genome.fa.s8511.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008511.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111366_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2221980

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
657--717	24	2.5	24	75	0	68	34	9	14	40	1.79
1809--1894	38	2.2	39	91	2	138	47	20	12	18	1.81
2315--2387	23	3.2	23	88	0	101	35	4	20	39	1.72
2743--2819	23	3.5	22	84	7	93	33	3	22	40	1.72
2743--2838	45	2.1	45	82	3	113	33	5	18	42	1.73
2113--3584	427	3.5	428	94	2	2619	40	7	12	38	1.72
3166--3238	23	3.2	23	88	0	110	32	5	21	39	1.77
5435--5481	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
6278--6363	26	3.1	26	81	15	109	19	26	29	24	1.99
6295--6370	31	2.5	31	95	4	136	17	27	30	25	1.97
7232--7350	60	2.0	60	81	3	141	31	21	7	40	1.81
7544--7664	60	2.0	60	84	9	158	43	3	19	33	1.67
8643--8754	53	2.1	53	96	0	206	31	15	6	47	1.70
11664--11709	6	7.7	6	92	7	76	13	2	0	84	0.71
12333--12377	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
15817--16852	84	12.6	84	79	7	1007	29	25	20	24	1.99
15781--16627	249	3.4	249	94	0	1442	29	25	20	24	1.99
15817--16852	333	3.1	328	81	5	1232	29	25	20	24	1.99
19790--19841	16	3.2	17	72	22	58	42	0	21	36	1.53
26951--26983	16	2.0	17	88	5	50	33	15	9	42	1.78
35983--36130	30	5.0	31	86	8	202	37	20	20	22	1.95
35994--36130	59	2.3	60	87	7	192	37	19	20	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40622--40667	22	2.1	21	88	4	65	36	19	17	26	1.94
53433--53503	15	4.8	15	73	19	60	40	2	1	54	1.23
53640--53753	42	2.7	42	97	0	210	16	17	20	45	1.85
53946--54005	21	3.3	17	73	24	52	53	1	1	43	1.20
54018--54081	28	2.2	28	83	8	76	53	0	1	45	1.10
54039--54091	20	2.7	19	73	18	54	49	0	1	49	1.12
54086--54130	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
57553--57634	38	2.2	38	78	14	89	45	2	3	48	1.33
59171--59213	19	2.3	19	92	4	70	37	0	2	60	1.10
60766--60812	21	2.2	21	85	7	60	12	8	10	68	1.40
60883--60925	22	2.0	22	90	0	68	16	9	6	67	1.40
64839--64901	30	2.1	30	94	2	110	36	17	11	34	1.85
64826--64989	91	1.8	88	86	3	238	43	15	11	29	1.82
64740--65031	29	10.3	28	69	20	137	43	14	13	29	1.82
65514--65543	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
65813--65944	30	4.4	30	92	2	187	32	23	21	22	1.98
65813--65961	60	2.5	60	82	1	183	33	23	21	21	1.97
70008--70136	30	4.3	30	93	1	206	31	24	22	21	1.99
70029--70172	30	4.8	30	88	0	90	31	22	21	24	1.98
70008--70153	60	2.5	60	85	1	186	32	24	22	20	1.98
71835--71894	31	1.9	30	83	12	77	40	11	16	31	1.85
71935--71998	30	2.2	29	82	2	74	42	10	20	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72206--72264	31	1.9	31	86	3	84	38	16	13	30	1.88
72302--72396	37	2.6	37	88	1	129	44	12	12	30	1.80
72530--72638	38	2.9	36	75	11	94	35	12	17	33	1.88
72981--73041	4	15.0	4	74	16	54	24	0	24	50	1.49
72981--73041	16	3.8	16	89	4	95	24	0	24	50	1.49
74216--74303	5	15.6	5	69	21	50	2	18	4	75	1.09
74203--74299	18	5.5	18	75	16	87	2	18	6	73	1.14
74196--74330	6	22.5	6	70	19	79	3	17	4	74	1.12
74196--74334	35	3.9	34	76	13	120	3	17	5	74	1.15
75138--75178	21	2.0	21	85	0	55	29	29	24	17	1.97
75852--76036	31	6.0	31	97	1	336	19	19	22	38	1.93
78446--78698	30	8.4	30	99	0	497	32	23	19	23	1.97
78949--78977	4	7.2	4	100	0	58	48	24	0	27	1.51
79134--79184	2	26.0	2	96	4	95	50	0	0	49	1.00
83601--83626	12	2.2	12	100	0	52	23	34	26	15	1.94
84480--84558	3	25.3	3	87	7	113	60	1	0	37	1.05
