genome.fa.s9014.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009014.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3470424

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7467--7553	43	2.0	43	97	0	165	28	9	24	37	1.86
10982--11020	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
11843--11877	19	1.9	18	88	11	54	25	20	25	28	1.99
16254--16298	18	2.4	19	89	10	67	28	22	22	26	1.99
20398--20432	19	1.9	18	88	11	54	28	17	25	28	1.97
25803--25851	24	2.0	25	84	11	66	42	8	22	26	1.81
25753--25909	79	2.0	80	98	1	307	40	10	22	27	1.86
25828--25937	55	2.0	54	80	5	123	41	10	20	26	1.85
26307--26365	6	9.3	6	82	10	73	22	15	11	50	1.76
26306--26365	13	4.7	13	89	2	77	21	15	11	51	1.74
26310--26365	19	2.9	19	82	12	78	23	16	12	48	1.80
28670--28713	23	1.9	23	86	9	63	77	0	18	4	0.94
31518--31641	37	3.4	37	80	2	151	37	19	16	26	1.93
31519--31667	73	2.0	73	82	5	176	36	20	18	25	1.95
32046--32607	54	10.5	54	85	2	693	35	17	24	22	1.95
32046--32607	158	3.5	159	85	3	734	35	17	24	22	1.95
32046--32874	54	15.3	54	82	6	590	33	16	24	24	1.95
32585--32837	55	4.6	55	88	1	357	31	12	24	31	1.92
33204--33243	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
33535--33638	37	2.8	37	85	1	138	41	14	14	29	1.85
34210--34312	13	8.0	13	69	14	61	27	2	2	66	1.20
38476--38541	29	2.2	30	89	2	98	42	4	15	37	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43693--43721	13	2.3	13	94	5	51	37	13	0	48	1.43
57545--57586	21	2.0	20	86	13	59	23	28	21	26	1.99
60230--60941	162	4.5	161	80	5	768	27	21	11	38	1.89
60230--60942	81	9.0	81	78	8	651	27	21	12	38	1.89
60433--60862	230	1.9	230	90	0	682	28	21	13	36	1.92
60340--61011	311	2.2	310	88	1	995	28	21	13	36	1.91
60896--61076	68	2.7	68	87	1	256	32	22	16	28	1.96
60813--61228	217	1.9	217	86	1	584	30	21	14	33	1.93
61929--62150	95	2.3	96	83	6	274	24	22	15	36	1.94
62594--62633	21	1.9	21	84	0	53	37	15	0	47	1.45
64895--64934	20	2.0	20	95	0	71	30	17	20	32	1.95
67643--67710	20	3.5	20	83	2	57	36	19	7	36	1.79
67662--67712	20	2.6	20	90	3	77	43	15	3	37	1.66
68410--68455	19	2.5	17	83	13	56	73	0	8	17	1.07
68532--68583	9	5.4	9	80	13	59	80	1	1	15	0.88
68496--68612	8	14.1	8	67	16	51	74	1	4	19	1.07
69321--69422	37	2.8	37	84	0	123	32	13	12	41	1.83
70174--71224	106	9.9	106	90	0	1593	23	18	24	33	1.96
72834--72902	16	4.1	16	73	12	59	4	11	2	81	0.95
72835--72876	19	2.2	20	83	12	52	4	11	2	80	0.95
76262--76297	18	1.9	19	94	5	65	69	0	25	5	1.10
77407--77444	20	1.9	19	85	15	51	68	0	7	23	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77547--77593	22	2.1	22	85	14	62	72	0	2	25	0.96
79797--80197	81	5.0	81	86	1	493	27	19	11	40	1.87
80148--80333	68	2.7	68	92	0	309	29	24	15	30	1.96
80284--80495	81	2.6	81	84	1	264	31	20	11	36	1.89
79989--80697	298	2.4	296	90	0	1103	29	22	13	35	1.92
80459--80630	66	2.6	67	90	2	265	31	24	14	29	1.95
80517--80787	148	1.8	145	89	3	427	28	23	13	33	1.93
81567--81619	22	2.5	20	80	11	61	28	30	13	28	1.94
81471--81694	95	2.4	95	83	4	265	23	24	16	35	1.95
84415--84487	25	2.9	25	97	0	137	39	19	12	28	1.88
86908--86966	23	2.6	23	73	7	57	61	5	0	33	1.18
88993--89037	21	2.1	21	95	0	81	22	15	26	35	1.94
89725--90067	63	5.5	63	90	1	521	34	19	16	29	1.94
90345--90377	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
91909--91934	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
93811--93855	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
