genome.fa.s9014.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009014.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3470424

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2678086--2678157	30	2.4	29	79	6	81	26	18	15	40	1.90
2679123--2679193	2	35.5	2	100	0	142	50	0	0	49	1.00
2679533--2679577	10	4.5	10	80	0	54	35	28	0	35	1.58
2679533--2679587	20	2.8	20	77	0	56	38	29	0	32	1.58
2681767--2681811	3	15.0	3	90	0	72	33	0	33	33	1.58
2681757--2681809	15	3.5	15	86	0	70	33	1	30	33	1.69
2682096--2682194	47	2.1	47	94	0	171	25	5	13	56	1.57
2682106--2682204	47	2.1	47	86	0	135	27	6	13	53	1.62
2687117--2687150	15	2.2	15	89	5	50	70	0	0	29	0.87
2689207--2689286	30	2.7	30	88	0	124	31	2	40	26	1.69
2695561--2695593	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2698205--2698297	45	2.1	45	84	5	120	38	3	9	48	1.52
2698215--2698299	45	1.9	45	90	2	136	35	4	9	50	1.56
2698309--2698365	21	2.7	20	75	5	51	42	5	15	36	1.70
2701070--2701143	3	24.7	3	94	0	130	36	0	0	63	0.95
2701061--2701143	21	4.0	21	96	0	130	38	0	0	61	0.96
2701388--2701442	19	2.9	19	75	0	65	25	45	18	10	1.82
2702875--2702939	30	2.2	30	82	0	76	24	15	6	53	1.64
2702302--2703103	401	2.0	401	96	0	1478	25	10	9	54	1.65
2706239--2706441	29	7.2	29	78	7	130	49	18	2	29	1.62
2706333--2706380	24	2.0	25	83	4	62	58	10	4	27	1.49
2706261--2706441	29	6.4	29	78	10	151	49	18	3	28	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2713566--2713723	29	5.6	28	75	10	110	50	13	2	34	1.55
2713575--2713764	29	6.6	29	75	7	93	48	16	3	31	1.61
2716747--2716822	32	2.4	32	88	0	125	28	14	21	35	1.92
2717414--2717677	64	4.1	63	87	4	361	35	20	13	30	1.91
2717414--2717668	126	2.0	127	88	2	379	34	20	13	31	1.91
2717751--2718098	121	2.9	121	87	2	464	35	26	13	24	1.93
2722704--2722752	24	2.0	24	96	0	89	44	8	10	36	1.68
2733944--2733995	20	2.6	20	93	0	86	28	19	17	34	1.94
2736701--2736745	16	2.8	16	76	10	56	33	2	6	57	1.37
2739039--2739218	43	4.2	43	81	3	184	33	20	16	29	1.95
2740914--2740962	25	1.9	26	95	4	91	40	2	22	34	1.66
2749491--2749559	24	2.9	24	80	0	75	15	13	15	55	1.70
2751436--2751481	22	2.0	23	84	12	60	26	2	26	45	1.65
2754046--2754157	24	4.7	24	81	4	100	19	11	17	50	1.76
2754046--2754157	48	2.3	48	83	3	136	19	11	17	50	1.76
2754077--2754162	12	7.2	12	75	15	70	15	10	18	55	1.67
2755086--2755128	17	2.7	15	76	16	50	41	4	2	51	1.35
2757226--2757280	27	2.0	28	82	13	69	63	1	23	10	1.36
2757852--2757896	23	2.0	23	82	8	56	20	8	4	66	1.36
2757884--2757933	25	2.0	25	84	7	66	26	2	4	68	1.18
2757906--2758075	85	2.0	84	85	6	225	30	1	1	66	1.09
2757996--2758114	49	2.4	49	82	10	136	21	3	0	73	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2757997--2758161	4	42.0	4	72	18	55	20	5	0	73	1.07
2757996--2758173	17	9.9	17	66	22	71	19	5	1	74	1.07
2758024--2758136	40	2.9	36	75	18	95	17	4	0	76	0.99
2757912--2758079	17	10.6	16	61	21	50	30	1	1	66	1.09
2758096--2758136	13	2.7	15	76	23	50	19	2	0	78	0.87
2763635--2763739	31	3.3	31	86	2	120	27	11	20	40	1.87
2763647--2763734	31	2.8	31	91	0	131	30	10	19	39	1.85
2764685--2764910	36	6.4	36	78	10	225	28	18	13	39	1.88
2764626--2764874	101	2.5	101	84	2	302	30	18	12	38	1.88
2764705--2764964	138	1.9	138	88	0	394	27	18	13	40	1.88
2764868--2765024	65	2.4	67	86	3	210	34	21	8	36	1.83
2765734--2766083	106	3.3	106	86	5	488	34	24	18	22	1.96
2767033--2767063	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
2767043--2767177	44	3.0	44	76	9	130	29	2	1	66	1.12
2767055--2767165	35	3.1	35	82	8	109	28	2	1	66	1.15
