genome.fa.s880.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000880.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001713_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1459553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127471--127519	17	3.0	15	77	16	53	22	20	0	57	1.41
127471--127519	16	3.0	16	77	16	55	22	20	0	57	1.41
127691--127715	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
128292--128323	13	2.5	13	94	0	55	50	9	3	37	1.51
128411--128486	18	4.1	19	72	12	50	44	3	3	47	1.40
128481--128707	33	6.6	33	72	17	160	42	8	6	42	1.61
128499--128671	48	3.4	52	79	13	164	43	8	6	41	1.61
128489--128737	136	1.8	137	95	0	455	42	8	6	41	1.61
128640--128808	18	8.7	20	69	22	94	41	9	8	40	1.67
128640--128808	38	4.4	38	77	14	159	41	9	8	40	1.67
128556--128767	18	12.1	18	70	17	110	42	8	6	41	1.62
128640--128808	80	2.2	75	86	7	223	41	9	8	40	1.67
128862--128896	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
128873--128979	20	5.3	20	74	12	76	42	7	3	46	1.50
128862--128957	27	3.7	27	81	5	108	41	7	3	47	1.47
128973--129005	16	2.1	16	100	0	66	42	12	6	39	1.67
129092--129124	9	3.7	9	84	15	50	54	6	0	39	1.25
129085--129430	18	19.2	18	68	13	185	45	6	7	41	1.56
129087--129225	52	2.7	52	89	2	219	48	4	4	43	1.42
129108--129302	87	2.3	87	85	3	252	44	5	6	43	1.54
129254--129463	58	3.7	58	89	5	310	43	7	8	40	1.64
129228--129463	109	2.2	108	79	9	239	43	7	8	40	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129356--129463	51	2.1	51	86	3	146	46	6	7	39	1.58
129867--130216	123	3.1	113	78	14	330	29	27	6	36	1.83
129969--130191	123	1.8	122	90	2	358	29	26	8	35	1.86
130356--130578	6	37.5	6	71	9	55	48	35	2	13	1.55
130402--130578	12	14.3	12	74	17	105	49	34	2	13	1.55
130401--130578	18	9.9	18	71	14	111	49	34	2	14	1.55
130797--130821	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
130823--131246	31	13.7	31	91	0	634	25	4	22	47	1.69
133365--133394	13	2.3	13	94	0	51	33	10	23	33	1.88
133542--133592	20	2.5	20	83	0	57	15	11	15	56	1.66
133685--133741	23	2.5	23	85	0	69	21	17	28	33	1.96
134479--134540	24	2.6	23	75	7	61	46	4	1	46	1.33
135240--135302	30	2.1	29	82	8	74	31	6	28	33	1.82
136508--136542	18	1.9	18	100	0	70	17	48	22	11	1.79
136501--136531	13	2.4	13	100	0	62	16	48	22	12	1.80
136548--136682	29	4.8	29	77	5	132	28	5	22	42	1.77
136631--136703	29	2.5	29	84	0	92	32	5	21	39	1.77
136548--136720	84	2.0	85	83	1	213	28	5	22	43	1.75
136752--136783	10	2.8	12	86	13	50	25	28	18	28	1.98
143868--143942	29	2.6	29	82	4	80	26	8	22	42	1.81
143925--143992	29	2.3	29	95	5	120	26	5	22	45	1.75
150721--150869	72	2.1	72	96	0	271	26	18	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155402--155499	45	2.2	44	85	7	135	30	17	18	33	1.94
157772--157796	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
157796--157834	20	2.0	21	90	10	64	53	2	0	43	1.14
157822--157867	19	2.3	21	74	11	51	47	0	8	43	1.34
158320--158369	20	2.4	21	90	3	75	30	16	16	38	1.90
161391--161624	129	1.8	128	83	4	310	26	19	23	30	1.98
161391--161576	65	2.9	64	79	7	198	27	19	23	29	1.98
169717--169876	65	2.5	65	83	5	182	26	18	23	31	1.97
169889--169944	20	2.8	20	91	0	94	21	16	32	30	1.95
170740--170791	24	2.2	24	96	0	95	36	7	17	38	1.78
173267--173338	35	2.1	35	89	0	108	30	11	18	40	1.85
174472--174504	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
174575--174617	17	2.5	17	84	3	59	46	0	0	53	1.00
182411--182573	81	2.0	81	100	0	326	43	11	17	28	1.82
