genome.fa.s8821.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008821.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1271541

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155859--155985	33	3.9	32	85	8	184	14	22	19	43	1.88
155852--155984	66	2.0	66	95	0	239	16	21	19	42	1.89
158467--158520	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
159551--159628	20	3.9	20	94	0	138	37	23	23	16	1.94
159651--159724	19	4.5	16	81	16	66	13	18	18	48	1.80
159647--159714	19	3.8	19	85	12	92	13	20	17	48	1.80
161728--161794	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
161783--161840	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
161767--161845	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
161874--161931	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
161857--161947	32	2.8	33	91	3	157	12	18	21	47	1.81
161932--161986	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
162466--162510	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
163823--163896	20	3.8	20	81	1	69	43	22	17	16	1.88
164128--164170	21	2.0	21	95	0	77	18	16	44	20	1.87
164352--164424	20	3.7	20	92	0	119	26	19	28	26	1.98
164352--164466	20	5.7	20	80	6	106	24	17	26	32	1.97
164332--164467	41	3.3	41	78	6	150	24	16	25	33	1.96
164455--164548	20	4.5	21	73	6	84	17	24	18	40	1.91
164455--164548	42	2.3	41	94	1	170	17	24	18	40	1.91
170113--170175	31	2.0	31	100	0	126	31	19	19	30	1.96
170679--170990	155	2.0	157	98	1	610	29	21	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173341--173370	15	1.9	16	93	6	53	26	0	10	63	1.26
174369--174404	17	2.1	17	90	10	56	41	0	5	52	1.24
174964--175055	42	2.2	42	84	3	123	23	32	20	22	1.98
175072--175114	21	2.0	21	90	0	68	25	37	18	18	1.94
176131--177570	136	10.6	137	79	8	1365	35	22	17	23	1.95
176131--177570	276	5.3	276	80	7	1439	35	22	17	23	1.95
183384--183415	16	2.0	16	100	0	64	43	12	6	37	1.68
188133--188209	24	3.2	24	72	9	84	51	1	2	44	1.23
188133--188222	43	2.0	46	89	10	141	53	2	2	42	1.25
188320--188355	17	2.1	17	100	0	72	41	0	0	58	0.98
189892--189917	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
205473--205786	156	2.0	157	99	0	621	49	9	8	31	1.67
206222--206270	11	4.7	11	73	14	50	34	0	0	65	0.93
206223--206273	15	3.4	15	78	10	59	37	0	0	62	0.95
206394--206447	29	2.0	29	82	10	69	44	1	16	37	1.59
209671--209697	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
212703--212784	38	2.2	37	91	4	128	32	13	30	23	1.93
213852--213990	64	2.2	62	81	10	149	33	18	20	27	1.96
214543--214613	18	3.8	18	78	7	79	21	16	30	30	1.95
220708--220841	64	2.1	62	84	10	166	34	20	19	26	1.96
221398--221470	18	3.9	18	85	7	110	19	20	31	28	1.97
221398--221471	38	1.9	38	94	0	130	20	20	31	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223852--223924	22	3.3	21	70	14	58	41	1	9	47	1.44
223865--223919	14	3.8	14	87	4	74	41	1	9	47	1.46
223865--223924	8	8.0	8	78	14	74	40	1	10	48	1.47
223932--224022	11	6.9	14	71	22	63	45	3	8	42	1.51
223943--224027	11	7.0	11	72	22	64	43	3	9	43	1.54
223932--224003	25	2.9	24	83	6	92	45	2	8	43	1.48
224251--224370	14	8.5	14	70	20	81	40	2	10	46	1.51
224259--224395	25	5.5	24	72	23	81	40	2	10	45	1.53
224263--224370	36	3.0	35	76	15	114	40	2	10	46	1.52
223932--224805	367	2.4	366	89	6	1325	40	6	7	44	1.59
224294--224396	39	2.7	37	84	13	129	39	1	11	46	1.51
224349--224402	26	2.0	28	82	7	67	38	5	9	46	1.59
224614--224731	25	5.0	22	72	15	67	39	2	10	47	1.51
224634--224752	14	9.1	14	71	20	78	40	3	10	46	1.54
