genome.fa.s8647.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008647.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111634_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1422586

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732595--732877	124	2.3	123	90	1	424	26	18	14	39	1.89
732855--733333	113	4.1	113	88	4	620	26	19	15	38	1.92
733413--733515	39	2.6	39	96	0	188	22	21	6	49	1.72
733561--733892	112	3.0	111	88	3	454	26	18	16	38	1.92
735019--735490	76	6.3	76	89	1	612	31	20	15	33	1.93
738212--738273	32	1.9	32	90	0	97	19	16	17	46	1.84
738879--738968	1	90.0	1	74	0	54	0	12	3	84	0.74
738879--738983	8	13.1	8	73	22	80	0	15	2	81	0.80
738879--738979	7	14.3	7	74	15	75	0	14	2	82	0.79
738879--738968	35	2.6	34	82	5	117	0	12	3	84	0.74
738888--738979	42	2.2	41	85	12	125	0	15	3	81	0.81
739277--739322	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
741410--741439	12	2.4	13	94	5	53	63	6	6	23	1.43
744015--744055	20	2.0	20	85	0	55	73	2	2	21	1.07
746639--746668	12	2.4	13	94	5	53	20	6	0	73	1.05
749366--749399	18	2.0	16	88	11	50	52	0	0	47	1.00
758260--758289	14	2.1	14	100	0	60	23	13	16	46	1.82
760018--760116	38	2.6	38	85	3	119	29	19	13	38	1.89
765660--765713	26	2.1	26	85	0	72	25	12	24	37	1.91
771510--771550	21	2.0	21	90	0	64	63	0	21	14	1.30
779264--779306	20	2.2	20	86	0	59	34	16	13	34	1.88
787173--787204	5	6.4	5	100	0	64	0	0	40	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790857--790907	21	2.7	18	70	18	50	49	0	0	50	1.00
790995--791065	21	3.4	22	84	9	103	38	12	23	25	1.90
797725--797783	2	29.5	2	96	0	109	47	0	1	50	1.11
798235--798286	18	2.9	18	82	0	68	30	32	19	17	1.95
798267--798321	28	2.0	28	92	0	92	41	25	18	14	1.88
802049--802074	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
802528--802579	18	2.9	18	97	0	95	26	36	23	13	1.92
803476--803512	11	3.6	11	79	20	53	21	18	32	27	1.97
803465--803520	19	2.9	19	97	2	103	21	21	30	26	1.98
803470--803535	8	7.2	8	73	23	51	24	21	27	27	1.99
806276--806353	21	3.5	22	78	8	86	25	23	25	25	2.00
812117--812163	19	2.6	17	86	10	58	31	19	23	25	1.98
812115--812294	65	2.8	63	81	9	204	29	16	22	31	1.96
812135--812294	65	2.5	65	85	7	211	29	16	21	33	1.95
814373--814397	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
817375--817626	30	8.5	29	79	8	240	38	8	0	51	1.37
817425--817483	29	2.2	25	73	21	66	35	10	3	50	1.53
817375--817622	120	2.1	118	84	5	313	39	8	0	51	1.38
817570--817648	24	3.1	24	85	7	86	39	10	0	50	1.36
817378--817681	30	10.4	29	76	11	194	40	7	0	51	1.36
817695--817799	30	3.5	30	73	12	90	50	0	8	40	1.39
817763--817834	25	2.8	27	78	16	82	52	1	8	37	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821566--821595	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
821569--821603	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
821688--821739	21	2.5	21	81	6	61	78	1	7	11	1.02
821733--821838	41	2.5	41	79	13	117	70	0	3	24	1.09
821720--821814	32	2.8	33	74	16	90	72	1	3	23	1.05
821729--821858	44	3.0	42	77	8	129	68	0	3	27	1.10
821871--821931	23	2.8	21	74	16	54	67	4	6	21	1.33
822255--822323	34	2.0	34	91	0	111	31	13	11	43	1.79
822785--823678	105	8.5	104	79	8	861	22	19	25	32	1.97
822785--823669	206	4.2	206	79	8	748	21	20	25	32	1.97
824309--824478	65	2.6	65	93	0	297	37	12	18	31	1.88
824378--825141	102	7.5	102	96	0	1393	37	12	20	29	1.90
824278--824595	167	1.9	169	91	1	523	37	11	20	30	1.88
826027--826077	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
