genome.fa.s8569.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008569.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111493_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1513883

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11789--11861	18	4.1	18	78	7	85	82	0	9	8	0.85
11797--11830	1	34.0	1	87	0	50	94	0	2	2	0.38
11772--11869	42	2.3	42	81	6	101	80	1	11	7	0.94
11817--11863	17	2.8	17	87	9	69	78	0	12	8	0.95
12732--13082	135	2.6	135	89	1	535	36	17	21	24	1.95
13000--13170	88	1.9	89	85	8	240	40	15	18	25	1.90
13218--13282	20	3.3	20	67	18	55	44	12	21	21	1.85
13091--13398	116	2.7	114	85	9	395	39	15	20	24	1.91
13936--14294	179	2.0	179	96	3	670	45	12	18	23	1.84
17125--17185	19	3.2	19	100	0	122	42	0	4	52	1.23
18964--19090	26	4.9	27	84	10	151	46	3	0	48	1.26
34795--34827	14	2.4	14	94	0	57	21	12	36	30	1.90
36684--36755	21	3.5	19	77	19	65	69	1	11	18	1.25
36972--37002	7	4.4	7	95	0	53	74	0	9	16	1.07
36972--37007	14	2.5	14	86	4	54	75	2	8	13	1.15
37042--37114	2	37.0	2	84	13	98	52	1	1	45	1.18
40374--40450	40	1.9	40	94	5	138	31	9	5	54	1.54
45693--45848	31	5.0	31	95	1	260	19	18	23	38	1.93
48117--48158	16	2.6	16	100	0	84	54	0	19	26	1.44
48993--49038	21	2.2	21	84	0	56	30	30	26	13	1.93
49783--49897	59	2.0	58	82	5	142	40	10	20	27	1.85
50016--50171	31	5.0	31	96	1	269	19	19	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60421--60506	17	5.1	17	74	5	84	38	10	10	40	1.74
60425--60506	34	2.4	34	85	0	110	40	9	9	40	1.71
73378--73414	15	2.5	15	90	0	56	8	5	37	48	1.56
82040--82077	16	2.3	16	95	4	67	26	7	28	36	1.84
92034--92079	15	3.1	15	84	9	60	76	0	10	13	1.03
92042--92100	13	4.4	13	80	4	64	77	0	11	10	0.98
92042--92100	26	2.2	25	82	11	73	77	0	11	10	0.98
93103--93888	55	14.3	55	92	0	1205	30	14	26	28	1.95
93882--94038	55	2.9	54	85	5	203	30	21	24	24	1.99
96058--96108	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
97287--97339	27	1.9	28	84	3	72	41	1	0	56	1.10
98285--98347	3	20.7	3	83	3	81	38	0	1	60	1.07
99733--99782	14	3.3	15	78	16	59	38	0	0	62	0.96
99754--99942	99	1.9	97	82	4	236	39	8	10	41	1.71
103755--103786	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
112361--112688	114	2.9	114	93	0	548	32	14	20	32	1.92
113455--114900	113	12.8	113	96	1	2631	38	15	19	26	1.91
113455--114900	564	2.6	565	97	1	2706	38	15	19	26	1.91
114613--114674	20	3.0	20	67	19	56	50	8	22	19	1.74
114726--114787	20	3.0	20	67	19	56	50	8	22	19	1.74
114877--114934	17	3.4	17	67	23	50	50	8	22	18	1.74
114842--114934	40	2.5	38	89	10	140	49	9	20	20	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114729--115048	146	2.1	151	86	6	447	43	13	17	26	1.85
115288--115359	3	23.7	3	82	2	81	37	0	1	61	1.05
116764--116957	100	2.0	101	82	5	243	39	8	9	41	1.69
116960--117002	23	1.9	22	85	4	59	44	0	9	46	1.35
117742--117795	23	2.3	23	80	0	63	46	16	11	25	1.80
117991--118032	20	2.0	20	86	4	57	59	0	7	33	1.25
119495--119620	64	2.0	64	95	0	225	36	12	10	40	1.78
122756--122809	24	2.2	24	100	0	108	20	25	25	27	1.99
126180--126757	6	96.8	6	95	3	1026	15	0	34	50	1.45
128211--128512	167	1.8	167	90	1	489	23	28	21	26	1.99
133190--133224	6	5.8	6	96	0	61	51	11	37	0	1.38
137587--137673	24	3.7	24	71	14	83	36	5	8	49	1.56
137596--137694	48	2.1	48	98	0	189	33	5	8	53	1.52
140175--140207	16	2.1	16	100	0	66	36	39	0	24	1.56
147175--147209	11	3.2	11	87	0	52	0	14	2	82	0.77
147679--147753	6	11.8	6	81	14	53	52	0	0	48	1.00
