genome.fa.s9014.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009014.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3470424

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403038--2403077	21	1.9	21	84	0	53	22	10	40	27	1.86
2410465--2410825	54	6.7	54	85	3	417	25	16	20	37	1.94
2410508--2410818	162	1.9	162	88	3	466	25	16	19	37	1.93
2410478--2410818	108	3.2	108	86	2	470	25	17	20	36	1.94
2419950--2420020	23	3.2	23	71	15	76	26	22	21	29	1.99
2419924--2420025	44	2.3	44	94	0	177	29	22	19	28	1.98
2422677--2422810	65	2.1	64	81	6	155	30	19	17	32	1.95
2425008--2425093	40	2.2	40	95	2	156	38	2	23	36	1.68
2431237--2431301	3	22.0	3	78	9	53	64	1	4	29	1.22
2442837--2443075	117	2.0	117	97	0	451	31	18	16	32	1.94
2444716--2444777	31	2.0	31	93	0	106	29	25	9	35	1.88
2446023--2446070	20	2.4	20	100	0	96	52	14	0	33	1.42
2448635--2448695	22	2.7	22	79	2	68	39	21	16	22	1.92
2448732--2448769	14	2.8	14	81	18	53	23	18	23	34	1.96
2455218--2455289	26	2.8	24	77	14	63	27	9	16	45	1.79
2456721--2456786	23	2.9	24	80	6	66	18	43	18	19	1.88
2459161--2459205	22	2.0	22	95	0	81	24	15	22	37	1.93
2461350--2461383	18	1.9	18	88	5	52	14	26	29	29	1.95
2463729--2463773	22	2.0	22	95	0	81	24	15	22	37	1.93
2463763--2463809	24	2.0	24	86	0	67	19	12	19	48	1.80
2473160--2473206	2	24.0	2	86	4	69	48	0	4	46	1.21
2483310--2483373	32	2.0	33	93	3	112	23	14	28	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486402--2486602	8	26.8	8	65	24	57	25	17	32	24	1.97
2486409--2486469	12	5.7	12	70	29	57	26	18	36	19	1.94
2486402--2486597	20	9.9	20	72	19	117	25	17	32	25	1.97
2486496--2486595	21	4.8	21	80	3	103	25	17	33	25	1.96
2486686--2486744	30	2.0	30	96	0	109	45	18	5	30	1.71
2488119--2488158	15	2.8	15	85	7	57	22	12	32	32	1.91
2494782--2494811	15	2.0	15	93	0	51	20	10	33	36	1.86
2497230--2497254	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2506791--2506861	23	3.1	22	78	11	81	49	19	7	23	1.73
2507025--2507059	17	2.0	18	88	5	54	71	0	0	28	0.86
2507958--2508127	84	2.0	82	90	2	268	56	11	2	30	1.47
2509003--2509085	35	2.4	35	80	10	98	28	13	12	45	1.79
2510395--2510467	6	11.3	6	78	11	74	75	2	6	15	1.13
2514331--2514499	84	2.0	81	90	3	266	56	11	1	30	1.44
2527146--2527639	55	9.0	55	90	0	756	34	17	12	36	1.86
2528060--2528106	20	2.2	21	85	7	60	25	27	10	36	1.89
2534317--2534534	55	4.0	55	92	0	339	35	17	10	36	1.84
2535034--2535083	20	2.5	20	86	0	64	32	36	4	28	1.76
2536469--2536677	44	4.7	44	83	1	283	25	22	13	38	1.90
2536468--2536677	89	2.4	88	85	0	294	25	22	13	38	1.91
2540609--2540647	20	2.0	20	84	0	51	10	17	41	30	1.83
2541241--2541265	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2555880--2555918	20	1.9	21	89	5	62	10	23	35	30	1.88
2556723--2556759	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2560123--2560203	29	2.8	29	76	0	90	33	6	11	49	1.63
2561050--2561103	20	2.7	20	94	0	90	50	0	0	50	1.00
2567576--2567606	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
2568039--2568275	129	1.8	128	85	0	330	25	20	29	24	1.99
2568517--2568604	32	2.8	32	81	10	108	29	23	17	29	1.97
2575964--2575995	3	10.7	3	93	0	55	62	0	0	37	0.95
2578308--2578344	17	2.3	16	90	9	58	54	27	0	18	1.44
2578672--2578712	3	14.0	3	89	5	66	31	0	0	68	0.90
2578676--2578712	14	2.6	14	86	4	56	32	0	0	67	0.91
2578673--2578712	17	2.3	17	86	4	62	32	0	0	67	0.91
2579875--2579919	23	2.1	23	84	12	60	33	4	6	55	1.46
2580568--2580594	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2580826--2580867	23	2.0	22	86	13	61	57	0	0	42	0.99
