genome.fa.s8821.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008821.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1271541

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695--748	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
3134--3240	20	5.3	20	88	2	144	39	23	18	18	1.92
3218--3334	52	2.2	53	83	3	137	44	15	22	17	1.86
3247--3334	19	4.8	19	74	16	87	46	15	20	17	1.84
3344--3427	33	2.5	33	90	1	123	15	22	19	42	1.88
5513--5619	20	5.3	20	93	0	169	40	21	17	20	1.92
5669--5868	20	10.4	20	87	7	288	20	19	20	39	1.93
7701--7783	20	4.2	20	84	1	87	45	21	16	15	1.85
8180--8241	18	3.0	22	69	26	62	17	16	38	27	1.91
8416--8489	20	3.7	20	87	7	80	24	20	21	33	1.97
12086--12136	22	2.3	22	89	0	75	33	15	17	33	1.92
12794--13218	46	9.3	46	94	0	721	22	24	18	34	1.96
12794--13218	182	2.3	183	95	0	771	22	24	18	34	1.96
13386--13470	6	13.5	6	78	8	64	42	0	1	56	1.07
13386--13477	15	5.8	15	75	19	71	43	0	1	55	1.07
13388--13436	21	2.3	21	89	6	73	42	0	2	55	1.11
13390--13477	24	3.6	25	80	13	87	44	0	1	54	1.07
15248--15289	19	2.1	21	82	8	52	52	9	0	38	1.34
18593--18644	24	2.2	24	85	0	68	5	30	13	50	1.65
22481--22521	17	2.4	17	87	0	64	31	17	21	29	1.96
23244--23282	11	3.4	11	80	13	51	43	0	5	51	1.24
23896--23955	30	2.0	30	90	6	95	31	21	3	43	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26923--26951	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
27076--27170	43	2.2	43	80	10	97	71	3	6	18	1.21
27820--27976	83	1.9	84	81	5	192	25	21	21	31	1.98
28367--28535	83	2.0	83	81	2	196	27	18	18	35	1.94
33557--33607	22	2.2	24	89	6	79	70	1	7	19	1.21
33556--33608	23	2.3	23	84	12	72	71	1	7	18	1.19
33555--33608	24	2.2	24	83	6	74	72	1	7	18	1.17
33653--33685	16	2.1	16	88	11	50	75	3	3	18	1.06
34924--34980	26	2.2	25	85	11	80	71	0	0	28	0.86
35018--35265	37	6.8	35	77	10	180	46	6	2	45	1.39
35119--35178	11	5.1	11	74	20	50	46	6	0	46	1.29
35066--35411	37	9.6	37	79	11	362	45	6	1	46	1.39
35079--35185	12	8.5	12	68	11	54	45	5	0	47	1.32
35117--35257	12	11.5	12	67	19	53	45	7	0	46	1.35
35276--35339	28	2.3	28	88	0	101	42	7	1	48	1.41
35243--35381	67	2.1	64	87	7	192	44	7	2	46	1.43
35304--35423	39	3.0	39	87	6	179	43	6	2	47	1.43
39064--39090	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
40474--40552	34	2.3	34	93	0	140	31	39	21	7	1.81
40541--41123	253	2.3	255	88	6	853	41	19	12	26	1.86
42410--42456	21	2.3	21	78	14	53	25	17	23	34	1.96
44968--45045	41	1.9	41	83	0	102	42	15	14	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46218--46273	29	1.9	29	85	0	76	25	8	23	42	1.82
46818--46883	28	2.4	28	89	0	96	42	9	7	40	1.65
63272--63310	4	9.5	4	83	5	51	23	0	2	74	0.94
63271--63319	25	2.0	25	84	8	64	26	0	2	71	0.97
63318--63395	12	6.7	12	72	15	56	43	3	12	39	1.61
63364--63398	12	2.9	12	95	0	61	48	5	8	37	1.58
63380--63517	37	3.6	37	85	5	177	46	4	5	43	1.47
63483--63548	29	2.3	29	83	0	78	46	3	4	45	1.38
63512--63593	34	2.3	34	89	6	119	46	0	3	50	1.19
63444--63580	66	2.1	64	81	7	161	47	2	4	45	1.34
63512--63604	34	2.6	35	84	10	116	46	0	5	48	1.25
69864--70942	165	6.5	165	90	0	1494	30	24	20	24	1.99
69864--70904	495	2.1	495	90	0	1647	29	25	20	24	1.99
71480--71526	21	2.2	21	77	7	51	27	0	2	70	0.99
71524--71601	12	6.7	12	72	15	56	43	3	12	39	1.61
