genome.fa.s8893.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008893.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112159_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2797279

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
920--972	21	2.5	22	78	9	65	41	13	30	15	1.85
1016--1081	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2863--2911	19	2.6	19	90	6	73	32	2	8	57	1.40
3029--4588	199	7.9	199	96	1	2802	37	15	15	31	1.89
3029--4588	397	3.9	398	95	2	2811	37	15	15	31	1.89
5041--5461	184	2.3	184	97	0	797	36	14	16	33	1.89
7925--7989	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
8276--8339	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
8276--8348	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
8617--8667	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
8962--8998	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
8953--9003	24	2.1	23	82	13	66	33	3	13	49	1.61
9682--9745	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
9682--9754	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
23394--23507	60	1.9	60	85	3	158	29	19	16	34	1.94
24214--24263	17	3.1	17	68	26	54	52	22	6	20	1.68
24560--24626	20	3.5	19	94	6	118	52	0	0	47	1.00
24560--24623	33	1.9	33	96	0	119	53	0	0	46	1.00
24560--24626	2	36.0	2	85	14	99	52	0	0	47	1.00
24615--24654	20	1.9	22	85	10	57	37	0	25	37	1.56
25603--25646	19	2.2	20	85	14	65	36	2	0	61	1.09
25605--25646	21	2.1	21	91	8	70	35	2	0	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26381--26416	18	1.9	19	94	5	65	58	0	2	38	1.13
30418--30502	2	41.5	2	77	13	75	47	4	4	43	1.45
30510--30575	22	3.0	22	76	17	64	63	0	1	34	1.04
30512--30582	21	3.5	21	75	22	71	60	0	1	38	1.06
42576--42624	20	2.3	21	80	16	57	28	26	20	24	1.99
46289--46331	14	3.1	14	89	0	68	16	11	13	58	1.64
46253--46322	24	2.9	24	80	8	88	17	10	12	60	1.59
46556--46615	28	2.1	28	81	6	68	11	3	23	61	1.45
46592--46642	23	2.2	23	89	0	75	9	9	17	62	1.52
46592--46658	10	5.5	13	73	18	56	10	10	17	61	1.56
46596--46669	37	2.0	36	86	2	103	10	10	17	60	1.57
46639--46678	20	2.0	20	85	0	53	12	15	17	55	1.70
53284--53371	38	2.3	38	90	1	133	12	11	37	38	1.79
53546--53627	38	2.2	37	91	6	130	14	9	37	37	1.79
53050--53677	259	2.4	261	89	2	940	23	11	28	36	1.89
54207--54252	18	2.7	18	93	6	78	28	32	6	32	1.83
54366--54405	19	2.1	19	100	0	80	37	17	10	35	1.83
68168--68247	3	25.7	3	77	9	63	41	0	0	58	0.98
68161--68245	21	3.8	22	74	21	79	40	0	0	60	0.97
69576--69627	26	2.0	26	81	7	61	32	3	1	61	1.25
73666--73697	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
81028--81084	9	6.2	9	84	8	71	84	0	15	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81028--81084	19	3.1	19	85	12	82	84	0	15	0	0.63
81024--81084	26	2.3	26	86	8	88	81	0	18	0	0.68
82223--82707	83	5.8	83	92	1	781	27	12	21	37	1.90
82223--82707	169	2.9	168	93	1	830	27	12	21	37	1.90
83548--84175	113	5.6	113	93	1	989	35	14	19	30	1.91
83556--84274	226	3.2	226	86	4	668	36	14	19	28	1.91
84419--84484	9	8.2	8	80	20	68	34	0	0	65	0.93
84422--84480	3	19.3	3	86	10	84	35	0	0	64	0.94
88096--88124	15	1.9	15	100	0	58	34	6	31	27	1.83
88935--88983	23	2.1	23	88	7	73	18	2	26	53	1.56
88983--89009	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
89008--89047	19	2.0	20	85	4	55	22	0	15	62	1.32
89296--89336	21	1.9	22	90	5	66	36	7	24	31	1.83
92738--92775	20	1.9	20	88	0	58	47	5	18	28	1.70
