genome.fa.s9075.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009075.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112508_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1223780

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165437--165498	27	2.5	24	73	19	63	70	0	6	22	1.09
165511--165565	28	2.0	28	85	3	76	52	1	0	45	1.11
165517--165602	32	2.8	31	86	8	115	50	3	0	46	1.18
165518--165614	31	3.2	31	85	9	121	49	4	1	45	1.28
165609--165902	37	7.4	38	73	17	217	43	4	5	46	1.47
165622--165865	131	1.9	130	90	5	395	41	4	6	47	1.50
165752--165902	36	4.0	38	81	10	186	43	5	3	47	1.44
165885--165919	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
166584--167639	84	12.6	84	88	2	1494	23	20	26	29	1.99
166604--167639	168	6.2	168	92	0	1662	23	20	26	29	1.99
168592--168637	23	2.0	23	83	8	58	54	13	2	30	1.50
180663--180922	100	2.6	98	87	2	360	31	18	16	33	1.93
184720--184747	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
187703--187733	16	1.9	16	93	0	53	48	19	12	19	1.81
189594--189710	8	15.1	8	71	16	77	47	12	2	36	1.55
189594--189682	15	6.4	15	82	11	77	48	12	2	37	1.53
189982--190074	29	3.2	28	81	4	105	41	22	3	32	1.70
190027--190071	4	12.0	4	86	13	69	48	24	0	26	1.51
192053--192128	38	2.0	38	97	0	143	27	13	23	35	1.92
207458--207576	20	5.3	20	72	21	103	42	12	24	20	1.86
207446--207563	26	5.0	26	72	22	125	44	13	22	20	1.86
207446--207576	46	2.8	46	97	0	253	44	12	22	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213496--213578	7	12.0	7	73	6	62	55	21	3	19	1.58
213513--213571	21	2.8	21	97	0	109	55	18	5	20	1.61
213501--213579	14	5.8	14	83	2	81	54	20	5	20	1.63
213636--213784	40	3.8	40	92	0	237	35	28	14	21	1.92
213636--213785	79	1.9	80	92	1	257	35	28	14	22	1.92
215361--215419	31	1.9	32	93	6	104	37	30	3	28	1.74
216962--217172	46	4.6	46	92	0	350	45	11	20	21	1.83
216963--217246	26	12.1	25	71	20	213	46	11	20	21	1.82
217041--217269	118	1.9	118	95	1	415	46	12	21	20	1.83
217159--217269	46	2.4	46	90	0	186	46	12	21	18	1.82
222543--222573	11	2.8	11	95	0	53	74	0	9	16	1.07
222543--222575	16	2.1	16	88	11	50	75	0	9	15	1.03
223050--223099	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
232223--232272	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
233556--233625	35	2.0	35	83	5	88	24	11	32	31	1.91
236610--236966	183	2.0	182	85	1	482	32	17	15	35	1.91
238787--238971	43	4.3	43	86	2	192	28	19	23	28	1.98
238787--238971	87	2.1	86	82	3	210	28	19	23	28	1.98
246886--246928	19	2.1	21	83	8	54	41	9	6	41	1.64
247626--247779	75	2.1	75	97	0	290	27	26	16	29	1.97
248050--248099	23	2.1	24	92	3	84	50	0	2	48	1.12
248264--248356	7	13.3	7	82	8	100	18	0	27	53	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248264--248356	21	4.4	21	83	5	116	18	0	27	53	1.44
248431--248482	20	2.6	21	84	9	72	36	3	7	51	1.49
248434--248488	20	2.8	20	86	5	67	38	7	7	47	1.59
248491--248545	15	3.7	15	72	15	51	56	0	0	43	0.99
248817--248874	7	8.3	7	78	0	53	18	0	29	51	1.47
248817--248868	21	2.5	21	87	0	77	21	0	26	51	1.47
248952--249021	20	3.8	20	83	9	78	41	4	5	48	1.46
248958--249005	2	23.0	2	87	8	69	45	2	2	50	1.25
249867--249912	21	2.2	21	84	7	58	26	0	26	47	1.52
249997--250046	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
250551--250632	18	4.5	19	79	10	82	28	26	0	45	1.54
250551--250632	17	4.5	18	79	10	78	28	26	0	45	1.54
250718--250958	2	122.0	2	68	21	109	43	3	3	48	1.37
252712--252757	6	7.7	6	97	0	74	50	10	0	39	1.38
