genome.fa.s8893.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008893.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112159_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2797279

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2327905--2328041	63	2.2	63	95	0	247	42	8	24	24	1.82
2328596--2328626	14	2.2	14	100	0	62	54	19	0	25	1.44
2341004--2341048	20	2.4	18	85	7	54	53	6	17	22	1.67
2347820--2347904	34	2.4	34	78	18	86	40	0	2	57	1.11
2349628--2349675	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
2349679--2349772	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
2350295--2350367	34	2.2	34	85	2	94	57	4	1	36	1.26
2350621--2350660	13	3.2	13	85	7	55	40	0	0	60	0.97
2357980--2358010	5	6.2	5	100	0	62	61	0	0	38	0.96
2359143--2359266	63	2.0	63	84	6	162	29	12	12	46	1.77
2366630--2366707	3	27.0	3	77	12	83	30	1	2	65	1.14
2367977--2368056	37	2.0	37	83	11	97	30	6	3	60	1.39
2368029--2368066	18	2.2	17	86	9	51	34	0	0	65	0.93
2368065--2368094	14	2.1	14	100	0	60	33	6	6	53	1.53
2368485--2368520	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
2371656--2371684	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
2375198--2375224	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2376077--2376216	63	2.2	63	83	3	174	27	22	33	16	1.95
2382498--2382731	102	2.3	102	79	5	258	34	23	12	29	1.91
2395991--2396020	14	2.1	14	93	0	51	60	16	13	10	1.59
2396450--2396494	23	2.0	23	100	0	90	26	13	40	20	1.89
2400976--2401024	2	25.0	2	95	4	91	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2402805--2402854	7	7.3	7	76	13	50	44	36	0	20	1.52
2402806--2402843	13	2.8	13	92	4	58	42	42	0	15	1.47
2402999--2403084	2	44.5	2	88	6	133	50	1	1	47	1.16
2405190--2405222	13	2.3	15	90	10	52	27	18	0	54	1.44
2405350--2405427	39	2.0	39	94	0	138	44	14	5	35	1.67
2406245--2406284	16	2.5	16	88	8	55	70	0	0	30	0.88
2410663--2410719	24	2.4	24	93	0	96	42	7	14	36	1.72
2411482--2411517	19	1.9	18	88	5	54	13	0	5	80	0.88
2413567--2414068	107	4.7	106	81	5	507	33	13	18	34	1.90
2413567--2414068	213	2.4	212	82	6	568	33	13	18	34	1.90
2413835--2414663	426	2.0	413	81	7	967	32	11	20	35	1.89
2414246--2414522	107	2.6	107	91	1	439	32	9	22	35	1.87
2417592--2417630	19	2.0	20	90	5	62	35	0	0	64	0.94
2417754--2417802	21	2.3	21	96	0	89	46	0	2	51	1.12
2422843--2422898	29	1.9	29	85	0	76	28	0	8	62	1.25
2429601--2429733	66	2.0	66	97	2	250	24	14	12	49	1.76
2431495--2431526	2	16.0	2	93	0	55	46	0	53	0	1.00
2434537--2434563	13	2.1	13	100	0	54	14	7	55	22	1.64
2443141--2443179	16	2.5	16	91	4	62	30	20	10	38	1.86
2446468--2446500	16	1.9	18	88	11	52	27	3	6	63	1.32
2447013--2447038	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
2446898--2447151	141	1.8	139	87	5	379	36	12	14	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2449453--2449524	31	2.3	32	83	7	94	31	2	20	44	1.66
2449470--2449537	31	2.2	31	81	5	84	32	4	14	48	1.64
2449818--2449868	21	2.5	21	90	3	77	25	21	9	43	1.83
2451280--2451306	11	2.5	11	100	0	54	18	18	25	37	1.94
2454324--2454435	55	2.0	55	91	0	179	40	18	20	20	1.92
2458191--2458262	25	2.7	26	85	6	92	56	13	15	13	1.67
2461702--2461743	18	2.3	18	100	0	84	28	33	16	21	1.95
2464390--2464484	45	2.1	45	92	1	156	37	10	2	49	1.49
2464580--2464649	22	3.2	22	64	11	54	55	5	5	32	1.47
2464656--2464702	24	2.0	23	83	4	58	53	6	6	34	1.52
2464907--2465043	45	3.0	45	79	0	157	15	17	45	21	1.85
2467718--2467748	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2470316--2470459	77	1.9	77	91	0	234	34	20	4	40	1.74
2470393--2470524	60	2.2	60	87	2	185	31	25	5	37	1.78
