genome.fa.s9014.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009014.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3470424

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
686678--686734	21	2.7	21	97	0	105	24	24	17	33	1.96
689978--690408	122	3.5	121	78	2	407	28	15	20	35	1.93
690414--690525	50	2.2	50	84	6	138	37	16	19	25	1.93
690433--690545	50	2.3	51	80	7	133	39	15	21	23	1.91
690499--690899	90	4.5	89	77	7	359	38	17	17	26	1.92
690501--690876	45	8.5	42	74	11	242	38	17	17	26	1.92
690499--690900	176	2.3	178	79	8	426	38	17	17	26	1.92
692045--692077	9	3.6	9	92	8	57	0	9	9	81	0.87
692044--692104	10	5.9	10	80	14	70	1	9	6	81	0.92
696919--696983	24	2.7	24	83	4	78	49	18	10	21	1.78
697904--697939	9	3.9	9	88	3	54	11	5	19	63	1.46
699003--699054	19	2.7	19	69	3	50	23	34	23	19	1.96
700121--700526	215	1.9	214	87	1	589	41	10	11	36	1.76
702256--702299	20	2.2	21	88	8	65	75	6	0	18	1.02
704005--704194	97	2.0	97	89	0	290	29	18	20	32	1.96
704791--705385	75	8.0	75	87	2	797	39	10	17	32	1.84
704791--705385	149	4.0	149	86	4	815	39	10	17	32	1.84
705795--705838	21	2.2	20	91	4	70	36	11	6	45	1.67
705795--705847	20	2.6	21	87	3	72	30	15	5	49	1.67
713737--713770	18	1.9	18	88	5	52	47	20	14	17	1.83
718617--718686	28	2.5	28	90	4	106	18	21	25	34	1.96
718800--718848	3	16.7	3	81	12	57	73	2	0	24	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
718800--718848	17	2.9	17	84	3	64	73	2	0	24	0.94
718811--718849	13	2.9	14	84	7	53	74	2	0	23	0.94
721408--721507	3	33.0	3	68	13	53	27	5	5	63	1.36
721558--721584	14	1.9	14	100	0	54	81	0	7	11	0.87
721931--721977	23	2.0	23	91	0	76	29	2	19	48	1.60
723338--723436	29	3.4	29	80	6	112	23	20	16	40	1.91
732279--732373	50	1.9	50	86	0	136	23	21	15	40	1.91
737341--737365	11	2.3	11	100	0	50	8	0	16	76	1.02
737721--737793	26	2.8	25	84	12	94	52	1	15	31	1.51
737718--737766	14	3.6	14	78	15	59	51	0	12	36	1.40
737978--738030	17	2.9	17	81	13	61	67	1	0	30	1.01
739520--739584	27	2.4	27	97	0	112	44	24	6	24	1.76
743720--743745	6	4.3	6	100	0	52	15	15	15	53	1.73
744004--744541	265	2.0	267	97	1	1028	37	12	13	35	1.83
751977--752021	18	2.7	18	80	13	51	42	0	6	51	1.28
753340--753429	13	7.2	13	69	20	66	48	2	2	46	1.26
753365--753423	18	3.3	18	79	11	68	47	3	1	47	1.29
753353--753448	49	2.0	50	85	6	135	46	4	2	46	1.33
753435--753475	13	3.2	13	82	0	55	43	14	2	39	1.59
753533--753859	37	8.8	36	84	11	360	44	3	7	45	1.47
753591--753853	36	7.2	33	71	21	108	44	3	6	45	1.46
753898--753942	24	2.0	23	86	8	65	42	0	4	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755150--755245	21	4.6	21	81	5	95	27	19	30	22	1.98
755526--755579	21	2.6	21	84	0	72	35	27	16	20	1.94
755544--755624	42	2.0	41	82	2	99	35	29	12	22	1.91
755652--755697	21	2.2	21	84	0	56	36	34	8	19	1.83
755816--755908	42	2.2	42	82	3	107	21	13	35	29	1.92
757406--757451	19	2.4	19	92	0	74	47	21	15	15	1.81
757465--757497	14	2.3	15	89	5	50	15	15	21	48	1.81
757479--757517	20	2.0	20	94	0	69	15	10	20	53	1.70
757481--757524	20	2.2	20	87	0	61	15	11	20	52	1.74
762004--762101	49	2.0	49	85	0	133	39	15	7	37	1.75
761921--762182	39	6.5	40	77	10	230	41	14	8	36	1.75
761921--762169	127	2.0	127	83	3	322	42	13	8	35	1.75
761961--762130	88	1.9	88	89	4	263	42	14	7	34	1.74
762111--762372	97	2.7	97	84	0	328	40	12	8	38	1.74
762422--762747	176	1.9	175	82	5	415	43	12	7	36	1.69
762422--762768	58	5.9	58	83	6	362	43	12	7	36	1.70
