genome.fa.s8591.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008591.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111540_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1730314

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1079--1149	18	4.2	18	77	17	80	14	18	49	18	1.80
1091--1126	13	2.8	13	100	0	72	16	16	50	16	1.79
1079--1144	31	2.1	31	91	0	105	15	18	48	18	1.81
4868--4902	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
6153--6207	8	6.5	8	81	12	58	25	23	34	16	1.95
6171--6204	15	2.3	15	94	0	59	26	23	35	14	1.94
6195--6247	18	2.9	18	91	0	88	13	16	50	18	1.77
9994--10028	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
11317--11373	18	3.2	18	94	0	105	12	21	49	17	1.79
14608--14697	26	3.1	28	76	22	89	47	11	24	16	1.79
14587--14697	55	2.0	55	89	0	168	47	11	24	16	1.79
14595--14698	26	3.9	25	74	17	84	47	12	24	16	1.81
17824--17849	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
18233--18259	14	1.9	14	100	0	54	44	18	0	37	1.50
25507--26921	471	3.0	470	91	2	2273	34	14	13	38	1.85
29424--29448	11	2.3	11	100	0	50	72	8	0	20	1.10
44717--44767	24	2.4	21	71	22	52	11	7	3	76	1.13
47511--47651	35	4.0	36	89	3	207	20	25	20	33	1.97
47511--47651	71	2.0	71	91	5	232	20	25	20	33	1.97
54491--54521	15	2.1	14	94	5	53	22	6	0	70	1.09
67566--67667	42	2.5	41	81	1	123	27	21	21	29	1.99
67782--67874	42	2.2	42	94	0	159	25	23	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67913--67937	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
67832--68017	93	2.0	93	95	0	336	31	19	20	28	1.97
67926--68124	80	2.5	80	88	6	275	29	19	22	28	1.98
68082--68194	42	2.7	41	84	9	140	23	19	23	32	1.97
68607--68962	53	6.7	53	88	2	495	30	20	26	21	1.98
74856--75328	240	2.0	234	85	4	626	31	19	19	29	1.96
81391--81501	3	37.7	3	80	7	120	57	0	2	39	1.13
81691--82053	106	3.5	106	81	3	382	29	25	15	29	1.96
81712--81985	55	5.1	55	81	7	278	29	25	15	29	1.96
81934--82030	45	2.2	45	90	0	149	29	23	15	30	1.95
82011--82972	56	17.4	56	88	1	1112	24	24	18	32	1.97
82108--82793	333	2.1	333	94	0	1185	24	24	17	33	1.96
83353--83511	37	4.3	37	81	4	180	23	18	21	36	1.95
83353--83515	73	2.2	73	82	5	202	24	19	20	35	1.95
86261--86319	25	2.3	24	73	18	57	8	16	0	74	1.05
89029--89170	55	2.6	56	84	4	182	23	23	11	41	1.87
96855--96937	21	3.9	21	78	7	71	24	36	25	14	1.93
102103--102169	3	22.7	3	79	8	66	56	0	4	38	1.19
105536--105663	40	3.2	40	85	2	141	32	12	21	32	1.91
105567--105663	19	4.9	19	80	9	113	32	13	20	32	1.91
105536--105669	21	6.7	19	76	9	115	32	12	21	32	1.91
106779--106821	21	2.2	19	84	16	52	51	4	13	30	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107269--107328	16	3.8	16	82	14	72	40	0	0	60	0.97
107282--107327	3	16.3	3	86	13	71	36	0	0	63	0.95
107270--107324	22	2.5	22	88	8	76	38	0	0	61	0.96
107286--107341	25	2.1	25	78	15	51	35	1	1	60	1.17
107682--108066	146	2.6	146	90	0	583	32	21	25	20	1.97
113879--114136	122	2.1	125	85	3	344	33	14	27	24	1.94
115309--115385	36	2.1	36	82	0	100	40	22	15	22	1.91
115795--116449	54	12.3	54	84	6	746	32	17	26	23	1.97
116379--117026	55	11.8	55	82	6	601	31	15	25	27	1.96
115797--117032	54	22.9	54	80	10	705	32	16	25	25	1.96
117218--117269	3	18.3	3	88	11	83	36	0	0	63	0.95
117218--117269	14	3.9	14	90	10	90	36	0	0	63	0.95
117225--117283	26	2.2	26	87	3	82	35	1	1	61	1.16
117620--118003	145	2.6	146	90	1	583	32	21	25	20	1.97
118152--118194	16	2.6	16	96	3	77	25	16	9	48	1.75
