genome.fa.s8719.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008719.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111774_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4817204

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1946960--1947006	20	2.2	22	77	7	53	31	2	4	61	1.27
1950246--1950285	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
1953338--1955241	952	2.0	953	93	0	3263	31	14	18	35	1.91
1961590--1962345	238	3.2	234	85	3	974	35	16	17	31	1.92
1962453--1963572	55	20.6	55	82	5	1265	42	13	8	34	1.76
1962990--1963089	43	2.3	44	86	5	141	41	13	15	31	1.84
1971792--1971822	4	7.8	4	92	0	53	77	0	3	19	0.90
1973288--1973358	17	4.2	17	87	0	106	38	8	15	38	1.78
1975233--1975276	20	2.2	20	91	0	70	18	31	6	43	1.76
1981657--1981713	17	3.4	17	87	0	87	38	5	14	42	1.68
1981657--1981726	34	2.1	34	91	0	113	41	7	12	38	1.71
1981657--1981726	17	4.1	17	86	0	86	41	7	12	38	1.71
1982661--1982790	66	1.9	68	81	6	158	41	16	15	26	1.88
1987508--1987546	6	6.5	6	82	11	53	51	0	46	2	1.14
1987508--1987551	18	2.5	18	75	17	56	52	0	43	4	1.22
1987634--1987671	14	2.8	14	88	4	60	21	0	13	65	1.26
1987638--1987689	22	2.3	22	71	12	52	21	1	9	67	1.29
1988615--1988668	6	9.0	6	85	0	63	62	3	3	29	1.29
1989826--1990003	90	2.0	90	93	2	304	35	12	6	44	1.68
1996233--1996424	96	2.0	95	98	1	375	36	26	19	17	1.94
1996712--1996879	90	1.9	90	92	2	284	38	11	7	41	1.71
1998084--1998163	37	2.2	37	97	0	151	40	22	18	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1998464--2000341	170	11.1	169	75	6	1211	35	18	15	31	1.91
1998459--2000341	339	5.6	334	75	7	1018	35	18	15	31	1.91
2003071--2003246	88	2.0	88	100	0	352	36	20	17	26	1.94
2018061--2018100	21	1.9	21	94	0	71	57	10	2	30	1.45
2019709--2020159	223	2.0	226	97	2	863	38	13	16	31	1.87
2024945--2024983	16	2.4	16	95	0	69	41	20	12	25	1.88
2033437--2033469	17	1.9	17	93	0	57	9	21	0	69	1.15
2034030--2034114	3	28.3	3	100	0	170	67	0	0	32	0.91
2035347--2035430	2	42.5	2	97	2	161	50	0	0	50	1.00
2043007--2043034	13	2.2	13	100	0	56	60	0	25	14	1.34
2054501--2054550	26	1.9	26	91	0	82	34	12	28	26	1.92
2062475--2062554	40	2.0	40	92	0	133	50	1	17	31	1.54
2063365--2063409	22	2.1	22	84	8	58	37	17	20	24	1.93
2072101--2072365	131	2.0	132	98	1	514	34	18	10	36	1.85
2077408--2077432	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
2080674--2080839	83	2.0	84	98	1	325	40	9	10	39	1.72
2086841--2086997	39	4.0	39	77	3	136	36	24	22	16	1.94
2091808--2091859	18	2.9	18	94	0	95	11	40	23	25	1.88
2092574--2092775	39	5.2	40	77	8	193	32	23	25	18	1.97
2093548--2093590	18	2.4	18	96	0	77	23	30	27	18	1.98
2094108--2094166	29	2.0	30	83	3	75	30	20	6	42	1.78
2094935--2095238	151	2.0	153	98	1	594	39	12	13	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2114693--2114879	93	2.0	93	100	0	374	43	20	10	25	1.83
2116486--2116644	61	2.6	60	84	4	185	32	25	13	27	1.94
2122114--2122152	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2124427--2124464	12	3.3	12	82	14	53	5	15	0	78	0.91
2126125--2126156	17	1.9	16	93	6	55	18	25	6	50	1.70
2127459--2127511	23	2.3	23	93	0	88	32	37	0	30	1.58
2131124--2131169	15	2.7	18	75	25	55	30	23	15	30	1.95
2131754--2131797	23	1.9	23	95	0	79	34	40	0	25	1.56
2142767--2143085	158	2.0	159	98	1	615	34	21	16	26	1.95
2144446--2144485	20	2.0	20	90	4	64	45	5	2	47	1.38
2144720--2144852	60	2.2	60	77	7	135	39	21	13	24	1.90
2144759--2144872	20	5.7	21	74	19	77	41	21	14	21	1.90
2144840--2144930	19	4.6	20	79	5	87	36	18	12	32	1.88
2144754--2144880	60	2.1	58	80	13	159	40	19	14	25	1.90
2144840--2144938	39	2.5	39	82	6	103	34	17	13	35	1.88
