genome.fa.s9075.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009075.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112508_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1223780

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  5  of  7  ( 743 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736714--736859	38	3.9	37	81	8	172	43	5	4	46	1.45
736715--737057	36	9.0	36	72	18	171	44	6	4	45	1.49
736809--736869	27	2.5	24	79	12	70	45	6	1	45	1.39
736877--737042	37	4.7	35	78	12	126	44	6	3	45	1.47
736861--737057	35	5.4	36	76	12	156	43	7	4	44	1.51
736919--737082	37	4.5	35	77	11	111	46	7	3	42	1.49
737675--738387	165	4.3	161	85	4	847	23	21	26	28	1.99
742410--742442	17	1.9	17	93	0	57	72	6	15	6	1.24
743518--743542	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
743742--743771	13	2.2	14	94	5	53	76	3	0	20	0.92
743742--743774	14	2.4	14	90	10	50	75	3	0	21	0.93
745008--745054	20	2.3	21	92	3	78	78	0	2	19	0.85
745006--745045	15	2.6	16	88	4	55	80	0	2	17	0.83
745060--745110	27	1.9	27	84	11	70	52	5	1	39	1.37
745072--745262	38	5.1	37	77	12	183	44	6	4	45	1.48
745212--745314	27	3.9	25	70	19	75	43	6	3	45	1.48
745138--745390	126	2.0	127	98	0	490	43	6	4	45	1.51
745282--745486	37	5.7	36	76	14	156	45	7	3	43	1.48
745337--745482	67	2.2	65	80	15	154	46	8	2	42	1.48
747316--747367	24	2.3	23	80	6	61	63	13	7	15	1.51
755043--755141	42	2.4	43	83	6	116	49	3	0	47	1.17
755043--755103	19	3.1	19	75	9	59	45	1	0	52	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755128--755160	15	2.2	15	89	10	50	45	0	3	51	1.16
759591--759617	13	2.1	13	100	0	54	7	7	0	85	0.75
760433--760630	106	1.9	106	92	0	333	26	17	25	30	1.97
764939--764964	13	2.0	13	100	0	52	7	7	0	84	0.77
765779--765976	106	1.9	106	94	0	351	25	18	27	28	1.98
772351--772411	2	31.0	2	96	3	115	50	0	0	49	1.00
773551--773583	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
773672--773702	15	2.1	14	94	5	53	9	12	0	77	0.99
773649--773717	27	2.5	28	81	13	72	11	13	4	71	1.29
781811--782162	174	2.0	176	97	1	672	18	24	20	36	1.94
786557--786622	23	2.8	23	70	22	57	34	1	0	63	1.04
786576--786628	22	2.3	23	93	3	90	39	1	0	58	1.09
786709--786744	17	2.1	17	100	0	72	36	0	33	30	1.58
797382--797409	7	4.0	7	100	0	56	85	0	14	0	0.59
803193--803803	311	2.0	311	98	0	1186	29	17	18	34	1.94
808754--808807	25	2.2	25	90	6	85	31	7	14	46	1.73
810828--810876	15	3.3	15	83	11	64	24	6	26	42	1.78
815920--815959	13	3.1	12	89	10	53	85	2	10	2	0.80
822089--822240	32	4.8	32	86	0	178	28	22	13	35	1.92
822087--822268	64	2.8	64	81	3	197	30	22	12	34	1.91
822087--822268	96	1.9	96	81	4	224	30	22	12	34	1.91
822087--822268	32	5.7	33	83	2	144	30	22	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823277--823372	21	4.6	21	85	0	138	33	18	21	26	1.97
824770--824829	15	3.9	15	80	2	66	51	28	13	6	1.66
825317--825476	60	2.7	60	85	3	180	43	5	17	33	1.72
825522--825565	22	2.0	21	86	4	61	54	13	0	31	1.39
825611--825680	24	3.0	23	79	10	70	45	8	2	42	1.49
828565--828606	15	2.7	15	85	3	57	38	0	2	59	1.10
833151--833191	20	2.0	20	85	9	55	36	0	0	63	0.95
833328--833367	20	2.1	19	95	4	71	50	0	0	50	1.00
834558--834586	4	7.5	4	92	7	51	0	0	24	75	0.80
836913--837044	43	3.0	43	80	6	142	48	8	18	24	1.76
837886--837925	17	2.3	18	91	8	73	7	20	37	35	1.81
837992--838044	3	17.7	3	88	7	81	62	3	0	33	1.13
848862--848890	14	2.0	15	93	6	51	24	6	41	27	1.80
852499--852759	143	1.8	143	88	2	400	29	16	5	48	1.70
