genome.fa.s8983.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008983.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112347_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1350231

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
651644--652117	121	4.0	121	87	4	674	37	10	5	46	1.61
651644--652117	236	2.0	240	88	3	706	37	10	5	46	1.61
655764--655810	18	2.6	19	90	10	80	25	6	4	63	1.36
657248--657673	120	3.6	118	86	6	603	48	3	11	36	1.56
657100--657673	234	2.5	227	88	4	814	47	3	10	38	1.55
657773--657832	29	2.1	28	81	6	68	61	0	1	36	1.06
657795--657839	23	2.0	22	91	4	72	57	0	0	42	0.98
668207--668265	23	2.6	22	89	7	84	42	3	1	52	1.28
668228--668295	31	2.2	33	84	10	90	38	4	2	54	1.36
671236--671357	64	1.9	63	81	8	149	59	9	3	28	1.44
688235--688291	22	2.8	20	87	10	87	29	15	29	24	1.96
688649--688745	28	3.4	28	65	23	74	38	10	21	29	1.87
688616--688958	59	5.9	59	86	4	446	38	12	19	29	1.88
689338--689380	22	1.9	23	85	4	61	30	2	11	55	1.48
695069--695291	95	2.3	95	80	3	243	30	17	26	26	1.97
695220--695291	22	3.5	20	83	12	85	29	15	30	25	1.96
695617--695954	59	5.9	59	85	6	451	36	11	22	29	1.89
695617--695954	109	2.9	116	82	7	447	36	11	22	29	1.89
695776--695873	50	2.0	50	95	0	178	31	12	27	28	1.93
696337--696389	23	2.2	24	83	9	65	26	3	13	56	1.54
701030--701074	22	2.0	22	100	0	90	31	26	22	20	1.98
704343--704390	23	2.1	23	84	0	60	37	12	16	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704808--704880	23	3.2	23	92	0	119	39	20	5	34	1.76
705248--705310	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
705683--705741	23	2.6	23	88	0	82	40	16	5	37	1.71
704456--706804	431	5.5	430	97	0	4378	38	12	7	41	1.71
706110--706172	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
706539--706601	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
707024--707109	39	2.2	39	93	0	145	18	13	18	48	1.80
707367--707403	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
707831--707903	23	3.2	23	92	0	119	39	20	5	34	1.76
708272--708334	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
707597--708965	431	3.2	429	97	0	2562	39	12	7	41	1.71
708702--708764	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
709181--709266	39	2.2	39	93	0	145	18	13	18	48	1.80
709521--709557	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
709982--710053	23	3.2	23	88	4	110	40	19	5	34	1.75
710417--710479	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
710846--710908	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
709751--711110	429	3.2	428	96	1	2509	38	12	7	41	1.71
711325--711410	39	2.2	39	93	0	145	18	13	18	48	1.80
711664--711700	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
712539--712603	24	2.7	24	80	2	85	41	13	9	35	1.77
715068--715560	183	2.7	183	96	0	898	33	17	15	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717060--717140	3	27.0	3	76	0	81	24	32	4	38	1.77
717064--717152	12	7.4	12	81	0	79	22	32	6	38	1.80
717076--717152	36	2.1	36	92	0	127	22	32	7	37	1.83
717094--717155	18	3.4	18	79	0	79	19	32	8	40	1.81
717064--717155	6	15.3	6	80	4	69	21	32	6	39	1.79
719118--719164	19	2.5	19	92	0	76	57	10	2	29	1.44
721016--721059	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
723449--723495	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
723544--724938	228	6.1	228	97	1	2594	39	8	7	44	1.63
732668--732775	27	4.0	27	97	0	207	26	32	7	33	1.84
742036--742115	35	2.3	35	79	12	85	56	10	7	26	1.59
744243--744567	111	2.9	111	98	0	614	45	11	7	36	1.67