92763--92796	16	2.2	16	89	5	52	50	5	17	26	1.69
93945--94030	20	4.3	19	74	14	84	39	22	17	20	1.92
94072--94137	19	3.5	19	89	0	96	36	18	9	36	1.82
94076--94169	19	4.9	19	83	5	82	36	20	8	35	1.83
94143--94188	18	2.5	18	85	3	56	30	21	15	32	1.94
94323--94362	16	2.5	16	83	0	53	27	5	0	67	1.11
94957--94990	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
95116--95169	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97431--97471	18	2.3	18	91	0	64	58	21	2	17	1.50
97811--97954	66	2.2	64	95	2	252	50	18	1	29	1.55
99306--99452	20	7.3	20	87	4	201	19	14	24	42	1.88
99446--99492	20	2.3	20	88	0	76	21	17	25	36	1.94
99482--99556	19	3.8	19	71	11	62	21	12	32	34	1.90
126945--126984	21	2.0	20	85	5	53	35	12	22	30	1.91
134329--134353	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
134899--134952	18	3.2	18	69	28	55	37	7	7	48	1.59
134895--134966	32	2.3	32	92	2	119	38	5	5	50	1.49
143297--143341	15	2.9	15	80	3	54	71	0	13	15	1.15
144493--144540	19	2.5	19	86	10	62	75	0	2	22	0.91
146683--146741	29	2.0	29	96	0	109	50	13	11	23	1.74
151358--151416	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
158972--158999	14	2.0	14	100	0	56	50	14	0	35	1.43
160129--160193	22	3.0	22	93	0	112	23	16	27	32	1.96
166264--166321	3	19.7	3	82	10	75	36	0	0	63	0.94
167534--167633	51	2.0	50	80	11	114	19	13	11	57	1.65
167758--167807	6	8.2	6	75	20	50	16	2	2	80	0.91
167758--167807	13	4.0	13	75	14	52	16	2	2	80	0.91
168812--168875	23	2.6	24	85	9	85	57	0	0	42	0.98
168833--168872	11	3.5	11	83	6	53	60	0	0	40	0.97
169416--169870	77	5.9	77	78	6	402	39	9	16	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169416--169870	154	2.9	153	81	5	495	39	9	16	35	1.80
171680--171789	32	3.4	32	82	2	123	36	14	16	32	1.89
176763--176864	37	2.8	37	93	0	177	39	13	12	34	1.83
177179--177227	3	16.3	3	89	8	73	30	2	0	67	1.02
177762--178400	80	7.8	80	84	4	719	24	18	23	33	1.97
177763--178400	159	3.9	160	82	9	727	24	18	23	33	1.97
177762--178406	239	2.6	242	83	6	773	24	18	23	33	1.97
183449--183576	9	14.2	9	74	21	51	73	3	3	18	1.15
183507--183540	17	2.0	17	88	11	52	88	8	0	2	0.62
183779--183803	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
190191--190215	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
190490--190568	23	3.3	25	77	10	69	22	20	25	31	1.98
190684--190722	19	2.0	20	85	5	53	51	5	12	30	1.62
192322--192695	186	2.0	186	98	1	732	43	5	16	34	1.70
196977--197072	23	4.1	23	81	5	111	21	20	25	32	1.98
196970--197088	48	2.5	48	80	8	120	21	22	23	31	1.98
204836--204932	33	3.0	33	89	4	144	26	14	21	37	1.92
208513--208594	23	3.7	21	81	12	94	30	26	20	21	1.98
208529--208595	23	2.9	23	88	0	107	28	25	22	23	1.99
216542--216811	4	67.5	4	68	21	79	70	1	5	23	1.14
216542--216752	15	14.1	15	64	20	59	71	0	6	22	1.12
216539--216691	25	5.9	26	67	23	85	71	0	8	19	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216632--216661	10	2.9	10	95	5	51	70	0	0	30	0.88
216675--216704	13	2.3	13	94	0	51	80	3	0	16	0.85
216733--216825	41	2.3	40	81	9	107	64	3	1	31	1.16
216859--216903	23	2.0	24	86	8	67	68	4	8	17	1.32
217384--217495	37	3.0	37	96	0	197	31	14	14	40	1.86
217992--218236	83	2.9	84	85	4	309	23	20	23	33	1.97
218239--218297	28	2.1	28	87	0	82	32	10	15	42	1.80
218301--218416	36	3.2	36	81	7	135	41	14	18	25	1.88
219670--219750	32	2.5	32	87	2	126	39	19	12	28	1.88
220884--220935	27	2.0	25	92	7	86	3	17	3	75	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13