826714--826777	25	2.7	23	72	13	58	0	17	6	76	0.98
826709--826777	24	2.8	25	75	20	74	0	18	5	75	1.00
826729--826762	17	1.9	17	88	5	50	0	11	8	79	0.94
829717--829746	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
829720--829754	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
829761--829823	31	2.1	31	85	8	85	71	3	7	17	1.23
829844--829895	21	2.5	21	81	6	61	78	1	7	11	1.02
829842--829948	49	2.2	50	80	9	121	76	0	4	17	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829887--830028	39	3.5	40	78	9	130	68	1	2	28	1.09
829904--829970	31	2.0	33	78	16	68	71	0	2	25	1.00
830024--830084	23	2.8	21	74	16	54	67	4	6	21	1.33
830409--830477	34	2.0	34	94	0	120	31	14	11	42	1.82
831678--831735	5	11.8	5	81	18	52	82	1	5	10	0.89
831688--831736	21	2.5	20	83	9	64	83	2	6	8	0.87
831689--831737	24	2.0	26	84	11	68	81	2	8	8	0.94
831673--831743	30	2.3	32	74	18	78	78	1	9	9	1.02
836611--836666	20	2.8	20	81	2	69	28	23	16	32	1.96
841248--841369	59	2.0	60	92	1	201	37	13	18	30	1.89
841248--841369	30	4.1	30	89	2	183	37	13	18	30	1.89
841259--841385	30	4.3	30	82	6	159	38	14	18	28	1.90
842436--842480	18	2.5	18	100	0	90	24	22	6	46	1.75
844663--844703	17	2.4	17	91	4	64	46	2	7	43	1.44
844748--844847	20	5.3	20	72	12	86	42	3	11	44	1.55
844774--844849	35	2.2	35	80	4	91	39	3	13	43	1.62
848514--848560	20	2.3	21	82	10	62	74	0	4	21	0.99
848513--848568	24	2.3	24	79	11	62	71	0	3	25	1.02
848625--848652	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
849263--849495	75	2.9	81	81	14	284	56	12	1	30	1.43
849335--849517	75	2.5	73	83	7	221	54	11	1	32	1.46
855434--855466	14	2.4	14	90	10	50	21	15	0	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856525--856579	19	2.9	19	94	0	92	27	21	29	21	1.99
856564--856720	65	2.4	65	83	2	181	33	19	20	27	1.96
859351--859427	23	3.5	22	80	7	93	25	22	25	25	2.00
859326--859446	23	5.7	21	72	11	86	23	19	27	28	1.99
859351--859446	44	2.2	43	85	9	124	25	20	26	28	1.99
865207--865252	19	2.4	19	100	0	92	15	21	32	30	1.94
865161--865317	84	1.9	84	82	5	201	28	19	23	29	1.98
865344--865391	20	2.4	20	100	0	96	22	20	31	25	1.98
865344--865398	20	2.8	20	91	0	65	23	23	29	23	1.99
867227--867306	21	3.8	21	90	3	108	23	20	20	36	1.95
870383--870419	13	2.7	14	91	8	67	24	29	29	16	1.96
870409--870466	17	3.4	17	97	0	107	15	24	43	17	1.87
870383--870419	7	5.4	7	93	6	67	24	29	29	16	1.96
870460--870530	19	3.7	19	92	1	106	26	29	25	18	1.98
870462--870530	9	7.1	10	76	12	72	27	30	23	18	1.98
877664--877707	20	2.1	21	95	4	81	25	29	29	15	1.96
877697--877754	17	3.4	17	97	0	107	15	24	43	17	1.87
877664--877707	7	6.4	7	94	5	81	25	29	29	15	1.96
877748--877818	19	3.7	19	92	1	106	26	29	25	18	1.98
877750--877818	9	7.1	10	76	12	72	27	30	23	18	1.98
880085--880126	16	2.6	16	92	3	66	9	9	9	71	1.32
883854--883894	12	3.3	12	93	6	73	85	14	0	0	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883854--883894	13	3.2	13	96	3	75	85	14	0	0	0.60
888938--889100	58	2.9	56	73	13	136	42	12	8	36	1.73
891035--891078	23	1.9	23	90	0	70	22	25	20	31	1.98
891036--891103	21	3.1	21	81	8	57	26	19	22	32	1.97
891068--891115	21	2.3	21	85	0	60	29	20	25	25	1.99
895901--895954	28	1.9	28	88	0	81	25	11	12	50	1.74
899339--900024	196	3.6	194	74	10	609	28	15	22	34	1.94
904978--905026	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
907094--907200	45	2.3	46	88	4	164	30	19	19	29	1.97
915741--915847	45	2.3	46	87	4	146	31	18	18	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8