genome.fa.s8511.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008511.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111366_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2221980

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733507--733591	29	3.0	28	72	6	89	36	3	1	58	1.23
745463--745501	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
748549--748595	19	2.6	18	80	12	51	46	2	0	51	1.13
749207--749241	18	1.9	18	88	0	52	28	0	40	31	1.57
753376--753435	26	2.3	26	85	5	86	35	5	15	45	1.68
757196--757238	21	2.0	21	86	0	59	37	6	30	25	1.82
757244--757711	118	4.0	118	82	7	526	20	19	26	33	1.97
757257--757673	228	1.8	228	85	2	595	20	19	26	33	1.96
759772--759814	21	2.0	21	82	8	52	25	9	27	37	1.87
760230--760289	26	2.3	27	82	8	70	55	6	1	36	1.36
765765--765912	50	2.9	50	92	2	233	41	14	21	21	1.89
773484--773539	29	1.9	29	92	0	94	17	7	10	64	1.47
774761--774798	20	1.9	20	100	0	76	13	5	7	73	1.22
778808--778946	65	2.1	65	98	0	269	27	17	20	33	1.96
780524--780561	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
793273--793300	5	5.6	5	100	0	56	39	21	0	39	1.54
793678--793759	18	4.3	18	76	11	74	30	32	21	14	1.94
793933--793965	14	2.3	15	89	5	50	33	21	6	39	1.78
797786--797893	18	5.8	18	80	8	117	28	31	20	19	1.97
798076--798108	14	2.3	15	89	5	50	33	21	6	39	1.78
799202--799257	21	2.7	21	94	0	94	32	16	8	42	1.79
801985--802027	22	2.0	22	95	0	77	25	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801977--802040	18	3.3	18	76	16	65	26	29	23	20	1.99
804616--804665	13	3.9	13	80	12	59	56	0	0	44	0.99
807575--807640	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
807674--807738	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
809955--810001	20	2.4	19	79	10	58	21	17	8	53	1.70
810135--810181	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
809922--810392	180	2.6	180	88	1	649	27	16	13	42	1.86
812898--813203	168	1.8	168	94	1	551	27	16	11	45	1.81
815399--815428	15	2.0	15	100	0	60	20	0	26	53	1.46
815751--815804	27	2.0	27	88	0	81	38	14	9	37	1.79
817326--817354	11	2.6	11	100	0	58	75	24	0	0	0.80
821832--821957	42	3.0	42	98	0	243	40	19	14	25	1.89
829330--829448	60	2.0	60	100	0	238	13	24	8	53	1.67
834514--834556	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
834583--834620	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
836252--836311	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
846103--846194	2	46.5	2	88	6	134	50	0	2	47	1.13
855313--855341	13	2.2	13	100	0	58	65	6	6	20	1.40
857591--857635	21	2.2	20	88	4	63	73	0	8	17	1.08
857591--857637	20	2.2	20	85	11	58	74	0	8	17	1.05
858637--858670	14	2.5	14	95	4	61	79	0	11	8	0.94
858751--858798	25	2.0	24	91	4	78	68	4	8	18	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860117--860184	2	35.5	2	74	14	54	52	0	2	44	1.16
864070--864102	16	2.1	16	100	0	66	69	6	6	18	1.30
864699--864727	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
866031--866060	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
869742--869937	106	1.8	106	94	0	347	33	24	18	23	1.97
869849--870014	87	1.9	87	92	2	280	32	24	21	22	1.98
869743--870540	210	4.0	192	90	5	999	33	26	18	22	1.97
869936--870702	105	7.3	105	93	0	1257	32	26	18	22	1.97
871176--871341	86	1.9	85	85	3	226	31	25	19	23	1.98
871181--871368	85	2.2	85	82	5	211	32	23	19	24	1.97
872926--872955	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
875191--875234	21	2.1	21	87	4	63	54	0	6	38	1.27
875892--875933	22	1.9	22	85	0	57	66	0	9	23	1.21
879730--879801	25	2.9	25	93	2	119	26	15	19	38	1.91
