genome.fa.s8893.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008893.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112159_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2797279

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763156--763200	15	3.1	15	74	6	56	60	2	4	33	1.29
765299--765351	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
768999--769049	18	2.8	18	84	0	66	41	13	15	29	1.86
769415--769612	3	53.0	4	68	26	75	39	1	5	53	1.34
769423--769573	7	22.1	7	70	21	65	38	0	7	53	1.34
769416--769595	12	14.8	12	70	22	94	39	0	6	53	1.30
769418--769615	5	36.6	5	70	23	93	39	1	5	53	1.34
771896--771977	20	4.1	20	88	0	128	19	8	19	52	1.71
771877--771977	40	2.5	40	84	4	134	17	8	19	53	1.70
772968--773015	24	2.0	24	91	0	78	39	27	2	31	1.68
774905--774958	25	2.2	25	86	0	72	31	31	0	37	1.58
774930--774990	32	1.9	32	93	6	106	27	36	1	34	1.67
782533--782588	28	2.0	28	96	0	103	41	10	14	33	1.80
787284--787358	28	2.8	28	80	15	95	40	0	4	56	1.18
787291--787370	28	2.9	29	75	15	82	38	0	2	58	1.11
789019--789054	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
796233--796262	14	2.1	14	93	0	51	76	6	13	3	1.11
796425--796769	87	4.0	88	88	7	426	25	18	30	26	1.98
796543--796680	46	3.1	46	70	16	146	26	18	29	26	1.98
806045--806084	21	1.9	21	100	0	80	30	10	12	47	1.74
806141--806221	40	2.0	40	97	2	155	32	29	9	28	1.89
808515--808557	19	2.1	20	83	12	52	55	4	11	27	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812589--813076	42	11.9	42	74	9	320	32	17	20	29	1.96
812595--813081	164	3.0	164	87	2	694	32	17	19	29	1.95
813344--813415	20	3.6	20	94	0	126	37	19	16	26	1.93
813463--813544	21	3.9	21	90	1	128	37	15	19	26	1.92
813463--813544	42	1.9	43	95	2	148	37	15	19	26	1.92
825219--825281	2	30.0	2	84	15	83	47	4	1	46	1.33
825790--825829	7	5.6	7	96	3	71	72	0	0	27	0.85
826006--826043	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
826275--826341	19	3.5	19	67	18	57	35	5	1	56	1.33
826359--826410	26	2.0	25	88	3	77	38	5	3	51	1.44
831466--831511	19	2.4	19	96	0	83	32	30	21	15	1.94
831485--831622	65	2.1	65	81	2	152	31	21	18	28	1.97
832566--832615	21	2.4	21	93	0	82	28	28	22	22	1.99
842005--842313	154	2.0	154	100	0	618	38	4	14	43	1.66
848427--848495	35	2.0	35	85	5	95	21	28	8	40	1.83
848806--848831	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
860151--860200	20	2.5	20	100	0	100	38	16	24	22	1.93
862286--862355	23	3.0	23	87	0	113	17	11	12	58	1.63
862301--862344	13	3.6	13	76	17	58	15	9	13	61	1.56
867662--867719	20	3.3	20	65	34	60	39	8	10	41	1.70
867659--867729	32	2.2	32	100	0	142	38	9	9	42	1.71
870187--870228	21	2.0	22	85	4	59	47	14	4	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871002--871032	15	2.1	15	93	0	53	35	19	3	41	1.67
874406--874453	19	2.5	20	82	3	62	29	14	4	52	1.60
876616--876656	21	1.9	22	90	5	66	12	14	9	63	1.52
879506--879543	16	2.2	16	90	9	58	78	5	5	10	1.06
882499--882527	12	2.4	12	100	0	58	6	6	51	34	1.55
882770--882960	73	2.6	74	79	4	183	36	14	6	41	1.73
882985--883212	77	2.9	77	84	2	269	39	14	7	37	1.76
883324--883470	79	1.9	80	81	5	183	38	11	8	42	1.71
883041--883583	263	2.1	261	81	4	617	36	14	8	40	1.77
892443--892469	6	4.5	6	100	0	54	66	14	0	18	1.25
893342--893433	48	1.9	48	88	0	139	19	11	25	43	1.85
894047--894090	22	2.0	22	82	4	54	31	0	15	52	1.44
894277--894399	47	2.7	47	84	5	153	33	15	11	39	1.83
894295--894399	47	2.3	46	88	3	158	32	14	12	40	1.83
897380--897413	17	2.0	17	100	0	68	41	5	0	52	1.25
908223--908357	34	3.9	34	86	5	173	34	23	20	20	1.96
