genome.fa.s8647.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008647.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111634_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1422586

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7030--7190	71	2.2	72	86	3	227	35	25	19	19	1.95
7036--7224	36	5.2	36	85	3	229	35	23	19	21	1.95
7037--7224	71	2.6	71	83	7	200	36	23	19	20	1.95
7592--8270	51	12.9	51	79	9	627	32	19	24	23	1.98
7604--8318	155	4.5	157	79	11	698	32	19	24	22	1.97
7593--8318	110	6.9	109	80	7	646	32	19	24	23	1.97
8310--9508	55	22.1	54	83	7	1193	30	14	26	28	1.95
8307--9508	108	11.1	108	83	6	1229	30	14	26	28	1.95
9528--9679	54	2.8	53	81	7	182	34	17	24	23	1.96
16026--16329	150	2.0	149	88	3	452	27	14	20	37	1.92
16525--16571	19	2.5	19	79	6	51	51	2	17	29	1.57
19622--19764	64	2.2	64	84	8	175	34	16	20	27	1.94
21110--21407	146	2.0	145	89	5	449	26	16	21	36	1.94
21619--21679	21	2.9	21	80	4	61	49	1	18	31	1.57
21621--21686	33	2.0	33	82	5	80	50	1	16	31	1.55
24441--24467	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28885--28931	22	2.0	24	88	8	71	42	14	4	38	1.66
31990--32016	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
32366--32421	29	1.9	29	100	0	112	25	14	12	48	1.78
37046--37104	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
47863--47916	26	2.1	26	86	3	74	61	7	12	18	1.54
53302--53355	21	2.6	21	87	0	72	25	7	18	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53451--54001	43	12.9	42	80	5	541	25	21	20	33	1.97
53451--54001	85	6.4	84	81	4	568	25	21	20	33	1.97
53451--54001	214	2.6	214	84	4	632	25	21	20	33	1.97
64617--64793	60	3.0	60	83	6	155	37	6	10	46	1.63
67685--67734	7	7.4	7	86	8	77	24	28	30	18	1.97
67689--67734	13	3.5	13	93	3	74	23	28	30	17	1.97
67685--67734	20	2.5	20	90	6	75	24	28	30	18	1.97
67724--67780	17	3.4	17	85	0	78	15	17	42	24	1.88
67777--67826	9	5.1	10	76	13	59	30	28	22	20	1.98
67775--67826	20	2.7	20	90	3	79	28	26	25	19	1.98
71592--71713	30	4.0	30	73	6	109	22	20	25	31	1.98
71684--71931	63	3.9	63	89	1	363	22	26	23	27	2.00
77735--77821	35	2.4	36	84	5	106	43	17	8	31	1.78
79877--79928	3	17.7	3	92	4	88	32	0	0	67	0.91
86520--86569	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
86867--86897	11	2.8	11	90	0	53	87	0	12	0	0.55
89047--89273	115	2.0	115	90	0	355	33	14	20	31	1.93
91482--91634	59	2.7	54	80	11	191	37	16	21	24	1.93
92519--92839	165	2.0	163	87	3	466	35	14	12	38	1.83
92842--93298	76	6.0	76	97	0	842	21	20	22	35	1.96
93244--93327	31	2.8	31	92	3	136	22	17	22	36	1.94
93092--93478	183	2.1	183	94	1	672	22	20	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93168--93403	107	2.2	107	93	1	404	22	19	22	36	1.96
93016--93545	259	2.1	258	96	0	970	22	20	22	35	1.96
93275--94317	76	13.8	76	96	0	1894	21	21	21	35	1.96
94478--94527	3	16.7	3	91	8	84	34	0	0	66	0.92
94492--94538	22	2.1	22	84	7	60	42	0	0	57	0.98
94482--94544	28	2.3	28	83	8	76	41	0	0	58	0.98
98623--98671	13	3.6	13	73	10	53	42	4	2	51	1.32
99598--99633	17	2.1	17	90	10	56	50	33	2	13	1.57
99685--99756	34	2.1	34	94	0	126	23	30	12	33	1.92
100762--100824	21	3.0	21	69	2	56	34	14	14	36	1.86
107092--107122	3	10.3	3	92	0	53	64	0	35	0	0.94
117316--117541	103	2.2	103	91	1	373	26	13	23	36	1.92
123147--123364	103	2.1	103	92	1	357	27	13	22	37	1.91
123374--123448	23	3.4	22	82	10	82	24	17	24	34	1.96
132265--132303	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