2767111--2767235	4	31.8	4	70	16	57	20	2	1	76	0.99
2767101--2767221	52	2.4	48	81	10	129	20	3	0	75	1.00
2767087--2767235	48	3.1	47	80	12	130	21	2	2	73	1.05
2767167--2767236	20	3.4	19	78	11	68	14	2	2	80	0.95
2767115--2767289	54	3.3	51	77	13	144	19	5	1	73	1.10
2767272--2767326	28	1.9	28	85	10	76	23	5	0	70	1.07
2770817--2770853	2	18.5	2	94	0	65	0	45	2	51	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770853--2770879	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2771827--2771888	31	2.0	30	90	3	97	32	4	4	58	1.40
2772865--2772894	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2777190--2777255	30	2.2	30	81	8	80	36	0	13	50	1.42
2779397--2779453	29	1.9	29	82	10	71	49	0	8	42	1.34
2780505--2780550	21	2.2	21	84	0	56	23	21	28	26	1.99
2785759--2785811	20	2.7	20	78	0	61	37	13	15	33	1.86
2792866--2792922	22	2.6	22	100	0	114	29	22	21	26	1.99
2792911--2793056	64	2.3	64	84	5	179	33	21	16	28	1.95
2793654--2793761	31	3.5	31	78	3	94	25	18	21	35	1.96
2793707--2793781	30	2.5	30	82	2	87	20	20	25	34	1.96
2797036--2797181	64	2.3	64	84	5	179	33	21	16	28	1.95
2797778--2797885	31	3.5	31	79	3	103	24	18	22	35	1.96
2797800--2797906	31	3.5	30	79	6	90	24	18	24	32	1.97
2804439--2804545	40	2.7	41	76	7	103	35	15	16	31	1.91
2804873--2804921	22	2.3	22	96	3	91	55	20	10	14	1.68
2805435--2805931	41	12.1	41	76	9	343	35	17	16	30	1.92
2805435--2805931	81	6.0	81	76	9	416	35	17	16	30	1.92
2805542--2805789	128	1.9	128	84	4	331	35	16	16	31	1.91
2806365--2806403	19	2.1	18	90	4	60	46	0	0	53	1.00
2807617--2807847	41	5.5	41	76	9	223	33	17	18	31	1.94
2807819--2807874	27	2.1	27	89	0	85	28	10	23	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2807857--2808051	40	4.8	41	78	8	159	36	18	15	29	1.92
2808494--2808531	19	2.1	18	90	5	58	44	0	0	55	0.99
2809747--2809977	41	5.5	41	76	9	214	34	16	17	31	1.93
2809997--2810180	40	4.6	39	80	9	160	35	19	15	29	1.93
2809987--2810180	79	2.4	82	81	6	211	35	19	15	29	1.93
2810625--2810662	19	2.1	18	90	5	58	44	0	0	55	0.99
2817269--2817349	24	3.5	22	79	12	81	41	0	0	58	0.98
2817267--2817338	3	24.0	3	83	10	85	38	0	0	61	0.96
2819454--2819494	20	2.0	21	85	4	57	24	9	0	65	1.22
2821679--2821762	44	1.9	44	82	4	107	29	10	21	38	1.87
2821909--2821947	14	2.6	15	88	8	53	12	12	10	64	1.51
2821909--2821956	8	6.2	8	85	9	73	12	12	10	64	1.50
2824146--2824247	2	51.0	2	100	0	204	50	0	0	50	1.00
2826703--2826923	114	1.9	114	94	0	388	32	15	20	31	1.94
2829283--2829337	22	2.5	22	87	0	83	36	12	12	38	1.82
2830034--2830732	76	9.2	76	96	0	1184	22	20	21	35	1.96
2830688--2830778	38	2.8	31	76	23	105	26	17	20	35	1.95
2830697--2830770	38	1.9	38	100	0	148	31	17	18	32	1.95
2830544--2830921	190	2.0	190	96	1	704	23	20	20	35	1.96
2830468--2830966	266	1.9	266	97	0	944	23	20	20	35	1.96
2830620--2830845	114	2.0	114	96	0	416	24	19	20	34	1.96
2830734--2830966	76	3.1	76	94	0	394	23	21	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2831087--2831125	18	2.2	18	100	0	78	38	0	0	61	0.96
2831093--2831160	21	3.3	21	90	8	104	41	0	0	58	0.98
2831093--2831149	3	19.0	3	79	13	64	38	0	0	61	0.96
2834534--2834578	23	2.0	23	86	4	65	42	0	2	55	1.12
2834530--2834590	20	3.0	21	80	15	65	44	0	1	54	1.10
2842018--2842057	16	2.5	16	100	0	80	5	42	12	40	1.64
2842142--2842287	78	1.9	78	89	0	229	38	13	15	32	1.87
2846767--2846845	41	1.9	42	89	2	124	32	29	11	26	1.91
2849984--2850033	25	2.0	26	96	4	93	32	0	20	48	1.50
2850005--2850132	59	2.2	59	86	0	184	31	4	19	44	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13