genome.fa.s8983.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008983.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112347_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1350231

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1917--1999	20	4.1	20	76	6	85	16	25	34	22	1.95
8650--8749	21	4.8	21	72	9	78	25	13	37	25	1.91
8624--8749	42	3.0	41	81	5	155	23	14	38	23	1.91
9040--9161	63	1.9	62	81	6	147	31	33	12	22	1.91
10869--10924	19	2.9	19	92	5	87	51	21	16	10	1.74
10924--10977	20	2.5	21	88	8	74	12	16	16	53	1.73
11324--11370	22	2.1	22	84	0	58	19	17	38	25	1.92
11500--11592	20	4.7	20	74	15	93	21	17	18	43	1.89
11496--11612	60	2.0	60	91	3	191	18	17	19	44	1.87
11496--11604	20	5.4	20	69	12	80	18	18	19	44	1.88
11597--11636	21	1.9	21	94	0	71	25	12	30	32	1.92
11597--11687	20	4.6	19	69	13	58	23	14	29	32	1.94
16969--17007	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
17476--17543	30	2.2	31	87	10	95	69	2	8	19	1.28
17484--17562	30	2.6	30	82	11	90	70	2	7	18	1.22
17509--17676	41	4.1	40	75	14	112	72	1	5	20	1.11
17510--17612	43	2.5	41	81	9	111	71	1	5	20	1.16
17556--17603	25	1.9	25	83	8	62	77	2	4	16	1.03
17510--17637	41	3.0	42	81	9	122	71	1	5	21	1.15
17615--17674	14	4.0	14	78	19	59	75	0	5	20	0.99
17618--17663	23	2.0	24	87	12	69	73	0	6	19	1.04
17626--17676	27	2.0	25	85	14	68	78	0	3	17	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17626--17687	26	2.3	26	81	13	65	74	3	3	19	1.10
17685--17741	21	2.6	22	78	10	64	66	1	12	19	1.32
17659--17741	43	1.9	44	85	7	116	68	3	8	19	1.30
18843--18876	9	3.7	9	96	4	59	91	0	0	8	0.43
18828--18879	10	5.2	10	84	9	70	84	1	1	11	0.78
18843--18879	19	1.9	19	100	0	74	89	0	0	10	0.49
18865--18922	32	1.9	30	83	13	75	68	0	1	29	0.99
18846--18911	26	2.7	26	80	15	79	77	0	1	21	0.85
18887--18930	23	2.0	21	86	8	61	63	0	2	34	1.07
18873--18960	24	3.6	24	74	8	63	61	1	1	36	1.11
18949--18999	25	2.0	26	84	7	68	45	5	3	45	1.46
18933--19326	38	10.4	38	79	16	437	43	7	3	45	1.47
18938--19073	45	3.2	45	82	12	157	45	5	2	46	1.40
19020--19321	37	8.1	37	84	12	381	43	7	2	46	1.48
19065--19136	30	2.4	30	92	2	117	43	9	2	44	1.51
19065--19150	30	2.9	29	86	6	86	44	9	2	44	1.49
19953--20166	85	2.5	85	82	3	234	27	17	16	38	1.92
21569--21794	93	2.6	85	83	11	294	30	21	18	29	1.97
21618--21806	93	2.0	93	92	2	317	30	19	16	33	1.94
25564--25617	22	2.5	22	100	0	108	38	14	18	27	1.90
26697--26743	18	2.6	18	89	0	67	23	19	14	42	1.88
26702--26745	18	2.4	18	92	0	70	25	20	11	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27019--27192	90	1.9	89	94	1	303	44	6	10	38	1.66
33669--33843	89	2.0	88	93	1	296	46	5	9	38	1.59
34162--34305	57	2.6	56	86	7	195	32	11	20	34	1.89
34521--34826	68	4.5	68	88	0	414	31	14	21	32	1.93
34518--34826	136	2.3	136	89	0	474	31	14	22	32	1.93
34804--34866	20	3.2	20	93	0	108	38	4	15	41	1.69
34844--35153	68	4.6	68	89	0	451	30	15	24	29	1.95
34668--35002	176	1.9	176	92	0	562	31	13	22	31	1.93
34613--35053	244	1.8	244	93	0	765	30	15	23	30	1.95
34539--35115	312	1.8	312	92	0	976	31	14	23	30	1.94
35103--35581	81	5.9	81	86	0	663	37	11	22	28	1.89
35103--35558	243	1.9	243	91	0	750	37	11	22	28	1.89
38109--38134	12	2.2	12	100	0	52	0	38	34	26	1.57
43518--43554	15	2.5	15	100	0	74	40	16	5	37	1.71
46616--46800	65	2.9	65	86	7	254	28	19	22	29	1.98
49467--49545	23	3.5	22	77	8	88	25	21	27	25	1.99
