genome.fa.s8504.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008504.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111356_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2056749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2459--2487	14	2.0	15	93	6	51	13	48	27	10	1.75
12122--12151	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
16978--17007	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
21276--21327	22	2.4	22	83	6	61	55	19	13	11	1.68
28684--28723	20	2.0	21	90	5	64	52	0	0	47	1.00
30804--31098	81	3.6	81	92	1	484	28	22	12	36	1.90
31086--31436	68	5.2	68	92	0	587	26	25	16	32	1.96
31690--31818	58	2.2	56	83	5	159	33	20	11	34	1.89
38536--38576	22	2.0	21	85	9	57	36	26	14	21	1.93
50636--50667	15	2.1	15	94	0	55	21	6	18	53	1.67
54906--54989	34	2.4	35	88	5	127	41	34	4	19	1.72
59904--59936	16	2.2	15	89	10	50	21	9	6	63	1.45
61357--61433	37	2.1	37	83	9	95	48	1	5	45	1.33
61577--61614	20	1.9	20	84	10	51	21	23	10	44	1.83
69493--69518	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
77199--77238	21	1.9	21	94	0	71	30	27	20	22	1.98
79505--79606	17	5.9	17	74	4	78	37	13	5	43	1.69
82901--83008	44	2.5	42	80	10	117	46	8	3	41	1.52
82901--83014	45	2.6	43	80	9	122	46	8	3	41	1.52
82988--83071	24	3.5	24	80	6	64	45	4	2	47	1.36
86215--86262	25	2.0	24	87	4	69	54	16	4	25	1.60
87852--87886	15	2.3	15	100	0	70	28	34	22	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94706--94740	15	2.3	15	100	0	70	28	34	22	14	1.93
97307--97665	53	6.6	55	89	3	482	28	27	13	29	1.95
97307--97665	108	3.3	108	87	3	517	28	27	13	29	1.95
98676--98740	33	2.0	33	84	6	87	10	15	0	73	1.08
108695--108732	16	2.3	16	95	4	67	36	28	7	26	1.84
110498--110545	25	2.0	24	87	4	69	54	16	4	25	1.60
112632--112663	11	2.9	11	90	0	55	87	0	12	0	0.54
114058--114113	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
124144--124193	20	2.5	20	96	0	91	56	4	8	32	1.47
127106--127305	61	3.1	60	69	21	163	48	4	5	42	1.45
127411--127445	18	1.9	18	88	0	52	68	2	0	28	1.04
127681--127716	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
129398--129734	124	2.7	126	83	5	424	26	17	15	40	1.89
129398--129789	124	3.3	122	80	9	346	28	17	15	39	1.89
129691--129862	73	2.3	75	91	2	276	32	13	18	35	1.90
129769--130164	113	3.5	113	90	1	616	28	19	16	36	1.93
131184--131264	30	2.7	30	82	1	92	35	29	18	16	1.92
131194--131281	30	2.9	31	80	6	83	35	28	18	18	1.94
131947--131981	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
132466--132632	64	2.6	63	80	6	174	29	19	17	32	1.95
136703--136729	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
137219--137379	64	2.5	62	83	8	180	26	20	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143015--143049	16	2.1	17	89	5	54	11	20	0	68	1.20
146121--146690	285	2.0	284	99	0	1122	34	21	19	24	1.96
151766--152016	81	3.1	80	87	3	351	30	23	10	35	1.89
152169--152424	56	4.6	56	90	3	401	37	15	9	38	1.79
152169--152428	111	2.3	111	91	0	421	36	15	9	37	1.81
157473--157724	81	3.1	79	82	2	279	30	21	9	37	1.86
157876--158081	56	3.7	56	88	1	281	38	14	10	36	1.79
157876--158081	111	1.9	111	88	0	313	38	14	10	36	1.79
158426--158483	22	2.8	21	84	7	66	31	25	13	29	1.94
160578--160645	26	2.6	26	88	0	100	54	0	7	38	1.28
162623--162667	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
164543--164576	10	3.1	11	91	8	52	61	0	0	38	0.96
164952--164981	14	2.1	14	93	0	51	36	3	0	60	1.14
165837--165866	16	1.9	16	93	6	53	80	3	3	13	0.97
