genome.fa.s8796.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008796.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111941_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1607457

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  1  of  7  ( 838 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2338--2391	23	2.3	23	78	12	65	31	18	9	40	1.82
2463--2504	23	1.9	23	85	9	61	35	19	11	33	1.88
11149--11196	22	2.2	22	88	7	71	41	6	2	50	1.39
11187--11212	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
11458--11799	41	8.3	41	80	5	323	27	18	17	36	1.94
11493--11801	165	1.9	166	87	0	458	26	18	17	37	1.93
14882--15193	43	7.2	43	86	3	371	26	21	20	31	1.98
15895--15944	19	2.6	19	87	3	64	36	26	14	24	1.93
15979--16066	20	4.3	21	83	9	94	38	25	15	20	1.92
15913--16045	40	3.3	40	80	8	112	36	25	15	23	1.93
16033--16086	19	2.7	21	85	11	85	38	24	11	25	1.88
15993--16085	20	4.7	19	78	15	91	37	23	13	24	1.92
15951--16085	60	2.3	59	79	15	152	37	23	14	24	1.93
16242--16280	16	2.4	16	86	0	51	28	5	2	64	1.28
16977--17028	25	2.1	25	85	0	68	30	15	23	30	1.95
17924--18022	21	4.7	21	75	8	85	22	18	34	25	1.96
17924--18022	42	2.4	42	76	6	110	22	18	34	25	1.96
18166--18215	4	12.5	4	82	0	64	68	4	2	26	1.18
18438--18487	21	2.4	21	93	0	91	34	30	16	20	1.94
20131--20184	20	2.7	19	80	8	63	46	20	16	16	1.84
20197--20228	14	2.3	14	94	0	55	9	3	25	62	1.40
20668--20839	40	4.3	41	86	7	223	19	16	24	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20673--20818	20	7.3	20	76	13	158	18	15	25	41	1.89
20661--20883	119	1.9	119	84	3	306	20	15	25	39	1.91
20826--20879	20	2.7	19	69	8	54	25	14	31	27	1.95
21669--21741	29	2.4	30	73	13	71	53	2	4	39	1.34
21819--21858	19	2.1	19	85	4	53	47	0	7	45	1.31
21977--22078	51	2.0	51	86	3	143	41	9	13	35	1.78
24421--24452	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
25003--25047	20	2.3	20	80	3	56	46	4	2	46	1.35
27954--28038	29	3.2	29	61	35	73	30	8	17	43	1.78
27941--28040	50	2.0	50	100	0	200	32	8	18	42	1.79
28226--28256	11	2.8	11	100	0	62	6	9	25	58	1.54
28259--28323	23	2.8	23	76	0	85	16	13	23	46	1.83
28979--29015	19	2.1	19	85	10	51	43	5	2	48	1.40
29005--29389	183	2.1	183	90	5	613	42	2	7	47	1.45
32905--32951	24	2.0	24	100	0	94	12	44	12	29	1.80
34006--34051	19	2.4	19	77	0	56	15	26	6	52	1.67
43441--43495	21	2.6	21	97	0	101	27	10	10	50	1.70
46633--46725	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
46630--46725	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
46633--46725	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
46652--46786	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94
46714--46808	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47288--47325	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
48641--48685	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
49158--49224	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
49158--49260	19	5.6	19	75	14	72	41	23	21	13	1.88
49286--49389	19	5.4	19	83	4	102	15	21	23	40	1.91
49297--49370	39	1.9	38	86	2	103	16	24	21	37	1.93
52504--52562	24	2.5	24	82	0	73	28	16	18	35	1.93
52737--52761	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
55047--55111	19	3.7	19	70	19	68	43	20	24	12	1.86
55047--55109	33	1.9	33	96	0	117	41	20	25	12	1.88
55107--55149	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
55135--55168	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
55290--55326	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