224614--224698	36	2.4	36	93	0	143	40	3	9	47	1.53
224648--224752	25	4.2	25	81	13	110	41	1	10	45	1.49
224897--224932	13	2.8	13	91	4	56	44	0	11	44	1.39
224912--224960	23	2.2	22	89	7	73	40	0	6	53	1.26
224847--225106	24	10.7	24	71	15	115	42	2	8	46	1.47
224925--224972	23	2.1	23	88	0	69	37	0	6	56	1.25
224913--225051	59	2.3	62	85	5	185	40	2	10	47	1.49
225116--225177	27	2.3	27	83	8	74	43	3	0	53	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229123--229168	11	4.3	11	76	15	51	71	4	23	0	1.03
229432--229464	16	2.1	16	100	0	66	15	48	0	36	1.45
230055--230092	19	2.0	19	100	0	76	10	15	21	52	1.72
230218--230270	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
230353--230404	23	2.4	22	84	9	63	25	0	13	61	1.32
231159--231197	19	2.1	19	90	4	62	43	12	2	41	1.56
231365--231420	10	5.5	10	78	4	58	53	5	1	39	1.34
232845--232942	47	2.0	48	90	5	153	42	19	9	28	1.82
236641--236717	30	2.5	31	81	8	95	24	25	14	35	1.93
236826--236858	12	2.8	12	95	0	57	33	24	0	42	1.55
238639--238716	31	2.5	31	82	0	102	35	15	25	23	1.94
246545--246647	52	2.0	52	98	0	197	21	23	13	41	1.88
250907--250960	26	2.0	27	92	7	92	25	29	18	25	1.98
256045--256864	446	1.8	446	89	2	1290	29	13	13	43	1.82
256943--256978	18	2.0	18	100	0	72	27	11	11	50	1.72
258342--258465	6	20.5	6	80	4	124	50	5	12	30	1.63
258342--258459	36	3.4	36	77	13	140	50	5	12	30	1.64
258343--258453	30	3.7	30	87	2	152	51	6	11	30	1.63
258712--258741	15	2.0	15	93	0	51	50	13	6	30	1.67
260705--260730	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
261507--263096	200	8.1	199	81	5	1590	32	14	13	39	1.85
261507--263059	600	2.7	574	84	5	1789	32	14	13	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262671--263096	201	2.1	200	81	7	499	33	13	13	40	1.83
265798--265845	19	2.6	18	83	3	60	50	14	0	35	1.44
270220--270271	20	2.6	20	100	0	104	28	13	21	36	1.91
276898--276931	12	2.9	12	95	4	61	52	0	8	38	1.33
278464--278879	82	5.0	82	83	5	487	34	13	14	36	1.87
278464--278879	81	5.0	82	82	6	480	34	13	14	36	1.87
280320--280388	35	2.0	34	82	2	84	68	2	8	20	1.30
280427--280508	30	3.0	27	73	12	69	59	9	12	18	1.59
282487--282539	3	17.0	3	84	7	70	35	0	1	62	1.06
283764--283806	22	2.0	21	86	4	59	20	4	2	72	1.14
283978--284208	120	1.9	118	84	4	304	39	7	7	45	1.60
284170--284226	29	2.0	29	82	6	71	47	3	0	49	1.18
286819--286880	22	2.9	22	97	2	117	14	17	9	58	1.63
286819--286881	7	8.9	7	83	10	83	14	17	9	58	1.61
286809--286881	15	5.1	14	82	9	76	16	16	8	58	1.60
292208--292274	36	1.9	35	85	11	93	32	11	22	32	1.90
293832--293909	22	3.5	22	89	3	120	35	11	11	41	1.78
294424--294750	166	2.0	168	90	2	525	35	12	12	39	1.82
294753--295542	76	10.4	76	95	0	1391	23	19	22	35	1.96
295680--295744	3	21.0	3	84	6	85	38	0	0	61	0.96
296789--296829	21	2.0	21	85	0	55	39	4	2	53	1.35
296991--297033	22	2.0	21	90	4	68	23	4	0	72	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297205--297425	111	2.0	110	82	6	268	38	8	8	45	1.64
297389--297447	30	2.0	30	86	6	84	45	1	0	52	1.10
298707--298769	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
299519--299572	20	2.6	20	75	16	56	42	0	0	57	0.98
299668--299712	23	2.0	23	86	8	65	42	0	2	55	1.12
299673--299719	23	2.1	22	84	4	58	44	0	2	53	1.12
299662--299741	34	2.4	34	72	17	78	41	0	2	56	1.13
304832--304862	15	2.1	15	93	0	53	70	0	16	12	1.16
310515--310552	18	2.1	18	100	0	76	21	10	21	47	1.80
311157--311190	9	3.7	9	88	4	50	55	2	11	29	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7