genome.fa.s8569.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008569.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111493_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1513883

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808989--809072	31	2.6	31	85	12	109	61	2	2	33	1.21
809055--809087	15	2.2	15	89	10	50	69	0	6	24	1.10
809086--809138	27	2.0	27	84	0	70	50	1	3	43	1.30
810087--810261	39	4.7	39	73	14	136	36	21	24	18	1.95
810109--810165	30	1.9	30	92	7	98	42	24	21	12	1.87
810206--810304	39	2.5	39	81	3	101	40	18	20	21	1.92
813518--813656	54	2.5	57	84	5	169	20	11	9	58	1.59
817513--817627	8	13.4	8	82	10	95	77	0	19	3	0.91
817513--817621	55	2.0	55	86	13	154	77	0	19	3	0.92
817521--817626	4	25.8	4	67	25	53	77	0	18	3	0.92
818259--818331	28	2.6	28	84	0	101	38	28	6	26	1.82
819598--820513	55	17.0	55	80	5	788	33	9	16	41	1.80
819598--820177	221	2.6	219	86	3	763	33	9	14	42	1.78
819600--820539	53	17.5	52	78	9	488	32	9	16	41	1.80
821050--821135	36	2.4	37	82	2	102	36	13	10	39	1.80
821077--821186	36	3.1	36	76	10	116	32	20	8	39	1.82
821453--821768	136	2.3	136	83	6	370	37	17	19	25	1.93
821643--821868	100	2.3	99	87	2	317	36	18	18	26	1.93
823496--823618	54	2.3	55	88	4	178	19	10	12	57	1.63
823493--823629	26	5.1	26	66	15	71	18	10	10	59	1.58
823493--823632	54	2.6	53	82	6	174	19	10	10	60	1.58
824651--824700	23	2.2	23	85	0	64	38	6	20	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824614--824776	87	1.9	87	94	2	292	39	10	15	34	1.81
824776--825491	200	3.6	198	84	4	853	30	16	14	39	1.87
828793--829753	199	4.8	200	91	2	1506	33	15	13	37	1.86
831107--831146	6	6.7	6	88	0	53	20	30	2	47	1.63
832620--833770	200	5.8	199	85	3	1518	30	15	15	38	1.89
832620--833770	401	2.9	397	89	4	1684	30	15	15	38	1.89
834683--836096	4	354.2	4	99	0	2807	49	25	0	25	1.50
837075--837123	18	2.7	18	96	0	89	2	38	0	59	1.09
837307--837373	33	2.0	33	97	0	125	23	46	0	29	1.53
837407--837450	21	2.1	21	86	0	61	13	36	6	43	1.71
839805--840618	182	4.5	181	87	1	1103	27	16	14	41	1.87
842010--842164	76	2.0	76	91	2	249	41	10	9	38	1.72
845217--845276	4	15.0	4	85	0	75	76	0	20	3	0.92
845206--845266	20	3.1	19	84	13	70	81	1	16	0	0.76
845206--845266	8	7.2	8	87	7	77	81	1	16	0	0.76
854054--854122	8	8.2	8	72	20	52	76	1	0	21	0.86
854053--854104	20	2.8	19	80	11	54	73	1	0	25	0.94
854083--854122	14	2.8	14	84	3	53	80	0	0	20	0.72
854053--854119	24	2.7	24	82	13	73	74	1	0	23	0.90
854077--854138	32	2.0	31	87	3	88	72	0	3	24	0.99
855560--855621	31	2.0	31	87	0	88	25	9	11	53	1.67
855849--855915	23	2.9	23	82	8	82	46	4	0	49	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855873--855936	29	2.2	29	78	10	69	35	3	0	60	1.12
855856--855915	23	2.6	23	86	10	86	45	5	0	50	1.23
856088--856155	31	2.2	31	94	0	118	52	11	7	27	1.64
857531--857573	20	2.2	20	82	0	50	30	16	25	27	1.97
861421--861457	16	2.2	17	90	4	58	35	0	21	43	1.53
867206--867292	40	2.2	40	89	0	129	31	21	24	22	1.99
869057--869105	18	2.7	18	72	15	55	32	32	20	14	1.92
869107--869178	18	4.0	18	94	0	117	25	31	19	23	1.98
869659--869708	25	2.0	25	92	0	82	24	22	10	44	1.83
871973--872017	24	1.9	24	86	4	65	8	17	4	68	1.32
874739--874874	24	5.7	24	91	0	209	33	24	19	22	1.97
874739--874869	12	10.8	13	64	15	75	34	25	19	21	1.96
877370--877402	15	2.2	15	89	10	50	30	27	30	12	1.92
877398--877422	13	1.9	13	100	0	50	16	16	48	20	1.82
879576--879663	24	3.7	24	92	0	131	34	21	21	22	1.97
