genome.fa.s9075.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009075.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112508_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1223780

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25--98	23	3.2	24	86	3	107	36	21	16	25	1.94
29--112	23	3.7	23	82	6	100	38	19	16	26	1.92
2548--2604	15	3.8	15	81	9	55	21	22	36	19	1.95
2580--2671	13	6.3	13	73	22	76	15	20	47	16	1.82
2580--2675	31	3.1	31	98	0	183	14	19	48	16	1.80
2586--2657	18	4.3	18	79	16	100	12	20	50	16	1.78
7124--7184	31	2.0	30	84	12	81	47	6	0	45	1.28
7147--7245	26	3.7	27	82	12	100	43	7	1	48	1.37
7149--7245	27	3.7	26	81	12	110	43	7	1	48	1.37
10744--10784	12	3.3	12	93	3	64	26	12	31	29	1.92
10805--10892	29	3.0	29	91	0	131	13	34	28	23	1.93
11110--11173	26	2.3	27	76	10	67	51	7	29	10	1.65
11168--11214	14	3.5	13	77	11	51	57	0	40	2	1.11
12688--12721	14	2.4	14	95	0	59	47	0	0	52	1.00
12893--12937	23	2.0	23	90	0	72	37	2	2	57	1.23
12887--12942	23	2.6	21	81	10	67	37	1	1	58	1.19
13906--14026	59	2.1	56	86	4	161	48	9	3	38	1.53
14111--14150	11	3.6	11	86	0	53	45	10	0	45	1.37
14141--14252	3	38.7	3	71	7	52	41	4	2	50	1.36
14133--14262	14	10.1	14	77	14	84	43	5	2	49	1.38
14122--14262	26	5.6	26	83	5	182	43	6	2	48	1.40
14127--14262	49	2.7	49	77	16	102	43	5	2	48	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14251--14306	19	3.1	18	73	23	55	51	14	0	33	1.42
14175--14387	109	2.0	109	92	1	356	44	9	1	43	1.48
14098--14366	26	11.0	25	75	15	140	44	7	1	46	1.41
14530--14607	18	3.9	20	70	18	63	46	10	2	41	1.51
14541--14754	49	4.3	49	93	0	356	45	12	0	41	1.48
14596--14679	28	3.2	28	63	22	74	47	13	0	39	1.42
18018--18061	23	2.0	23	86	4	63	50	6	0	43	1.29
19883--19934	20	2.6	20	96	0	95	38	15	21	25	1.92
19923--19990	20	3.4	20	89	0	109	27	26	19	26	1.99
19903--19990	40	2.2	40	81	4	97	30	23	19	26	1.98
20804--20863	24	2.5	24	83	0	84	25	18	18	38	1.93
21063--21089	14	1.9	14	100	0	54	44	29	18	7	1.77
23190--23459	140	1.9	140	96	0	495	28	13	15	42	1.85
23430--23708	20	14.9	20	69	14	137	35	20	17	26	1.94
23442--23593	54	2.8	54	85	0	205	36	23	15	24	1.94
23606--23735	34	3.6	33	68	20	91	36	19	19	25	1.95
23570--23735	74	2.2	74	91	0	269	35	19	18	25	1.95
23586--23688	54	1.9	54	86	4	145	35	21	17	25	1.95
23502--23709	94	2.2	94	83	1	256	35	21	17	25	1.95
23759--23804	20	2.3	20	88	0	65	15	15	23	45	1.84
23903--23964	14	4.3	14	77	6	61	46	14	0	38	1.45
25353--25464	42	2.7	42	79	5	111	23	17	37	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25961--26016	20	2.8	20	88	0	67	37	23	17	21	1.94
26059--26123	20	3.2	20	95	0	112	16	20	26	36	1.93
26274--26323	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
28052--28121	20	3.5	20	80	1	79	50	22	14	12	1.77
28052--28138	19	4.5	19	80	7	86	49	22	14	12	1.78
28749--28875	20	6.3	20	92	0	182	25	21	25	27	1.99
43551--43621	29	2.4	30	85	4	90	43	2	16	36	1.63
43678--43901	4	56.0	4	100	0	448	50	25	0	25	1.50
44224--44258	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
46957--47002	23	1.9	25	86	8	69	2	17	13	67	1.33
47448--47527	3	26.7	3	92	0	115	61	1	1	36	1.12
47670--48537	227	3.8	226	91	2	1278	28	19	14	37	1.91
47670--48537	114	7.6	113	91	3	1242	28	19	14	37	1.91
49186--50158	83	11.7	83	92	1	1557	36	22	13	27	1.91
51258--51293	14	2.6	14	95	4	65	0	11	0	88	0.50
