	2.5	22	90	0	92	40	14	9	36	1.78
1000222--1000422	54	3.8	53	83	6	232	24	21	14	38	1.92
1000222--1000422	104	1.9	104	85	6	278	24	21	14	38	1.92
1000803--1000875	35	2.1	34	85	7	94	35	19	10	34	1.87
1000911--1001352	221	2.0	221	99	0	866	25	19	17	37	1.94
1001948--1002175	114	2.0	114	92	0	375	29	21	17	31	1.96
1006980--1007020	14	2.9	15	82	10	52	58	9	17	14	1.62
1006980--1007020	6	5.9	7	81	18	50	58	9	17	14	1.62
1009362--1009411	15	2.8	18	71	22	52	74	0	2	24	0.93
1009349--1009398	15	3.3	15	78	13	57	74	0	0	26	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7