908223--908357	68	2.0	69	86	5	193	34	23	20	20	1.96
908687--908923	83	2.9	83	92	0	393	27	18	22	30	1.98
908687--908919	42	5.6	42	73	4	220	28	18	22	30	1.97
918397--918448	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
918437--918550	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
918434--918550	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
919104--919167	19	3.4	19	95	0	110	50	25	15	9	1.74
919163--919347	19	10.1	19	74	14	156	12	21	22	44	1.85
919163--919252	39	2.3	38	90	1	135	12	17	22	47	1.80
919186--919263	39	2.0	39	85	5	104	10	17	26	44	1.81
919235--919322	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
919290--919347	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
921349--921471	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
921405--921471	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
922829--922864	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
923047--923169	33	3.8	32	86	8	176	15	22	18	43	1.88
923040--923169	66	2.0	66	95	0	233	16	22	18	42	1.89
925463--925487	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
925662--925715	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
926775--926832	20	2.9	20	92	0	89	39	22	20	17	1.92
926851--926918	19	3.8	19	83	12	83	13	22	17	47	1.82
927035--927072	14	2.7	15	84	12	53	47	18	0	34	1.49
928918--928975	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
928913--928991	32	2.4	33	95	2	142	11	18	22	46	1.81
928976--929030	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
929512--929556	18	2.5	18	77	0	54	17	15	40	26	1.90
930876--930913	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
931177--931220	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
931408--931501	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
931428--931505	41	1.9	41	86	0	111	21	16	21	39	1.92
931388--931502	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
931428--931523	41	2.3	41	80	3	104	20	19	21	37	1.94
931510--931564	19	2.8	19	88	2	74	20	18	20	41	1.90
931528--931565	19	2.0	19	100	0	76	21	15	21	42	1.89
941269--941645	187	2.0	187	100	0	754	27	20	16	34	1.95
941931--942065	3	45.0	3	86	5	193	34	0	3	62	1.13
944406--944442	15	2.7	15	88	12	53	24	5	8	62	1.44
951114--951300	83	2.3	83	96	0	338	27	11	21	38	1.89
953456--953610	54	2.9	54	91	0	229	38	16	21	23	1.92
953971--954025	22	2.5	22	84	0	74	38	10	12	38	1.79
954730--954828	29	3.4	29	100	0	198	18	18	25	38	1.93
954788--955544	76	10.0	76	97	1	1441	21	21	21	35	1.96
954778--955544	302	2.5	303	97	1	1452	21	20	21	35	1.96
955669--955784	3	38.0	3	86	3	160	34	0	4	61	1.16
955669--955784	15	7.6	15	92	2	178	34	0	4	61	1.16
955689--955798	21	5.2	22	85	8	97	37	0	2	60	1.11
959536--959564	14	2.1	14	100	0	58	27	6	17	48	1.72
959579--959626	16	3.1	16	79	11	55	60	0	4	35	1.16
963459--963492	17	1.9	18	88	5	52	55	0	2	41	1.15
964305--964340	19	1.9	18	88	5	54	44	0	2	52	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
964305--964353	21	2.4	21	80	12	59	46	0	2	51	1.12
965322--965503	82	2.2	81	90	0	292	37	9	7	45	1.64
976379--976437	27	2.1	28	96	3	111	16	16	20	45	1.85
979121--979159	21	1.9	21	89	5	62	35	7	7	48	1.61
979403--979480	22	3.6	21	73	22	72	37	11	2	48	1.53
979409--979495	43	2.0	43	93	4	149	39	9	3	48	1.52
981076--981169	42	2.3	42	82	10	113	44	3	0	52	1.17
982658--982846	93	2.0	93	94	0	333	30	13	19	36	1.91
993256--993315	24	2.4	25	80	2	77	61	0	0	38	0.96
993265--993311	23	2.0	25	83	8	62	59	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13