744637--744677	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
744881--744986	50	2.1	51	82	5	135	24	26	31	17	1.97
744901--745006	50	2.1	50	85	0	140	21	30	31	16	1.96
751146--751606	228	2.0	228	95	0	832	26	18	14	40	1.89
757829--757871	16	2.7	16	81	0	50	27	25	25	20	1.99
759592--759723	67	2.0	67	98	0	255	42	4	4	48	1.44
761745--761792	16	2.8	17	78	12	53	43	0	0	56	0.99
763267--763341	32	2.4	32	86	4	100	38	16	21	24	1.92
763780--763964	95	2.0	93	86	6	257	37	8	15	39	1.77
763711--764116	148	2.6	150	85	6	519	37	7	15	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763873--764112	69	3.3	69	71	18	211	37	7	16	39	1.76
763834--764112	150	1.9	149	92	1	470	37	7	15	39	1.76
763984--764191	93	2.2	94	94	0	364	37	7	15	39	1.77
769823--769870	23	2.1	23	81	14	55	35	25	0	39	1.56
772837--772866	14	2.1	15	93	6	53	23	13	6	56	1.60
779546--779593	23	2.1	23	100	0	96	75	0	12	12	1.06
779542--779597	10	5.3	10	82	16	60	75	0	12	12	1.06
779729--779771	13	3.3	13	93	0	77	46	13	23	16	1.83
780160--780410	132	1.9	132	86	0	358	31	15	15	37	1.89
780478--780583	43	2.5	43	83	6	117	33	18	20	27	1.96
781253--781304	19	2.7	18	77	14	50	48	3	3	44	1.39
786496--786760	138	1.9	138	89	2	417	41	12	15	30	1.84
791123--791172	9	5.6	9	75	17	50	58	2	20	20	1.50
791116--791154	18	2.2	18	90	0	60	56	2	20	20	1.54
793088--793408	103	3.1	103	94	0	561	26	13	23	36	1.92
793415--793492	23	3.3	23	78	1	84	24	19	23	33	1.97
798796--799116	103	3.1	103	96	0	579	26	13	23	36	1.92
799123--799199	23	3.3	23	79	1	91	25	20	20	32	1.97
803045--803102	29	2.0	29	93	0	98	29	5	39	25	1.77
807582--807829	137	1.8	137	91	1	417	40	14	14	31	1.85
808262--808295	16	2.1	16	94	0	59	50	17	11	20	1.77
810040--810172	3	44.3	3	70	14	87	63	3	5	28	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810144--810187	19	2.2	19	84	12	52	59	2	13	25	1.46
811357--811392	18	2.0	18	94	0	63	52	0	22	25	1.47
812283--812363	40	2.0	40	92	0	135	25	13	17	43	1.86
812408--812452	7	6.7	7	87	5	58	82	0	0	17	0.68
812407--812462	6	7.8	8	82	17	54	80	0	0	19	0.71
812416--812454	13	3.0	13	84	0	60	82	0	0	17	0.68
812585--812618	3	10.7	3	93	6	50	38	0	0	61	0.96
816127--816164	15	2.4	16	82	8	51	15	21	28	34	1.94
816217--816272	15	3.7	15	77	13	69	17	28	33	19	1.95
817778--817811	6	5.7	6	96	0	59	52	11	0	35	1.38
819339--819371	14	2.4	14	94	0	57	33	6	30	30	1.82
823048--823083	18	2.0	18	88	0	54	50	0	22	27	1.50
823071--823130	30	2.0	30	87	3	86	61	0	15	23	1.33
833451--833490	21	1.9	21	84	0	53	15	2	27	55	1.53
835763--835827	32	2.0	32	100	0	130	18	12	24	44	1.84
842670--842758	33	2.6	33	85	3	124	25	13	10	50	1.73
843420--843759	44	7.8	44	90	4	451	32	24	26	17	1.97
843420--843759	88	3.9	87	91	3	533	32	24	26	17	1.97
843420--843759	132	2.6	129	89	3	527	32	24	26	17	1.97
844474--844819	44	8.0	43	84	4	453	35	22	24	17	1.95
844449--844824	130	2.9	132	82	6	446	35	22	23	17	1.95
844449--844816	174	2.1	173	86	5	510	35	22	23	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846777--847149	44	8.5	43	85	4	460	32	23	24	19	1.97
846797--847149	134	2.7	131	82	4	462	32	22	24	19	1.98
849168--849462	44	6.8	43	84	6	353	33	23	24	19	1.97
851487--851823	44	7.8	43	88	2	471	32	24	24	18	1.97
853581--853623	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
853579--853622	21	2.1	21	100	0	88	52	0	0	47	1.00
857985--858048	24	2.7	24	82	4	76	51	17	10	20	1.75
861076--861137	24	2.6	24	76	0	70	48	14	12	24	1.79
865553--865585	17	1.9	17	93	0	57	51	6	6	36	1.51
869816--869856	21	2.0	21	95	0	73	26	29	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7