56681--56747	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
56681--56803	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
58830--58928	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
58805--59008	19	11.1	19	80	13	221	43	22	22	11	1.85
59004--59048	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
59601--59638	20	2.0	19	85	10	51	31	15	26	26	1.96
59608--59742	41	3.3	41	80	4	121	20	21	20	37	1.94
59674--59744	21	3.4	21	78	3	90	16	23	18	40	1.90
59688--59761	20	3.7	20	80	3	94	18	22	18	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59672--59764	41	2.3	41	98	0	177	19	23	17	39	1.92
62914--62968	3	18.3	3	88	7	85	34	0	0	65	0.93
62914--62968	17	3.1	18	89	7	85	34	0	0	65	0.93
63218--63270	20	2.7	20	93	0	88	24	26	22	26	2.00
65050--65102	26	2.2	23	83	10	61	32	5	0	62	1.19
65050--65100	24	2.2	24	85	3	68	33	5	0	60	1.21
74488--74541	22	2.5	22	96	0	99	33	14	14	37	1.88
75212--75543	76	4.4	77	86	6	430	27	18	20	33	1.96
75523--75580	21	2.8	21	76	7	64	36	24	20	18	1.95
75851--75884	16	2.1	16	88	0	50	41	0	2	55	1.15
81050--81158	55	2.0	55	87	0	155	29	20	12	37	1.90
84406--84465	29	2.1	28	96	3	111	28	13	10	48	1.74
86373--86407	14	2.4	14	95	4	61	37	2	37	22	1.69
89101--89189	29	3.1	29	98	1	171	28	13	10	48	1.75
89468--89513	24	2.0	23	82	4	56	58	21	8	10	1.58
91408--91438	15	2.1	15	100	0	62	54	12	12	19	1.70
91771--91807	19	1.9	19	88	0	56	59	5	8	27	1.48
98599--98663	33	2.0	33	96	0	121	40	4	1	53	1.31
100761--100817	24	2.4	24	87	0	87	12	31	26	29	1.92
112916--112950	16	2.1	17	94	5	63	68	0	0	31	0.90
123854--123878	8	3.1	8	100	0	50	40	0	12	48	1.40
124572--124680	20	5.4	20	100	0	218	30	24	29	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125597--125724	31	4.1	30	71	9	87	28	20	21	30	1.98
130212--130273	31	2.0	31	87	6	90	29	17	20	32	1.96
131323--131363	21	1.9	22	85	14	59	51	4	14	29	1.63
132692--132751	23	2.6	23	81	2	75	31	16	25	26	1.96
139161--139192	16	2.1	16	88	11	50	31	6	12	50	1.65
143179--143219	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
143299--143339	19	2.0	21	86	9	59	68	0	0	31	0.90
143372--143414	2	21.5	2	95	0	77	46	0	0	53	1.00
144858--144897	3	14.0	3	84	10	57	65	0	0	35	0.93
146256--146297	21	2.0	20	86	4	57	40	7	14	38	1.73
170291--170315	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
184560--184602	23	1.9	23	85	4	61	67	4	18	9	1.36
195708--195794	43	2.0	43	100	0	174	27	22	4	44	1.72
196225--196350	41	3.1	40	93	1	207	23	23	23	28	2.00
206490--206605	58	2.0	58	98	0	223	50	14	15	19	1.79
220912--220958	23	2.0	23	83	0	58	59	0	0	40	0.97
220886--220967	29	2.7	30	73	17	89	60	2	1	35	1.17
221847--221924	39	2.0	39	97	0	147	35	16	10	37	1.83
221849--221909	17	3.3	17	67	20	50	34	14	9	40	1.79
227687--227729	22	2.0	22	86	9	61	13	13	27	44	1.83
228218--228294	14	5.6	14	79	11	54	57	3	0	38	1.17
228226--228293	2	35.5	2	75	19	65	54	4	0	41	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229260--229298	20	2.0	20	84	0	51	41	0	0	58	0.98
230092--230218	60	2.1	60	81	5	141	33	14	14	37	1.87
239769--239793	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
241905--241935	15	2.1	15	93	0	53	35	22	0	41	1.54
246733--246771	16	2.4	17	87	8	55	43	7	12	35	1.72
246993--247038	16	2.9	16	93	0	74	26	0	26	47	1.52
250098--250213	60	1.9	60	82	0	142	44	9	7	37	1.66
262287--262326	21	1.9	21	89	0	62	35	27	10	27	1.89
266596--266706	48	2.3	48	83	6	127	18	15	17	48	1.81
266634--266706	24	3.0	24	83	0	101	17	10	19	52	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7