genome.fa.s9014.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009014.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3470424

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  9  of  13  ( 1552 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2203057--2203094	20	2.0	20	94	5	69	47	13	5	34	1.65
2203134--2203171	11	3.5	11	88	0	58	50	2	2	44	1.30
2203177--2203230	17	3.1	17	81	2	63	46	0	3	50	1.19
2203129--2203279	22	7.6	19	70	17	85	45	1	4	47	1.34
2203280--2203318	7	5.6	7	87	0	60	25	0	28	46	1.53
2203367--2203420	11	5.2	11	76	17	53	51	11	1	35	1.48
2203473--2203522	24	2.1	24	85	7	66	38	8	10	44	1.68
2203568--2203612	20	2.3	19	81	11	54	37	8	2	51	1.46
2203606--2203657	13	3.6	13	75	22	50	46	9	5	38	1.61
2203543--2203701	33	5.2	32	76	18	112	42	6	5	45	1.53
2203613--2203974	18	19.7	18	70	23	197	41	8	7	41	1.65
2203641--2203896	53	4.6	54	74	17	222	42	8	7	42	1.62
2203613--2203987	166	2.3	164	98	0	696	42	8	7	41	1.64
2203626--2203976	80	4.5	79	81	12	406	41	8	7	41	1.64
2203779--2203847	33	2.2	32	92	5	113	44	8	5	40	1.59
2203606--2203748	33	4.2	33	80	17	134	43	8	6	41	1.62
2203878--2204037	60	2.7	57	77	14	148	41	9	5	43	1.58
2203991--2204065	20	3.7	19	84	10	87	45	8	0	46	1.32
2203982--2204041	27	2.2	27	84	0	75	41	8	1	48	1.43
2204020--2204058	11	3.7	11	80	13	55	51	5	0	43	1.24
2203641--2204355	18	39.3	18	66	23	161	43	7	5	42	1.57
2204122--2204355	7	38.2	6	64	24	55	46	5	4	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2204155--2204277	26	4.8	25	67	19	76	46	5	5	42	1.51
2204226--2204533	33	9.6	33	74	16	256	43	7	7	42	1.60
2203971--2204355	2	185.0	2	63	24	61	45	7	3	43	1.49
2204153--2204387	18	13.6	18	71	15	174	45	5	5	43	1.51
2204331--2204497	58	2.9	58	94	0	298	41	7	8	41	1.65
2204364--2204470	25	4.0	25	72	17	88	41	8	10	40	1.69
2205048--2205271	113	2.0	113	87	3	326	29	29	8	33	1.86
2205409--2205548	6	23.5	6	71	4	68	40	48	7	2	1.47
2205409--2205548	12	11.2	12	68	10	93	40	48	7	2	1.47
2205409--2205548	18	7.8	18	73	1	102	40	48	7	2	1.47
2205469--2205548	24	3.4	24	87	1	117	38	52	6	2	1.40
2205788--2206009	63	3.5	63	87	2	302	31	11	17	40	1.84
2208249--2208293	20	2.2	20	84	0	63	15	13	8	62	1.54
2208395--2208448	23	2.3	23	77	0	54	25	16	24	33	1.96
2209328--2209409	31	2.6	32	77	9	87	18	18	26	36	1.94
2209415--2209444	11	2.7	11	89	0	51	16	16	46	20	1.84
2212800--2212850	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2216708--2216746	20	1.9	20	84	5	51	61	10	7	20	1.52
2218293--2218478	91	2.0	92	87	5	270	26	19	12	40	1.88
2218588--2218813	116	1.9	117	89	4	350	24	22	15	37	1.93
2218386--2219313	319	2.9	320	89	1	1391	26	20	17	35	1.94
2218892--2219102	117	1.8	116	86	6	309	27	21	13	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2225344--2225418	23	3.4	23	83	8	86	25	20	32	22	1.98
2225361--2225422	23	2.7	23	90	2	90	25	19	32	22	1.97
2228475--2228514	12	3.6	12	83	12	50	45	5	0	50	1.23
2228501--2229209	22	32.2	22	87	0	979	41	0	10	47	1.40
2235425--2235454	14	2.1	14	93	0	51	53	0	16	30	1.44
2236904--2236933	14	2.1	14	93	0	51	53	0	16	30	1.44
2239758--2239944	42	4.4	42	86	4	248	22	21	20	35	1.96
2239760--2239944	86	2.2	86	88	3	266	22	20	21	35	1.96
2239885--2240015	69	1.9	69	83	0	172	20	21	21	36	1.95
2243264--2243306	19	2.2	19	84	12	52	46	9	2	41	1.48
2243644--2243959	131	2.4	131	86	0	416	41	16	10	31	1.82
2245698--2245732	3	11.7	3	93	0	61	34	28	0	37	1.58
2245735--2246575	6	142.2	6	96	2	1553	66	17	15	0	1.28
2246576--2246664	6	14.8	6	100	0	178	50	0	32	16	1.46