2470397--2470497	31	3.3	31	67	20	86	32	24	5	36	1.80
2472823--2472868	7	6.7	7	80	11	51	39	0	0	60	0.97
2472825--2472892	21	3.2	21	72	2	64	41	0	2	55	1.15
2473567--2473626	31	1.9	31	89	0	93	26	26	21	25	2.00
2480009--2480081	31	2.4	31	88	0	101	30	9	9	50	1.67
2484558--2484590	15	2.3	15	89	5	50	63	3	0	33	1.10
2485898--2485957	31	1.9	32	83	10	79	50	1	3	45	1.28
2489546--2489606	30	2.1	29	90	3	95	52	0	4	42	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490015--2490132	4	29.5	4	96	0	191	45	24	4	25	1.71
2490137--2490192	2	28.0	2	87	0	76	46	5	1	46	1.36
2490122--2490189	28	2.4	28	95	0	118	44	8	2	44	1.50
2490290--2490466	2	89.0	2	93	1	302	49	1	1	48	1.18
2498560--2498631	25	2.9	25	93	2	119	26	15	19	38	1.91
2498729--2498770	3	15.0	3	85	14	63	64	0	0	35	0.94
2498729--2498770	11	4.0	11	87	12	70	64	0	0	35	0.94
2498729--2498770	17	2.8	14	80	19	57	64	0	0	35	0.94
2499071--2499310	43	5.7	40	73	12	155	22	19	32	25	1.98
2498985--2499300	129	2.5	127	91	3	499	25	18	30	25	1.98
2499868--2500223	62	5.6	63	72	10	208	41	12	17	28	1.86
2500406--2500615	67	3.2	66	85	4	237	47	11	12	28	1.77
2500444--2500615	67	2.6	67	90	4	262	47	11	11	29	1.75
2500564--2500630	28	2.4	28	92	2	107	41	14	7	35	1.75
2500614--2500717	52	2.0	53	94	3	183	36	17	13	32	1.89
2500713--2500831	29	4.5	25	79	13	91	49	14	10	26	1.74
2500761--2500965	29	7.1	29	74	16	158	46	14	10	28	1.78
2500667--2500993	144	2.3	141	92	5	543	46	15	11	26	1.80
2501246--2501330	36	2.4	36	84	4	109	36	11	21	30	1.89
2501282--2501512	103	2.3	99	83	8	268	38	12	19	30	1.88
2501969--2502008	4	10.5	4	86	10	57	22	0	27	50	1.50
2503181--2503216	11	3.2	11	92	4	54	5	11	11	72	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2508739--2508810	25	2.9	25	93	2	119	26	15	19	38	1.91
2508908--2508952	3	15.0	3	90	9	74	66	0	0	33	0.92
2511424--2511449	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2512920--2512946	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2516867--2516898	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2516898--2516928	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
2523063--2523111	19	2.3	20	80	16	55	61	4	12	22	1.48
2523292--2523331	16	2.5	16	95	0	71	20	27	35	17	1.95
2523437--2523476	12	3.6	12	80	12	50	45	2	0	52	1.14
2523463--2523750	22	12.6	22	77	10	231	39	0	10	50	1.37
2523463--2523750	44	6.8	44	80	13	361	39	0	10	50	1.37
2523463--2523750	66	4.5	66	81	13	361	39	0	10	50	1.37
2523774--2523832	31	1.9	31	92	0	100	45	8	1	44	1.44
2524767--2524801	12	3.0	12	91	4	54	25	2	5	65	1.28
2525548--2525597	18	2.7	19	79	17	61	24	6	0	70	1.10
2525582--2525615	4	8.2	4	87	6	50	26	2	0	70	1.01
2525582--2525615	13	2.7	13	90	4	52	26	2	0	70	1.01
2525735--2525780	22	2.1	22	95	0	83	39	0	10	50	1.38
2525804--2525862	31	1.9	31	92	0	100	45	8	1	44	1.44
2526981--2527011	13	2.4	13	94	0	53	9	16	0	74	1.07
2527603--2527652	18	2.7	19	79	17	61	24	6	0	70	1.10
2527637--2527666	4	7.2	4	92	7	51	23	3	0	73	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2528154--2528503	161	2.2	160	78	5	350	51	6	15	26	1.66
2529689--2529747	25	2.2	26	82	14	68	45	5	16	32	1.70
2532866--2532902	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
2533035--2533101	21	3.3	20	75	8	73	20	19	26	32	1.97
2533218--2533257	21	1.9	21	100	0	80	17	10	20	52	1.72
2533222--2533267	21	2.2	21	84	0	56	21	13	17	47	1.81
2533284--2533347	19	3.3	20	86	6	96	25	20	14	40	1.89
2534799--2534860	31	2.2	28	81	16	74	17	24	29	29	1.97
2535321--2535405	31	2.8	29	82	10	91	43	1	3	51	1.26
2541396--2541447	24	2.2	24	86	6	70	28	7	3	59	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13