49467--49529	21	2.9	22	80	4	74	23	23	25	26	2.00
55296--55402	45	2.3	46	82	4	137	31	18	21	28	1.97
55388--55458	19	3.7	19	100	0	142	21	16	30	30	1.95
56997--57027	6	5.0	6	92	7	53	64	0	0	35	0.94
57097--57204	36	2.9	37	80	13	132	73	2	6	17	1.17
57169--57227	24	2.4	25	72	13	61	76	3	3	16	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57281--57349	22	3.2	22	74	12	79	72	4	4	18	1.18
58509--58548	20	2.0	21	85	5	55	70	0	5	25	1.08
58553--58937	39	10.3	39	83	11	486	42	7	3	47	1.46
58553--58894	185	1.9	184	90	4	546	42	6	2	47	1.44
58752--58951	76	2.7	73	80	14	255	44	6	3	46	1.44
61058--61093	6	6.0	6	86	0	54	0	52	2	44	1.15
64886--64914	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
65657--65701	3	15.0	3	81	9	56	60	2	0	37	1.09
65646--65694	14	3.6	13	86	8	71	55	2	0	42	1.11
75104--75162	30	2.0	30	96	0	109	27	13	30	28	1.94
76894--77068	59	2.9	60	82	3	210	31	19	5	44	1.73
77196--77356	60	2.7	58	76	7	153	42	4	19	33	1.71
79603--79662	23	2.7	21	83	16	77	46	13	21	18	1.83
83164--83283	60	2.0	60	88	0	177	35	11	4	49	1.59
83171--83298	60	2.1	60	84	2	159	35	11	4	47	1.61
85047--85097	22	2.3	22	100	0	102	39	11	13	35	1.82
95364--95495	29	4.5	29	79	5	140	39	20	6	34	1.77
95545--95574	13	2.3	13	94	0	51	13	20	46	20	1.83
95551--95624	17	4.3	17	94	1	130	10	21	48	18	1.78
95639--95690	11	5.1	10	79	9	52	36	25	19	19	1.95
95642--95675	11	3.1	11	95	0	59	35	23	17	23	1.95
98202--98238	19	1.9	19	88	0	56	54	8	10	27	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98579--98604	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
100148--100196	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
100237--100287	19	2.7	19	85	8	70	29	15	31	23	1.95
102878--102957	24	3.5	23	77	14	94	27	23	26	22	2.00
102855--102977	44	2.8	43	75	8	131	24	20	28	26	1.99
106637--106676	21	1.9	21	85	10	55	32	7	5	55	1.50
108604--108788	64	2.9	64	76	6	162	28	15	24	31	1.95
108730--108780	19	2.7	19	79	8	61	29	13	31	25	1.94
110440--110493	26	2.0	27	86	10	76	35	5	16	42	1.72
110333--110515	94	1.9	94	93	1	312	37	6	16	39	1.73
110375--110826	146	3.0	151	79	14	491	37	6	15	40	1.73
110528--110706	93	1.9	93	85	6	249	34	8	15	41	1.78
110619--110780	74	2.3	71	85	9	208	34	5	16	43	1.72
110506--111082	167	3.4	166	78	11	609	36	7	14	41	1.74
110738--111060	93	3.5	93	91	0	511	35	7	16	40	1.77
120172--120201	13	2.3	13	100	0	60	13	6	20	60	1.55
121444--121478	13	2.6	13	86	4	52	48	5	25	20	1.71
138785--139788	502	2.0	502	99	0	1963	27	28	14	29	1.95
147950--148066	57	2.1	57	98	0	225	31	29	17	21	1.96
152004--152035	15	2.1	15	94	0	55	25	9	9	56	1.61
153598--153623	12	2.2	12	100	0	52	34	15	23	26	1.94
157772--157925	60	2.6	60	88	1	211	29	14	17	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159541--159567	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
159567--159591	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
164187--164259	3	24.3	3	77	5	58	43	1	1	53	1.17
164293--164330	17	2.2	18	90	4	60	42	39	2	15	1.61
165604--165662	29	2.0	30	83	9	77	30	5	3	61	1.34
169127--169225	20	4.8	20	65	14	67	16	14	14	55	1.69
171260--171394	72	1.9	72	90	0	216	25	19	19	36	1.95
175768--176071	36	8.3	36	69	4	196	33	17	12	36	1.88
175768--176075	73	4.2	73	89	0	463	33	17	12	37	1.87
176214--176306	3	31.3	3	76	6	73	43	2	0	54	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7