genome.fa.s8893.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008893.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112159_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2797279

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079923--2079951	9	3.3	9	95	4	51	0	10	0	89	0.48
2081272--2081356	34	2.6	33	84	3	109	17	21	14	47	1.83
2082490--2082519	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
2083511--2083542	4	8.2	4	93	6	57	75	0	0	25	0.81
2085159--2086040	84	10.7	83	78	5	785	24	19	24	31	1.98
2085156--2086040	165	5.4	162	80	6	857	24	19	24	31	1.98
2085093--2086040	250	3.8	247	81	4	1045	24	19	23	31	1.98
2090754--2090810	20	3.0	20	73	23	59	70	3	8	17	1.28
2090759--2090833	38	1.9	38	83	2	96	69	5	9	16	1.33
2090864--2090907	7	6.1	7	86	5	61	70	0	11	18	1.16
2090969--2090993	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2097689--2097740	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2097726--2097776	20	2.5	20	77	3	57	45	19	15	19	1.86
2097771--2097822	20	2.6	21	82	11	65	28	26	17	26	1.97
2097726--2097803	41	1.9	41	83	0	102	41	21	15	21	1.90
2098342--2098406	19	3.4	19	84	2	76	44	26	18	10	1.82
2098402--2098585	19	10.1	19	77	13	165	12	22	22	42	1.86
2098402--2098491	39	2.3	38	94	1	153	12	20	22	45	1.83
2098474--2098560	32	2.6	33	89	5	131	11	25	25	37	1.89
2098528--2098585	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
2100579--2100701	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
2100635--2100701	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2102055--2102090	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2102235--2102352	19	6.7	19	65	19	67	14	23	19	42	1.88
2102239--2102332	33	2.8	33	96	0	170	13	24	18	43	1.86
2105186--2105341	31	5.0	31	91	1	242	36	22	20	20	1.95
2106116--2106160	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2107002--2107026	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2108494--2108530	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2108807--2108847	19	2.2	19	86	0	55	17	19	17	46	1.85
2108836--2108893	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
2108819--2108909	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
2108894--2108948	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
2109421--2109465	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
2110784--2110821	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
2111085--2111128	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2111316--2111368	20	2.7	20	93	0	88	24	18	28	28	1.98
2111296--2111411	20	5.7	20	76	7	81	23	17	23	36	1.95
2111400--2111492	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
2111400--2111495	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
2111837--2111972	58	2.3	58	82	5	166	32	8	3	55	1.46
2126593--2126636	22	2.0	22	100	0	88	36	22	9	31	1.86
2132854--2132907	21	2.6	21	78	0	63	27	18	20	33	1.96
2132925--2132989	20	3.2	20	72	12	69	32	24	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132914--2133000	41	2.1	41	91	0	138	39	22	14	22	1.91
2132925--2133011	41	2.1	41	91	0	138	36	22	16	24	1.94
2133484--2133592	19	5.4	19	75	13	83	33	26	5	34	1.80
2143435--2143459	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2154077--2154115	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2154541--2154597	28	2.0	28	87	12	82	50	22	0	26	1.49
2158874--2158968	30	3.2	30	100	0	190	47	16	9	26	1.77
2161205--2161268	23	2.8	22	76	9	74	28	25	25	21	1.99
2161284--2161501	103	2.1	103	98	0	418	38	24	12	24	1.90
2161984--2162022	20	2.0	20	89	0	60	10	35	28	25	1.89
2168134--2168195	23	2.7	23	80	5	81	25	27	25	20	1.99
2168214--2168428	103	2.1	103	93	2	378	38	24	10	26	1.88
2168913--2168951	20	2.0	20	89	0	60	10	35	30	23	1.88
2169865--2169918	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2170681--2170715	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2173446--2173475	10	3.1	10	90	9	53	10	0	0	90	0.47
2173446--2173475	9	3.2	9	95	4	51	10	0	0	90	0.47
2181964--2181996	17	2.0	17	88	5	50	33	9	18	39	1.82
2182256--2182323	23	3.0	23	86	0	100	17	26	26	29	1.98
2194106--2194145	3	13.3	3	94	0	71	32	2	0	65	1.06
2194595--2194632	20	1.9	20	88	0	58	50	10	18	21	1.76
2194595--2194638	20	2.3	19	84	7	54	50	9	20	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195409--2195496	39	2.3	39	92	2	151	50	2	1	46	1.21
2197271--2197306	18	2.0	18	88	0	54	58	2	25	13	1.49
2208299--2208349	21	2.4	21	83	6	59	62	1	3	31	1.24
2211499--2211558	31	1.9	31	89	0	93	45	10	5	40	1.60
2223128--2223898	387	2.0	384	92	1	1276	32	12	16	38	1.87
2224517--2224555	19	2.1	19	95	0	69	38	23	17	20	1.93
2225072--2225266	71	2.7	71	92	0	318	33	13	9	43	1.77
2225555--2225692	21	6.7	21	69	6	59	34	25	18	21	1.96
2225660--2226028	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
2226272--2226354	20	4.6	19	78	15	104	15	24	16	43	1.87
2226461--2226497	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2228477--2228533	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2228458--2228550	33	2.8	33	93	0	159	47	21	19	11	1.81
2228421--2228555	19	7.6	19	76	16	119	45	23	18	11	1.82
2228551--2228679	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2228551--2228642	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2228723--2229287	93	6.1	93	98	0	1098	46	18	12	22	1.83
2230995--2231084	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
2230987--2231101	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
2230994--2231106	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
2231118--2231172	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
2231102--2231172	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2231113--2231194	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
2231125--2231213	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
2231293--2231363	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2231544--2231598	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2231744--2231936	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
2231744--2231936	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
2231992--2232043	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2237124--2237156	14	2.3	15	94	5	59	21	3	0	75	0.93
2237091--2237190	20	5.3	18	69	14	53	26	5	0	69	1.09
2237242--2237270	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
2240907--2240964	17	3.2	17	84	13	80	50	13	5	31	1.64
2247279--2247335	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
2250173--2250202	13	2.2	14	94	5	53	20	26	13	40	1.89
2258913--2258940	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
2263471--2263526	25	2.2	25	100	0	112	37	19	23	19	1.94
2268307--2268409	19	5.5	18	69	19	52	46	3	0	48	1.27
2268257--2268417	75	2.1	75	97	1	304	46	3	2	47	1.33
2271142--2271198	30	1.9	30	92	0	96	45	15	5	33	1.69
2275020--2275070	16	3.2	16	80	5	68	43	11	11	33	1.78
2275306--2275368	28	2.2	29	82	5	74	25	9	7	57	1.58
2284217--2284252	16	2.2	16	90	5	54	63	0	5	30	1.17
2289223--2289258	19	2.0	17	89	10	54	58	0	2	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2291492--2291539	25	2.0	24	84	12	62	68	8	8	14	1.37
2299216--2299242	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2300260--2300492	116	2.0	116	100	0	466	34	12	23	29	1.92
2302342--2302425	38	2.2	38	89	2	125	32	36	5	25	1.80
2304502--2304562	31	2.0	31	83	0	77	49	14	4	31	1.65
2307235--2307276	22	1.9	22	85	9	59	45	21	7	26	1.77
2313595--2313646	23	2.1	24	82	13	61	44	1	3	50	1.31
2321000--2321029	3	10.0	3	92	0	51	63	3	33	0	1.11
2326039--2326083	23	2.0	23	100	0	90	48	11	17	22	1.78
2327905--2328056	31	4.8	31	78	11	150	42	8	24	25	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13