genome.fa.s8504.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008504.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111356_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2056749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  4  of  10  ( 1190 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787295--787327	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
787653--787689	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
787917--788028	38	3.2	37	66	23	98	61	6	3	28	1.37
787954--788018	29	2.3	29	79	15	73	61	3	3	32	1.27
791035--791062	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
791202--791269	16	4.2	16	71	21	52	51	0	1	47	1.09
791216--791284	30	2.3	31	80	14	81	52	1	1	44	1.19
791753--791823	16	4.4	16	87	0	88	22	26	11	39	1.88
792079--792128	23	2.1	24	92	3	84	50	0	2	48	1.12
792565--792607	19	2.2	19	95	4	77	23	34	0	41	1.55
792712--792760	2	25.0	2	80	12	57	53	2	2	42	1.24
793199--793225	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
793331--793374	19	2.3	20	80	11	56	40	2	36	20	1.65
793343--793384	19	2.3	19	91	4	68	45	0	26	28	1.54
793608--793665	14	4.1	14	77	6	55	48	24	0	27	1.51
793683--793736	13	4.3	13	77	17	69	50	7	1	40	1.41
793891--794092	15	14.3	14	68	23	70	41	5	4	48	1.48
793843--793936	15	6.3	15	72	11	50	45	5	2	46	1.37
793951--793993	18	2.4	18	88	0	59	32	6	2	58	1.38
793961--794000	18	2.2	18	100	0	80	30	5	5	60	1.40
793991--794072	13	5.9	14	73	15	64	42	8	6	42	1.60
793990--794087	41	2.2	46	77	8	107	41	7	6	44	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794053--794205	18	8.3	18	71	23	79	45	3	5	46	1.42
794010--794200	98	2.0	95	89	5	294	43	4	5	46	1.47
794143--794233	2	48.0	2	71	22	63	47	1	2	49	1.21
800520--800548	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
811750--811779	16	1.9	16	93	6	53	46	20	0	33	1.51
823558--823615	21	2.7	22	76	10	57	39	8	5	46	1.57
838748--838807	28	2.1	28	81	6	68	51	3	1	43	1.28
838814--838851	15	2.7	14	84	11	51	42	0	0	57	0.98
841462--841494	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
842410--842586	79	2.2	79	81	3	212	28	25	19	26	1.98
842410--842586	40	4.5	39	84	1	201	28	25	19	26	1.98
842738--842777	22	1.9	21	85	10	55	42	10	10	37	1.72
845221--845449	116	2.0	115	83	5	293	37	16	6	39	1.75
851602--851648	19	2.6	18	80	12	51	48	0	8	42	1.33
854597--854629	12	2.8	12	100	0	66	0	39	36	24	1.56
856284--856332	23	2.2	23	82	7	66	20	20	40	18	1.91
863271--863770	45	11.2	45	86	4	415	22	20	11	45	1.83
863271--863770	90	5.6	90	86	3	654	22	20	11	45	1.83
863271--863770	135	3.7	135	85	3	656	22	20	11	45	1.83
863579--863742	84	2.0	84	95	0	292	21	21	10	45	1.82
863696--863768	24	3.2	24	68	18	73	24	19	10	45	1.82
864134--864334	95	2.1	96	82	4	237	23	23	12	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866234--866272	19	2.0	21	90	10	64	38	7	2	51	1.44
866350--866399	6	7.7	6	91	8	64	50	0	0	50	1.00
866414--866452	15	2.7	14	88	11	53	56	2	0	41	1.13
867819--867975	65	2.4	64	85	3	199	24	17	26	31	1.97
867865--868021	65	2.4	65	81	2	163	25	16	25	32	1.96
868318--869493	589	2.0	587	95	1	2115	41	16	13	28	1.86
873981--874020	21	1.9	21	90	10	64	32	7	5	55	1.50
875996--876034	20	2.0	20	100	0	78	53	10	5	30	1.56
877443--877533	45	2.0	45	91	4	148	36	15	23	25	1.94
879804--879856	13	4.1	13	73	9	54	26	18	16	37	1.93
879924--879953	13	2.3	13	94	0	51	30	20	6	43	1.77
879814--879997	98	1.9	98	81	4	228	33	20	15	31	1.93
880025--880122	2	48.5	2	97	2	187	48	1	0	50	1.07
880020--880136	22	5.1	25	89	7	94	50	3	0	46	1.18
881628--881703	25	3.0	26	69	11	75	2	36	6	53	1.41
887823--887855	16	2.1	16	94	0	57	30	15	18	36	1.91
