genome.fa.s880.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000880.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001713_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1459553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
517--570	10	5.6	10	82	8	76	14	20	29	35	1.93
516--570	19	2.9	19	84	7	76	16	20	29	34	1.94
583--621	18	2.2	18	100	0	78	17	51	20	10	1.74
573--605	13	2.5	13	95	0	57	15	48	21	15	1.81
636--701	29	2.3	29	86	0	87	21	10	28	39	1.86
7684--7739	19	2.9	19	85	12	78	16	21	28	33	1.95
7684--7732	10	4.8	11	83	16	70	16	20	26	36	1.93
7685--7739	9	5.6	10	83	12	78	14	21	29	34	1.93
7752--7792	18	2.3	18	91	8	66	17	51	19	12	1.76
7742--7798	13	4.0	13	77	20	60	15	47	19	17	1.83
23519--23592	37	2.0	38	94	2	132	35	17	21	25	1.95
23597--23864	51	5.1	51	80	8	259	28	17	25	28	1.97
23601--24040	55	8.1	55	82	6	409	28	18	23	29	1.98
23601--24040	161	2.7	161	83	4	485	28	18	23	29	1.98
27875--27899	13	1.9	13	100	0	50	8	28	32	32	1.86
27930--27996	20	3.3	20	79	4	89	41	17	22	17	1.90
27947--28022	21	3.7	21	76	3	91	40	17	25	17	1.90
28011--28104	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
27930--28022	41	2.3	41	98	0	177	39	17	24	18	1.91
28008--28085	41	1.9	41	89	0	120	38	23	15	23	1.92
28594--28660	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
28656--28802	19	8.1	19	80	11	157	12	21	21	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28656--28802	37	4.1	38	77	11	157	12	21	21	44	1.85
30738--30860	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
30794--30860	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
31104--31205	19	5.4	19	92	0	168	15	20	16	47	1.83
31087--31205	38	3.3	35	83	11	134	15	21	17	46	1.84
33186--33252	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
33225--33302	31	2.4	32	93	4	131	46	24	19	10	1.81
33236--33290	18	3.2	18	69	30	57	50	21	16	10	1.75
33225--33313	32	2.7	31	86	5	108	46	25	17	10	1.80
33309--33404	19	5.6	17	70	21	69	11	18	22	46	1.81
33331--33388	14	3.9	14	77	16	62	8	15	25	50	1.73
33314--33404	32	2.8	33	93	3	157	10	17	23	48	1.79
33389--33433	20	2.3	20	88	3	65	17	26	20	35	1.95
33398--33442	20	2.3	20	84	3	56	17	22	24	35	1.95
33912--33956	18	2.5	18	85	0	63	11	15	46	26	1.79
35242--35291	19	2.7	19	96	3	93	10	22	28	40	1.86
35490--35533	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
35701--35814	20	5.7	20	77	10	90	25	16	24	33	1.96
35803--35895	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
35742--35876	41	3.3	41	84	4	148	20	20	21	37	1.94
35803--35895	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
36659--36765	55	1.9	55	94	0	187	29	21	11	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37321--37361	21	1.9	21	90	5	64	46	2	0	51	1.14
37457--37559	29	3.5	30	76	21	101	45	0	4	49	1.23
37459--37538	26	3.0	28	71	14	78	47	0	3	48	1.19
37556--37607	27	2.0	26	82	10	63	42	0	3	53	1.19
37635--37733	47	2.1	46	82	12	114	46	1	0	52	1.07
37707--37752	21	2.2	21	88	7	67	58	0	0	41	0.98
37707--37777	23	3.2	23	82	5	76	53	1	0	45	1.09
37706--37762	30	1.9	30	85	7	80	56	1	0	42	1.10
37649--37809	25	6.5	24	65	19	71	50	1	0	47	1.13
37687--37813	53	2.4	54	74	17	126	50	0	0	48	1.12
39131--39182	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
39171--39284	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
39168--39284	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