136965--136989	12	2.1	12	100	0	50	52	0	24	24	1.48
138714--138743	9	3.2	9	95	4	51	13	0	0	86	0.57
138706--138743	10	3.8	10	86	10	51	15	0	0	84	0.63
144623--144677	26	2.1	27	83	10	69	49	0	1	49	1.11
149090--149133	21	2.1	21	95	0	79	34	6	4	54	1.47
150032--150087	29	1.9	29	96	0	103	19	30	37	12	1.89
157897--158029	20	6.7	19	81	9	133	39	24	16	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158060--158127	20	3.4	20	75	13	68	36	22	16	25	1.94
159099--159235	20	6.8	20	77	7	143	18	17	22	41	1.90
159104--159235	60	2.2	60	83	6	160	18	16	21	42	1.89
162862--162936	34	2.2	34	95	0	132	25	21	18	34	1.96
163825--163862	11	3.5	11	82	7	51	65	0	0	34	0.93
163837--163879	15	2.8	15	80	16	52	53	0	0	46	1.00
163834--163870	17	2.1	17	90	5	56	56	0	0	43	0.99
165270--165349	26	3.0	27	81	5	99	23	0	22	53	1.46
165237--165375	54	2.5	55	83	4	165	20	0	25	53	1.51
165259--165347	26	3.4	25	79	11	97	21	0	25	52	1.47
165535--165595	23	2.6	23	89	2	86	27	0	22	49	1.50
174874--174917	22	2.0	22	86	4	61	43	18	0	38	1.50
185851--185973	31	4.0	31	93	2	194	20	19	21	38	1.94
187604--187639	17	2.1	18	89	5	56	61	0	16	22	1.35
189964--190055	31	3.0	31	91	3	141	20	19	22	36	1.95
192286--192438	32	4.8	32	87	3	195	26	18	21	33	1.97
192284--192438	63	2.5	62	90	5	240	25	18	22	32	1.97
193196--193258	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
193340--193374	18	1.9	18	88	0	52	54	0	14	31	1.40
198857--198973	58	2.0	58	100	0	234	23	15	22	38	1.92
202538--202623	24	3.5	24	76	16	86	32	15	15	37	1.88
202584--202662	41	2.0	40	90	5	124	37	11	12	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202584--202682	42	2.4	41	83	8	121	36	11	12	40	1.78
204105--204199	13	8.0	13	68	23	50	61	0	2	36	1.08
204101--204195	16	5.6	16	69	16	57	60	0	2	37	1.09
204159--204230	14	5.0	14	73	18	67	65	0	1	33	1.02
204155--204194	21	1.9	21	84	0	53	67	0	0	32	0.91
204159--204259	42	2.3	43	75	11	98	62	0	1	34	1.13
204248--204350	47	2.2	49	80	16	121	59	1	1	36	1.20
204094--204491	165	2.4	164	87	4	579	58	0	2	38	1.18
204431--204491	13	4.6	13	73	17	54	62	0	0	37	0.96
204279--204576	149	2.0	147	85	7	345	54	1	4	40	1.29
216042--216290	124	2.0	124	100	0	498	33	10	29	26	1.90
217654--217798	21	6.8	21	70	10	107	35	23	16	24	1.95
217711--217798	42	2.1	42	89	4	133	37	20	15	26	1.93
220100--220129	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
220288--220349	14	4.5	14	79	4	63	50	25	0	24	1.50
220284--220348	20	3.2	20	84	4	85	52	23	0	24	1.48
222741--222820	12	6.8	12	67	9	58	37	18	18	25	1.94
222740--222819	23	3.4	23	80	1	88	37	18	20	23	1.94
222741--222827	35	2.5	35	86	3	113	37	18	19	24	1.94
222764--222842	35	2.3	35	84	4	106	40	17	17	24	1.91
222839--222901	24	2.6	24	94	0	108	23	25	23	26	2.00
235200--235261	18	3.4	18	79	0	79	33	16	8	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241079--241133	29	1.9	29	82	10	69	27	3	16	52	1.60
241116--241148	16	2.1	16	88	5	50	27	6	6	60	1.44
251908--251947	21	1.9	21	89	0	62	17	17	15	50	1.79
252873--252982	43	2.5	44	75	14	111	25	14	4	55	1.58
252971--253116	44	3.4	44	80	8	165	26	19	9	45	1.80
254560--254589	14	2.1	14	93	0	51	30	10	6	53	1.60
260724--260845	47	2.6	47	82	10	160	28	15	12	43	1.83
266898--266931	5	7.0	5	93	6	52	61	2	0	35	1.11
268615--268828	107	2.0	107	97	1	403	31	22	14	32	1.93
284899--284930	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8