102747--102794	17	2.9	17	84	3	62	31	0	2	66	1.03
108987--109054	36	1.9	36	87	3	102	48	4	0	47	1.22
116182--116212	16	1.9	16	93	0	53	12	38	22	25	1.90
116307--116338	6	5.3	6	96	0	55	68	3	0	28	1.04
116447--116682	120	2.0	119	93	0	400	33	13	16	36	1.88
116718--116878	60	2.7	60	81	5	186	31	21	4	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124765--124795	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
129677--129726	25	2.0	25	92	0	82	40	20	16	24	1.91
135981--136011	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
136764--136977	36	6.0	36	86	4	299	19	24	19	37	1.94
136764--136977	72	3.0	71	93	2	349	19	24	19	37	1.94
140771--140849	19	3.8	19	75	18	77	32	6	29	31	1.82
140766--140847	44	1.9	41	87	7	119	31	6	29	32	1.82
140821--140857	19	1.9	19	94	0	65	40	5	27	27	1.78
151498--151544	18	2.6	17	83	9	58	51	8	4	36	1.52
151745--151785	21	2.0	21	100	0	82	29	9	19	41	1.83
152451--152496	21	2.2	21	88	0	65	34	8	28	28	1.87
155943--156668	51	14.0	51	82	7	813	24	24	17	33	1.96
155945--156668	157	4.7	156	92	2	1111	24	24	17	33	1.96
160913--160940	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
169075--169252	38	4.9	37	79	17	173	37	22	15	24	1.93
185251--185280	14	2.1	14	93	0	51	30	6	6	56	1.51
194119--194159	19	2.2	19	86	0	55	7	21	48	21	1.74
195216--195425	108	1.9	108	89	1	323	18	30	19	31	1.96
198310--198356	22	2.2	21	85	7	60	46	29	0	23	1.52
207935--208009	33	2.2	35	81	13	86	52	1	0	46	1.09
208484--208771	20	14.1	20	89	7	406	38	26	19	15	1.92
208484--208768	84	3.5	79	89	8	391	38	26	19	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208870--208918	6	8.5	6	93	6	84	32	51	16	0	1.45
209372--209593	20	10.9	19	73	18	146	36	27	18	17	1.94
209395--209600	42	5.1	39	86	9	231	37	26	18	17	1.93
209695--209768	6	13.5	6	81	18	99	33	51	14	0	1.43
210251--210289	6	6.5	6	100	0	78	0	15	51	33	1.44
210382--210617	20	11.4	20	80	13	241	17	18	27	36	1.94
210399--210679	42	6.9	40	81	9	261	16	19	25	38	1.92
210382--210617	62	3.8	61	84	10	250	17	18	27	36	1.94
210399--210679	20	13.8	20	76	8	210	16	19	25	38	1.92
212039--212091	26	2.0	28	82	14	67	50	1	0	47	1.12
212160--212219	29	2.0	30	90	3	95	41	18	21	18	1.90
212387--212454	10	7.1	10	71	15	63	58	16	11	13	1.62
212708--212736	14	2.1	14	100	0	58	55	17	13	13	1.70
212723--212747	10	2.5	10	100	0	50	60	12	12	16	1.60
212709--212762	24	2.2	26	90	6	85	57	12	11	18	1.64
212710--212753	14	3.4	14	76	23	51	61	13	9	15	1.56
213076--213172	50	2.0	47	88	8	140	50	6	8	35	1.57
214079--214223	72	2.0	72	100	0	290	27	12	16	43	1.84
218246--218287	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
221706--221741	18	2.0	18	88	0	54	30	2	0	66	1.06
224647--224695	23	2.2	22	82	10	55	36	4	0	59	1.17
233465--233764	153	2.0	146	95	4	537	42	9	12	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236436--236488	13	4.1	13	79	16	65	67	0	0	32	0.91
236436--236487	3	16.3	3	84	15	61	67	0	0	32	0.91
236424--236488	19	3.4	18	85	10	76	66	1	0	32	1.01
236438--236488	10	5.2	10	86	13	79	68	0	0	31	0.90
236436--236487	16	3.4	16	77	22	67	67	0	0	32	0.91
236710--237076	40	8.6	41	71	13	174	24	19	30	25	1.98
236759--236944	83	2.2	83	96	0	345	22	20	31	25	1.98
236759--236993	83	2.8	83	88	3	301	23	20	31	25	1.98
236680--237083	212	1.9	212	95	0	736	24	19	31	25	1.98
236852--237089	129	1.8	129	91	1	397	23	19	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9