39776--39842	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
39838--39888	19	2.7	19	93	0	75	11	19	21	47	1.81
39871--39958	33	2.6	33	96	1	158	11	27	22	38	1.88
39847--39983	19	7.6	19	71	18	105	12	24	20	43	1.86
43538--43574	14	2.6	14	82	0	56	29	2	24	43	1.68
43701--43792	19	5.4	19	68	24	87	15	21	19	43	1.87
43682--43791	33	3.3	33	88	6	161	17	21	20	40	1.92
46086--46110	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
46285--46338	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47080--47193	20	5.7	20	84	6	140	22	19	27	30	1.98
47060--47197	41	3.4	41	83	6	172	21	18	25	34	1.96
47060--47215	41	3.8	41	80	5	138	21	19	25	33	1.97
47183--47234	20	2.5	21	78	3	61	19	21	19	40	1.92
48033--48133	31	3.4	30	81	6	98	29	2	2	64	1.23
48232--48294	28	2.2	29	94	2	110	46	4	0	49	1.23
50214--50284	18	4.0	18	96	1	117	32	8	16	42	1.79
50723--50906	5	36.0	5	70	24	93	39	2	4	53	1.35
50728--51020	7	40.1	7	71	20	153	37	2	5	54	1.35
50753--50976	2	118.5	2	71	21	121	39	1	5	53	1.34
50722--50984	38	7.8	35	71	22	183	38	2	4	53	1.35
50722--51006	12	22.6	12	71	18	103	37	2	5	54	1.36
51374--51437	28	2.3	28	86	5	94	25	25	23	26	2.00
52482--52534	19	2.8	18	75	8	52	22	5	1	69	1.19
56070--56119	24	2.1	24	88	0	73	34	24	16	26	1.95
64493--64698	2	109.0	2	75	18	176	43	0	3	51	1.26
64493--64751	7	37.3	7	74	18	163	40	1	4	53	1.29
64493--64698	54	4.1	50	78	12	203	43	0	3	51	1.26
64493--64751	9	29.0	9	75	18	174	40	1	4	53	1.29
64728--64752	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
65055--65088	13	2.6	13	85	0	50	32	0	35	32	1.58
68586--68635	19	2.8	17	84	9	55	8	14	2	76	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68561--68616	27	2.1	28	87	9	82	5	16	3	75	1.13
68576--68635	17	3.3	17	74	21	50	6	15	1	76	1.06
71231--71296	32	2.1	31	82	2	78	57	0	0	42	0.98
71233--71296	23	2.7	23	79	11	76	57	0	0	42	0.98
71356--71400	21	2.2	22	88	11	69	64	2	4	28	1.25
71757--71815	29	2.0	29	90	0	91	52	11	10	25	1.69
79243--79310	30	2.3	30	84	0	91	26	1	51	20	1.56
79549--79574	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
80146--80261	58	2.0	58	88	1	171	36	15	15	32	1.89
81658--81781	40	3.0	41	74	13	103	30	16	21	31	1.95
81754--81861	41	2.6	40	82	5	144	25	16	18	39	1.91
90189--90219	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
97756--98159	202	2.0	203	92	1	677	34	12	13	39	1.83
102374--102433	18	3.3	18	80	17	79	38	5	35	21	1.75
102374--102442	36	1.9	36	96	0	129	33	5	34	26	1.80
102725--104278	200	7.8	200	91	1	2390	31	14	12	41	1.83
103323--103361	21	1.9	21	89	5	62	51	7	10	30	1.64
103720--103758	21	1.9	21	94	5	71	53	7	10	28	1.62
102725--104278	397	3.9	398	92	1	2463	31	14	12	41	1.83
108896--108942	9	5.6	9	80	14	64	6	57	2	34	1.36
108895--108942	15	2.9	16	87	12	71	6	56	2	35	1.36
108887--108934	24	2.0	24	87	0	69	4	56	2	37	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111185--111670	183	2.7	183	87	2	692	28	15	13	42	1.84
124808--125707	214	4.2	215	89	5	1373	50	8	12	28	1.68
124830--125676	417	2.0	416	90	1	1358	50	8	12	28	1.69
125796--125862	20	3.2	20	83	12	91	44	2	7	44	1.47
125790--125864	22	3.5	22	78	14	93	45	2	6	45	1.43
125857--125904	20	2.5	20	86	3	62	45	12	4	37	1.61
125791--125884	42	2.2	42	83	9	120	45	3	6	44	1.45
127216--127283	29	2.4	29	76	13	70	20	7	1	70	1.19
127324--127363	21	1.9	21	90	10	64	7	5	7	80	1.03
127438--127511	27	2.9	26	75	15	73	17	20	0	62	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7