71570--71604	12	2.9	12	95	0	61	48	5	8	37	1.58
71586--71799	38	5.6	37	80	7	241	44	5	6	44	1.51
71586--71792	76	2.7	77	91	4	314	44	4	6	44	1.50
71765--71830	29	2.3	29	83	0	78	46	3	4	45	1.38
71794--71875	34	2.3	34	89	6	119	46	0	3	50	1.19
71794--71886	34	2.6	35	84	10	116	46	0	5	48	1.25
75212--75284	34	2.1	34	95	5	130	31	15	32	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75690--75727	19	2.0	20	85	15	53	26	0	15	57	1.38
81753--81960	105	2.0	104	87	2	301	33	15	17	33	1.92
83725--83797	37	2.0	37	86	0	101	39	17	19	23	1.92
83885--84027	37	3.9	37	78	0	153	38	13	20	27	1.91
83731--84413	229	3.0	229	87	2	960	34	18	20	26	1.96
84116--84256	37	3.8	37	81	2	142	39	17	19	24	1.92
84117--84256	74	1.9	73	85	4	192	39	16	19	25	1.92
84118--84273	37	4.2	37	77	5	120	38	18	18	24	1.93
84117--84273	74	2.1	71	80	10	165	38	18	18	24	1.93
84341--84599	36	7.0	36	71	10	191	35	20	21	23	1.96
84786--84831	14	3.4	14	82	14	53	17	0	2	80	0.81
84791--84831	6	6.8	6	86	13	50	17	0	2	80	0.82
84791--84829	20	2.1	18	82	17	53	15	0	2	82	0.79
86354--86391	19	2.0	20	85	15	53	26	0	15	57	1.38
86589--87179	291	2.0	297	96	2	1104	30	10	9	48	1.70
89005--89095	27	3.4	27	93	0	155	41	14	14	29	1.85
91265--91320	24	2.3	23	81	6	67	58	25	1	14	1.45
93018--93058	21	2.0	21	85	0	55	58	0	9	31	1.31
92842--93954	555	2.0	556	88	4	1681	45	9	15	29	1.78
100666--101138	81	6.0	81	87	5	664	31	19	12	36	1.89
100990--101131	71	2.0	71	91	2	232	35	19	12	33	1.89
105488--105806	132	2.4	131	94	1	550	27	22	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105736--106300	81	7.0	81	90	0	878	31	20	10	37	1.87
107471--107514	18	2.4	18	100	0	88	54	15	11	18	1.70
107610--107652	22	1.9	23	86	13	63	46	2	0	51	1.13
107750--107918	49	3.4	50	80	3	205	33	1	11	53	1.48
108497--108544	24	2.0	24	83	0	60	29	8	16	45	1.76
108530--108653	34	3.6	34	80	0	131	22	16	19	41	1.89
109301--109346	20	2.3	20	88	7	67	58	6	2	32	1.36
118636--118705	23	3.1	23	85	2	97	21	18	25	34	1.96
119264--119314	18	2.8	18	77	11	59	29	19	27	23	1.98
120958--120986	15	1.9	15	100	0	58	55	10	13	20	1.68
122996--123059	28	2.3	28	91	0	101	18	9	25	46	1.79
124803--124837	16	2.2	16	94	0	61	48	2	0	48	1.16
125389--125435	19	2.3	22	78	10	55	25	0	8	65	1.20
128987--129031	20	2.3	20	80	3	56	46	4	2	46	1.35
131538--131638	3	33.7	3	91	0	148	35	1	0	61	1.14
131529--131675	12	11.9	12	70	15	59	42	2	0	54	1.17
133696--133739	17	2.6	17	89	3	63	36	4	0	59	1.18
133743--133780	15	2.8	13	88	11	51	23	5	2	68	1.23
144380--144431	15	3.5	15	94	0	86	84	0	15	0	0.62
144381--144430	7	6.9	7	82	8	64	84	0	16	0	0.63
145528--145881	83	4.3	83	91	0	564	28	12	22	37	1.90
146668--147332	114	5.9	113	89	6	894	38	13	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147651--147740	3	29.7	3	86	6	101	38	0	1	60	1.04
149123--149169	14	3.5	13	80	13	51	40	2	2	55	1.24
150339--150403	18	3.6	18	71	19	62	55	26	12	6	1.60
151306--151399	20	4.7	20	80	7	91	31	25	19	23	1.98
151951--151994	18	2.4	19	85	14	65	52	25	15	6	1.68
151990--152174	19	10.1	19	74	14	156	12	20	22	44	1.84
151990--152174	33	5.1	38	76	13	156	12	20	22	44	1.84
152128--152174	20	2.3	20	79	13	60	12	25	14	46	1.80
155643--155672	14	2.1	14	93	0	51	36	0	23	40	1.55
155855--156005	19	8.7	19	63	21	71	15	21	20	42	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7