165929--165971	18	2.4	18	92	0	68	72	0	6	20	1.08
172394--172425	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
172739--172763	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
173039--173532	245	2.0	248	98	1	967	25	28	23	21	1.99
176662--176701	17	2.3	17	91	4	62	42	20	0	37	1.52
176928--176994	3	22.7	3	96	3	127	67	0	0	32	0.91
177087--177132	13	3.6	13	80	8	51	58	4	6	30	1.43
177384--177423	17	2.3	17	91	4	62	42	20	2	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177648--177692	3	15.3	3	90	4	74	66	0	0	33	0.92
177775--177820	13	3.6	13	80	8	51	58	4	6	30	1.43
202724--202755	15	2.1	16	94	5	57	12	0	0	87	0.54
205584--205638	18	3.2	17	78	12	60	61	7	14	16	1.54
212854--212898	17	2.6	18	89	10	76	11	11	0	77	0.99
212859--212896	8	4.8	8	87	12	60	10	10	0	78	0.95
212858--212897	9	4.8	9	82	17	59	10	10	0	80	0.92
222651--222684	16	2.1	16	100	0	68	17	29	32	20	1.96
224375--224407	16	2.1	16	100	0	66	36	12	27	24	1.91
224606--224630	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
224977--225073	47	2.0	48	86	6	133	46	9	9	35	1.68
225378--225592	112	1.9	112	88	3	326	36	11	11	40	1.77
233746--233964	64	3.4	64	82	1	224	32	19	19	28	1.96
234621--234776	31	5.0	31	94	1	260	19	17	23	39	1.92
237811--237971	64	2.5	64	84	2	207	32	21	21	24	1.98
238628--238721	31	3.0	31	93	3	154	19	19	23	38	1.93
239555--239584	11	2.8	11	95	5	53	70	0	20	10	1.16
241441--241521	2	43.0	2	70	20	50	51	2	3	41	1.32
241458--241521	27	2.3	27	83	2	74	51	1	4	42	1.32
242285--242344	9	6.3	9	81	9	66	13	31	30	25	1.93
242285--242344	19	3.2	18	81	11	75	13	31	30	25	1.93
242280--242338	29	2.0	29	87	6	84	13	28	28	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242295--242352	29	2.0	29	83	6	73	15	34	29	20	1.94
242341--242383	22	2.0	22	100	0	86	18	48	23	9	1.76
246991--247063	33	2.2	32	90	2	110	36	32	12	17	1.87
248475--248555	3	27.0	3	95	5	146	32	0	0	67	0.91
249244--249305	29	2.1	29	90	0	97	20	29	30	19	1.97
250303--250360	5	11.6	5	100	0	116	60	0	39	0	0.97
250388--250414	14	1.9	14	100	0	54	7	3	14	74	1.18
250479--250517	17	2.3	17	86	8	53	41	0	12	46	1.42
250436--250598	83	2.0	83	95	0	290	39	2	9	49	1.48
253644--253754	21	4.9	21	71	21	73	41	0	9	47	1.43
253628--253743	49	2.4	49	91	8	186	41	0	12	46	1.41
253828--253954	59	2.2	57	84	11	159	41	2	7	48	1.45
253846--253906	14	4.7	14	76	17	60	42	1	6	49	1.38
256240--256288	22	2.2	23	96	3	91	36	14	0	48	1.44
256262--256337	31	2.5	31	84	4	73	46	11	1	40	1.49
256506--256545	21	1.9	21	100	0	80	57	15	0	27	1.38
256573--256625	21	2.8	18	76	17	63	54	7	0	37	1.29
256574--256616	21	2.0	21	95	0	77	55	6	0	37	1.27
256573--256676	35	2.9	35	78	8	93	51	8	0	39	1.33
256735--256799	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55
256863--256911	21	2.3	20	83	16	64	59	16	0	24	1.37
256885--256969	39	2.2	39	97	0	161	42	16	2	38	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256896--256993	39	2.5	37	85	9	133	44	15	2	37	1.58
256986--257023	9	4.2	9	83	10	51	65	2	0	31	1.06
257398--257469	29	2.4	28	86	6	81	22	38	23	15	1.92
257410--257469	29	2.1	29	90	0	93	20	40	23	16	1.91
257813--258014	72	2.8	72	83	5	226	22	35	16	25	1.95
258023--258178	60	2.6	60	93	0	258	19	35	19	26	1.95
258114--258209	45	2.1	45	80	0	111	21	38	15	23	1.92
258129--258214	45	1.9	45	87	0	127	20	39	16	23	1.92
259254--259329	40	1.9	38	86	5	107	59	3	3	32	1.34
263987--264028	16	2.7	15	82	10	57	45	11	4	38	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10