120225--120612	208	1.8	214	88	6	610	50	7	11	29	1.68
120638--120690	2	28.0	2	82	17	69	50	0	1	47	1.12
120640--120714	9	7.8	9	73	19	62	52	0	4	44	1.20
120638--120714	20	4.1	19	79	16	79	51	0	3	44	1.19
120635--120699	16	4.2	16	81	15	75	50	0	3	46	1.17
120792--120875	23	3.6	23	78	12	82	45	2	4	47	1.36
120786--120875	46	2.0	48	82	12	118	46	2	4	46	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120889--120982	20	4.4	21	77	16	79	41	6	3	48	1.44
120915--120995	20	4.3	19	83	11	78	41	7	4	45	1.53
120979--121065	38	2.5	34	85	10	115	37	8	11	42	1.71
120996--121069	38	2.0	37	94	2	130	35	6	13	44	1.70
121287--121495	30	7.3	30	71	21	146	41	8	8	41	1.65
121359--121436	27	2.8	27	82	16	104	39	6	8	44	1.61
121450--121533	18	5.0	17	74	12	68	46	5	7	40	1.56
121411--121523	53	2.2	49	89	6	163	41	7	7	42	1.63
121709--121761	20	2.6	21	73	5	56	43	9	3	43	1.55
121903--121983	26	3.0	26	85	10	94	49	0	1	49	1.08
121921--121983	27	2.4	27	89	7	94	49	0	0	50	1.00
121908--121991	21	4.0	21	76	14	84	50	0	1	48	1.08
124028--124086	22	2.7	22	89	0	82	22	8	28	40	1.83
124687--124725	14	2.7	14	88	11	53	56	5	2	35	1.35
124648--124754	19	5.9	19	65	24	54	58	1	5	33	1.32
127120--127157	20	2.0	20	89	5	60	13	10	5	71	1.30
127189--127234	20	2.3	21	81	11	60	13	17	8	60	1.56
130444--130488	21	2.1	21	100	0	90	51	4	13	31	1.61
134424--134490	25	2.7	25	82	17	86	50	0	7	41	1.30
134745--134820	39	1.9	39	87	10	111	52	0	13	34	1.40
135254--135326	31	2.4	31	78	0	74	49	15	6	28	1.70
135462--135493	13	2.5	13	100	0	64	37	25	18	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136097--136160	33	1.9	33	100	0	128	37	15	28	18	1.92
138486--138582	48	2.0	48	90	4	151	14	12	31	41	1.83
138806--138852	16	3.0	16	81	3	60	14	8	27	48	1.73
139381--139453	20	3.7	20	92	0	119	27	27	20	24	1.99
140184--140237	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
142679--142747	20	3.5	20	95	0	120	36	26	21	15	1.94
142679--142755	20	3.8	20	94	0	118	38	23	22	15	1.92
144840--144907	20	3.5	19	82	6	82	38	25	22	14	1.92
144896--144986	14	5.9	14	74	20	83	48	23	17	10	1.79
144880--144991	33	3.4	33	97	1	208	47	22	18	11	1.81
144880--145002	65	1.9	66	91	5	205	47	23	17	11	1.80
144998--145094	19	5.6	19	73	22	106	13	19	20	46	1.83
145020--145078	14	3.9	14	78	20	64	11	16	22	49	1.78
145003--145094	33	2.8	33	96	0	166	13	18	20	47	1.81
145079--145122	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
146964--147022	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
147284--147327	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
147507--147602	20	4.7	20	77	10	86	21	19	25	33	1.97
147528--147646	42	2.9	42	91	3	188	20	18	22	38	1.93
149032--149083	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
149585--149661	35	2.3	32	78	14	84	58	3	1	36	1.25
149619--149687	22	3.2	21	74	15	61	63	2	1	31	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150231--150306	31	2.5	31	84	0	98	46	14	9	30	1.76
157476--157613	72	1.9	74	86	3	199	42	16	20	21	1.90
160184--160270	32	2.7	32	92	0	129	37	21	12	27	1.90
160495--160654	76	2.1	76	96	1	295	52	6	6	34	1.53
161692--161753	25	2.3	28	75	18	76	17	14	17	50	1.79
161701--161759	25	2.4	25	94	0	100	15	16	16	50	1.78
168576--169426	112	7.4	120	85	7	416	28	18	13	38	1.89
168664--169640	224	4.3	222	81	10	929	28	18	14	38	1.90
169024--169068	23	1.9	23	82	13	56	15	24	6	53	1.66
168664--169661	336	2.9	336	85	5	1273	28	18	14	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8