genome.fa.s8719.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008719.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111774_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4817204

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6230--6256	14	1.9	14	100	0	54	22	40	0	37	1.54
11482--11525	21	2.1	21	100	0	88	36	31	4	27	1.77
14104--14189	11	7.2	12	74	22	67	29	2	37	31	1.70
14089--14190	36	2.9	36	92	1	161	26	3	36	33	1.75
14529--14579	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
16322--16377	24	2.3	24	81	6	60	32	21	14	32	1.93
17453--17485	16	1.9	17	88	11	50	66	0	21	12	1.23
19978--20046	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
20032--20117	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
20017--20118	36	2.9	36	94	1	170	26	4	36	32	1.78
20457--20507	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
28600--28650	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
32819--32869	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
37027--37087	8	8.0	8	72	17	58	81	11	6	0	0.85
37029--37086	7	7.9	7	76	16	55	82	10	6	0	0.83
37046--37079	13	2.5	13	95	4	59	79	8	11	0	0.94
37061--37098	20	1.9	20	88	0	58	78	10	10	0	0.95
48646--48688	16	2.7	16	92	0	68	46	13	30	9	1.75
50191--50241	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
53650--53697	19	2.5	20	83	10	55	6	16	4	72	1.20
53650--53716	24	3.0	24	73	20	63	4	16	4	74	1.14
53680--53720	17	2.3	18	87	4	57	0	19	4	75	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54438--54488	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
59511--59552	14	3.1	14	89	3	59	33	0	40	26	1.56
59846--59890	16	2.8	16	80	12	56	57	0	20	22	1.40
60024--60139	35	3.3	35	89	3	171	29	3	39	27	1.73
60081--60138	13	4.7	13	68	12	50	29	1	41	27	1.66
62198--62222	13	1.9	13	100	0	50	36	0	32	32	1.58
62587--62637	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
65173--65222	19	2.6	20	84	12	61	64	0	12	24	1.27
70460--70523	19	3.3	20	85	10	73	3	18	3	75	1.08
75126--75194	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
75570--75620	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
76782--76827	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
77947--77988	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
78989--79028	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
79282--79346	29	2.2	29	81	13	80	80	1	16	1	0.88
79285--79350	21	3.2	20	80	8	78	77	1	19	1	0.93
84562--84601	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
89379--89408	15	2.0	15	93	0	51	0	13	3	83	0.77
89411--89458	23	2.0	23	84	4	60	8	12	18	60	1.57
90729--90768	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
91178--91229	19	2.6	21	84	6	72	46	5	11	36	1.64
97021--97079	21	2.8	21	82	17	70	3	15	5	76	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97025--97076	18	2.8	18	78	21	54	3	15	3	76	1.07
97796--97847	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
103228--103270	19	2.1	21	87	8	63	37	13	4	44	1.65
103228--103277	21	2.5	19	87	6	64	36	12	4	48	1.59
103983--104030	13	3.6	13	83	5	60	77	2	18	2	0.97
108648--108691	19	2.4	19	88	7	65	2	4	6	86	0.77
108862--108896	17	2.1	17	100	0	70	42	11	22	22	1.85
111155--111331	64	2.8	64	85	3	214	32	22	20	24	1.98
111640--111686	12	3.9	12	91	0	67	29	6	25	38	1.81
111702--111775	29	2.6	29	97	2	141	43	16	21	18	1.88
111860--111952	15	6.2	15	94	0	168	13	21	33	31	1.93
118177--118353	64	2.8	64	85	3	214	32	22	20	24	1.98
118662--118708	12	3.9	12	91	0	67	29	6	25	38	1.81
118853--118930	15	5.2	15	93	0	138	14	21	33	30	1.93
118853--118930	30	2.6	30	100	0	156	14	21	33	30	1.93