2582770--2582854	42	2.0	43	88	2	127	30	8	21	40	1.82
2591100--2591655	123	4.6	122	87	5	738	40	15	18	25	1.90
2591098--2591698	245	2.5	242	81	9	683	40	15	18	25	1.90
2592019--2592074	22	2.5	23	86	13	82	32	0	1	66	1.03
2592033--2592069	19	1.9	19	100	0	74	29	0	0	70	0.88
2592035--2592071	3	13.0	3	88	11	60	32	0	0	67	0.91
2593946--2593970	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2594106--2594136	10	3.2	10	95	4	55	35	0	0	64	0.94
2594192--2594245	23	2.5	22	80	14	58	53	1	1	42	1.22
2596259--2596303	20	2.2	20	100	0	90	13	26	37	22	1.91
2600468--2600542	21	3.6	21	90	0	105	18	20	38	22	1.93
2604570--2604746	90	2.0	89	90	1	282	37	10	7	45	1.66
2604708--2604777	22	3.3	21	70	16	63	48	1	5	44	1.35
2610743--2610919	90	2.0	89	93	1	300	38	11	5	44	1.64
2620385--2620433	20	2.4	20	74	16	55	28	26	14	30	1.95
2627836--2627868	17	1.9	17	93	0	57	3	15	0	81	0.80
2634693--2634764	26	2.8	25	80	19	71	63	4	15	16	1.45
2637374--2637522	20	7.4	20	82	3	174	31	12	14	41	1.83
2641870--2641931	32	1.9	32	83	0	79	32	16	16	35	1.91
2643091--2643144	21	2.6	21	100	0	108	25	16	14	42	1.87
2643157--2643297	20	7.1	20	82	1	176	26	15	18	39	1.91
2643157--2643316	60	2.7	59	84	2	178	29	15	18	37	1.91
2643157--2643314	40	4.0	40	84	2	167	29	15	18	37	1.91
2647462--2647557	40	2.4	40	92	1	165	25	16	25	33	1.96
2647680--2647791	44	2.4	47	85	5	158	39	7	19	33	1.79
2647680--2647807	47	2.8	45	83	8	168	39	6	21	32	1.78
2648325--2648395	36	1.9	37	86	8	101	50	8	16	23	1.73
2653320--2653358	16	2.4	16	91	0	60	20	28	17	33	1.96
2653474--2653513	17	2.4	17	86	0	62	45	0	7	47	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2653696--2653736	15	2.7	15	88	0	55	39	2	0	58	1.11
2656464--2656499	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
2657813--2657875	17	3.5	17	87	10	90	49	1	1	47	1.20
2657931--2658063	18	7.2	17	67	26	58	39	7	10	42	1.68
2658019--2658070	13	3.6	13	75	22	50	38	5	9	46	1.61
2657986--2658064	42	1.9	41	89	5	124	37	6	11	44	1.66
2658028--2658073	18	2.6	17	79	3	56	41	6	8	43	1.61
2657983--2658075	42	2.2	42	81	12	120	38	5	11	44	1.64
2658064--2658182	20	5.4	20	77	18	121	52	0	6	39	1.33
2658021--2658113	33	2.9	33	84	7	113	46	3	7	43	1.48
2658064--2658169	25	4.7	23	77	18	116	53	0	6	38	1.33
2658064--2658180	45	2.6	45	97	0	225	52	0	6	39	1.34
2658205--2658298	49	1.9	49	93	0	161	38	36	3	22	1.70
2658517--2658627	2	52.0	2	70	18	64	48	5	5	40	1.49
2658508--2658790	20	14.9	20	65	23	98	43	6	7	42	1.58
2658606--2658821	33	6.6	33	74	18	202	41	6	8	43	1.63
2658528--2658660	55	2.3	56	88	5	196	45	6	7	40	1.57
2658545--2658828	128	2.2	128	86	10	395	42	7	8	42	1.62
2658624--2658816	18	10.7	18	69	21	102	39	7	9	43	1.65
2658724--2658902	33	5.4	33	79	11	145	45	4	7	43	1.52
2658817--2658878	20	3.5	19	70	30	64	51	1	6	40	1.37
2658904--2658982	7	11.3	7	81	10	99	41	37	1	18	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2658978--2659034	24	2.5	22	80	11	62	50	7	1	40	1.40
2658978--2659041	22	2.8	23	81	11	78	50	6	1	42	1.37
2659032--2659082	17	2.9	17	85	2	66	52	3	0	43	1.19
2659031--2659109	24	3.2	25	74	18	74	48	2	2	46	1.29
2659182--2659309	2	63.0	2	72	14	84	46	4	3	45	1.39
2659162--2659199	20	1.9	19	94	5	67	34	5	13	47	1.65
2659166--2659309	20	7.2	20	77	12	91	45	4	4	45	1.46
2659210--2659307	41	2.3	41	84	8	126	47	5	2	44	1.36
2663830--2663906	34	2.3	34	88	0	109	19	16	29	33	1.94
2678051--2678103	26	2.1	26	89	3	81	22	33	11	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13