2246664--2246731	3	23.0	3	96	3	129	66	0	0	33	0.92
2261441--2261588	80	1.9	79	82	4	190	40	12	14	31	1.84
2262193--2262277	31	2.8	31	81	1	100	30	27	22	20	1.98
2262193--2262291	31	3.2	30	81	4	99	30	26	22	21	1.99
2262249--2262376	31	4.1	31	76	8	118	30	19	20	29	1.97
2266654--2266773	31	3.8	31	73	7	100	30	19	18	31	1.95
2270680--2270720	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
2270906--2270951	23	2.0	23	91	4	74	28	4	13	54	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2270906--2270966	21	2.8	21	85	5	68	26	4	14	54	1.61
2275333--2275371	20	2.0	20	100	0	78	51	15	5	28	1.64
2278680--2278709	3	10.0	3	92	0	51	63	0	36	0	0.95
2279497--2279536	18	2.2	18	90	0	62	65	12	5	17	1.44
2279419--2279842	113	3.9	108	85	9	576	45	9	5	39	1.61
2279707--2279745	18	2.2	18	90	0	60	69	2	7	20	1.26
2279616--2279845	111	2.1	113	85	8	312	49	8	5	36	1.56
2279419--2279834	216	1.9	214	89	4	642	44	9	5	39	1.61
2290657--2290738	40	2.0	40	90	0	128	36	9	19	34	1.85
2291787--2291852	26	2.5	27	85	7	91	13	57	0	28	1.37
2291778--2291852	27	2.8	25	84	8	87	12	57	0	30	1.35
2305128--2305162	18	1.9	18	88	0	52	14	22	25	37	1.92
2309747--2309833	29	3.0	28	80	5	75	32	17	4	45	1.68
2309747--2309833	28	3.0	29	81	5	97	32	17	4	45	1.68
2310818--2310849	17	2.0	17	88	11	50	50	0	6	43	1.27
2313472--2313514	18	2.6	17	82	13	54	34	9	0	55	1.32
2314843--2315458	81	7.6	81	87	0	804	32	20	11	35	1.89
2321966--2322065	53	1.9	52	85	6	139	35	16	6	43	1.72
2321889--2322146	133	1.9	134	84	0	347	31	19	10	38	1.85
2322016--2322433	81	5.2	81	89	2	626	33	19	10	36	1.86
2323041--2323086	21	2.2	21	96	0	83	36	13	10	39	1.79
2324239--2324279	11	3.5	11	81	12	55	17	4	4	73	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2324234--2324301	24	2.8	24	88	0	91	14	7	5	72	1.26
2324377--2324459	3	27.7	3	100	0	166	32	0	0	67	0.91
2324637--2324661	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2326682--2326725	21	2.1	21	87	8	63	2	29	18	50	1.59
2327513--2327586	24	3.1	24	84	0	103	50	16	13	20	1.78
2327520--2327604	24	3.6	24	82	4	93	49	14	14	22	1.78
2327513--2327603	48	1.9	47	86	6	130	50	14	14	20	1.77
2331299--2331353	27	2.0	27	82	7	65	10	25	23	40	1.87
2331337--2331375	14	2.6	15	84	12	53	7	28	33	30	1.85
2331461--2331503	3	14.7	3	90	4	70	62	0	0	37	0.95
2332942--2333002	21	2.9	21	92	0	95	16	31	22	29	1.96
2332944--2333010	21	3.3	20	89	4	73	13	32	23	29	1.93
2340191--2340223	15	2.1	16	88	5	50	0	42	3	54	1.15
2340683--2340733	18	3.0	17	75	13	52	0	27	15	56	1.39
2342123--2342159	19	2.0	19	89	5	58	51	0	8	40	1.32
2342253--2342345	5	18.4	5	95	2	168	21	18	19	40	1.91
2342481--2342523	14	3.4	14	70	29	51	39	4	0	55	1.20
2342467--2342530	23	2.9	23	95	4	114	40	3	0	56	1.15
2348363--2348420	27	2.1	28	84	9	84	32	27	12	27	1.92
2354612--2354652	21	1.9	22	90	5	66	9	17	2	70	1.25
2360108--2360167	17	3.5	17	95	0	102	18	11	26	43	1.84
2370902--2370947	20	2.3	20	96	0	83	82	10	6	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2375481--2375533	20	2.6	20	84	3	70	79	13	7	0	0.93
2375479--2375526	20	2.3	20	92	3	78	81	12	6	0	0.87
2380055--2380103	21	2.3	21	96	0	89	81	12	6	0	0.86
2386648--2386677	14	2.1	14	100	0	60	53	26	0	20	1.46
2388498--2388547	25	2.0	25	88	3	75	34	4	2	60	1.27
2388899--2388979	22	3.8	21	74	9	58	14	23	37	24	1.93
2388899--2388981	21	3.9	21	75	9	69	14	24	36	25	1.93
2397746--2397789	23	1.9	23	85	0	61	27	20	15	36	1.93
2398351--2398398	25	1.9	25	86	0	69	37	8	8	45	1.64
2401133--2401186	21	2.6	20	79	5	63	31	11	31	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13