122649--122700	21	2.6	19	87	6	68	36	13	3	46	1.62
124617--124662	19	2.3	20	82	14	60	71	0	17	10	1.13
128530--128559	5	6.2	5	96	3	53	0	20	0	80	0.72
128549--128613	27	2.4	28	80	12	80	10	16	10	61	1.56
128940--129008	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
129384--129434	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
132482--132523	6	7.3	6	84	10	52	0	14	4	80	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132481--132523	11	3.8	11	84	6	59	0	16	4	79	0.90
132481--132541	22	2.7	22	82	12	72	0	14	8	77	0.99
132514--132547	17	1.9	18	88	5	52	0	8	14	76	1.01
132886--132954	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
133330--133380	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
136386--136421	18	2.1	18	89	5	56	0	8	8	83	0.82
136797--136869	35	2.1	35	92	5	121	30	4	39	26	1.75
137033--137072	19	2.0	20	95	4	73	67	0	15	17	1.23
139883--139947	18	3.6	17	76	15	60	73	4	18	3	1.13
139890--139934	12	3.5	13	81	9	56	77	2	20	0	0.87
139894--139934	21	1.9	21	90	5	64	78	2	19	0	0.87
139894--139952	22	2.7	21	80	15	57	72	5	18	3	1.17
147400--147483	5	16.8	5	75	20	70	1	19	1	78	0.88
147402--147483	8	9.9	8	76	18	71	1	19	1	78	0.89
147405--147483	41	1.9	42	85	12	110	1	18	1	78	0.89
147739--147778	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
151986--152034	19	2.6	18	84	9	62	32	16	6	44	1.72
152373--152446	33	2.2	33	80	4	87	32	33	1	32	1.67
152629--152661	16	2.1	16	100	0	66	30	18	12	39	1.87
153074--153116	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
154630--154668	16	2.8	13	79	20	51	58	0	33	7	1.26
155130--155204	26	3.0	26	75	16	77	64	0	18	17	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155242--155275	17	1.9	18	88	5	52	32	0	38	29	1.58
155611--155651	20	2.1	20	95	4	75	43	4	12	39	1.63
156508--156587	35	2.3	35	91	4	126	30	5	38	26	1.77
161117--161227	35	3.1	35	90	3	170	29	3	39	27	1.73
164934--164962	15	2.0	15	93	6	51	75	3	20	0	0.94
168255--168285	13	2.4	13	100	0	62	35	38	19	6	1.77
176698--176767	36	1.9	36	91	0	113	28	5	35	30	1.80
185132--185170	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
185504--185554	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
195934--196003	36	1.9	36	91	0	113	28	5	35	30	1.80
196557--196605	23	2.1	24	81	11	57	63	0	22	14	1.30
197234--197303	36	1.9	36	91	0	113	27	5	35	31	1.80
199654--199684	14	2.2	14	100	0	62	35	9	12	41	1.76
200069--200110	21	2.0	20	86	4	57	66	0	21	11	1.23
200238--200327	35	2.5	35	83	1	117	33	3	35	27	1.74
200239--200348	35	3.2	34	79	8	116	31	2	36	29	1.72
204827--204856	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
212872--212911	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
221309--221334	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
221441--221482	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
225338--225367	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
227264--227292	15	2.0	15	93	6	51	75	3	20	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231289--231338	14	3.9	13	73	21	52	78	2	20	0	0.86
231283--231338	19	3.1	18	82	17	71	78	1	19	0	0.84
231283--231338	11	4.7	11	74	21	51	78	1	19	0	0.84
241591--241619	13	2.3	13	94	5	51	89	6	0	3	0.57
261421--261449	8	3.6	8	100	0	58	68	0	10	20	1.18
275580--275692	35	3.2	35	88	2	154	32	3	37	26	1.74
278117--278164	17	2.8	17	96	3	87	31	25	12	31	1.92
278970--279025	23	2.5	22	82	5	58	67	12	14	5	1.38
278883--279111	117	2.0	112	89	10	351	62	11	15	10	1.54
280572--280626	26	2.1	26	100	0	110	25	16	27	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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