genome.fa.s8511.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008511.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111366_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2221980

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  9  of  9  ( 1077 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1974372--1974400	14	2.1	14	93	6	51	75	0	24	0	0.80
1974929--1974979	23	2.2	23	89	0	75	11	21	13	52	1.72
1982408--1982447	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
1991184--1991251	26	2.6	26	97	0	127	5	27	0	66	1.15
1991190--1991259	26	3.1	22	86	12	81	7	30	0	62	1.21
1992258--1992284	8	3.4	8	100	0	54	70	0	0	29	0.88
1992739--1992778	21	1.9	21	89	0	62	42	2	5	50	1.37
1995428--1995502	30	2.5	30	89	4	107	26	26	12	34	1.91
2005005--2005069	2	33.0	2	90	3	105	49	0	1	49	1.10
2011062--2011090	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2024714--2024813	25	4.2	24	71	14	64	44	3	5	48	1.40
2025882--2026168	4	71.8	4	99	0	556	25	0	25	49	1.55
2036095--2036144	13	3.8	13	89	5	73	16	48	18	18	1.82
2036103--2036143	14	3.0	14	89	7	66	14	48	17	19	1.81
2036122--2036157	18	2.0	18	100	0	72	16	50	22	11	1.77
2037455--2037489	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
2046650--2046698	26	1.9	26	95	4	91	83	8	0	8	0.81
2046649--2046690	19	2.3	18	88	12	59	83	7	0	9	0.81
2046900--2046932	16	2.1	16	94	0	57	54	9	18	18	1.69
2046929--2047063	36	3.8	36	89	3	209	18	21	20	39	1.93
2046929--2047074	72	2.0	72	94	0	256	17	21	19	40	1.91
2049210--2049246	4	9.2	4	87	0	56	24	2	24	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2049328--2049458	65	2.0	65	100	0	262	13	24	10	51	1.73
2050521--2050549	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2051127--2051251	60	2.1	60	86	7	175	33	23	4	38	1.76
2051788--2051926	74	1.9	74	86	3	199	31	19	2	46	1.65
2051788--2051946	74	2.1	74	83	4	196	34	17	3	44	1.65
2054278--2054302	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2056308--2056338	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
2057433--2057517	35	2.4	35	94	0	143	34	16	17	31	1.93
2058155--2058188	15	2.3	15	94	0	59	35	11	2	50	1.54
2058618--2058680	26	2.4	25	74	7	63	26	7	20	44	1.79
2060925--2063093	4	547.0	4	97	1	4180	49	25	0	24	1.50
2064239--2064281	20	2.2	20	83	8	52	16	16	11	55	1.68
2067529--2067566	20	2.0	20	89	5	60	71	13	2	13	1.26
2069782--2069826	22	2.0	22	86	0	63	13	15	13	57	1.65
2070299--2070337	18	2.2	18	85	0	51	48	0	0	51	1.00
2070515--2071112	36	15.9	36	75	11	461	22	18	23	35	1.96
2070582--2071203	115	5.5	114	83	7	714	22	19	23	34	1.96
2070515--2071203	223	3.0	223	81	7	850	22	19	23	34	1.96
2087288--2087317	13	2.2	14	94	5	53	40	13	26	20	1.89
2087863--2087907	21	2.1	21	100	0	90	73	8	4	13	1.23
2090136--2090180	22	2.0	22	86	0	63	13	15	13	57	1.65
2090872--2091467	36	15.9	36	75	11	448	21	19	23	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2090936--2091557	115	5.5	115	84	6	782	21	20	24	34	1.97
2090872--2091557	223	3.0	224	82	6	878	21	19	23	34	1.96
2096597--2096640	21	2.1	21	86	0	61	13	15	11	59	1.62
2097913--2097958	18	2.5	18	85	3	56	47	15	0	36	1.45
2097967--2098037	29	2.4	30	73	2	72	32	7	1	59	1.33
2098389--2098462	36	2.1	36	100	0	148	44	0	2	52	1.15
2099055--2099088	18	1.9	18	88	5	52	26	32	26	14	1.95
2100376--2100415	18	2.2	18	100	0	80	22	5	10	62	1.46
2108034--2108064	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2108813--2108866	23	2.3	23	87	0	72	22	12	18	46	1.83
2108806--2108865	23	2.4	27	70	21	65	21	15	18	45	1.86
2108835--2108920	34	2.5	34	82	0	100	20	13	18	46	1.83
2110591--2110626	19	1.9	19	88	5	56	19	30	2	47	1.64
2117742--2117797	3	18.7	3	96	0	103	64	0	33	1	1.04
