genome.fa.s8719.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008719.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111774_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4817204

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489367--2489574	95	2.2	94	88	0	299	24	24	16	35	1.95
2489579--2489665	21	4.2	21	78	14	108	35	18	12	33	1.89
2489564--2489655	41	2.2	41	92	0	148	34	19	11	33	1.89
2489654--2489679	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
2494278--2494525	55	4.6	55	90	1	376	33	15	18	31	1.93
2495190--2495233	20	2.1	21	83	4	54	40	29	2	27	1.68
2498198--2498545	170	2.0	171	98	0	680	39	17	16	27	1.91
2499099--2499192	3	32.3	3	93	6	167	65	0	0	34	0.93
2499099--2499188	23	3.9	23	95	4	164	65	0	0	34	0.93
2503788--2503816	14	2.1	14	100	0	58	6	20	51	20	1.70
2503811--2503890	9	8.3	9	72	13	61	27	27	26	18	1.98
2503817--2503891	19	3.9	18	81	11	78	28	28	24	20	1.99
2510327--2510396	9	7.3	9	80	12	77	28	28	27	15	1.96
2510327--2510396	19	3.7	18	81	12	77	28	28	27	15	1.96
2510359--2510397	21	1.9	21	94	5	71	33	25	25	15	1.95
2512622--2512659	17	2.2	18	85	4	51	31	7	0	60	1.25
2512949--2512982	17	2.0	17	88	0	50	17	0	5	76	0.98
2516893--2516927	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2517032--2517064	17	1.9	17	88	11	50	18	6	3	72	1.18
2525712--2525752	19	2.2	19	100	0	82	31	26	14	26	1.95
2530072--2530122	20	2.6	20	90	3	77	33	15	17	33	1.92
2535466--2535802	54	6.2	54	86	4	385	32	17	16	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2537580--2537815	54	4.4	54	89	0	337	33	16	14	35	1.90
2541179--2541207	15	1.9	15	100	0	58	27	31	6	34	1.83
2541769--2541801	12	2.6	13	90	4	50	45	6	12	36	1.66
2544358--2544382	12	2.1	12	100	0	50	24	32	16	28	1.96
2545631--2545664	17	2.0	17	94	0	59	11	26	29	32	1.92
2550612--2550662	23	2.3	23	89	3	77	17	41	23	17	1.90
2550621--2550686	23	3.3	19	81	12	62	19	34	30	15	1.93
2565288--2565517	117	2.0	116	83	4	293	29	14	9	46	1.75
2567602--2567656	23	2.5	21	80	13	65	27	18	5	49	1.69
2567614--2567666	23	2.3	23	90	0	79	35	18	5	39	1.75
2572381--2572609	64	3.6	63	80	6	219	27	17	25	29	1.98
2572509--2572559	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2572403--2572609	65	3.2	64	81	13	228	27	17	25	29	1.97
2573219--2573256	8	4.8	8	90	0	58	50	34	2	13	1.55
2580928--2581156	64	3.6	63	78	8	212	27	17	25	29	1.98
2581056--2581106	19	2.7	19	80	19	63	27	15	33	23	1.95
2580949--2581108	65	2.5	65	85	5	209	28	16	25	30	1.97
2580950--2581156	65	3.2	63	79	13	183	28	17	24	29	1.97
2581926--2581977	22	2.3	22	83	9	61	59	7	0	32	1.26
2586150--2586245	24	4.0	24	82	2	95	22	17	17	41	1.90
2592875--2592939	24	2.7	24	83	4	69	24	21	10	43	1.84
2593936--2593992	2	30.0	2	83	16	77	47	1	0	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596436--2596472	16	2.3	16	100	0	74	29	8	32	29	1.86
2599101--2599160	23	2.5	23	94	5	102	36	6	25	31	1.82
2610500--2610542	17	2.5	17	92	0	68	34	16	6	41	1.75
2616666--2616736	28	2.5	28	80	13	83	42	22	0	35	1.54
2628959--2629175	46	4.8	46	90	2	316	30	22	7	38	1.83
2629020--2629093	24	3.2	24	63	26	59	32	20	8	39	1.82
2629039--2629111	22	3.2	22	63	32	55	36	23	4	35	1.74
2628959--2629175	91	2.4	91	89	3	321	30	22	7	38	1.83
2631833--2631864	9	3.6	9	95	0	55	53	0	43	3	1.16
2632074--2632113	21	1.9	21	84	0	53	17	15	17	50	1.79
2633171--2633259	31	2.9	31	79	3	99	34	20	19	25	1.96
2639629--2639710	31	2.6	31	84	0	92	31	24	17	26	1.97
2639634--2639722	31	2.9	31	83	3	90	33	20	19	26	1.96
2646006--2646129	50	2.5	50	92	2	205	33	12	12	41	1.81