94606--94779	31	5.6	31	95	0	303	18	20	22	38	1.93
98494--98538	21	2.1	21	84	8	56	31	26	24	17	1.97
99291--99477	31	6.0	31	94	1	313	19	19	22	37	1.94
101655--102056	31	13.0	31	75	12	344	31	18	18	31	1.95
101655--102059	124	3.3	125	89	3	597	31	18	18	31	1.95
101655--102059	63	6.5	63	89	4	601	31	18	18	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101655--102059	155	2.6	155	75	13	404	31	18	18	31	1.95
102246--102283	20	1.9	20	94	0	67	21	18	7	52	1.70
104460--104484	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
107098--107150	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
108295--108426	60	2.2	58	81	10	151	28	17	18	34	1.94
129349--129437	44	2.0	44	91	4	144	34	24	2	38	1.68
142832--142943	42	2.7	42	90	0	179	24	14	13	48	1.79
149090--150338	106	11.9	106	88	3	1733	34	24	17	23	1.96
152150--152257	42	2.6	41	86	5	153	25	15	11	48	1.78
157199--157251	20	2.5	20	81	6	61	28	16	22	32	1.96
164515--164564	24	2.1	23	92	3	82	12	14	14	60	1.60
167221--167353	25	5.3	25	79	3	151	26	24	24	25	2.00
167222--167349	50	2.6	50	89	0	193	26	23	24	25	2.00
172467--172819	44	8.0	44	88	0	508	24	21	12	41	1.88
172620--172693	24	3.2	25	60	21	61	21	22	14	40	1.90
179376--179816	44	10.0	44	85	3	584	24	20	12	42	1.86
179376--179816	132	3.3	132	86	1	643	24	20	12	42	1.86
179705--179777	20	3.2	25	62	22	68	23	19	13	43	1.86
181842--181898	27	2.1	28	86	3	80	15	12	17	54	1.71
194313--194363	21	2.3	23	77	12	54	62	15	11	9	1.53
198539--198568	15	2.0	15	93	0	51	63	6	23	6	1.43
200538--200618	23	3.6	22	80	6	92	24	22	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204362--204415	24	2.2	25	80	9	67	24	9	12	53	1.68
205914--205943	15	2.0	15	93	0	51	16	20	0	63	1.31
206224--206572	174	2.0	174	97	1	655	38	14	4	42	1.66
208698--208763	29	2.2	30	78	10	73	25	19	9	45	1.80
213014--213065	20	2.5	20	87	6	68	30	15	21	32	1.94
221028--221082	26	2.1	26	93	0	92	45	18	12	23	1.83
228577--228616	21	1.9	21	89	0	62	40	12	25	22	1.89
229048--229431	34	11.0	34	66	15	124	40	11	18	28	1.86
229228--229354	37	3.6	34	74	10	103	42	15	18	23	1.88
229030--229731	69	9.8	72	71	12	323	40	10	19	29	1.86
229263--229664	145	2.8	144	78	8	408	40	11	20	27	1.87
229624--229728	36	2.8	37	75	13	108	42	7	16	33	1.76
229055--229726	74	9.4	71	70	12	290	40	11	19	29	1.85
231038--231071	12	2.8	12	90	0	50	35	26	0	38	1.57
232098--232132	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
232099--232139	18	2.3	18	82	0	55	39	9	24	26	1.86
233775--233862	45	2.0	45	84	4	115	26	7	23	42	1.82
236790--236856	14	5.1	14	71	14	70	44	2	7	44	1.47
237080--237125	22	2.1	22	91	0	74	41	2	8	47	1.46
237100--237139	14	2.9	14	92	0	62	47	2	5	45	1.38
237080--237164	36	2.4	36	90	4	127	44	2	9	43	1.49
237092--237185	22	4.2	22	76	10	57	44	3	9	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237148--237232	18	4.2	20	71	27	72	44	4	7	43	1.52
237150--237213	11	6.1	11	81	15	66	46	3	4	45	1.39
237613--237894	11	23.1	12	66	22	85	43	2	8	45	1.50
237613--237791	24	7.2	24	67	19	80	42	3	9	44	1.53
237672--237776	14	7.9	14	71	16	62	40	3	9	46	1.54
237578--237791	78	2.9	73	87	6	279	42	3	9	43	1.55
237732--237777	15	3.1	15	87	6	67	36	2	10	50	1.50
237745--237862	58	2.1	57	84	7	150	41	2	9	46	1.49
237834--237891	24	2.6	21	81	8	62	50	1	6	41	1.39
237834--237885	24	2.3	23	83	9	63	50	1	5	42	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13