2122981--2123022	10	4.0	10	82	11	57	57	19	11	11	1.65
2123088--2123127	20	2.0	20	85	0	53	62	15	10	12	1.54
2123108--2123147	13	3.0	13	88	3	53	65	12	7	15	1.47
2123375--2123402	12	2.3	12	100	0	56	35	7	10	46	1.66
2128868--2128962	49	2.0	47	91	4	154	63	4	21	11	1.44
2135675--2135726	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2135716--2135815	21	4.8	20	71	8	65	36	23	19	22	1.95
2135783--2135995	20	10.6	20	83	5	250	34	26	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136354--2136424	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2136523--2136614	33	2.8	33	86	3	105	42	23	23	9	1.84
2136610--2136674	19	3.7	19	74	19	77	10	23	21	44	1.83
2136615--2136729	33	3.5	33	93	0	203	10	24	20	45	1.82
2136615--2136722	14	6.5	17	72	25	81	10	24	21	44	1.83
2138427--2138896	92	5.1	93	97	2	894	22	12	18	46	1.82
2138940--2139068	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2138976--2139068	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2138940--2139068	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2139064--2139198	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
2139086--2139142	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2139069--2139161	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
2141100--2141135	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2141242--2141343	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
2141372--2141664	19	16.4	19	83	14	392	14	20	18	47	1.83
2141350--2141664	52	5.9	52	87	9	330	14	20	18	46	1.83
2141372--2141636	128	2.1	122	84	12	194	14	21	16	47	1.83
2143937--2143961	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2144135--2144181	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2144862--2145229	20	18.5	20	85	6	442	20	19	26	34	1.96
2145926--2145977	20	2.5	21	84	3	70	38	19	23	19	1.93
2145966--2146081	20	5.7	20	84	6	101	35	25	18	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145986--2146041	21	2.7	21	100	0	112	44	25	16	14	1.84
2149303--2149367	19	3.7	19	70	19	68	43	20	24	12	1.86
2149303--2149365	33	1.9	33	96	0	117	41	20	25	12	1.88
2149526--2149562	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2155753--2155812	21	2.9	19	79	13	66	26	36	25	11	1.90
2155755--2155794	20	2.0	20	90	5	62	25	37	25	12	1.91
2160431--2160553	42	2.9	41	79	7	113	22	17	36	22	1.95
2160771--2160955	91	2.0	90	88	6	273	47	17	11	23	1.80
2162640--2162780	19	7.8	19	69	17	86	43	21	22	12	1.85
2162665--2162750	33	2.6	33	96	1	154	38	23	26	11	1.89
2163356--2163408	20	2.7	20	82	11	72	28	18	26	26	1.98
2163381--2163471	41	2.2	41	80	3	103	19	20	23	36	1.95
2164881--2164950	27	2.6	28	76	14	76	25	1	2	70	1.10
2167027--2167156	55	2.5	48	79	15	125	18	33	29	18	1.95
2167042--2167149	55	2.0	55	87	3	155	19	30	31	18	1.96
2167180--2167286	46	2.2	46	85	9	144	24	25	22	28	2.00
2171419--2171457	17	2.2	18	90	4	62	20	20	33	25	1.97
2172962--2173182	110	2.0	111	92	0	372	46	9	8	35	1.66
2173302--2173342	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
2173434--2173588	50	3.1	50	81	7	172	19	31	32	16	1.94
2173939--2174328	130	3.0	130	96	1	714	24	14	20	41	1.89
2175910--2175936	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2178433--2178466	10	3.4	10	87	0	50	17	5	14	61	1.52
2179928--2180279	136	2.6	131	79	6	341	26	15	21	37	1.92
2196853--2196895	22	2.0	22	100	0	86	39	18	18	23	1.92
2213698--2213771	30	2.5	31	76	17	84	28	8	1	62	1.32
2213698--2213764	15	4.5	15	75	14	57	26	7	1	64	1.29
2217016--2217048	9	3.8	9	88	8	50	75	0	9	15	1.03
2217917--2217948	17	1.9	16	93	6	55	25	3	6	65	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9

The End!