147716--147757	3	14.0	3	89	0	66	61	0	0	38	0.96
147670--147760	9	10.3	9	79	6	53	53	0	0	46	1.00
147716--147757	15	2.8	15	96	0	75	61	0	0	38	0.96
148004--148059	17	3.2	17	68	26	53	17	25	8	48	1.76
148111--148174	20	3.2	20	64	24	53	18	23	6	51	1.69
147987--148970	113	8.8	113	89	3	1370	29	19	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147987--148981	342	2.9	339	88	3	1354	29	19	14	36	1.92
149808--150364	83	6.7	83	96	0	997	38	22	12	26	1.90
149722--150364	250	2.5	249	93	3	1090	37	22	12	26	1.90
149722--150364	167	3.8	167	94	2	1092	37	22	12	26	1.90
151522--151579	14	3.9	15	85	14	77	0	17	0	82	0.66
151512--151585	33	2.3	33	83	9	98	0	18	0	81	0.70
151522--151585	27	2.3	30	74	15	50	0	18	0	81	0.70
151511--151585	16	4.8	16	77	11	57	0	20	0	80	0.72
151512--151585	13	5.7	13	79	16	82	0	18	0	81	0.70
158925--158957	15	2.1	16	88	5	50	39	6	24	30	1.79
162945--162996	23	2.2	25	86	6	72	53	0	3	42	1.19
164371--164447	3	25.3	3	86	2	82	57	0	0	42	0.99
164713--164752	16	2.5	16	100	0	80	10	27	15	47	1.77
164817--164880	20	3.2	20	64	24	53	18	23	6	51	1.69
164739--165666	113	8.2	113	90	3	1356	29	19	14	36	1.92
164739--165666	342	2.7	340	89	3	1329	29	19	14	36	1.92
166479--166558	3	26.3	3	87	2	70	55	0	0	45	0.99
169110--169148	17	2.4	16	83	8	51	38	2	2	56	1.27
169242--169331	16	5.6	16	77	0	90	8	14	28	47	1.74
169178--169300	32	3.8	32	74	6	113	15	16	27	40	1.88
169228--169337	16	6.8	16	75	1	85	11	14	27	46	1.79
195690--195863	89	1.9	91	88	2	262	31	24	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198817--198934	53	2.2	53	83	3	148	24	29	19	26	1.98
198835--198953	53	2.2	53	85	2	150	21	31	21	26	1.98
198926--199454	51	10.3	50	89	3	691	27	27	14	29	1.96
200773--200908	9	15.1	9	75	14	120	2	21	0	75	0.99
200777--200908	17	6.8	18	73	20	65	3	21	0	75	0.99
200830--200917	22	3.9	23	69	21	69	3	20	1	75	1.02
200773--200919	63	2.3	62	79	11	174	3	21	0	74	1.01
200869--200918	19	2.6	20	90	6	77	4	18	0	78	0.91
214229--214271	21	2.0	21	86	0	59	32	25	23	18	1.97
214300--214345	23	2.0	23	86	4	65	26	32	28	13	1.93
215635--215852	103	2.1	103	93	0	373	27	13	22	37	1.91
215869--215936	23	3.0	23	91	0	100	20	27	26	25	1.99
219496--219538	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
220720--220772	24	2.2	24	83	9	65	30	3	24	41	1.72
220885--221102	103	2.1	103	93	0	373	26	13	22	37	1.91
221118--221186	23	3.0	23	84	0	84	21	28	23	26	1.99
224752--224791	19	2.0	20	95	4	73	25	27	32	15	1.95
227072--227104	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
236197--236319	66	1.9	65	87	1	183	24	18	12	44	1.84
238131--238350	117	1.9	117	88	0	332	30	32	15	21	1.94
239321--239424	28	3.7	28	84	6	138	50	16	3	29	1.63
244467--244684	109	2.0	109	99	0	427	35	33	9	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253352--253441	3	30.0	3	100	0	180	33	0	66	0	0.92
253654--253678	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
256735--256760	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
259333--259379	3	16.0	3	91	4	78	36	0	0	63	0.94
262442--262511	36	1.9	36	85	0	95	44	21	11	22	1.84
263060--263100	6	6.0	7	81	16	50	17	17	7	58	1.60
263062--263100	13	2.9	14	85	14	55	17	17	5	58	1.56
270932--270984	8	6.4	8	74	8	52	77	5	13	3	1.09
271975--272008	15	2.3	15	100	0	68	5	14	0	79	0.91
272482--272521	18	2.3	18	91	8	66	50	7	0	42	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8