2649781--2649854	29	2.6	29	95	0	130	36	8	4	51	1.51
2649782--2649854	13	5.0	15	70	18	64	35	8	4	52	1.51
2651396--2651471	17	4.3	17	75	17	57	13	9	1	76	1.08
2651428--2651471	13	3.3	13	84	15	54	11	11	0	77	1.00
2654863--2654901	20	2.0	19	95	5	69	15	12	5	66	1.41
2658322--2658730	59	6.9	59	89	0	595	32	11	18	38	1.86
2662297--2662333	18	2.1	18	100	0	74	40	27	16	16	1.89
2664953--2665156	95	2.2	94	82	4	250	34	15	24	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2665136--2665206	28	2.5	28	82	15	92	39	9	21	29	1.85
2665524--2665976	59	7.7	59	88	1	642	33	10	19	37	1.85
2667433--2667489	25	2.3	25	96	0	105	33	8	36	21	1.84
2671656--2671698	6	6.8	6	82	10	50	74	2	16	6	1.14
2671652--2671692	14	3.1	14	86	10	59	73	2	14	9	1.19
2671655--2671698	12	3.5	12	87	6	61	72	2	15	9	1.19
2673404--2673460	22	2.5	22	88	8	80	40	5	3	50	1.42
2673404--2673499	29	3.6	28	76	20	105	37	7	4	51	1.49
2673425--2673545	13	8.8	13	68	22	72	37	9	4	48	1.57
2673433--2673541	16	7.3	15	70	19	68	36	9	5	48	1.58
2673433--2673499	29	2.3	29	94	0	116	35	7	4	52	1.50
2674889--2674951	28	2.2	30	83	11	78	14	7	0	77	0.97
2674919--2674979	21	2.9	20	80	11	61	9	6	3	80	1.00
2674889--2674979	25	3.6	25	76	16	80	12	6	2	79	1.02
2677472--2677497	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2678908--2678975	29	2.3	28	80	14	75	35	17	8	38	1.81
2682834--2682869	16	2.2	16	100	0	72	30	25	11	33	1.90
2683936--2683970	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
2683983--2684320	38	8.7	37	81	14	332	45	2	6	45	1.41
2683947--2684328	124	3.2	121	81	14	422	45	2	6	45	1.42
2684304--2684354	2	26.0	2	96	4	95	49	0	0	50	1.00
2684077--2684320	73	3.2	74	82	12	259	45	2	6	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2684304--2684372	18	4.1	16	88	5	77	43	0	0	56	0.99
2684778--2684821	24	1.9	22	86	9	61	65	25	2	6	1.28
2685380--2685447	26	2.6	27	77	15	79	29	2	1	66	1.15
2685357--2685430	20	3.9	20	67	22	61	25	4	1	68	1.15
2689385--2689450	32	2.1	32	85	5	89	36	18	24	21	1.95
2689688--2690521	85	9.8	85	85	1	979	34	20	18	25	1.96
2689688--2690521	171	4.9	170	85	1	997	34	20	18	25	1.96
2689688--2690521	256	3.3	254	85	2	985	34	20	18	25	1.96
2691702--2691819	9	12.9	9	80	9	87	26	3	0	69	1.10
2691729--2691819	3	31.3	3	82	12	111	28	3	1	67	1.14
2691901--2691961	13	4.7	13	76	13	54	22	4	1	70	1.15
2694034--2694091	9	6.3	9	74	9	55	22	3	3	70	1.17
2694020--2694084	27	2.4	26	80	14	69	23	4	6	66	1.33
2694197--2694235	18	2.2	18	85	0	51	12	10	0	76	1.01
2695917--2695985	30	2.4	27	80	7	84	30	23	5	40	1.78
2696742--2696793	26	2.0	26	100	0	104	30	23	7	38	1.83
2704329--2704818	261	1.9	264	81	4	614	36	17	17	28	1.93
2715083--2716157	258	4.2	257	78	7	1017	35	14	15	34	1.88
2721179--2721222	20	2.2	20	87	0	61	72	4	4	18	1.19
2721417--2721465	17	2.9	17	96	0	89	71	2	10	16	1.22
2721457--2721998	270	2.0	271	98	1	1054	60	5	13	19	1.53
2722974--2723009	13	3.0	13	84	15	51	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2723160--2723254	5	19.0	5	97	0	163	42	0	16	41	1.49
2724741--2724781	5	8.4	5	84	10	50	2	14	0	82	0.76
2724749--2724788	19	2.2	18	86	4	53	7	12	0	80	0.91
2724741--2724789	18	2.8	17	76	11	55	6	16	0	77	0.96
2724854--2724886	7	4.9	7	88	7	50	0	21	0	78	0.75
2724854--2724886	13	2.4	14	85	10	50	0	21	0	78	0.75
2730638--2731017	188	2.0	189	98	1	735	27	20	19	32	1.96
2735826--2735895	18	3.9	18	77	3	61	37	5	14	42	1.69
2735827--2735879	17	3.1	17	76	13	54	35	5	15	43	1.70
2751768--2751986	76	2.9	76	87	6	311	47	1	6	44	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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