genome.fa.s8719.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008719.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111774_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4817204

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  3  of  18  ( 2140 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658989--659014	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
672863--672974	36	3.1	36	92	1	181	30	37	2	29	1.71
673107--673157	22	2.3	22	77	22	61	11	23	0	64	1.26
673110--673163	20	2.5	21	91	8	83	12	24	0	62	1.30
673858--673914	15	3.9	15	77	20	59	77	3	17	1	1.00
673877--673946	26	2.8	26	80	10	83	75	1	18	4	1.04
673892--673948	17	3.3	16	81	13	60	77	1	17	3	1.00
673892--673967	18	4.3	18	77	12	70	73	1	18	6	1.11
677943--678064	49	2.6	46	79	11	138	40	7	20	31	1.80
681052--681132	21	3.3	23	72	19	67	18	18	0	62	1.32
681055--681132	26	3.1	26	76	16	83	19	17	0	62	1.32
682898--682939	18	2.3	18	95	0	75	66	7	4	21	1.35
689880--689925	13	3.5	13	90	0	65	32	0	36	30	1.58
689880--689913	16	2.1	16	88	0	50	32	0	38	29	1.58
689888--689924	16	2.3	16	90	0	56	29	0	37	32	1.58
693643--693681	15	2.5	15	83	4	51	61	0	23	15	1.33
693818--693926	35	3.1	35	81	2	130	33	3	36	26	1.74
694605--694643	15	2.5	15	87	4	60	15	25	0	58	1.37
695669--695718	2	25.5	2	91	4	84	50	0	2	48	1.12
696955--696997	19	2.2	19	87	4	59	18	18	20	41	1.90
701181--701256	34	2.2	35	95	2	136	34	10	3	51	1.55
702745--702784	6	6.7	6	83	11	55	82	2	15	0	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702968--703027	16	3.6	16	80	6	57	13	18	0	68	1.21
709923--709994	34	2.1	35	89	2	110	34	11	5	48	1.62
711482--711521	6	6.7	6	83	11	55	82	2	15	0	0.77
711705--711764	16	3.6	16	80	6	57	13	18	0	68	1.21
722554--722592	19	2.1	19	90	0	60	10	0	25	64	1.25
742074--742126	26	2.0	26	92	0	88	18	35	18	26	1.95
746309--746369	24	2.5	24	84	5	79	31	16	27	24	1.96
748068--748154	35	2.5	35	90	1	140	31	39	0	29	1.57
748555--748595	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
749160--749199	18	2.2	18	95	0	71	25	17	20	37	1.94
751362--751406	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
752990--753028	18	2.2	17	83	16	53	71	7	10	10	1.30
752984--753032	19	2.6	19	81	15	66	73	6	12	8	1.24
759019--759048	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
762301--762355	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
764454--764513	30	2.0	31	83	3	77	53	8	10	28	1.63
766928--766994	32	2.1	33	81	13	77	59	0	25	14	1.36
767527--767569	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
771321--771375	25	2.2	25	96	0	101	36	12	23	27	1.91
773087--773208	59	2.1	59	85	0	163	28	18	23	28	1.98
773319--773397	25	3.4	25	67	29	75	37	10	21	30	1.86
773305--773436	45	2.9	45	94	2	221	35	9	23	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773351--773453	45	2.6	36	69	26	84	38	7	21	32	1.82
782037--782097	24	2.6	23	73	17	61	8	14	11	65	1.46
794358--794495	59	2.3	59	89	0	213	25	14	21	38	1.91
795143--795205	2	31.0	2	73	20	51	50	3	4	41	1.39
795143--795192	12	4.3	12	90	5	68	50	4	4	42	1.40
796011--796059	25	2.0	26	84	8	66	48	2	4	44	1.33
799164--799190	14	1.9	14	100	0	54	66	0	7	25	1.17
799164--799203	14	2.9	14	88	0	53	62	0	10	27	1.27
799196--799239	20	2.1	21	87	8	63	61	9	9	20	1.53
805043--805112	24	3.0	24	73	10	63	52	2	1	42	1.24
805170--805231	31	1.9	33	84	12	85	56	4	1	37	1.30
805170--805238	33	2.2	31	79	12	77	57	4	2	34	1.33
805223--805261	15	2.5	15	87	4	51	71	0	5	23	1.05