762943--763036	45	2.1	45	88	4	136	41	19	9	29	1.83
765544--765677	67	2.0	67	89	0	205	32	11	11	44	1.75
779729--779788	25	2.4	25	94	0	102	23	21	18	36	1.95
779729--779787	9	7.0	9	70	14	54	22	22	18	37	1.94
791713--791752	16	2.5	16	100	0	80	40	15	22	22	1.91
796299--796326	14	2.0	14	100	0	56	28	14	7	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803034--803079	18	2.7	18	80	16	53	45	2	23	28	1.65
804406--805051	182	3.6	182	78	10	649	43	13	16	27	1.85
804661--804998	162	2.1	162	88	1	498	44	13	15	26	1.84
808965--809016	20	2.6	20	87	0	68	32	15	26	25	1.95
814408--814446	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
814742--814860	50	2.4	50	87	2	159	17	34	27	20	1.95
814971--815011	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
815032--815060	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
815135--815342	110	1.9	111	94	1	373	34	9	9	47	1.67
819223--819254	17	1.9	16	93	6	55	40	12	6	40	1.68
822625--822715	41	2.2	41	82	7	105	29	24	19	26	1.98
826792--826935	43	3.4	41	83	6	164	25	23	18	33	1.97
826780--826950	42	4.0	42	81	3	164	22	24	19	33	1.97
826792--826952	84	1.9	84	83	2	207	24	24	18	32	1.97
829298--829336	20	2.0	20	94	0	69	51	10	0	38	1.36
831415--831483	20	3.5	20	75	9	70	56	1	1	40	1.17
833542--833656	18	6.4	18	77	2	106	33	16	24	26	1.96
833508--833610	54	1.9	54	82	4	127	34	16	24	24	1.95
833520--833637	54	2.2	55	83	3	141	32	15	24	27	1.95
836515--836556	21	2.0	21	90	0	66	11	50	16	21	1.77
838333--838364	12	2.7	12	100	0	64	31	9	34	25	1.87
846257--846293	14	2.5	15	86	8	58	8	70	16	5	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859712--859783	19	3.8	19	90	0	108	40	9	19	30	1.84
867662--867704	22	2.0	22	86	9	61	13	18	4	62	1.48
873849--873892	11	3.7	12	78	9	54	15	0	4	79	0.89
883927--883966	19	2.1	19	100	0	80	15	27	10	47	1.77
888816--888907	20	4.6	20	79	2	103	40	18	25	16	1.91
888816--888907	41	2.3	40	98	1	175	40	18	25	16	1.91
888896--888989	20	4.7	20	80	2	89	34	24	17	24	1.96
888893--888970	41	1.9	41	89	0	120	39	21	15	23	1.91
889498--889553	19	2.9	19	86	2	85	48	23	17	10	1.79
889559--889740	19	10.1	19	73	17	147	12	20	21	44	1.85
889559--889740	33	5.1	38	77	12	147	12	20	21	44	1.85
891754--891806	21	2.5	21	96	0	97	33	28	16	20	1.95
900469--901277	403	2.0	403	95	0	1440	35	25	19	20	1.96
906141--906165	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
907232--907274	22	2.0	22	90	0	68	11	18	4	65	1.42
914356--914402	20	2.3	20	86	13	62	6	10	4	78	1.06
917334--917374	6	6.8	6	91	0	55	75	0	7	17	1.02
921153--921209	29	2.0	29	92	0	96	31	21	7	40	1.80
924280--924310	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
924665--924760	23	4.1	23	77	10	97	25	16	23	34	1.95
930353--930378	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
935754--935797	16	2.8	16	79	3	54	77	6	0	15	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940377--940418	22	1.9	22	85	9	59	35	16	9	38	1.81
942293--942347	25	2.3	24	79	11	60	47	0	12	40	1.42
945202--945264	23	2.8	23	77	18	71	28	4	15	50	1.64
945515--945757	119	2.0	121	95	3	438	28	13	19	38	1.90
948879--948917	18	2.2	18	90	0	60	23	10	7	58	1.56
949247--949539	146	2.0	146	92	0	487	35	15	20	28	1.93
962325--962423	37	2.8	36	85	3	137	29	16	11	43	1.82
962554--962845	36	8.3	36	71	10	190	29	18	13	38	1.88
962550--962845	72	4.2	73	76	7	229	29	18	12	39	1.88
962587--962923	67	4.9	68	73	11	237	28	19	13	38	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13