51249--51296	11	4.4	11	86	7	62	0	14	0	85	0.60
63612--63670	25	2.2	28	82	14	79	3	22	8	66	1.34
64114--64190	3	25.7	3	91	0	127	63	1	2	32	1.16
65515--65597	3	27.7	3	97	0	148	33	2	0	63	1.07
65751--65789	16	2.5	16	95	4	71	7	58	17	15	1.59
66944--67001	25	2.3	27	79	11	68	46	1	1	50	1.22
67653--67695	19	2.3	19	84	8	52	32	4	0	62	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79173--79523	83	4.2	83	96	0	623	29	13	21	35	1.92
80318--81085	113	6.8	113	91	4	1112	36	13	20	29	1.91
80318--81085	334	2.3	337	87	6	1092	36	13	20	29	1.91
81402--81470	3	22.7	3	97	2	129	33	0	0	66	0.92
81619--81657	16	2.5	16	95	4	71	7	58	17	15	1.59
86546--86593	26	2.0	25	84	12	64	52	2	20	25	1.58
97314--97387	19	3.8	20	78	7	82	18	1	25	54	1.52
97727--97780	26	2.1	26	89	0	81	27	11	22	38	1.88
97741--97781	13	3.2	13	78	0	55	34	7	19	39	1.80
98727--98825	38	2.7	38	79	3	121	49	4	12	34	1.59
101348--101680	99	3.4	98	79	2	342	27	32	16	23	1.96
101819--101846	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
101885--101921	20	1.9	20	94	5	67	70	0	29	0	0.88
102223--102303	37	2.2	37	90	0	126	38	2	9	49	1.49
103626--103773	5	29.6	5	100	0	296	60	0	0	39	0.97
103779--103811	10	3.3	10	95	0	57	45	0	0	54	0.99
103815--103862	4	13.0	4	75	16	50	22	4	0	72	1.01
103778--103867	18	4.8	18	81	4	81	33	2	1	63	1.14
103816--103858	14	3.1	14	83	6	52	23	4	0	72	1.04
105052--105095	23	2.0	23	82	13	56	61	9	0	29	1.27
108842--108866	12	2.1	12	100	0	50	32	20	8	40	1.81
109686--109712	13	2.1	13	100	0	54	22	0	29	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116758--116801	20	2.2	20	95	0	79	38	27	15	18	1.91
116795--116904	20	5.5	20	80	7	125	42	27	14	15	1.86
116795--116922	60	2.1	61	88	1	186	42	26	12	17	1.85
116807--116926	40	3.0	40	82	3	107	42	25	13	18	1.87
117414--117455	19	2.2	19	100	0	84	19	23	21	35	1.96
117421--117493	19	3.7	19	81	5	83	17	17	20	43	1.88
119463--119492	4	7.5	4	92	0	51	26	0	0	73	0.84
119636--119754	21	5.7	21	69	7	62	22	33	20	23	1.97
121545--121585	12	3.4	12	86	0	55	17	2	24	56	1.53
121552--121586	6	5.8	6	86	0	52	17	2	20	60	1.49
123848--123901	24	2.2	24	90	0	81	46	20	14	18	1.84
124862--124913	20	2.7	20	84	3	61	32	7	21	38	1.82
124941--124987	20	2.3	20	88	0	67	23	17	23	36	1.95
124965--125072	40	2.7	40	80	11	139	19	16	24	39	1.91
124981--125047	20	3.3	20	79	8	82	17	16	25	40	1.90
125057--125149	20	4.6	20	69	6	71	29	15	27	27	1.96
127681--127805	31	4.0	31	88	2	180	20	17	22	40	1.92
138045--138107	24	2.7	23	82	7	74	46	1	11	41	1.49
138293--138433	31	4.7	30	66	17	80	31	20	4	43	1.71
138283--138431	60	2.5	58	83	5	174	32	20	4	42	1.70
138545--138681	60	2.3	62	79	12	144	47	6	15	30	1.71
142857--142925	35	2.0	35	85	5	95	26	18	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146819--146924	53	2.0	53	100	0	212	22	20	33	22	1.97
151028--151118	43	2.1	43	94	6	159	35	26	15	23	1.94
151582--151619	13	2.9	14	85	14	55	47	5	5	42	1.48
155477--155513	19	1.9	19	88	0	56	54	2	2	40	1.29
155647--155688	4	11.0	4	80	10	52	73	0	2	23	0.94
155601--155687	26	3.3	26	72	15	70	72	0	5	21	1.05
155686--155727	21	2.0	21	85	0	57	64	7	7	21	1.43
163965--163990	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
163946--164016	12	5.5	13	75	18	60	69	1	7	22	1.21
165447--165500	4	13.8	4	74	18	51	72	0	5	22	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7