805644--805675	10	3.2	10	100	0	64	71	0	0	28	0.86
806687--806754	6	10.7	6	82	6	64	60	1	0	38	1.06
806687--806754	9	7.1	9	80	8	64	60	1	0	38	1.06
809941--810000	28	2.1	30	81	12	72	26	28	20	25	1.99
810864--810905	21	2.0	21	85	0	57	45	4	4	45	1.45
813240--813307	25	2.7	25	79	6	75	23	1	25	50	1.58
814887--814917	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
820772--820902	44	3.0	44	88	1	192	32	15	21	31	1.94
823031--823498	133	3.5	131	79	3	445	33	19	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824052--824090	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
827952--827999	7	6.4	8	82	17	59	79	2	18	0	0.84
829855--829899	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
830954--830999	23	2.0	24	86	4	67	23	2	0	73	0.94
830955--831005	23	2.2	23	82	6	59	23	3	0	72	1.01
831252--831299	20	2.4	21	82	10	64	41	4	0	54	1.20
831255--831297	16	2.7	16	89	7	61	41	4	0	53	1.21
831570--831648	9	8.2	9	70	18	52	13	2	6	77	1.07
835356--835394	21	1.9	20	84	5	51	25	0	20	53	1.45
843988--844022	6	5.8	6	89	0	52	62	0	2	34	1.10
844153--844212	22	2.8	22	76	20	65	71	1	6	20	1.17
844162--844204	20	2.2	20	83	8	52	72	2	6	18	1.19
845358--845397	19	2.1	18	86	9	53	77	0	7	15	0.98
845394--845423	15	1.9	15	93	6	51	60	0	3	36	1.14
845979--846063	28	2.9	30	89	8	124	44	7	4	43	1.52
850140--850442	39	8.2	39	86	7	350	40	9	5	44	1.60
850305--850392	32	2.8	32	96	0	158	39	13	6	39	1.71
856313--856354	20	2.2	19	83	12	50	71	2	7	19	1.20
857472--857501	15	1.9	15	93	6	51	60	0	3	36	1.14
857525--857986	39	12.4	39	85	9	585	43	7	3	45	1.50
857616--857664	26	1.9	26	83	4	64	42	8	2	46	1.45
857784--857847	26	2.4	27	92	7	112	43	7	3	45	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857706--857925	104	2.1	107	90	2	347	43	7	3	45	1.48
860424--860465	8	5.0	8	78	21	50	14	0	2	83	0.75
860427--860480	25	2.1	25	86	3	72	12	3	3	79	1.00
863929--863961	11	3.0	11	100	0	66	45	0	36	18	1.49
868547--868592	21	2.2	21	84	0	56	36	19	23	19	1.95
873482--873515	15	2.3	15	89	0	50	17	5	29	47	1.71
890684--890732	16	3.1	16	90	0	80	42	12	24	20	1.86
891019--891057	16	2.5	16	87	4	53	38	2	7	51	1.44
896211--896240	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
902370--902420	11	4.6	11	75	18	52	80	0	13	5	0.89
902365--902435	33	2.3	29	85	11	88	80	1	12	5	0.95
902365--902435	14	4.5	15	76	15	72	80	1	12	5	0.95
902359--902438	31	2.4	32	79	8	99	77	2	13	6	1.06
903109--903169	30	2.1	30	84	3	79	42	6	16	34	1.74
904770--904928	40	4.0	40	94	1	275	22	18	26	32	1.97
904898--905149	128	2.0	128	97	0	477	24	15	25	34	1.95
905161--905603	46	9.8	45	89	2	622	39	5	20	33	1.77
911006--911057	18	3.1	17	76	15	54	21	13	0	65	1.26
915672--915826	76	2.0	76	96	0	283	18	10	29	41	1.84
917286--917790	54	9.3	54	86	2	654	35	20	15	28	1.93
923852--923908	24	2.2	26	80	17	66	28	5	1	64	1.25
923893--923962	17	4.2	16	74	13	52	24	2	0	72	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923876--924274	34	10.9	35	67	23	100	20	5	2	71	1.19
923901--923976	23	3.2	23	76	10	66	18	3	1	76	1.01
923923--923980	27	2.1	29	87	6	84	15	3	1	79	0.95
924097--924142	18	2.6	18	86	3	58	10	2	4	82	0.89
924112--924279	9	17.9	9	70	12	88	19	4	0	75	1.03
924112--924282	5	34.2	5	72	22	96	19	4	0	74	1.03
924204--924274	4	18.0	4	71	23	53	19	4	0	76	0.96
924210--924282	24	3.1	24	86	5	87	19	5	0	75	0.99
924237--924291	24	2.3	25	84	6	69	21	7	0	70	1.11
927098--927393	150	2.0	150	80	4	337	38	17	25	18	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18