193603--193836	115	2.0	115	95	0	416	27	9	26	36	1.88
196381--196582	95	2.1	96	81	10	229	34	15	22	26	1.95
196905--197084	59	3.1	59	92	0	288	37	11	19	31	1.88
201337--201426	45	2.0	45	95	0	162	30	18	16	34	1.94
205081--205121	21	2.0	22	85	9	59	12	9	7	70	1.33
205067--205125	23	2.5	23	76	15	59	10	10	6	72	1.27
210947--210987	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
211695--211730	16	2.3	15	90	4	54	0	27	2	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212285--212355	3	23.7	3	94	0	124	63	0	2	33	1.09
212491--213338	113	7.5	113	91	2	1184	28	19	14	37	1.91
214006--214232	83	2.7	84	91	1	386	37	22	13	25	1.91
214996--215035	19	2.1	19	90	0	62	52	10	5	32	1.56
214996--215041	19	2.7	16	86	10	56	52	8	6	32	1.58
215369--215400	11	2.8	11	95	4	55	0	12	0	87	0.54
225979--226015	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
226012--226062	9	5.9	9	84	9	54	76	1	0	21	0.88
226031--226065	8	4.2	8	96	3	61	82	0	0	17	0.66
226756--226796	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
227619--227654	16	2.3	15	90	4	54	0	27	2	69	1.02
228186--228217	11	2.8	11	95	4	55	43	0	0	56	0.99
228213--228295	3	27.7	3	97	0	157	65	0	1	33	1.01
232035--232088	22	2.6	20	85	5	63	35	18	22	24	1.96
231956--232143	95	2.0	96	84	5	247	33	17	22	26	1.96
232517--233039	59	8.9	59	89	2	750	35	12	20	30	1.90
240732--240776	17	2.6	17	75	0	54	42	0	0	57	0.98
242469--242594	46	2.7	46	83	0	162	30	29	10	29	1.90
254148--254242	42	2.3	42	81	5	113	33	20	21	25	1.97
254250--254401	61	2.5	60	83	4	180	28	14	26	30	1.95
254589--254785	52	3.7	52	80	7	241	41	19	9	28	1.83
254587--254795	110	1.9	110	90	0	337	41	18	9	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256719--256766	4	12.8	4	81	16	50	0	16	2	81	0.79
256719--256756	20	1.9	20	88	0	58	0	18	2	78	0.86
256739--256768	10	2.8	11	90	10	53	0	10	0	90	0.47
257038--257091	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
258442--258506	21	3.1	21	100	0	130	29	27	23	20	1.98
259922--259979	20	2.7	20	81	10	62	27	22	17	32	1.96
261394--261479	18	4.7	18	85	5	118	27	31	20	19	1.97
261394--261491	38	2.6	38	85	3	128	26	32	20	20	1.97
268211--268283	18	3.9	18	84	7	101	28	31	20	19	1.97
268210--268286	38	2.0	38	92	0	127	28	29	20	20	1.98
273579--273625	22	2.0	24	84	8	62	53	6	21	19	1.67
273622--273658	16	2.3	16	100	0	74	56	5	13	24	1.58
274482--274546	17	3.8	17	70	23	55	80	6	1	12	0.97
284367--284413	22	2.0	24	84	8	62	53	6	21	19	1.67
285253--285320	17	4.1	17	78	1	75	83	5	2	7	0.88
285252--285324	12	6.3	12	73	12	55	82	5	2	9	0.93
285921--285945	8	3.1	8	100	0	50	88	12	0	0	0.53
287328--287366	18	2.3	18	86	8	55	28	5	0	66	1.12
295964--296284	134	2.4	131	84	8	452	48	14	16	21	1.81
296229--296284	29	2.0	28	82	3	67	60	3	8	26	1.43
297368--297989	91	6.8	91	90	1	969	23	22	15	37	1.93
299163--299214	21	2.5	21	78	9	54	28	0	3	67	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299159--299228	8	9.1	8	70	17	51	27	0	2	70	1.02
300917--301030	42	2.7	41	78	6	131	30	23	21	24	1.99
301067--301218	60	2.7	58	74	16	142	42	19	9	29	1.82
302495--302549	28	1.9	29	96	3	103	21	3	32	41	1.71
303185--303379	9	20.8	9	68	15	83	4	18	2	74	1.09
303200--303301	21	4.9	20	73	17	75	2	23	0	73	0.97
303201--303304	29	3.4	29	88	10	138	2	23	0	74	0.96
303316--303379	20	3.5	19	80	16	64	7	9	3	79	1.02
307414--307452	16	2.4	16	78	0	51	30	5	33	30	1.79
307448--307823	141	2.7	139	84	6	492	46	14	15	22	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7