888510--888539	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
891173--891252	32	2.5	30	76	11	79	27	30	27	15	1.96
892165--892230	31	2.1	31	91	0	105	37	13	25	22	1.91
893117--893187	31	2.3	31	90	0	106	52	1	2	43	1.24
893317--893386	31	2.3	31	85	5	88	27	22	12	37	1.91
893334--893393	31	1.9	31	96	0	111	23	23	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894818--895065	130	1.9	130	93	0	424	35	14	13	36	1.85
894832--895096	130	2.0	129	81	4	309	38	12	13	34	1.83
895393--895455	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
895535--895568	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
895568--895625	30	1.9	30	82	6	73	44	6	1	46	1.40
895690--895732	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
895701--895786	35	2.5	35	84	0	100	37	1	20	40	1.61
896009--896059	3	16.7	3	81	4	57	31	5	1	60	1.31
897564--897590	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
897642--897680	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
902755--902815	25	2.5	24	82	12	72	31	9	3	55	1.48
903567--903602	17	2.1	17	100	0	72	52	5	25	16	1.65
905028--905097	29	2.3	30	78	9	72	51	5	12	30	1.63
910881--910935	23	2.4	23	81	6	67	45	0	1	52	1.11
911704--911743	19	2.0	20	85	4	55	62	0	0	37	0.95
911552--912223	221	3.0	219	81	6	716	46	6	5	40	1.55
913742--913788	20	2.3	20	92	0	76	36	31	14	17	1.90
917170--917211	17	2.5	17	100	0	84	16	28	16	38	1.91
919123--919566	54	8.3	53	86	4	525	32	17	15	34	1.91
919123--919566	162	2.8	160	86	4	590	32	17	15	34	1.91
920855--920943	5	17.8	5	100	0	178	40	19	0	40	1.51
920833--920944	15	7.8	13	91	3	107	40	16	0	42	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
921144--921186	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
923961--923995	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
925563--925588	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
926396--926438	22	1.9	23	85	4	61	37	9	13	39	1.78
926966--927038	23	3.2	23	78	7	85	38	19	6	35	1.78
926567--929821	490	6.7	490	96	1	5771	40	10	7	41	1.68
927456--927528	23	3.2	23	90	0	110	38	20	5	35	1.76
927946--928018	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
928435--928507	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
928913--928985	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
929403--929475	23	3.2	23	90	0	110	39	20	5	34	1.76
926567--929821	968	3.3	976	95	1	5731	40	10	7	41	1.68
932320--932715	183	2.2	183	97	0	738	33	16	14	34	1.90
933677--933742	33	2.0	33	87	0	96	24	46	0	28	1.52
933776--933840	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
936055--936097	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
936060--936106	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
936027--936499	181	2.6	181	87	1	662	27	16	13	42	1.85
937061--937090	14	2.1	14	93	0	51	23	0	0	76	0.78
937086--937126	21	2.0	21	85	0	55	39	0	4	56	1.21
939685--939716	3	10.3	3	93	6	55	68	0	0	31	0.90
939752--939971	70	3.1	69	81	10	225	43	6	5	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939869--939893	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
939906--939930	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
939734--939995	70	3.6	74	79	12	217	43	6	5	44	1.52
940024--940099	2	39.0	2	85	5	102	52	0	1	46	1.08
940737--941517	84	9.4	84	77	5	770	23	21	25	29	1.99
940715--941517	249	3.2	248	81	4	967	23	20	25	29	1.99
940738--941517	165	4.7	165	89	2	1129	23	21	25	29	1.99
940818--941517	330	2.1	330	95	0	1256	23	21	25	29	1.99
942690--942888	95	2.1	95	88	2	301	31	18	18	31	1.95
947391--947435	3	14.3	3	90	9	72	68	0	0	31	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10