879899--879937	3	13.0	3	89	10	62	66	0	0	33	0.92
879903--879934	16	2.0	16	100	0	64	68	0	0	31	0.90
880115--880228	43	2.7	42	72	4	106	28	18	28	24	1.98
880701--880775	35	2.1	36	85	7	100	33	10	18	37	1.86
880925--881284	64	5.6	64	71	12	222	41	12	17	28	1.86
880925--881285	129	2.8	128	72	9	315	40	12	17	28	1.86
881465--881679	67	3.3	66	87	5	276	46	12	12	29	1.77
881525--881646	37	3.5	36	73	15	130	45	10	12	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881507--881679	67	2.6	67	92	1	278	46	11	11	30	1.75
881562--881690	28	4.1	30	75	15	127	44	12	10	32	1.75
881678--881781	52	2.0	53	92	3	174	35	18	13	32	1.90
881778--882036	29	9.0	29	76	12	196	47	14	10	28	1.76
881731--882059	148	2.2	148	95	2	585	46	14	11	27	1.79
882284--882402	36	3.4	36	78	6	102	36	11	21	31	1.89
882318--882402	36	2.4	36	84	4	109	36	11	21	30	1.89
882354--882586	105	2.3	101	85	6	290	37	12	19	30	1.89
883050--883089	4	10.5	4	86	10	57	22	0	27	50	1.50
884266--884301	11	3.2	11	92	4	54	5	11	11	72	1.28
884890--884983	46	2.1	45	83	2	116	37	10	26	25	1.89
889942--890012	25	2.9	25	91	2	108	28	15	16	39	1.89
890111--890159	3	16.0	3	91	8	73	67	0	0	32	0.91
890111--890164	29	1.9	28	92	7	92	68	0	0	31	0.90
892713--892770	15	3.9	15	75	6	55	56	0	0	43	0.99
892715--892770	22	2.5	23	74	11	62	58	0	0	41	0.98
894490--894542	23	2.3	24	81	12	67	16	16	9	56	1.65
897462--897487	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
900471--900504	17	2.0	17	100	0	68	17	23	23	35	1.95
903280--903339	30	2.0	29	84	9	77	21	6	5	66	1.34
905415--905470	26	2.3	25	88	11	82	42	1	8	46	1.45
905437--905657	37	6.2	37	77	17	229	42	3	8	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
905423--905575	26	6.0	26	69	10	91	42	3	8	45	1.53
905415--905649	101	2.4	98	84	9	309	42	3	8	45	1.51
905474--905604	63	2.0	64	88	8	196	41	2	8	47	1.46
905474--905604	64	2.0	65	88	8	198	41	2	8	47	1.46
905682--905733	26	2.0	27	92	3	88	44	0	5	50	1.26
905700--905805	38	2.9	36	80	12	110	45	1	6	46	1.40
907504--907562	21	3.0	21	72	27	65	20	5	5	69	1.27
907515--907548	16	2.0	16	88	11	50	23	5	5	64	1.38
907583--907679	28	3.3	28	68	16	70	16	8	4	71	1.26
907624--907675	24	2.1	25	85	3	70	15	9	5	69	1.35
922708--922745	20	1.9	20	89	10	60	34	10	0	55	1.34
923693--923919	87	2.6	87	92	0	373	41	12	13	32	1.82
923935--924436	200	2.5	197	82	6	584	31	14	13	40	1.85
925312--925355	2	21.0	2	86	9	61	45	2	2	50	1.27
925343--925387	24	1.9	23	86	4	63	44	4	2	48	1.35
925705--925762	29	2.0	29	89	0	89	37	22	12	27	1.89
926693--926719	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
932346--932373	13	2.2	13	100	0	56	32	25	7	35	1.83
936978--937030	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
937020--937071	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
937060--937214	20	7.7	20	82	4	141	30	25	20	23	1.98
937057--937234	40	4.4	41	78	4	130	32	24	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
937368--937401	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
937952--938004	23	2.2	24	90	3	81	22	15	20	41	1.89
940481--940535	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
940508--940596	33	2.7	33	96	0	160	44	17	24	12	1.83
940488--940605	19	6.7	19	70	19	85	43	18	24	13	1.86
940630--940668	19	2.1	19	100	0	78	10	23	20	46	1.81
940635--940676	19	2.2	19	91	0	66	16	21	16	45	1.86
940641--940684	19	2.3	19	84	0	52	18	20	15	45	1.85
940783--940819	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
942155--942223	21	3.3	21	68	6	59	20	20	36	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9