882170--882199	13	2.3	13	94	0	51	13	20	46	20	1.83
886216--886245	15	2.0	15	93	0	51	26	20	50	3	1.64
891368--891397	15	2.0	15	93	0	51	26	20	50	3	1.64
891782--891922	38	3.7	38	93	0	219	29	4	9	56	1.51
891864--891927	18	3.4	18	73	23	60	25	1	9	64	1.33
892234--892285	23	2.3	23	82	0	59	11	23	17	48	1.79
894210--894529	150	2.1	148	88	6	468	21	31	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894396--894653	141	1.8	141	80	6	317	18	32	13	36	1.89
895280--895319	19	2.1	19	95	0	71	32	35	7	25	1.84
903733--903786	2	27.0	2	96	0	99	51	0	0	48	1.00
915750--915809	21	3.0	20	82	4	75	13	26	38	21	1.90
921154--921190	15	2.3	17	90	9	60	16	10	5	67	1.38
927453--927497	20	2.3	19	84	3	54	24	0	4	71	1.05
930590--930658	32	2.2	30	87	5	93	44	0	1	53	1.09
930607--930672	30	2.1	32	86	10	93	45	0	3	51	1.16
930636--930686	22	2.3	23	75	3	59	47	0	3	49	1.20
941279--941313	18	1.9	18	88	0	52	25	20	25	28	1.99
942993--943033	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
945473--945519	18	2.6	18	96	0	85	38	23	14	23	1.92
949334--949416	31	2.7	31	80	0	103	28	14	10	45	1.78
953889--953934	20	2.5	20	82	10	62	69	4	0	26	1.07
954016--954041	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
954346--954389	23	1.9	23	95	0	79	18	40	0	40	1.50
954719--954764	21	2.2	21	88	0	65	4	36	2	56	1.31
959362--959444	3	27.0	3	82	4	76	40	0	0	59	0.98
961089--961147	23	2.5	24	84	13	79	33	3	0	62	1.12
961089--961141	11	4.6	12	81	13	67	35	3	0	60	1.15
961192--961422	119	2.0	119	80	8	267	38	9	7	44	1.66
964493--964531	15	2.7	14	78	21	53	20	12	7	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
966579--966779	72	2.7	74	85	4	246	26	18	19	35	1.95
971317--971393	22	3.5	22	76	3	84	33	15	12	37	1.86
972111--972675	46	12.3	46	92	1	893	24	21	19	34	1.96
972111--972675	93	6.1	92	91	2	893	24	21	19	34	1.96
972111--972675	139	4.1	138	93	2	938	24	21	19	34	1.96
972808--972876	3	23.0	3	80	5	77	34	1	0	63	1.03
976178--976202	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
986330--986387	30	1.9	30	85	0	80	41	5	0	53	1.23
986412--986482	26	2.7	26	86	6	90	53	0	1	45	1.09
987681--987725	19	2.2	21	77	18	51	15	11	2	71	1.24
988894--988988	45	2.1	45	84	0	118	25	6	12	55	1.60
993822--993846	8	3.1	8	100	0	50	88	0	12	0	0.53
995409--995543	51	2.6	52	90	2	220	39	19	21	20	1.93
996712--996793	42	2.0	42	90	0	128	23	21	20	34	1.97
996627--997489	249	3.5	249	93	0	1478	30	17	17	34	1.93
997209--997290	42	2.0	42	90	0	128	21	20	21	35	1.96
997629--997724	48	2.0	46	90	4	147	31	21	18	28	1.97
998041--998086	20	2.3	20	100	0	92	52	8	17	21	1.71
998949--998993	19	2.2	21	77	18	51	15	13	2	68	1.30
999144--999202	23	2.5	24	78	15	61	23	1	3	71	1.11
1001831--1001969	66	2.1	67	87	1	199	22	17	19	40	1.92
1002585--1002638	20	2.7	19	88	8	81	53	18	18	9	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1002673--1002906	20	11.4	20	88	5	261	35	17	25	21	1.95
1002651--1002908	63	4.1	61	84	5	268	35	17	25	21	1.95
1003016--1003143	6	22.5	6	97	2	207	29	53	17	0	1.44
1003837--1003917	6	13.5	6	94	0	144	2	14	49	33	1.57
1004005--1004302	20	14.6	20	78	5	175	20	21	18	39	1.92
1004007--1004198	40	4.7	40	82	5	240	22	23	16	36	1.94
1004015--1004199	83	2.2	83	96	0	334	23	24	16	36	1.94
1008050--1008121	26	2.9	24	75	16	67	41	1	0	56	1.07
1008089--1008122	11	3.0	11	87	8	50	38	0	0	61	0.96
1008089--1008122	17	2.0	17	88	11	52	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8