252779--253038	76	3.4	74	78	14	269	41	4	8	45	1.54
252751--253089	38	8.9	37	73	12	233	42	4	8	45	1.53
252751--253034	114	2.5	115	80	10	296	42	4	8	44	1.53
253132--253171	17	2.4	16	84	15	55	20	2	0	77	0.88
257461--257525	20	3.4	19	73	16	55	80	6	12	1	0.97
257471--257525	25	2.2	25	83	6	67	81	5	10	1	0.92
257464--257507	19	2.4	18	82	14	54	79	4	13	2	0.98
257472--257524	18	2.9	18	75	13	56	81	5	11	1	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258457--258501	20	2.2	20	92	0	72	17	4	22	55	1.60
258505--258611	46	2.3	45	87	3	142	36	5	22	35	1.78
265759--265825	33	2.0	33	100	0	134	25	17	26	29	1.98
265885--265928	20	2.2	20	87	0	61	18	4	18	59	1.55
266511--266558	13	3.7	13	83	5	62	14	22	20	41	1.89
267200--267495	38	7.8	37	78	12	266	44	4	6	44	1.50
267201--267495	76	3.9	74	83	9	323	44	4	6	44	1.50
267199--267482	114	2.5	114	79	12	305	44	4	7	43	1.51
267532--267571	21	2.0	20	90	5	62	22	2	0	75	0.93
267532--267578	11	4.4	11	79	15	53	23	2	2	72	1.06
270010--270062	23	2.3	23	100	0	106	32	0	30	37	1.58
270223--270290	30	2.3	30	84	5	84	38	7	19	35	1.79
270826--270874	24	2.0	24	96	0	89	30	12	12	44	1.78
271192--271421	40	5.8	40	95	0	415	22	15	27	34	1.95
273796--273857	32	2.0	29	87	9	88	30	24	17	27	1.97
273899--273951	20	2.7	20	100	0	106	20	30	22	26	1.98
276127--276192	19	3.5	19	72	0	60	54	9	16	19	1.68
276120--276202	38	2.2	38	82	0	103	49	10	19	20	1.78
277337--277361	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
280339--280682	68	5.1	68	90	0	528	36	20	12	30	1.90
283026--283067	3	13.3	3	85	9	57	66	0	0	33	0.92
283026--283067	13	3.3	13	90	3	68	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283019--283071	22	2.4	23	93	6	92	64	0	0	35	0.94
283253--284677	134	10.7	133	84	4	1543	32	19	17	30	1.95
285294--285332	19	2.1	19	90	0	60	41	10	20	28	1.85
285313--285916	38	15.5	38	80	6	557	39	17	17	25	1.91
285313--285916	80	7.8	76	80	7	629	39	17	17	25	1.91
285313--285916	118	5.2	118	88	2	853	39	17	17	25	1.91
286557--286624	20	3.3	20	73	4	64	32	22	26	19	1.97
286557--286666	42	2.6	41	84	7	141	31	21	24	21	1.98
286102--286958	287	3.0	285	88	1	1214	34	16	16	32	1.91
286852--286937	42	2.1	41	84	2	109	33	22	18	25	1.96
292935--292966	5	6.8	5	86	13	50	81	0	0	18	0.70
292929--292977	18	2.6	19	84	12	66	73	2	2	22	1.04
292942--292966	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
295189--295242	9	5.6	10	83	12	69	66	1	0	31	1.02
295196--295242	3	15.7	3	86	8	69	68	2	0	29	1.02
295196--295241	17	2.8	17	90	3	76	67	2	0	30	1.03
295286--295400	3	36.7	3	71	14	63	56	4	3	35	1.36
295280--295339	25	2.5	24	82	12	70	60	1	0	38	1.07
295274--295359	28	3.1	27	75	20	79	58	3	1	37	1.23
299104--299143	19	2.0	21	85	9	57	30	7	10	52	1.62
302905--303070	87	1.9	87	87	0	242	22	20	12	45	1.84
306270--306305	16	2.3	16	90	4	56	66	0	2	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307122--307246	8	14.8	8	67	22	53	35	1	4	59	1.26
307209--307246	17	2.2	17	86	9	51	34	0	2	63	1.09
309752--309804	16	3.3	16	83	0	70	22	15	15	47	1.82
310043--310101	11	5.1	12	73	19	54	42	0	1	55	1.09
310232--310379	45	3.2	44	80	11	165	43	2	26	27	1.66
310305--310375	27	2.6	29	80	8	78	43	0	26	29	1.55
310232--310401	90	1.9	90	80	9	204	43	1	27	27	1.65
310739--310835	2	48.0	2	72	13	74	42	7	2	48	1.42
310921--310957	16	2.2	18	90	9	60	51	24	2	21	1.61
310984--311061	12	6.8	12	70	24	60	42	8	1	47	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7