2145088--2145125	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
2145718--2145757	12	3.3	12	89	0	62	60	27	0	12	1.33
2145718--2145765	24	2.0	25	91	4	80	60	29	0	10	1.30
2145718--2145763	12	3.8	11	83	16	56	60	28	0	10	1.30
2145890--2145943	24	2.2	24	93	0	90	24	16	18	40	1.90
2146120--2146151	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
2148212--2148247	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148577--2148622	20	2.3	20	92	0	74	21	17	19	41	1.90
2148719--2148862	66	2.2	64	93	2	243	50	17	1	31	1.55
2150224--2150288	21	3.1	21	91	4	78	15	21	43	20	1.88
2150224--2150314	42	2.2	42	80	7	96	17	20	40	20	1.91
2150241--2150339	42	2.4	42	76	6	101	20	21	35	23	1.96
2152463--2152527	34	1.9	34	93	0	112	50	21	20	7	1.72
2152476--2152509	14	2.4	14	95	0	59	50	20	20	8	1.75
2152463--2152537	20	4.1	20	75	20	83	49	22	18	9	1.76
2152544--2152582	20	1.9	21	89	5	62	15	10	20	53	1.70
2152925--2152981	22	2.6	22	91	0	87	17	17	43	21	1.88
2153089--2153228	20	6.9	20	86	4	165	19	15	25	40	1.91
2153093--2153206	41	2.8	41	81	6	142	20	13	25	41	1.88
2153089--2153261	61	2.9	60	78	10	174	19	16	24	39	1.92
2153088--2153261	81	2.2	80	86	4	251	19	16	24	39	1.91
2153252--2153301	20	2.5	20	76	0	55	26	12	34	28	1.92
2156792--2156855	16	4.1	15	75	20	60	64	3	1	31	1.19
2156808--2156882	22	3.3	23	76	14	75	62	2	1	33	1.17
2157487--2157575	22	4.0	22	74	10	83	30	2	1	66	1.11
2157503--2157575	8	9.9	8	71	12	50	31	2	0	65	1.06
2157486--2157580	14	6.8	14	74	14	63	30	2	1	66	1.10
2162550--2162596	15	3.2	15	87	3	69	40	12	6	40	1.69
2162953--2162993	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2163426--2163500	31	2.4	31	82	4	89	32	8	14	45	1.74
2163949--2164062	60	1.9	60	92	0	192	36	14	12	35	1.84
2165885--2165919	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
2167736--2167809	31	2.4	31	84	10	91	8	14	2	74	1.16
2167754--2167813	18	3.2	18	73	19	59	6	13	1	78	1.02
2171240--2171313	17	4.5	16	77	19	73	5	12	6	75	1.16
2171236--2171308	30	2.4	31	82	17	91	5	13	5	75	1.16
2171547--2171597	26	1.9	28	84	11	72	64	0	13	21	1.28
2172889--2172926	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
2174722--2174755	18	1.9	17	94	5	59	5	8	5	79	1.05
2175002--2175037	18	2.0	18	89	10	56	69	0	13	16	1.19
2177809--2177848	21	1.9	21	94	0	71	15	10	20	55	1.68
2180229--2180276	24	2.0	24	100	0	96	20	4	45	29	1.70
2185501--2185542	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
2185872--2185912	18	2.2	18	86	4	55	75	12	12	0	1.05
2190090--2190134	11	4.1	11	85	5	56	15	11	2	71	1.24
2204547--2204604	27	2.1	28	81	15	68	29	10	12	48	1.73
2206477--2206518	15	2.9	15	85	3	50	57	4	2	35	1.33
2206477--2206645	22	8.0	20	75	15	94	54	2	1	42	1.21
2206549--2206643	2	48.5	2	85	12	135	51	2	0	46	1.12
2206435--2206643	14	16.1	13	73	19	138	53	3	1	41	1.30
2206435--2206644	16	12.9	16	74	13	139	53	3	1	40	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207342--2207428	45	1.9	45	88	0	129	33	22	8	35	1.84
2207516--2207582	33	2.0	33	97	0	125	29	26	16	26	1.97
2212754--2212781	13	2.2	13	100	0	56	35	28	7	28	1.84
2212832--2212901	23	3.0	23	87	8	115	24	24	7	44	1.78
2217368--2217724	176	2.0	179	97	2	675	25	22	15	35	1.94
2221396--2221620	110	2.0	112	98	1	436	32	14	20	32	1.93
2226637--2226810	7	24.1	7	66	21	58	53	5	1	39	1.35
2226716--2226773	20	2.8	20	75	12	64	56	3	1	37	1.26
2226621--2226779	16	8.4	18	67	20	60	55	5	2	35	1.37
2226738--2226786	26	1.9	26	87	4	73	55	4	0	40	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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