858546--858579	17	2.0	17	100	0	68	35	5	29	29	1.81
874941--874983	18	2.4	18	100	0	86	30	6	20	41	1.79
877074--877115	15	2.9	15	78	3	50	2	21	0	76	0.90
877074--877120	22	2.1	22	92	0	76	4	19	2	74	1.09
880249--880287	13	3.0	13	85	7	53	76	2	15	5	1.06
880359--880496	69	2.0	69	86	0	195	39	21	13	25	1.90
881405--881516	31	3.5	32	86	6	147	29	13	20	36	1.91
882094--882416	106	3.0	106	85	3	427	35	22	18	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882732--882789	22	2.6	23	86	8	84	29	20	12	37	1.89
882780--882927	74	2.0	74	94	0	260	33	19	12	33	1.90
882673--883029	183	2.0	176	86	3	498	33	17	12	36	1.88
882880--883066	37	5.3	37	68	17	121	28	18	12	40	1.87
883042--883081	15	2.7	15	96	0	71	27	25	12	35	1.92
882854--883066	102	2.1	102	89	1	329	31	19	11	37	1.88
883119--883221	36	2.8	36	89	2	161	28	20	13	37	1.90
883236--883348	36	3.1	36	83	7	138	23	19	15	42	1.88
883338--883424	39	2.3	39	88	7	128	41	18	9	31	1.82
884676--884712	16	2.2	18	80	14	51	21	5	0	72	1.04
886548--886585	20	1.9	19	89	5	58	5	28	0	65	1.14
888880--888918	18	2.2	18	90	0	60	28	28	17	25	1.98
898198--898222	8	3.1	8	100	0	50	16	36	12	36	1.85
911079--911172	23	4.1	23	74	0	71	18	21	23	37	1.94
911092--911172	23	3.5	23	74	0	72	19	20	23	35	1.96
917015--917076	24	2.5	25	76	10	65	40	4	4	50	1.45
918392--918440	22	2.2	22	85	7	64	59	0	0	40	0.98
922350--923919	788	2.0	788	97	0	2962	30	15	28	25	1.96
936172--936231	15	3.6	17	82	10	72	65	0	0	35	0.93
938758--938888	68	1.9	68	87	6	194	47	15	12	24	1.80
938759--938905	68	2.2	68	84	7	183	48	14	12	24	1.79
940096--940226	68	1.9	68	86	6	185	47	14	12	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940097--940243	68	2.2	68	82	7	174	48	14	12	25	1.78
941810--941993	61	3.1	59	78	6	199	35	4	25	34	1.76
942243--942334	2	45.5	2	87	10	134	47	2	2	47	1.26
942738--942813	13	5.4	13	75	17	71	50	0	0	50	1.00
942738--942810	22	3.3	21	75	16	76	50	0	0	49	1.00
942748--942810	9	7.2	9	79	10	60	50	0	0	49	1.00
942737--942822	31	3.1	27	80	11	93	52	0	0	47	1.00
942731--942857	58	2.1	61	79	16	133	51	1	1	45	1.20
946364--947055	210	3.3	209	91	2	1105	51	8	12	27	1.67
947062--947107	7	6.6	7	82	9	58	23	0	26	50	1.50
947062--947114	14	3.8	13	80	14	61	24	0	26	49	1.51
947121--947159	6	6.5	6	93	0	69	30	0	2	66	1.05
947180--947228	24	1.9	26	88	12	75	38	6	2	53	1.38
947191--947284	33	2.9	33	87	6	131	42	7	4	45	1.51
947178--947228	13	3.8	13	82	12	68	39	5	1	52	1.37
947235--947286	13	3.6	13	75	22	50	46	9	5	38	1.61
947242--947479	18	12.7	18	68	26	122	42	9	7	39	1.67
947250--947317	22	3.2	22	72	16	79	45	8	5	39	1.60
947230--947323	42	2.2	43	83	14	133	45	9	5	39	1.59
947331--947447	38	2.9	39	80	12	148	41	8	8	41	1.66
947476--947611	2	65.0	2	67	18	64	41	5	5	47	1.50
947425--947560	33	4.3	33	76	14	142	41	8	5	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
947482--947616	55	2.4	55	85	3	164	41	5	5	47	1.50
949310--949350	17	2.4	17	95	0	73	46	7	0	46	1.30
951873--951925	26	2.0	26	100	0	106	26	24	15	33	1.95
953688--953714	13	2.1	13	100	0	54	33	29	22	14	1.94
954879--954935	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
957282--957345	31	2.1	31	87	0	92	35	28	28	7	1.85
958268--958296	15	1.9	15	100	0	58	6	20	51	20	1.70
958268--958309	15	2.8	15	85	7	50	7	21	50	21	1.72
963925--963962	14	2.8	14	84	4	51	39	26	18	15	1.91
967683--967859	46	3.8	46	86	0	228	24	20	9	45	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7